深夜、京都市内の中古品買取店で、時価500万円の純金の延べ棒が盗まれる事件が起きた。事件当夜、偶然店の前を通りかかり、怪しい男を見かけた時矢暦彦（沢村一樹）は捜査の行方が気にかかる。 店長・高沢真浩（弓削智久）から防犯カメラが作動していたことを聞き、時矢も佐相智佳（瀧本美織）も安心するが、そこへ現れたのはサイバー犯罪対策室の主任・但馬正樹（野間口徹）。但馬は、時矢たちにこれは単純な窃盗事件ではない、と言い放つ。 但馬にうながされ、防犯カメラ映像を確認すると、金の延べ棒が空中を浮遊して画面から消える映像が残されていた。まさに“透明人間”の犯行のように見える映像に、時矢と智佳は驚くばかり。実は、この店が警備会社から導入している防犯カメラは、年齢や性別などの条件を設定すれば、その条件に合致する客を映像から消すことが可能なものだった。つまり犯人は警備会社のシステムに外部からハッキングし、自らが映らないように条件を設定。同時に通用口のロックや非常ベルを解除して店内に入り、堂々と延べ棒を盗み出したのだ。但馬は前代未聞のハッキングによるサイバー犯罪と位置づけ、13係も捜査に参加することになった。 この防犯カメラ映像解析ソフトの開発者でもある警備会社社員・北浦菜月（西原亜希）も全面協力を申し出るが、その矢先、店で高沢が殺害される事態が発生して…!? また、時矢はまったく覚えていなかったが、3年前、一時だけ13係で時矢とコンビを組んでいた但馬は、なぜか時矢に強い恨みを持っているようで…!?