多年前，卓凱任臥底潛伏崇聯社頭目韋傑身邊，最終將他繩之以法，韋傑的兒子韋作榮卻意外死亡。韋傑認定卓凱害死作榮，不時在獄中向他尋仇。卓凱刑滿出獄，與妻子幕羨晴一起打理咖啡店。警方懷疑卓凱與金青社有關係，安排刑事情報科總督察章紀孜調查他。薛家強委派新人臥底朱倩混入模特兒公司，調查不同國籍少女在港失蹤的案件。朱倩發現該公司誘拐少女作不道德交易，家強暗中通知警方準備營救行動後卻遭伏擊，朱倩更被人捉走……
卓凱透過探員竇亞希約見紀孜，二人決定合作尋找失蹤的家強。家強受傷逃走，被名醫韓建義的座駕撞倒。建義替家強療傷，家強及後要求他做黑市換心手術卻不成，出手綁架建義，反被建義手下包圍。原來建義是器官販賣集團的主腦，他決定與家強合作。卓凱與家強見面，得知朱倩是被建義所殺……家強認定朱倩之死是警隊內鬼所致，求卓凱幫忙調查。家強受建義所託，與中介人克萊因接洽。克萊因欲奪去建義的生意網絡，威脅家強合作。
卓凱跟紀孜與家強合作，查出警方內鬼就在專責小組之內。卓凱從外洩機密的電話，發現專責小組總警司范曉華有可疑，並於刑事情報科總警司梁健邦幫助下，取得曉華的手機。亞希監視建義的醫務所，發現有神秘人晚間進出醫務所，應是利用手術室摘取人體器官。亞希差點被發現，幸得家強相救。卓凱託前臥底鄭淑梅調查作榮，竟發現作榮可能未死。羨晴神秘離開咖啡店，卓凱獄中好友林寶剛以為羨晴與人有染，暗中跟蹤，卻發現羨晴身患重病……
羨晴因急性肝硬化被送院搶救，卓凱驚覺自己一直忽略羡晴，希望專心照顧她，紀孜遂接手卓凱的工作。克萊因與建義達成合作，為來港的富豪進行黑市器官移植手術。亞希自薦將自己的名字換入供體名單，換入集團救人。羡晴得到匿名者捐肝，未料那人竟是曉華。曉華要求卓凱取回手機證據，坦言之為拯救丈夫任尚宇……紀孜因戶口長期有不明存款，被停職調查。羡晴手術順利，卓凱鬆一口氣。家強知道卓凱與曉華做了交易，表明不再與他合作……
亞希被關進狗場，發現其他供體。覃歡喜手下周文鼎與家強交收假證，家強始知歡喜未死，更是偽證集團幕後人。卓凱在電梯內開解紀孜，紀孜憶述以前被父親虐打，並道出戶口裡大筆存款的來歷。卓凱與紀孜著家強約克萊因見面，克萊因察覺不妥，向二人開槍，紀孜中搶倒下。家強現身解危，卻引起克萊因懷疑。富豪們手術當日，亞希與一眾供體被運往貨櫃基地，家強暗中放下通訊器，讓卓凱等人找出位置。家強欲救走亞希等人卻被克萊因發現。
家強、卓凱與克萊因合力對付建義，建義釋放麻醉氣體嘗試脫身卻失敗。曉華挾持亞希，要求釋放建義替尚宇做換心手術。建義乘機搶奪曉華的手槍，混亂間尚宇中槍……克萊因的真正身份是保安局臥底韋作榮，紀孜認出他是當年擊斃其父親的警員。保安局成立安全情報機構，作榮邀請徐天堂加入，於不知家強臥底身份的情況下，收買他做線人。卓凱遇上崇聯社龍頭接班人龐浩洋遇襲，對他甚為欣賞。
紀孜委派家強出任亞希的聯絡員，調查崇聯社的非法線上賭場。家強對朱倩的犧牲尚未釋懷，拒絶再當聯絡員。亞希學習賭博，準備扮賭徒摻入崇聯。家強為接近賭場經理，搗亂藍楠的跌打館，導致跌打館被揭無牌經營而停業。家強見藍楠決心考牌，聘請她到沐足店工作。作榮與建義達成交易協議，建義交出國際罪犯資料來換取輕判羡晴負責建義案件，上司要求她放棄傳召曉華作證，羡晴堅拒。作榮向羡晴陳述利害，揭露卓凱曾為救她挺身犯法……
建義案件開審，羡晴傳召曉華作證，卻沒提問關鍵問題。家強質問羡晴是否受作榮要脅，羡晴坦言不願卓凱再次入獄。羡晴尋找曾獲非法器官的人指控建義換心男孩得悉真相後，欲自尋短見，幸得家強與羡晴阻止。男孩父母答應出庭作證，終令建義入罪。然而，羡晴的肝病情況急轉直下……亞希故意在線上賭場欠下巨債，被浩洋手下捉走，家強向浩洋提議讓亞希工作還債。崇聯社大會上，元老決定以兩個月為限，誰賺到最多錢就可當選龍頭……
亞希沒法還債，只好在線上賭場做荷官。浩洋看到亞希對賓客跳舞撒嬌，對她留下印象。保安局安全情報機構正式運作，作榮委派天堂搗破浩洋的線上賭場。淑梅回港，與天堂同住一屋簷下，相處仍像歡喜冤家。卓凱受韋傑所託，要幫浩洋當上龍頭，並拜託淑梅助他一臂之力。卓凱和淑梅發現有偽冒的線上賭場，奪去浩洋不少生意，二人調查間遇險，幸得家強相助。家強知道卓凱幫助浩洋，擔心亞希會被認出，要求紀孜更換臥底人選，卻遭拒絕。
亞希嘗試拍下賭客名單時被捉住，原來卓凱想找出替浩洋對頭人劉永祿辦事的內鬼。亞希被懷疑是內鬼，慘遭毒打打。家強發現亞希被調場，覺不妥，潛入賭場救出她。紀孜要亞希繼續留下收集情報，家強終答應當亞希的聯絡員。卓凱找出真正內鬼，仍將亞希辭退。浩洋和卓凱向歡喜提出獨家購買太空戶ロ，但歡喜隨即向永祿抬價，計劃令他們兩敗俱傷，捧九指強成為龍頭。紀孜邀卓凱做線人，合作對付永祿。亞希依家強指示，轉往永祿賭場工作……
家強讓以前的對頭人阿火出了口氣，成功說服他與永祿合作。家強受傷回到沐足店，藍楠為替家強療傷，幾乎錯過了中醫考試。家強和永祿等合作愉快，引起總督察呂合星的注意。合星悉心照顧兒子呂正植，憶起正植媽媽在病危之際，竟呼喚著家強。韋傑在獄中被刺傷，浩洋認定是永祿指使，但卓凱勸他不要衝動報復。作榮探望韋傑，父子關係似有緩和……浩洋手下程景霖威脅亞 希對付永祿，亞希偷偷將手提電腦接駁到伺服器上，但電腦突然爆炸……
亞希身陷火場得浩洋營救，家強認為浩洋對亞希有意，著她接近浩洋。永祿命手下把燒過的伺服器拿去維修，家強與卓凱合作把伺服器偷龍轉鳳。紀孜終有證據拘捕永祿，卻見永祿戶口內的巨款被神秘轉走。卓凱發現歡喜與九指強為伍，帶人包圍，但天堂率保安局人員制止。原來歡喜與作榮合作，計劃捧九指強做傀儡龍頭。藍楠弟弟藍棟帶足球隊到沐足店，家強教正植踢球技巧。淑梅收到神秘硬碟，載有臥底張玉暄的筆記，講述當初奉命調查天堂……
玉瑄當年以同事身份監視天堂，發現他不甚合群，亦知他正受內部調查……淑梅看著玉瑄的臥底筆記，猜不出是何人寄來，亦無法向天堂問出更多往事。浩洋說出成長經歷，得到亞希鼓舞，二人關係再進一步。正植用家強教的方法踢球，合星覺得家強教壞了正植，叮囑正植不要再接近他。淑梅偷走紀孜的證件，冒充她盤問永祿的手下，並偷偷套取其指紋。亞希約浩洋來到他提過的涼茶舖，不料被老闆驅趕，亞希方知涼茶舖是浩洋父母所開……
浩洋訴說加入社團後被父母唾棄，亞希寄予同情並帶浩洋到街頭點唱，二人樂在其中。崇聯社選舉當天，九指強所賺盈利多於浩洋，卓凱趕至拆穿九指強盜取永祿的帳戶，元老廉爺決定重選。浩洋向亞希表白，亞希一再迴避。廉爺探望韋傑，韋傑想出重選規則，有助浩洋提升地位。卓凱支持浩洋，歡喜力撐九指強，昔日好友各不相讓。天堂刻意接近保安局副局長蘇子安之女蘇淼淼，二人擦出愛火花。淑梅再收到包裹，內附王永翔的臥底筆記……
永翔當年跟台灣南城幫來港進行毒品交易，行動前卻收到指令改變計劃。原來一切乃時任內部投訴科的陳麗群所策劃，麗群懷疑有臥底變節，委派永翔調查，嫌疑人竟是天堂。永翔成功接近毒販高森，更得知高森脫罪與天堂有莫大關係。浩洋爭取家強支持，家強以合作經營線上賭場作條件。浩洋再次向亞希表白，惟遭拒。卓凱和歡喜各自為浩洋和九指強造勢，為了拉攏勢力雄厚的大聖爺，卓凱不惜以其子作要脅，歡喜卻已派出文鼎追擊淑梅……
文鼎從淑梅手上救走大聖爺兒子，大聖爺還恩於歡喜，答允支持九指強。崇聯社定下選舉日子，恰巧是韋傑出獄之日，社團頭目們顧念舊日恩義，紛紛轉投浩洋。浩洋帶亞希逛傢俬店，憧憬二人未來。亞希向家強承認愛上浩洋，要求退出臥底任務。作榮與歡喜暗中會面，將國際犯罪組織「永恆幫」情報交給他。阿火遭家強出賣，到沐足店搶錢。家強逮住阿火，惟被合星誤會拘捕。家強把正植遺下的頸鏈和學生證交還，合星意識到家強已知悉正植身世。
卓凱從航拍機墜毀前所拍攝的片段，發現與歡喜會面的人是作榮，推斷保安局要干預崇聯社龍頭選舉。韋傑刑滿出獄，卓凱和浩洋前來迎接，惟作榮捷足先登帶走韋傑，卓凱聞訊急尋。作榮帶韋傑重返舊居，阻撓韋傑出席飯局，要他於親情與崇聯社之間做抉擇。卓凱找到韋傑，指證主使刺殺韋傑的人是作榮。卓凱駕車送韋傑往飯局，途中被天堂等人攔截……酒樓內，江湖人士鼓躁，歡喜和九指強率眾擾嚷，宣告韋傑不會赴約，要浩洋當眾交代……
韋傑趕上飯局，化解危機，浩洋當選新任龍頭。麗群在會議上提出刑事情報科與保安局安全情報機構職能重疊，建議雙方共享情報，惟遭反對。會議後，子安以權欺壓，麗群不甘示弱。淑梅翻閱臥底筆記，得悉當年永翔取得涉案的閉路電視影碟，卻被天堂搶走；玉瑄事後借故到天堂居所搜證，未料天堂折返……作榮重返校園參加學會迎新夜，遇上紀孜。浩洋決心洗白社團，九指強黑道生意受挫，接下歡喜委託，帶手下攔截「永恆幫」要員魏進風……
沐足店員工梅士貴發現家強已故手下的遺書，與藍楠一起檢看後，覺得家強有情有義。九指強失蹤，卓凱懷疑有人溶屍，鎖定事件與進風有關。家強得知正植生日，與藍楠合力製作蛋糕。藍楠告訴家強已知悉他與正植的父子關係，還感觸說起童年家庭變故，二人互勉。歡喜追查「永恆幫」期間，得卓凱通報消息，得以脫險。歡喜向卓凱和家強透露當日欲以九指強作餌，但從閉路電視中目睹他遇害。歡喜相信「永恆幫」與長興已故龍頭魏德信有關……
玉瑄醒來，驚覺被天堂捆綁囚禁……浩洋為補貼社團兄弟們的損失，不惜出售線上賭場，與買家泰利斯接觸。浩洋憶起與亞希共處的時光，向她留言訴說思念。卓凱查探泰利斯底細，中途受襲，卓凱認出此人是對付九指強的殺手。家強為尋回失蹤的丁小嘉，加入調查「永恆幫」。紀孜得悉亞希與浩洋產生感情，決意安排亞希繼續調查浩洋。家強等人與泰利斯會面洽商，泰利斯召來對付九指強的殷天俠，天俠承認在紐西蘭殺掉小嘉，家強呆在當場。
家強得悉小嘉死訊後幾乎失控，惟大任在前，遏止怒氣完成洽商。歡喜洞悉家強要為小嘉報仇，不願家強走上歪路，將家強鎖起來，由他代勞。天俠與歡喜槍戰，家強趕至，用刑事情報科密碼與歡喜行使戰略，卻遭識破。天俠亦敲起密碼，自揭身份……天俠指泰利斯的真正身份是魏進風，其上還有一名話事人。頭目劉力威脅崇聯社分家，浩洋取出數簿應對，亞希暗中錄下證據，卻被浩洋發現……藍楠送正植往車站，途中被人擄走。
家強驚悉藍楠和正植失蹤，委派亞希使用天眼系統追蹤二人下落。合星為救正植，受景霖脅迫交出警方手上的崇聯社數簿。家強暗中為合星解困，合星意識到家強的臥底身份，混亂間合星遇險重傷。浩洋還押監房，為顧全大局不惜獨攬所有刑責。歡喜綁架了德信之父魏松山，天俠向進風請示殺掉歡喜，惟遭拒，天俠直覺進風背後潛藏莫大隱秘。淑梅偷看天堂電腦機密，發現真相。天堂向淑梅剖白當年曾被襲擊，危急關頭得永翔營救……
有組織罪行調查科當年懷疑天堂涉及殺警，對他嚴加審問。玉瑄冒雨追來安撫天堂，二人情不自禁擁吻起來。作榮邀紀孜進餐後，紀孜談及心頭好是一枚舊型電梯按鈕掣。作榮找買家出讓按鈕掣，前來的竟是進風。作榮想出法子打開自己收藏的神秘盒子，發現內裡暗藏乾坤，他及後卻被進風手下擄走。家強幫忙照顧正植，正植不接受家強，竟離家出走……進風電擊作榮，質問他為何追查「永恆幫」。作榮趁機逃走，天俠阻止，作榮奪槍相向……
天俠表露身份，作榮轉念繼續做人質，追查真相。家強兼顧工作和家庭，疲於奔命。紀孜被擄走押送到基地，作榮為救紀孜槍殺進風手下，此時閃回記憶。天俠發現進風與神秘人會合，欲開槍先發制人，但作榮突然射殺進風等人……作榮記起自己身世，獲安排借用韋作榮的身份執行使命。兩年前，作榮為通過安全情報機構的測謊測試，以催眠抹去相關記憶，並委託進風暫時打理「永恆幫」。作榮悼念進風，剖白自己留戀現有身份，拒絕走回頭路……
淑梅在網上發佈影片，引出麗群就是寄出玉瑄和永翔臥底筆記之人。麗群指子安當年毀掉臥底調查報告，誣陷天堂收取賄款，並說出子安的身份秘密。淑梅為了天堂，決心對付子安。卓凱受麗群招攬，但無意重歸警隊。紀孜以盜竊警察委任證一事，將淑梅拘捕。卓凱無奈下向紀孜妥協，正式展開代號「影武者行動」的調查任務。正植發高燒送院，藍楠自責疏忽照料，幸而正植無恙。正植康復後一反常態，對家強大獻殷勤，原來正植密謀進行臥底遊戲。
為蒐集子安的罪證，天堂到子安家為淼淼修理電腦，暗中安裝鏡頭。淑梅佯裝銀行職員致電指示淼淼登入網上戶口，引起子安注意。淼淼發現鏡頭後，找天堂對質。天堂厭倦利用感情執行任務，與淑梅喝酒訴苦，言談間向淑梅表露愛意……作榮向韋傑重提洗白崇聯社一事，韋傑明言不會將社團交給他，兩人不歡而散。天堂收到淼淼訊息要求見面，到場後看到可疑男人。天堂駕車追截時遇上路障，警員要求天堂打開車尾廂，竟發現淼淼屍體……
紀孜悉心打扮與作榮吃飯，並答允跟他交往。二人重遊大學，作榮憶述為紀孜所做往事，紀孜驚訝。沐足店客人們大談養兒育女之道，家強心中亦想修補與正植的關係。紀孜帶家強到刑事情報科基地，但家強對「影武者行動」全然不知。原來卓凱知道家強有兒子的顧慮，刻意沒找上他，家強亦稱希望做回警察。淑梅查出天堂追蹤的可疑車輛曾在九龍城出現，家強答應幫忙尋找，當作最後任務。藍楠接到上門按摩電話，客人竟是家強要找的疑犯……
合星康復出院，家強目送正植回到合星身邊，雖感不捨，但正植無意的一番話，提醒了家強當警察的初心。亞希監視疑犯時分心進行線上賭局，連疑犯逃去亦不察覺，被紀孜勒令停職。卓凱等人追尋疑犯，疑犯逃走卻被車輛撞斃。淑梅逕自拾起疑犯的手機，私下聯絡子安，及後卻遭埋伏中槍。天堂不惜在獄中自殘，得以送往醫院，並偷偷找淑梅見面……卓凱感謝紀孜為天堂擺平逃走一事，紀孜重提被卓凱批評缺乏同理心，並指自己正與作榮交往……
紀孜向眾人提議與作榮合作，但家強、歡喜對作榮有保留。卓凱見紀孜立場堅定，認為未嘗不可。紀孜從永翔的遺物找到一部舊式手提電腦，但不知道開啟密碼。卓凱指導紀孜用淑梅的警員號碼，成功登入電腦，發現內裡存有子安多年來以權謀私的罪證；作榮暗中將涉及自己假身份的證據刪除，以隱藏真正身份。襲擊淑梅的兩名疑犯準備離港，歡喜、文鼎使計製造子安要滅口的假象，成功誘導疑犯自首指證子安。麗群帶隊往保安局，拘捕子安……
子安證據確鑿，天堂無罪釋放，淑梅喜極吻向天堂。亞希沉迷賭博，家強答應以特殊方法助她戒賭。國際大數據中心創立人章紀泓從美國返港，在妹妹紀孜介紹下得知作榮就是當年開槍擊斃父親的警員。紀泓接到神秘來電，要求提供警方內部數據，及後查出是作榮。天堂翻查子安電郵記錄，發現麗群的秘密，刑事情報科因失職備受指責，被保安局安全情報機構正式接管。作榮要求取得臥底名單，健邦不滿其做法罔顧臥底安全，辭職抗命……
健邦勸服紀孜留任，而作榮亦承諾暫不要求臥底名單。作榮宣佈推行革新，引入大數據進行分析，還請來紀泓以專家身份講解，紀孜愕然。金青社大聖爺以一箱現金要求韋傑退出賭船生意，韋傑拒絕後遭伏擊。卓凱代表崇聯社約見辛志堅，傾談賭船生意，始知志堅是長興創辦人之一。志堅道出當年被長興放逐紐西蘭，以及長興仍有後人魏德禮存活之事。志堅要卓凱等人以長興仇人的身份引出德禮，卓凱心知志堅盤算，但被脅持下只能見步行步……
家強向作榮表露臥底身份，提出以洪英前坐館身份接近志堅，查探卓凱等人下落。志堅看中家強能力，邀他出席長興同門宴。志堅欲建立新長興，找松山回港。作榮暗中監聽，對父親為錢將祖父的江山拱手相讓感到氣憤，掙扎應否重拾魏德禮的身份……天堂、淑梅雖答應歡喜合演被綁戲碼引出德禮，卻怕志堅過橋抽板，會在同門宴動殺機，二人珍惜相處時光。亞希製造假車禍，讓家強混進藏參地點。家強發覺眾人相安無事，約定在同門宴裡應外合……
亞希相約家強到昔日與浩洋光顧的茶餐廳亂點食物，笑稱逐漸從罪疚感中釋懷。藍楠得悉家強已有女友，不禁失落。士貴看在眼裡，向家強道出藍楠之前為照顧正植而甘願把中醫畢業延遲……同門宴上，志堅與四大元老舉行龍頭交接儀式，怎料松山竟拿出長興的記印，聲稱自己才是龍頭；卓凱乘勢宣稱家強是魏家真正後人魏德禮……作榮帶隊衝進酒樓，志堅混亂間遺下其中一塊長興信物「白玉牌」，還被淑梅撿到。眾人懷疑玉牌背後暗藏秘密……
作榮從證物房取走玉牌，佯裝與志堅交易，卻使計獨吞所有玉牌。作榮為玉牌去蠟後，始知中了志堅圈套。原來志堅暗中偷龍轉鳳，並尋獲長興重要物件。卓凱收到志堅通知，已約德禮到保齡球場見面。卓凱慎防有詐，聯同家強前往，途中卻遭交通警員拘捕。紀孜委託紀泓取得保齡球場閉路電視片段，卻不見志堅及德禮蹤影……家強懷疑紀泓篡改數據，私下請淑梅找黑客入侵大數據中心。天堂向淑梅求婚，淑梅感動答應，及後卻被人刺了一針……
淑梅被注射不明毒劑，痛苦不堪。紀孜質問紀泓是否派人殺淑梅，紀泓不諱言曾篡改保齡球場閉路電視片段，但並沒指使殺人；紀泓還自揭當年舉報父親，紀孜大受打擊。家強找到黑客寄給淑梅的加密檔案，但需要淑梅的聲紋認證解鎖，他趕到醫院卻見淑梅奄奄一息……家強正式加入安全情報機構，全因想起天俠死前給自己的提示。紀泓驚覺自己成為作榮棄卒，盤算帶同紀孜遠走高飛。家強向作榮申請協助破解加密檔案，暗中與卓凱等人籌謀……
作榮叫紀泓到大數據中心幫忙，欲暗中設局炸死紀泓。家強察覺有異，及時救出紀泓。紀泓知道被作榮出賣，決定指證他。作榮派殺手暗殺紀泓，紀泓臨終前將一條內藏作榮罪證的頸鏈交給紀孜。作榮被拘捕後不久便無罪釋放，原來作榮掌握著高官及富豪的秘密證據簿，還利用他們的力量追殺卓凱等人。家強負傷逃入跌打館，藍楠為救家強意外中槍……卓凱等人被黑白兩道搜捕，認為只有紀孜能幫助他們。作榮稱紀泓是幕後黑手，要紀孜相信他……
(大結局)紀孜裝作相信作榮，藉機奪去證據簿。卓凱和家強憑著證據簿說服高官、富豪自首，作榮遭通緝。作榮求韋傑助他逃亡，誤以為被出賣，開槍擊斃韋傑。卓凱等人尋至，雙方展開槍戰，最後家強與作榮對峙。作榮以小嘉消息作餌，要脅家強放走他……浩洋之父跌倒重傷，亞希助浩洋見他最後一面，還承諾會守候浩洋。卓凱答應以顧問身份助刑事情報科重組，歡喜與天堂則決定浪跡天涯。家強探訪獄中一名殺手，他聲稱知道小嘉下落……
台慶劇《使徒行者3》於11月9日起在翡翠台播映，隨著機密的臥底任務重啟，「使徒」謎團一一揭開！ 新一輯劇集繼續有「爆Seed薛家強」林峰、「卓凱」苗僑偉、「徐天堂」袁偉豪、「鄭淑梅」黃翠如、「覃歡喜」許紹雄等原有實力班底之外，還會加入馬國明、黃智雯、蔡思貝、張振朗、曾舜晞等好戲之人，綻放黑白無間新火花！ 監製蘇萬聰，聯同眾位演員搶先解讀劇中角色的內心世界，引領觀眾欣賞精彩的幕後花絮與煲劇焦點。