第1話「おかえり、鴨川！」

As Madoka contemplates her career options, Lan is on a space station being experimented on by her brother, Dizelmine. Just then, the station is attacked by the De Metrio army, led by Muginami, forcing Lan and the Le Garite army to retreat. The next day, as Pharos appears in Kamogawa again for an intergalactic conference, Madoka finally reunites with Lan, who takes her to Pharos asking her to pilot Midori again. As Muginami is seen approaching Pharos, intending to stop Madoka from piloting Midori, Lan engages her in battle, believing she intends to kill Madoka. As Madoka objects to the fighting, she manages to get Midori working again and enters the fray.

　鴨川で、まどか、ラン、ムギナミが別れて数ヵ月後。レ・ガリテの王女に戻ったランは、兄のディセルマインが進める秘密の実験に参加していた。その実験施設を襲うのは、デ・メトリオのオービッド部隊！　その中には、ムギナミの乗るウォクス・イグニスの姿もあった……。 　 　一方、ふたたび夏を迎えた鴨川。高校三年生に進級したまどかだが、いまだ自分の進路を決められず、ジャージ部の同志、ランとムギナミと離れて暮らす日々に寂しさを感じていた。そんなある朝、何の前触れもなくランが鴨川の浜辺に現れた。再会を喜ぶまどかに、ランは真剣な表情で「もう一度アウラに乗って欲しい」と告げる。 　宇宙規模の国際会議のために鴨川に戻ってきたファロスへとまどかを連れて行くラン。そのとき、所属不明のオービッドがファロス上空にあらわれた。ウォクス・イグニス……ムギナミだ！　「ムギナミも帰ってきた！」と喜ぶまどかだったが……