While returning to pick up a notebook at his classroom during nightime, Riki is approached by a girl who urges him to flee. He does as she asks, but after hearing a gunshot, he turns back and finds an abandoned student ID. In the next day, Riki returns the ID to Saya Tokido, a student from the same year as him, and later is invited by her to meet him at the rooftop. When Saya meets Riki, she declares that she must dispose of him, or the "Darkness Executives" may discover her identity.
夜、校舎に忘れ物を取りに行った理樹は、銃を持った謎の少女に遭遇する——。それがきっかけで、理樹は平穏な日常から切り離されてしまう。その場は逃れたものの、落ちていた生徒手帳を届けたのがきっかけで、思いもよらぬ戦いに巻き込まれることに……。手帳の持ち主は朱鷺戸沙耶。普段はクラスメイトに慕われる美少女。しかしその正体は謎のスパイ!? そして彼女の敵であり、あの恭介も恐れるという「闇の執行部」とはなんなのか!?
Riki Naoe va apprendre à connaître trois autres jeunes filles de son école, déjà bien mystérieuse : Saya Tokido, une élève populaire et sociable, Sasami Sasasegawa, l'éternelle rivale de Rin, et Kanata Futaki, la présidente du comité de discipline.
Dès lors, le héros des Little Busters va se retrouver plongé dans l'histoire de ces nouvelles héroïnes. Saya, qui semble de nature normale, se dit être agent secret et affronte des créatures démoniaques avec son pistolet. Par ailleurs, Sasami continuera à vouloir être supérieure à Rin, alors que Kanata appliquera sa dictature avec soin, notamment avec Haruka qui ne cesse de créer des problèmes dans l'établissement.
