突然、学校に侵入した「人類たち」に襲われた傷が悪化し、悪性の破傷風に感染した暁生（窪塚洋介）。暁生のことをいつしか愛し、そのかけがえのなさを痛感した結花（常盤貴子）は、大友（山下智久）たちを連れ、暁生を救う為、薬を探しに砂漠へ出かける。 学校の裏門では、関谷（中島宏海）が、紙袋の包みを拾う。そして、中身を見て関谷は再び結花、暁生や生徒たちへの復讐を企てる。 結花たちは病院跡に辿り着いて薬の瓶を発見するが、手にすると全てぼろぼろに壊れてしまった。結花たちは薬を求めて、さらに離れた大病院の跡地に向かう。それは極めて危険な旅だった。 結花たちの帰りを心配して屋上に上がった高松（山田孝之）は、巨大な竜巻が学校に向かって来るのを目撃する。 そんな中、暁生の脈はほとんど無くなり、絶体絶命のピンチを迎えた・・・。