巷で噂の幽霊列車。それを探るためモモタロスたちが行動を開始するが、その前に「仮面ライダー幽汽」が立ちはだかる。しかもその体には、誘拐された良太郎が使われていた。幽汽の猛攻に侑斗が重傷を負う中、装いも新たなデンライナーで駆けつけたのは、新しい電王を名乗る戦士だった！良太郎を誘拐して幽汽に変身させ、生と死の時間を入れ替えようと画策する謎の男・・・。新たな敵を相手に、良太郎が最後の戦いに挑む!!
Taking place after the events of series, the Tarōs and Kohana go out of the DenLiner for a day to visit Ryotaro and Airi after their parting in the aftermath of their battle with Kai. However, they see the mysterious Ghost Train that has been mentioned in urban legends as Momotaros and gang are then attacked by two evil Imagin and Kamen Rider Yuuki Skull Form.
