As a girl named Madoka Kyono rescues a girl from drowning, she finds her school uniform missing and later returned by a strange girl. Later that night, Madoka is questioned by her sister about something. The next day, Madoka once again meets the girl, who introduces herself as Lan and asks Madoka to pilot a robotic aircraft at an offshore base. As Madoka touches the aircraft and experiences a flashback of sorts, a robot from outer space appears and attacks the base. Lan reveals herself to be an alien sent to protect Madoka and the aircraft, the two of which are linked together. Madoka agrees to pilot the aircraft, which responds to her emotions and changes into a robotic form to fight against the enemy robot, defeating it using Madoka's knowledge of club activities.
青い海の広がる千葉県・鴨川市。
青い海に、カモメの舞う千葉県・鴨川市。京乃まどかは、鴨川女子高等学校・ジャージ部ただ一人の部員として、人命救助から部活の助っ人まで、今日も朝から大忙し！明るい人柄でみんなから頼りにされるけど、部員が一向に増えないのが悩みのタネだ。
そんなまどかの前に現れた、謎の美少女ラン。ジャージ部に興味を示し、あっさり入部したランは、同志ができたと感激するまどかに問いかけた。「あなた、ロボットに乗れる？」 ランとまどかが向かった先は洋上プラント“ファロス”。そして、その奥には、光り輝く翼を持つ機体“ウォクス・アウラ”があった。さすがに戸惑うまどかだが、ついにウォクスに乗り込む。ランに鴨川の名所を案内したいという、まっすぐな一心で！
その時、衛星軌道上からファロスに接近する物体があった。ウォクスに乗り込み、大空へ飛び立つまどか。ジャージ部魂で戦うまどかはウォクスに秘められた力を引き出し、鴨川を守ることが出来るのか！？
