大都会の人込みを必死に逃げる青年・南光太郎。彼を追う３つの不気味な影は、暗黒結社ゴルゴムの大神官ダロム・バラオム・ビシュム。ダロムは光太郎が世紀王ブラックサンであると告げるが、光太郎は信じることが出来ない。「お前の体は人間ではない。その証拠を見せてやる。」痛め付けられた光太郎は、三神官の前で仮面ライダーBLACKに変身した。
南光太郎＝仮面ライダーBLACK。だがゴルゴムは彼を世紀王ブラックサンと呼ぶ。なぜ、何のために選ばれ改造されたのか？秘密を知る女・月影ゆかりにヒョウ怪人の黒い影が迫る。
SL列車から乗客が消えた。ゴルゴムの仕業と知った南光太郎は、残された少年の証言によってクワゴ怪人を追う。そこには大神官ビシュムの壮大な計略が待ち受けていた。
オートバイレーサー速水徹。黒松教授の甘い誘惑に乗った速水はレースでの優勝と引き換えにゴルゴムの暗黒の淵へと引き込まれていく。妹・恵子の目の前で野獣と化していく速水の体。今、恵子の涙が光太郎の心に怒りの炎を点した！
夜道を走る1人の放浪者、茜（あかね）。茜の故郷はゴルゴムの陰謀によって今や悪魔の里と化してしまった。村に響き渡るヤギ怪人の不気味な呪文。急げ光太郎！平和な里からゴルゴムの暗い闇を吹き払え！
オオワシ怪人によって連れ去られた青年・高野。画家を目指す彼は、ゴルゴムのによってコンピューター戦争の戦士に仕立て上げられていく。次々と消滅していくスーパーコンピューターの回路図。今、オオワシ怪人の眼光は光太郎の姿を捉えた。
ゴルゴムに操られた青年・森田を救うためバトルホッパーを駆る仮面ライダーBLACKだが、サイ怪人の猛攻の前にバトルホッパーは傷つき、倒れた。立て！我が友バトルホッパーよ！もう一度あの爆音を聞かせてくれ！
音楽を通して心を通わす英男と百合。だが百合の奏でるバイオリンはセミ怪人の手によって恐ろしい怪音波に変えられてしまった。立て！光太郎。ゴルゴムの侵略は音楽を愛する百合の心までも侵そうとしている。
ストリートクィーンを巡って争い合うかおると悦子。ゴルゴムに魅入られた悦子は若者の街をハチ怪人の手に売り渡してしまった。咆えろ！立て！光太郎。怒りに握った拳だけがお前の愛する街を守る。
次々と起こる誘拐事件。最強テロリスト集団の育成を目論むゴルゴムは第2、第3の光太郎、信彦を生み出そうとしていた。聞こえるか！光太郎。助けを求めるあの声が。今、信彦の秘密に近づく光太郎の前に、牙を剥き立ちはだかるトカゲ怪人。
ゴルゴメスの実、それはゴルゴムの怪人たちの貴重な食料だった。次々とと目覚める怪人たちのために三神官はゴルゴメスの地上栽培に踏み切った。急げ光太郎。禁断の果実から人間の体を守ってくれ。手強いサボテン怪人に炎のパンチをぶち込むのだ。
人知れぬ山中でバイクの特訓を重ねる大門少年。彼には親子三代にわたる超マシン完成の夢が隠されていた。バイクにかける男たちの命が仮面ライダーの心を動かすとき、遂にその姿を現すスーパーマシン“ロードセクター”。爆音上げて突っ走れ！夢をかなえる時は今だ。
平和を侵す白い泡、次々と母親をさらうカニ怪人。母親を奪われた少年・太一のために戦う仮面ライダー。だが屈強のカニ怪人はライダーパンチさえも跳ね返してしまった。負けるな光太郎。もう一度熱き血潮を滾らせるのだ。
ゴルゴムの悪魔博士・黒松教授の大発明。恐るべきタウリンエキスを注入されパワーアップしたマンモス怪人が冷凍ガスで暴れまわる。勝てるか仮面ライダー。エキスの意外な原料とは何か？
ゴルゴムの新計画。恐怖の怪人カリキュラム。イワガメ怪人のコントロールで平和な学校が地獄になった。水槽の小さなイワガメが巨大化して暴れまわる。子供たちを、先生を救え仮面ライダー。
ゴルゴムはウルトラ・クォーツを使って首都埋没を企んでいた。三神官のターゲットとなった柳博士の前に現われた謎の男・滝竜介。光太郎と滝、敵なのか味方なのか。二人を結ぶ鍵を握るのはゴルゴムに囚われた秋月信彦だった。悪の野望を砕くため、怒りの炎をキックに変えろ！
杏子の見る夢、それは囚われた信彦との美しい思い出。だが三神官の契約は杏子からそんな夢さえも奪ってしまうのだった。信彦の影に引かれるまま闇の世界に消えゆく杏子。杏子を守れ、仮面ライダー！おまえの放つ炎の剣で愛する人の涙をぬぐえ！
仮面ライダー抹殺の命を受け長き暗闇の眠りから目覚めた男。かつては三神官さえもその剣の前にひざまずかせた男、それが剣聖ビルゲニアだ。ライダーの身体を切り裂く狂気の刃。立ち向かえ光太郎。負けていいのか邪悪の剣に。
ゴルゴムの大博士・黒松教授が光太郎のもとに助けを求めてやって来た。黒松は本当にゴルゴムを裏切ったのか？剣聖ビルゲニアとオニザル怪人の死の罠が、黒き英雄の伝説に最大の危機をもたらす。負けるなライダー。帰らぬ友のために。邪悪の剣をはねのけるのだ。
ビルゲニアの出現で追いつめられた三神官は、遂にライダーに対する総力戦に踏み切った。一人の少女とともに破滅の罠にのみ込まれていく光太郎。ライダーの闘志、三神官の暗黒超力が全面対決。くじけるな、勝利のチャンスはきっと来るはずだ。
三神官のターゲットはバトルホッパーに絞られた。タマムシ怪人によって狂わされたバトルホッパー。もはやライダーの声は届かないのか。荒馬と化したバトルホッパーとライダーの乗るロードセクター。2台の超マシンが戦いの火花を散らす。
超能力を持つ少年は、ゴルゴムが密かに父親を利用しているにもかかわらず、光太郎が父親に危害を加えようとしていると警告される.
茂少年がひろった不思議な生物マルモ。それはアンモナイト怪人の体の一部だった。マルモを求め、茂を狙うアンモナイト怪人。
女子大生を狙うゴルゴムの企み。それは女戦士作成のための恐怖のオペレーション。謎の教授高山の誘惑に、克美さえもが連れ去られた。救出に向かう光太郎にせまる絶体絶命の包囲網。蹴散らせライダー！ あくどいシーラカンス怪人から愛と自由を取り戻せ。
ゴルゴムの秘密工場で刻々と完成されていくマシン。それはロードセクターさえも凌ぐスーパーバイクだった。遂に超マシンを手に入れた剣聖ビルゲニア。ライダーかビルゲニアか。時速800Kmの風となり戦いの荒野を駆け抜けていく２台のスーパーマシン。
ある日突然、スーパーパワーを身に付けた少女麻美。だが麻美の中には一匹の悪魔が宿っていた。恐るべき力で街を破壊する少女。正義の光を放ち、戦え、光太郎！麻美の体から卑劣なバッファロー怪人を追い出し、天使の笑顔を取り戻すのだ。
あらゆるエネルギーに反応し爆発するイラガ怪人の前に全ての機能がストップした街には、心臓手術を待つ少年・久男がいた。だが三神官の仕掛けた罠に光太郎は追いつめられる。変身不能！負けるな光太郎。手術台で待つ久男におまえの勇気ある戦いを見せるのだ。
ビルゲニアの引き起こす悪夢のゴールドラッシュ。オオガネムシの虜となった大人たちは一人の少年サトルの心を引き裂いた。計画を阻止しようとする光太郎。だがその声を聞こうとするものは一人もいなかった。くじけるな！サトルの味方は君だけだ。正義をもたらす男は君しかいない。
三神官のターゲットとなった日本初の宇宙飛行士たち。その中には克美の先輩・君枝がいた。アルマジロ怪人によって命を吹き込まれたマネキン人形。計画に気づいた克美に迫るビルゲニアの魔剣。宇宙にかけた夢を救うため、南光太郎は立ち上がった。砕け！悪の野望。
刑事・滝竜介。ハワイを一人旅立った美少女ラナを追って日本にやって来た滝は光太郎と再会した。ラナの持つ神秘の力とは何か？巨大な謎に立ち向かう滝と光太郎。轟け！ビックマグナム。火を噴けライダーキック。最強のコンビが見せる、最高のファイティング。
罪もない子供たちを狙うゴルゴムの企み。ヤマアラシ怪人のニュー少年戦士育成計画をぶち壊すために立ち上がった4人の少年たち。ライダーと少年戦士たち、栄光の共同戦線が今ここに復活する。行け！光太郎。4人の仲間とともに悪に染まった天使の世界を破壊しろ。
大神官ビシュムの作り出す悪の世界。暗黒の中に一人投げ出された少女ユキを助けるために光太郎もまたその真っ只中に飛び込んだ。キノコ怪人の容赦ない攻撃が光太郎を襲う。倒せ、卑劣なキノコ怪人。おまえの心の熱き炎で邪悪な幻を打ち破れ。
ゴルゴムの作戦を目撃してしまった車椅子の少年トオル。トオルに迫るベニザケ怪人の前に光太郎は立ちはだかった。戦え！光太郎。少年に再び立ち上がる勇気を与えるために。見せてやれ、ライダーキックの大威力。
シャドームーン復活の絶対命令を受けた三神官は杏子の生命エネルギーの注入を開始した。だが世紀王の邪剣はビルゲニアに奪われてしまう。スーパーパワーを手に入れたビルゲニアとライダーの命を賭けた大決闘。そしてシャドームーンのカプセルが怪しく輝き始めた。
今や無敵となったビルゲニアの前に傷つき倒れた仮面ライダー。街は無法の荒野となり人々は狂った野獣と化した。再び正義の戦いを挑む光太郎。だが、ビルゲニアの振り上げたサタンサーベルは天空高く飛び去った。今、地響きと共に悪の後継者が姿を現す。
光太郎と信彦、二人を飲み込んだ邪まな運命は最後の対決へと走り始める。三大怪人へと生まれ変わったダロム、バラオム、ビシュムは一大攻勢を開始した。
北海道・夕張に向かった光太郎たちを狙うゴルゴムの使者・ケラ怪人。ターゲットとなった克美がシャドームーンの意のままに光太郎を襲う。
坂田代議士が結成したEP党。だが彼らは笑顔の下で牙を剥く悪魔の集団だった。見破れ！奴らの黒い罠を。
爆発的人気の新人歌手・大井裕子。だが少女の影には悪魔が潜んでいた。ビシュムの作戦は光太郎さえも裕子の虜にしてしまう。
カラテ名人・高杉とともに修行に励む少年サトル。だが、怪人を追う光太郎との出会いによって高杉の意外な秘密が暴かれてしまった。
タイムトラベラー・大一と万作を追って、渦巻く時間の流れに飛び込んだ南光太郎。失われた時間の中で出会ったものは？
超能力少年ユウキの霊的エネルギーを利用して怪人復活を企むハエ怪人。次々と甦る怪人たちの前に光太郎さえもなす術がなかった。亡霊怪人に占拠される首都東京。怒りと憎しみに満ちた街に光もたらすために、黒きファイターは立ち上がった。
シャドームーンの作り上げた未来マンション。それは怪人育成のための地下帝国への入り口だった。一人の少年リョウによって暴かれた恐怖の策略を叩き潰すため、光太郎が新たなる戦いを挑む。燃やせ！熱いパワー。壊せ悪魔の楽園！
ゴルゴムのワープ装置によりバラオムの秘密基地と繋がってしまったイサオ少年の部屋。バラオムの東京水没作戦壊滅のため、黒きヒーローの激闘が始まった。次々と捻じ曲げられていく空間を光太郎の怒りが貫いていく。走り抜け！悪の空間。許すな！悪魔の大怪人。
ビシウムは陰謀を企て、女性たちを養育する性質に逆らわせ、コタロウを罠に誘い込み、忠誠が試される最後の対決で彼女と対峙しなければならない.
ビシュムの死により、バラオムはコタロウと最後にもう一度戦うことを決心するが、不自然な現象の始まりにより、シャドウムーンはブラックのキングストーンに向かって移動することを余儀なくされた.
創造王の終焉までの限られた時間で、コタロウとシャドームーンはついに究極の対決を強いられます.
幸太郎が死に、ゴルゴムが燃える日本に勝利を収めた後、京子と勝美は家を出るまで生き延びようとしますが、海の中で奇跡的な出来事が起こっています...
シャドームーンに対する敗北から復活したコタロウは、ダロムがシャドームーンの最後の昇天を完了するために彼の排除を目標としているときに、ゴルゴムの勝利以来の日本の現在の状態を発見します.
ついにゴルゴムの本部に到着したコタロは、クリエーションキングが元兄弟に最後の対決を完了するように強制するため、シャドームーンと最後に対峙します。
ブラック・サンとシャドー・ムーンの最後の戦いは、コタロウ、ノブヒコ、クリエーション・キングの最終的な運命が決定され、ほろ苦い結末を迎える。
