聖都大学附属病院で小児科に勤務する宝生永夢(ほうじょう・えむ)は、人の命を助けたいと願い、医者の道を選んだ。かつて自分自身も手術によって命を救われた経験があったからだ。研修医として日々奮闘する永夢だったが、気持ちばかりが先走ってドジを繰り返し、医者なのに怪我ばかりしていた。そんな中、永夢が担当する患者である颯太の身体に見たことのないウイルスを発見する永夢。それこそが衛生省が極秘に扱っていたバグスターウイルス=コンピューターゲームから発生したウイルスだった。衛生省から派遣された明日那は、永夢を颯太の担当から外しこの件に関わらないように告げるが―――。
Emu, a clumsy pediatrics intern takes young Sota, who is suffering a mysterious illness, to the announcement event of the latest "Mighty Action X", Sota's favorite game. Emu became a medical doctor in order to save someone's life because his life had been saved once through surgery.
However, a mysterious virus emerges from Sota's body and the event turns into chaos. Emu hears from Asuna, an employee of the Ministry of Health, that transforming into a Kamen Rider can save the patient. Emu takes on this "operation" and inserts the Mighty Action X Gashat into the Gamer Driver, transforming into Kamen Rider Ex-Aid!