研究施設で深手を負い、意識を失った響。そんな中、来美を乗せたエックスの車両が到着する。ついに訪れた響と来美の再会の時。響は、来美から思いもしなかった言葉をかけられる。そしてエックス内部では、祖国との『約束の日』をめぐり、対立が勃発。祖国との連絡手段をただ一人知る病床の郷田に対し、しびれを切らしたイナバ (水石亜飛夢) 達が反旗をひるがえす! 一方、教団の施設へと戻った響たちを出迎えた佳奈恵は、そこに等々力の姿がないことに気づき……。途方に暮れ、教団施設の聖堂へと足を踏み入れた響は、教祖･ワンティーティから声をかけられる。ついに、人知を超えた力を持つワンティーティの過去と秘密が明らかになる……。