小学５年生の女の子 星ノ川はるかは、大好きなじーじと一緒にアンティークショップの手伝いをしながら「桜町まもり隊」としてコッソリと町の人たちの笑顔をまもる活動をしていた。ある日、小さいころにじーじから貰ってずっと大切にしていた桜リボンから、モノのかみさま"ここたま"が生まれた！名前はリボン。はるかがリボンに触れた時、目の前にフシギなカギが現れて…！？
はるかとリボンは、「桜町まもり隊」として、夜にぐっすり眠れるようになりたいという少女の願いをかなえるため活動をすることにした。しかし、リボンが魔法を使ってもなかなかうまくいかない中、はるかが大切にしていた枕から新たなここたまが・・・？
リボンとピローは、はるかが学校に行っているあいだに、感謝の気持ちとして部屋をキレイにすることに。はるかがいつもお茶を飲んでいるマグカップを片付けていると、突然マグカップが光りだし、新たなここたまが飛び出した！
「アンティークショップは大忙し？」 アンティークショップSAKURAの店番をがんばるはるか。一方リボンたちここたまは、お客さんに見つからないようこっそりカギ穴を探そうとするが…？ 「お母さんをすくえ！」 リボン、ピロー、ちゃこの３人は、何やら思い悩んでいるはるかの母・みどりのお手伝いをすることにした。
はるかたちの目の前に突然現れたここたま・ルビーは、１年ほど前に生まれて、一人でここたま活動をしていた。ルビーは、リボンが生まれてから起きたフシギな変化について話し出す。
はるかたちが店番をしていると、新たなここたま・マルメが木馬に乗って現れた！ものしりなマルメは桜町に起きた異変に気づき、そのナゾを突き止めるため、図書館で調べものをして帰って来たのであった。
ここたまキャッスルにいるここたまが、リボン、ピロー、ちゃこ、ルビー、マルメの個性豊かな５人になり、みんな一緒にいると楽しい発見がある一方で、ささいなことをきっかけにケンカをしてしまう。
「キノコがいっぱい採れますように」という願いを叶えるため、山へやってきたはるかとここたまたち。キノコを探しているうちにはるかとはぐれてしまったリボン、ピロー、ちゃこは新しいここたま おジョウに出会う。
「おジョウが山からやってきた！」 おジョウはリボンたちに会うため、山からおりてここたまキャッスルへ行くことにした。しかし、おジョウは都会へやってくるのがはじめてで…？ 「スマイルゲット大作戦」 「赤ちゃんが笑ってくれますように」という願いをうけとったはるかとリボンたち。さっそくそのお家へいってみると、そのお母さんの表情に解決のヒントがあった。
はるかの家族と一緒に町のレストランへやってきたリボンたち。こっそりとレストランの中を探索していると、うっかり人間にみつかりそうになったところを、助けてくれるここたま パントニオが現れた！
「ナナメはどーこだ！」 ここたまタウンを完成させる次の手掛かりは「ナナメ」のモノと分かる。はるかやリボンたちは手分けして町中の「ナナメ」から鍵穴を探すのだが…？ 「さよならは言わないで」 商店街の喫茶店が今日で閉店という事で、「お別れパーティー」ならぬ「またすぐパーティー」を開きそのお手伝いをするはるかたち。そこで”特別なお客様”のために使っていたというティーポットに出会う。
ついにここたまタウンにレストランがやってきた！リボンたちここたまはみんなワクワクしていたものの、誰も料理をつくれないことに気付く。そこで思いついたのは、町のレストランで出会ったここたま パントニオ。さっそくここたまタウンへ来てもらうようお願いに行ったのだが…？
「ちゃこ、ウェイトレスになる」 リボンたちのリクエストに答えて次々に料理をつくるパントニオ。ちゃこはそれをお手伝いする事にしたのだが、くいしいん坊なちゃこは一生懸命はたらきつつも…？ 「星の旅人スコープ」 ピローがひとりでゆっくりお昼寝しようと桜の木の根元へくると、そこに見知らぬここたまが現れる。旅とソラを愛するというスコープは、前にも桜町へ来たことがあるという。
「ここたまキャンプだホイ♪」 ここたまタウンにスコープとおジョウが遊びにやってきた！せっかくなのでお泊り会をして、みんなでキャンプファイヤーや出し物を楽しむことにした。 「えがおを届けるコンパクト」 桜町まもり隊の活動の途中で、リボンが隠れているコンパクトが間違って持っていかれてしまった。はるかたちと離ればなれになってしまったリボンだったが…？
隣町からやってきたタキシードのここたま・タキッシーとドレスのここたま・ドレッシー。２人はハッピースターを追ってここたまキャッスルにたどり着く。そのゴージャスさにひとめ惚れし、自分たちのものにしようとリボンたちを追い出すある作戦を仕掛けることにした。
ここたまタウンでクリスマス会をすることにしたはるかとリボンたち。みんなでクリスマスツリーやここたまタウンを飾り付けしていると、それを物かげからコッソリとタキッシーとドレッシーもみていて…！？
「リボン、はたらきます！」 ここたまレストランで頑張ってはたらくちゃこを見て、自分もはたらいてみたくなったリボン。リボンは、せいいっぱいここたまレストラン、ここたまホテルでお仕事をしてみるのだが…？ 「さよならリボン」 リボンは、はるかに「伝説のここたま契約者失格」といわれる夢をみてしまう。夢でよかった…と思っていた矢先、はるかが一人で“ある事”をつぶやく姿を目撃してしまう。
はるかたちは、３人の赤ちゃんここたま ツー・ミー・キーと出会う。初めて出会う赤ちゃんここたまにメロメロになり、一生懸命お世話をするここたまたち。保育園のつみきから生まれた ツー・ミー・キーはある目的があって外へ出たのだが…？
桜町まもり隊として、アクセサリーショップのお手伝いをするはるかたち。一件落着！…と思っていたところにトラブルが発生する。どうしたものかと悩んでいると、フシギなカギがはるかが大切にしている宝石箱に反応して・・・？
「ステキなお医者がやってきた！」 ある日リボンがめざめると、ここたま固有の病気『こまっくり』にかかってしまっていた。こまっくりはここたまのお医者さんにしか治せないというのだが、そこに現れたのは…！？ 「さがし物ならここったま！」 今日の桜町まもり隊のターゲットは、はるかの友達のあおい。なくしてしまった大好きなバンドのライブの応募券を、はるか・あおい・みく、そしてリボンたちも一緒になって町中を大そうさくする。
バンドのボーカルが悪い風邪にかかり、ライブが中止となってしまった。落ち込むあおいのためにも、何とかしてあげたいと思っているところに、ここたまのお医者さん、ドクドクターとナーチュが現れる。
「お薬なんて大キライ！」 お薬に関する願いを受け取り、ドクドクター、ナーチュと一緒に保育園へやってきたはるかたち。そこでは赤ちゃんここたまのツー・ミー・キーも心配そうにしていた。 「スイーツめしあがれ」 今日こそここたまキャッスルを奪おうと、ここたまタウンにやってきたタキッシーとドレッシー。そこではパントニオがたくさんスイーツをつくっていて…！？
はるかが学校のマラソン大会にむけて練習をしていると、お気に入りのスニーカーから新しいここたま・らんにんが生まれた！運動神経バツグンのらんにんと、特訓をしていると、そこにはるかの友達のみくが現れて…！？
「ツーが消えた！？」 保育園へここたま活動をしに出かけたドクドクターと赤ちゃんここたまツー・ミー・キー。しかしその途中、ドクドクターがちょっと目を離した隙にツーが姿を消してしまった。 「がんばれ はるかお姉ちゃん」 『やさしいお姉ちゃんがほしい』という女の子の願いを叶えるため、はるかはその子の「一日お姉ちゃん」になることにした。
「ナーチュ ママになる！？」 ツー・ミー・キーが大好きなのに、なかなかなついてもらえない事に悩むナーチュ。そんな時、「ダー」と「シー」と名乗る赤ちゃんここたま(？)が現れる。 「はしれ！ここたまバス」 家族でご近所さんの引越しを手伝うこととなったはるか。そこには悲しげな女の子がいた。リボンたちの魔法を使ってなんとか笑顔にしてあげようとするのだが…！？
雨が降った次の日の朝、リボンたちが目覚めると傘から生まれたばかりのここたま・アメリが現れた。リボンたちはアメリにここたまタウンを案内するが、なぜだかアメリは不満そう。その訳をきいてみると…？
「リボンとアメリ、はたらきます！」 新しく桜町まもり隊の仲間に加わることとなったアメリは、リボンと一緒にここたまタウンでお仕事体験をすることにした。しかし最初は自信満々なアメリだったが失敗が続き…？ 「伝説のここたまタウン」 ここたまタウンを完成させればきっと桜町の桜が咲くはずだ、と気合を入れて最後の建物を探すはるかとリボンたち。手がかりを頼りに町中を探していると、ある少女に出会う。
今度こそ桜を咲かせようと、はるかたちは今まで以上にみんなで頑張るのだが、ここたまタウンの最後の建物さがしも、桜町まもり隊活動もうまくいかない。みんながヘトヘトになっているところに、見たことのない陽気なここたまが現れた。
ここたまタウンの最後の建物がみつかったが、桜は咲く様子がない。それならば、とあせって桜町まもり隊活動をもっと頑張ったはるかは、失敗続きで落ち込んでしまう。そんな中、ふと目を覚ますとカギもリボンたちも姿を消してしまっていて…！？
はるかとリボンたちここたまが協力した桜町まもり隊活動のおかげで、桜町の人々に笑顔がもどってきた。そして今回、桜の木には元宇宙飛行士からのお願いが。その願いを叶えるためには、ここたまたちが一丸となって力を合わせる必要があった。
ついに桜の木から願い事の紙が落ちてこなくなってしまった。それならば、とはるかとリボンたちは毎日桜町を歩きまわり、桜町まもり隊の活動を続けていた。しかしそれでも行き詰まりを感じていた時、突然目の前に謎のたまごが現れた！そして未来からきたここたまニッキーが登場し大切なメッセージを受け取る。
「びっくり！たまごのヒミツ」 リボン、ピロー、ちゃこの３人がそれぞれ魔法を使ったとき、魔法がふしぎなたまごに吸い込まれてしまった。何が起きているのか調べようとしていると、そこに影浦さんが現れて…！？ 「まてまてたいほだ！パトルパト！」 はるかたちが新しいここたまを探していると、フシギなカギが反応した先でパトルというパトカーからうまれたここたまと出会う。パトルは、とある”おおどろぼう”を追って桜町にやって来たという。
アメリは、ここたま遊園地で遊びたいあまり桜町まもり隊の活動をサボってしまう。アメリには傘から生まれたここたまならではのある思いがあったのだが、そのことを誰にも言えずにここたまタウンを飛び出してしまう。
アンティークショップに占い師の影浦さんが現れ、今日どうしてもここたまキャッスルのオルゴールを買いたいという。はるかはそれを阻止するべく、リボンたちここたまの力を借りつつ、なりゆきで「霊感小学生」となってここたまキャッスルを守る。
「ティアラのかみさま ティアですわ」 ある日、はるかとリボンたちが外から帰ってくると、そこには上品で輝くティアラから生まれたティアと、そのしつじセバスチャンがいた。リボンたちはティアにここたまタウンを案内することにした。 「ホタルをさがして」 町内会のキャンプにやって来たはるかたち。そこで迷子になってしまったのを助けてくれた少年・れおにはある願いがあり、ここたまみんなでその願いを叶える手伝いをする。
なかなか桜町まもり隊の活動がうまくいかない中、ニッキーに相談しようとすると、ニッキーから桜町の桜とここたまタウンにまつわる衝撃の事実が語られる。
「ぐーすかぴーすか、ねむりたい」 桜町を救う方法をずーっと眠りながら考えていたピロー。あまりに長く寝てしまったため今度は眠れなくなってしまう。そこでピローは寝ているリボンたちに次々と声をかけるのだが…？ 「お姫様になりたくない！？」 ティアとおジョウが優雅にアフタヌーンティをしていると、桜町まもり隊出動の合図が出た。しかしそこにははるかたち桜町まもり隊の姿はなく、ティアはおジョウを誘い一緒に２人で出動することにした。
「ここたま警察２４時」 ある日ここたまキャッスルにある紙切れが舞いおちた。その紙に書かれた内容を見たパトカーのここたまパトルは、大怪盗タキッシー・ドレッシーの予告状であると判断して立ち上がる！ 「ちゃことガミガミおじいさん」 子どもたちを想う優しいおじいさんの願いを受け取ったはるかたち。しかし、実際に会ってみると怒ってばかりで別人のよう。しかしちゃこだけはそのおじいさんの様子に気づいて…？
「ころったまで、大パニック」 ここたまタウンで、ここたまたちの性格が変わってしまう病気「ころったま」が流行してしまう。医者として治療に踏み込んだドクドクターとナーチュだったが…？ 「輝け！アイドルここたま マイン」 願いを受け取り、桜町まもり隊がやって来た先には、ステージ本番前で不安そうなご当地アイドルがいた。そしてその近くにおめめぱっちりなアイドルここたまも現れ・・・？
「アイドルモード オン！」 マイクから生まれたアイドルここたま・マインは、間近にせまるキャッスルライブに向けて、猛練習をしていた。その姿を見たパトルはマインを応援することを決意する。しかし、それを見たタキッシー&ドレッシーが思いついたのは…！？ 「めざせ！宇宙！！」 久しぶりにここたまタウンへぼうえんきょうから生まれたここたま・スコープがやってきた。スコープには「いつか宇宙を旅する」という夢があった。それならば、とピローはマルメもまきこんでロケットづくりをしてみることにした。
まほうのたまごが、突然目の前から消えてしまった！リボンたちここたまがあわてて店中を探していると、また、まほうのたまごがどこからともなく現れ、中からなんと本物のニッキーが現れた！！
「ニッキーの忍者修行」 未来からきたニッキーは、たくさん未来の便利な事を教えてくれるが、ニッキー自身は「昔のモノ」が大好きだという。ニッキーは憧れの「忍者」であるらんにんに弟子入りをお願いし「忍者体験」をする。 「力をあわせて！お料理教室」 はるかは、母・みどりが開くお料理教室を手伝うことになった。リボンやルビー、パントニオたちも影からコッソリお手伝いをしようとしたら、そこにマイナスパワーの花びらが現れて・・・！？
今日ははるかの誕生日！リボンらここたまたちは、はるかに気づかれないようにとびっきりのプレゼントを用意していたのだが、そのプレゼントではるかに思いもしない出来事が起きる。
はるかとリボンたちがいつものように桜町まもり隊の活動をしていると、目の前に新しいここたま・パシャリが現れた！カメラから生まれたパシャリは、桜町の異変に関するある特ダネを追っていると語り出す。
「おしりチャンピオン！決定戦」 誰が一番ここたまタウンでおしりパンチが強いか決めることになった。参加者はゲッチョム、らんにん、ちゃこ、パントニオ、そして謎の覆面おしりマスクＸ。それぞれの思惑を抱えながら、決戦の火ぶたがきって落とされる！ 「ここたま新聞をつくろう！」 パシャリが撮る写真を使って、ここたまタウンを紹介する新聞をつくることにしたリボンたち。たくさんここたまが来るよう願いを込めて町中に新聞を貼った結果は…？
「帰ってきたセバスチャン」 プリンセスここたまのティアを、執事であるセバスチャンが元々住んでいた国に連れて帰ろうとここたまタウンに再び現れた！ティアをタウンに引き留めるためリボンたちはある作戦を思いつく。 「大ピンチ！はるかを救え！」 大量のマイナスパワーの花びらがはるかに取りついてしまった。はるかを助けるため、リボン、ピロー、ちゃこ、らんにん、アメリの桜町まもり隊みんなで力を合わせて立ち向かう。
「とっくん！合体魔法」 合体魔法をより強力にする研究をへとへとになりながらも頑張るニッキーをみて、リボンたちも何か力になれないかと、みんなで合体魔法のとっくんをすることにしたのだが…？ 「対決！マイナスパワーの木」 ついに、マイナスパワーの本体を見つけたはるかたち。これを退治すればきっと桜町はもとの幸せな町に戻るはず…！さっそくパワーアップしたまほうのたまごを持って立ち向かう。
「うばわれた ここたまキャッスル」 またここたまキャッスルをうばいに来たタキッシーとドレッシー。…と思いきや、二人のアジトは金ぴかのお城になっていた！しかも中はもっとゴージャスと聞き、リボンたちは一日だけここたまキャッスルと交換することにしたのだが…！？ 「どこにあるの？ここたま界」 マイナスパワーに対抗するには、「ここたま界」へ行くしかないと判断したマルメとニッキー。二人は他のここたまたちの力もあわせてアレやこれやとここたま界へ行くための方法を試すことにした。
はるかとリボンたち桜町まもり隊は、ついにここたま界へ！そこで出会った自分を「偉～い仙人」だという一人前ここたまから、桜町に起きた異変とマイナスパワーのヒミツをきくことになった。
オルゴールのここたま・シンフォニーら一人前ここたまたちから、「伝説のここたま契約者」にふさわしいかどうか試されることになってしまったはるか。リボンたち桜町まもり隊の７人は、1人ずつ一人前ここたまと対決することに！
「ツーミーキー、魔法のたびへ」 ツー・ミー・キーの３人が魔法のたまごで遊んでいると、タイムマシーン機能が作動してしまい、３人が別の時間に飛ばされてしまった。 「ここたまタウンが大混乱！？」 マイナスパワーに打ち勝つために、ここたまをたくさん集めたものの、ここたまタウンにここたまがあふれてレストランや遊園地、クリニックが大混雑になってしまった。このピンチを解決すると、リボンが自信マンマンで立ち上がったのだが…？
目標のここたま100人まであと少し…という時に、桜の木がかなり弱って寿命も間もないことが判明する。はるかやリボンたちここたまで一生懸命桜の木を元気にしようとしていたものの、なかなか効果がでず悩んでいたところに現れたのは…！？
桜町のマイナスパワーに対抗するのに必要な、ここたま100人までついにあと2人となった！そこに現れたまだ登録をしていないタキッシー＆ドレッシー。2人はリボンたちに協力してタウンに登録するという約束のかわりにトンデモナイ条件をつきつけてきた！
いよいよマイナスパワーとの決戦に向け、はるかとリボンたち桜町まもり隊をはじめとしたここたま100人たちは一致団結する。ここたま100人分の魔法をためたフシギなたまごをはるかに託し、リボンたちはここたまタウンで待機することになったが、はるかのことが気になって…？
ついに、はるかとリボンたちはマイナスパワーと直接対決を繰り広げる。しかし、ここたまタウンではここたま達にピンチが訪れてしまう。そこに現れたのは、”あの”ここたまたちだった！はたして、「桜が咲かない町・桜町」に桜は咲くのか。桜町まもり隊の運命は…？！