Vankikarkureita paikantava FAST-poliisiyksikkö, johtajanaan Karita Tulikorpi (Pirjo Lonka), lähtee karismaattisen ja vaaralliseksi luokitellun kolmoismurhaajan (Mikko Leppilampi) perään. Aikaa on 48 h ennen kuin jälki menee kylmäksi.
Ovela identitteettivaras (Vera Kiiskinen) jättää palaamatta vankilomalta ja naisen pakomotiivi on epäselvä. Samalla Karita totuttelee ryhmän uuteen jäseneen Tommiin (Pelle Heikkilä), joka on tullut tuuraamaan kadonnutta tiimiläistä.
Karkuri on vanhan koulukunnan herrasmiesrikollinen, jonka impulsiivisuus aiheuttaa ongelmia. Tiimin konkarijäsen Pertti (Matti Onnismaa) ei jaa kaikkia tietojaan Karitalle, joka samalla kipuilee kadonneen tiimijäsenen takia.
Karkuri on kummituksen tavoin liikkuva palkkamurhaaja, joka näyttää olevan yksikön jäsenen perässä. Tiimin nuorin jäsen Lori (Anna Böhm) joutuu näytönpaikkaan. Pertti lähtee Ruotsiin selvittämään kadonneen tiimiläisen mysteeriä.
Pidätysmääräystä pakoileva joogaguru (Antti Reini) on Karkuriyksikön tähtäimessä. Tuore tiimin jäsen Santiago (Deogracias Masomi) ottaa peitepoliisin taitonsa käyttöön. Lori tunnistaa Karitan luo tunkeutuneen murtovarkaan.
Koulukodista karkaa teini-ikäinen tyttö, jota epäillään henkirikoksesta. Etsintää hankaloittaa se, että tyttö on liivijengin pomon (Veeti Kallio) tytär. Keissi koskettaa erityisesti omien tyttäriensä kanssa kipuilevaa Tommia.
Ruotsin puolelta karkaa Suomeen vanki (Ilkka Villi), jonka pelätään haluavan kostaa rikoksensa todistajalle. Karita selvittää pakoa Ruotsin päässä ja saa samalla kadonneesta kollegastaan selville yllättävän tiedon.
Karkuri on taparikollinen, joka vakuuttaa syyttömyyttään murhaan, josta hänet on tuomittu. Pertti kiinnostuu murhatun leskestä (Sari Havas), eksentrisestä romanssikirjailijasta. Karita kokee järkytyksen.
Vankilasta karkaa viisi vankia, joista kahden outo ja absurdikin toiminta saa tiimin hämilleen. Karitan on vaikea keskittyä töihin uudessa tilanteessa, minkä Tommi huomaa. Samalla vaara lähestyy koko tiimiä.
Karkuriryhmä keskittyy etsimään tiimin jäsenen kidnapattua poikaa. Kiire kasvaa, kun tilanne eskaloituu kansalliseksi vaaratilanteeksi. Kaiken lisäksi Karitan vanha tuttu aiheuttaa yllätyksen.
Tiimi yrittää jäljittää vaarallista jengiläistä. Peitetehtävissä olevat Tommi ja Santi joutuvat kohtaamaan vankilaelämän varjopuolet. Karitaa piinaa pakkomielle tuttuun sarjamurhaajaan.
Vankilajengin tilaama palkkamurha täytyy estää - vain tekijä, kohde ja motiivi puuttuvat. Pertti yrittää auttaa lapsuudenystäväänsä. Karkureiden toisella kaudella käsitellään turvallisuuden teemaa, niin käytännön kuin mielen tasolla.
Lori bongaa sattumalta oikeuspsykiatrisesta sairaalasta paenneen karkurin. Karita joutuu vaikeuksiin Eelin takia ja joutuu pelkäämään työnsä puolesta.
Karkuritiimi selvittää koulukodista karanneen teini-ikäisen pojan tapausta. Vaakalaudalla olevan Karitan stressi kasvaa ja keissi saa pian synkkiä käänteitä. Eelin epätoivo konkretisoituu.
Naisvankilan joukkopako pitää yksikön kiireisenä ja vaarallinen sarjamyrkyttäjä on vapaalla jalalla. Karita ei halua enää yhtään ruumista vahtivuoronsa aikana. Eelin syyllisyys kasvaa.
Karita alkaa epäillä poliisintaitojaan, kun hän ei onnistu paikantamaan karkureita. Karita joutuu vaikean päätöksen eteen. Eeli salailee totuutta. Karkureiden toisella kaudella käsitellään turvallisuuden teemaa, niin käytännön kuin mielen tasolla.
Interpolin etsintäkuuluttaman miehen epäillään suunnittelevan iskua Suomeen, mutta kaikki karkuritiimistä eivät ole vakuuttuneita viranomaistiedosta. Santin epävarmuus saa yliotteen.
Haavoittunut karkuri jatkaa pakoaan. Santin sympatiat ovat karkurin puolella, mutta Karita haluaa tiimin noudattavan sääntöjä. Tommin tytär Bianca on vaikeuksissa ja tarvitsee apua.
