Mathieu a de plus en plus de mal à assurer l'ordre dans sa classe. Le proviseur exhorte le jeune professeur stagiaire à maitriser au plus vite la situation sous peine d'aller à la catastrophe. Mais d'autres problèmes captent son attention. À la suite d'une agression, on vient de découvrir que le lycée n'échappait pas à la dure réalité du racket. Sans le témoignage de la victime, Sélim, dont les parents refusent de porter plainte, aucune poursuite n'est possible. Mais faut-il pousser l'adolescent à identifier ses agresseurs, au risque de le mettre sous la menace de représailles ? Parallèlement, Antoine s'inquiète pour Vanessa, une de ses élèves, dont les résultats sont en chute libre et qui semble sur le point de faire une grosse bêtise... Quelques jours plus tard, en sortant du lycée, Malika et Mathieu voient deux garçons se jeter violemment sur Sélim. Ils tentent de lui porter secours mais l'un des agresseurs sort un revolver et tire à bout portant sur Mathieu...
Pendant que Mathieu gît sur son lit d'hôpital dans le coma, certains professeurs du lycée refusent de reprendre les cours pour bien marquer leur ras-le-bol face aux conditions de travail de plus en plus difficiles. Pourtant, à la suite d'un vote à main levée, tout le monde reprend la direction des classes. Quant à Antoine, toujours prêt à aider les élèves à résoudre leurs problèmes personnels, il découvre que Claire, 15 ans, est enceinte de son demi-frère. Sa femme, journaliste, qui se trouve ce jour-là au lycée pour faire un exposé, prend très mal l'attitude protectrice d'Antoine à l'égard de l'adolescente. Leur couple qui bat déjà de l'aile, n'en est que plus déstabilisé. De son côté, Malika est aux prises avec un cruel dilemme. Elle a reconnu l'un des agresseurs de Mathieu : c'est Karim, le frère de son ex. Doit-elle le dénoncer ? D'ailleurs un copain de Karim la menace de lui faire la peau si elle joue les «balances»...
Le cas de Claire, enceinte à 15 ans, a perturbé Antoine plus qu'il ne veut se l'avouer. En effet depuis cinq ans, sa femme et lui tentent en vain d'avoir un enfant. Et brutalement, elle décide, sans le consulter, d'arrêter tous les traitements. À l'infirmerie, Malika est alertée par le comportement obsessionnel d'une élève, Alice, qui se lave constamment les mains. Redoutant qu'elle ne soit maltraitée par son père, Malika en informe le proviseur. Malgré sa réticence, celui-ci finit par accepter de porter l'affaire devant le procureur. Peu après, Mathieu, complètement rétabli, fait son grand retour au lycée, lors d'une petite soirée donnée à l'occasion de mardi Gras. Mais la fête est gâchée par la découverte du corps inanimé d'Alice qui s'est aspergée d'eau de Javel...
Constatant un jour qu'Alexandre, l'un de ses élèves, n'a pas reparu au lycée depuis plusieurs semaines, Lisa mène sa petite enquête. Elle apprend qu'il gagne de l'argent en étant mannequin...
Un coup pris par Henri au cours d'une bagarre entre élèves devient prétexte à un conseil de discipline. L'enjeu n'est autre que l'exclusion définitive de Bakari, un élève ayant bien souvent posé des problèmes et qui semble surtout s'intéresser à ses petits « business » au sein du lycée, tels que la revente de téléphones mobiles volés...
Encouragé par Antoine et un autre professeur, Bakari a fait appel de la décision du conseil de discipline qui avait voté son exclusion. En attendant le verdict, il accepte de participer au match d'improvisation dont la préparation a occupé élèves et professeurs durant de longs mois. Mais le sort en décide autrement. Le corps du jeune homme, criblé de coups de couteau, est retrouvé dans une cave...
Au lycée Saint-Ex, la rentrée a été catastrophique. Pour protester contre les conditions inacceptables dans lesquelles travaillent leurs enfants, des parents d'élèves séquestrent le proviseur et demandent à voir le ministre de l’Éducation nationale. Par solidarité avec eux, Lisa, professeur de français, exhorte les professeurs à se mettre en grève. Bientôt une joyeuse désorganisation règne dans le lycée occupé, mais ce laxisme débouche sur des vols et du vandalisme. Élisabeth Ducros, le proviseur adjoint, en profite pour exiger l'intervention de la police. Cependant, le lieutenant Fougerolle s'efforce de temporiser. Sa présence quasi permanente à Saint-Ex lui permet de relancer Lisa, qui l'a toujours attiré. Une relation très physique s'établit entre eux. Au lycée, la tension s'accroît, d'autant plus que François Simonet, le nouveau professeur d'histoire, prend parti pour les parents d'élèves et enfreint son devoir de réserve en communiquant des informations à une journaliste, arrivée
Un atelier photo-vidéo est créé à Saint-Ex et Budzinski, l'un des parents d'élèves, est chargé de s'en occuper bénévolement. Peu après, François Simonet lui demande s'il veut bien prendre quelques photos d'une élève, Audrey. La jeune fille, dont le rêve est de devenir mannequin, est prête à tout pour avoir un press-book. Avec beaucoup de réticence, Budzinski finit par accepter. Mais bientôt, un incident préoccupant provoque à nouveau l'effervescence au lycée. Fatima, jeune élève musulmane, a décidé de porter le foulard à l'intérieur du lycée. Là-dessus, des photos d'Audrey, légèrement dénudée, sont découvertes. Mathieu, de retour à Saint-Ex, est confronté à une situation délicate. Toujours attiré par Malika, il observe avec agacement le manège de Rezah, qui tourne autour d'elle. Mais voilà que Stéphanie, son ex-fiancée, a brigué... et obtenu un poste de surveillante à Saint-Ex...
En entrant dans les toilettes des hommes, Mathieu entend des gémissements caractéristiques. Il lance à haute voix une remarque ironique et, aussitôt, un élève sort en hâte, suivi de près par un autre puis, quelques instants plus tard, par une adolescente. Dans la précipitation, elle a oublié sa petite culotte, mais affirme à Mathieu que ce sous-vêtement ne lui appartient pas. Très choqué, le jeune professeur alerte le proviseur, soulignant qu'il est certain que cette adolescente, Christelle, se prostitue et racole dans l'enceinte du lycée. Eugène ne voit qu'une solution : l'exclusion. Un autre professeur Ghislaine, est aux prises avec, un élève, Bruno, qui lui reproche d'avoir fait descendre sa moyenne en lui mettant deux zéros pour devoirs non rendus. Comme c'est l'époque des conseils de classe, Bruno insiste pour que Ghislaine soit moins sévère. Il tente d'abord de l'émouvoir en déclarant qu'il sera enlevé de sa famille d'accueil et remis en foyer s'il a des problèmes au lycée.
Pour célébrer Noël tout proche, José, le chef cuisinier, propose un repas de fête. Mais ceux qui ont fait honneur à la bûche sont bientôt pris de violents malaises. Victimes d'une intoxication, ils sont emmenés à l'hôpital. L'un d'eux, Abdu, un malien qui a agressé un professeur en pleine classe, l'accusant de racisme, est hospitalisé lui aussi. En cherchant ses papiers d'identité pour les donner au secrétariat de l'hôpital, Mathieu et Malika découvrent qu'il n'a pas de carte de séjour et risque d'être expulsé de France. Eugène, déjà perturbé par cette affaire d'intoxication, apprend que Margaux, la fille de Florence, sa secrétaire et désormais compagne, a été surprise en possession d'une grande quantité de haschich. Il est obligé de le signaler à la police et la jeune fille est emmenée au commissariat. Malika s'étonne des passages répétés à l'infirmerie de Richard, un élève sans problèmes. Par hasard, elle apprend que la mère de l'adolescent est décédée depuis six mois.
Malika n'est pas satisfaite de sa relation avec Mathieu. Elle souhaiterait qu'il s'engage plus. Lisa, elle, se sent très bien avec Fougerolle et leur bonne entente sexuelle suffit à la combler. Pour aviver leur plaisir ils fument quelques joints. Un soir où elle est venue s'approvisionner en hasch, dans un endroit indiqué par Malika, Lisa tombe sur Frédéric, un des élèves de sa classe. Raté pour l'anonymat ! Peu après, elle apprend par Fougerolle qu'une descente de police va avoir lieu là où elle a rencontré Frédéric. Estimant qu'une arrestation serait trop sévère pour lui qui n'est qu'un petit dealer de drogues «soft», Lisa s'arrange pour le retenir au lycée afin qu'il échappe à la rafle. Pendant ce temps, le cas de Leslie, dont les notes sont en chute libre, inquiète les professeurs. Elle finit par se confier à François Simonet. Son père est de retour après plusieurs années d'absence mais elle ne peut lui pardonner de l'avoir abandonnée.
Aurélien, le fils de Ghislaine professeur de langues, subit les attaques répétées de jeunes au visage dissimulé par des bonnets. D'autres élèves de sa classe, constituée de plusieurs fils ou filles d'enseignants, sont agressés. L'adolescent demande au proviseur d'intervenir, mais celui-ci a d'autres chats à fouetter. En effet, Fougerolle vient de lui signaler que le cimetière communal a fait l'objet d'actes de vandalisme à caractère satanique. Des élèves de Saint-Ex sont impliqués dans cette sombre affaire. Eugène s'inquiète aussi pour Margaux, la fille de sa compagne, Florence. Non seulement l'adolescente est agressive et insolente à son égard, mais elle semble sérieusement perturbée. Elle se bagarre dans les couloirs avec un élève, Arthur, et peu après s'évanouit. Quelques jours plus tard, elle disparaît. Ghislaine est persuadée que Bruno, l'élève qui l'avait menacée à plusieurs reprises, est l'agresseur d'Aurélien. Elle reproche à Eugène de se désintéresser de ce problème.
Claire et Benoît, tout jeunes parents d'un petit Antoine, ont bien du mal à concilier scolarité et vie de famille. Les professeurs se sentent d'autant plus concernés qu'ils ont soutenu Claire lorsqu'elle était enceinte, à 15 ans à peine, et qu'elle hésitait à garder le bébé. Un soir, Claire oublie de récupérer Antoine à la crèche. Ne sachant que faire, elle finit par amener le bébé au lycée, mais le proviseur adjoint refuse que Malika le garde, ne serait-ce que quelques heures. L'infirmière ayant bravé cette interdiction, Élisabeth Ducros menace d'alerter les services sociaux, au risque d'entraîner le placement d'Antoine dans un foyer. Malika et Lisa défendent vigoureusement Claire qui a eu le courage d'aller au bout de sa grossesse. Pour Lisa ce combat a valeur de symbole. Elle vient en effet de découvrir qu'elle est enceinte de Yann Fougerolle. Comme ils ont rompu, elle se demande si elle va lui en parler, et même si elle doit ou non avorter.
Tout commence par une étrange confidence. Sur la corniche d'un toit, prêt à sauter dans le vide, Etienne s'accuse d'avoir violé une camarade, la veille, avec sa bande de copains. Mais Audrey, la victime, nie farouchement. De plus, sa réputation de fille facile ne plaide pas en faveur du viol. Pourtant, en tentant d'obtenir les confidences d'Audrey, Lisa s'aperçoit que l'adolescente est paniquée à l'idée d'être abandonnée par ses amis. C'est la raison pour laquelle elle refuse de les charger. Aussi, malgré les hésitations et les revirements de la jeune fille, Lisa est certaine qu'Étienne n'a pas menti et qu'il y a bel et bien eu viol. Encore faut-il persuader Audrey de porter plainte et la préparer à la pénible épreuve qui l'attend. Transporté à l'hôpital à la suite de son combat de boxe catastrophique, Sébastien se remet peu à peu. Mais il est dégoûté et décide de tout arrêter : les études comme la boxe.
L'arrivée au lycée de Didier Le Guen, tout juste sorti de prison provoque des réactions mitigées. Son aura de délinquant lui attire des admirateurs, à commencer par Pascal, une forte tête qui aimerait bien l'entraîner dans ses combines. Mais l'administration et les profs se méfient de lui. À la suite du vol d'un appareil photo numérique prêté par M. Budzinski, les soupçons se portent sur l'ex-taulard. Et,lorsque Mathieu est agressé par un individu cagoulé qui lui vole sa superbe moto BMW flambant neuve, plus personne n'a de doute. C'est forcément Didier qui a fait le coup. Le jeune homme a beau nier farouchement, il est convoqué chez le proviseur au beau milieu d'une épreuve du bac blanc. Pendant ce temps, en corrigeant les copies des élèves de son collègue Ducasse, François relève des phrases suspectes concernant les camps de concentration nazis. Convaincu que Ducasse manipule les adolescents et les pousse à l'antisémitisme, il tente d'alerter ses collègues qui refusent de le suivre.
Bertrand Ducasse, professeur d'histoire, a longtemps caché son jeu. Mais, cette fois, il ne peut plus dissimuler ses opinions politiques : il figure sur la liste électorale d'un parti d'extrême droite. Le proviseur et son adjoint, au nom de la liberté d'expression, ne peuvent sévir bien qu'Eugène manifeste clairement son mépris à l'égard de Ducasse et des thèses qu'il soutient. Bientôt, la nouvelle se répand comme une traînée de poudre. Pour François, qui avait tenté sans succès d'alerter ses collègues sur l'influence néfaste de Bertrand auprès de ses élèves, c'est une victoire. Mais elle a un goût amer. Et il se sent vaguement responsable lorsque Ducasse, tabassé par des jeunes à l'extérieur du lycée, se retrouve à l'hôpital. Dans la classe de Mathieu, les élèves ont choisi un autre bouc émissaire. C'est Gérald, un ado marginal venu de la DASS, qui ne parle que de réincarnation et se lave, apparemment, très rarement. Mathieu, en personne, l'a surnommé « le dalaï-lama».
Lisa a l'idée d'organiser une sortie en forêt de Fontainebleau, avec un jeu de piste « culturel. » Mathieu, chargé avec quelques autres professeurs de l'encadrement des élèves, demande à Malika de se joindre à eux, mais l'infirmière refuse. Depuis quelque temps, en effet, leur relation s'est détériorée. En voyant s'éloigner le car qui emmène la petite troupe, Eugène éprouve un sombre pressentiment. Pourtant, la journée commence dans la bonne humeur. Très vite cependant, deux ados, David et Damien, s'attaquent à Gérald, leur souffre-douleur. François le défend, mais la reconnaissance maladroite que lui manifeste l'adolescent finit par l'exaspérer et il prend ses distances. En fin de journée, le groupe, rejoint par Félix, le prof de gym et Malika, se réunit dans une abbaye désaffecté pour se détendre. C'est le moment que choisissent David et Damien pour entraîner Gérald dans la forêt et l'humilier en l'obligeant à se déshabiller entièrement. François le retrouve en pleurs.
Lisa a été transportée d'urgence à l'hôpital. Elle est encore très choquée mais son bébé est sauvé. À Saint-Ex, l'ambiance est électrique. Les conséquences de la sortie catastrophique en forêt apparaissent maintenant dans toute leur ampleur. Les parents adoptifs de Gérald ont décidé de porter plainte nominativement contre le proviseur pour non assistance à personne en danger. L'affaire va certainement être transmise au Parquet et Eugène, pourtant absent au moment des faits, risque gros sauf s'il peut prouver que d'autres collaborateurs, notamment les professeurs présents durant l'excursion, ont aussi une part de responsabilité. Henri, quant à lui, tente désespérément de se sortir la jolie Leslie de la tête. Mais le souvenir de leur intense face à face lors de la sortie en forêt de Fontainebleau l'obsède. Incapable de résister plus longtemps, il lui donne rendez-vous à Paris et ils passent la nuit ensemble...