織田信長の天下統一が目前に迫った頃、琵琶湖の南に《金目教（きんめきょう）》という怪しい宗教がはびこっていた。それを信じない者は恐ろしいたたりに見舞われるという――。信長は《金目教》の実態を秘密裏に探るため《仮面の忍者》を頼ることに…。 忍びとして影に生きる青年（佐藤大樹）が、やがて《仮面の忍者 赤影》として立ち上がる物語が幕を開ける。
織田信長（EXILE TAKAHIRO）の天下統一を阻止するべく暗躍する《金目教（きんめきょう）》の蟇法師（本山力）が操る怪獣・千年蟇（せんねんがま）を撃退した赤影（佐藤大樹）。信長は彼の実力を認め赤影もまた、信長の知られざる一面に触れる。 そんな中、織田家の忍を選抜する試験が始まり、赤影をはじめ大勢の若者が集結。その中には、かつて盗みを働き山賊に追われていた青影（木村慧人）の姿もあった。過酷な試験に次々と脱落者が出る中で、赤影、青影は順調に試練を突破。お互いの実力を認め、仲を深めていく。 しかし試験終盤に、赤影、青影ら受験者たちにはあるトラップが仕掛けられていて…？捕らわれた彼らに、一益はまさかのひと言を告げる！
織田信長（EXILE TAKAHIRO）に仕える忍を決める試験に混じる不届き者は自分だと名乗り出た赤影（佐藤大樹）。実際の不届き者である青影（木村慧人）を庇うつもりだったが、彼は試験に参加する佐治新太郎（大八木凱斗）が、顔を盗んだ《金目教》の傀儡甚内（細田龍之介）だと察知する。 対峙する赤影と傀儡甚内。そんな時、青影や滝川一益（忍成修吾）の身に長い黒髪が巻き付いて…。闇姫（山本千尋）による忍法で窮地に追い込まれる一同だが、赤影は互角に対抗する。しかし刀を闇姫に振り下ろすことができず――!? 赤影が窮地に陥ったまさにその時、大凧に乗った白影（加藤諒）が加勢に現れる。 白影のおかげでピンチを脱した赤影と青影は、息ピッタリの動きで黒髪を断ち斬り、闇姫との戦いに挑む――！
織田信長（EXILE TAKAHIRO）からの命によって赤影（佐藤大樹）、青影（木村慧人）、白影（加藤諒）と名乗ることになった３人は、幻妖斎率いる《金目教》の総本山のある霞谷に向かい、潜入することを計画。そんな中、石田三成（中尾暢樹）、福島正則（水石亜飛夢）、加藤清正（志波景介）が、織田家の軍門にくだるという闇姫（山本千尋）を捕らえる。闇姫を怪しんだ白影は赤影に見張りを託すことに。赤影は、彼女と心を通わせようとするが…!? 一方で、蟇法師（本山力）の操る千年蟇が、より巨大化し襲来！ 青影と白影が挑むも、さらに凶暴となった千年蟇を相手に大ピンチに陥って――。
逃げた闇姫（山本千尋）を追跡するべく、赤影（佐藤大樹）は、青影（木村慧人）、白影（加藤諒）とともに金目教の総本山、《霞谷》へ向かう。しかし、その道中で蝙蝠（こうもり）の大群が彼らを急襲。《金目教》の刺客、伝説の忍・黒蝙蝠の黒兵衛（唐橋充）が襲い来る！ 赤影たちは黒兵衛と激しく攻防するが、黒兵衛の操る毒仕込みの蝙蝠の術に苦戦。そんな中、白影はある機転を利かせるのだった。 形勢逆転した《三影》と黒兵衛。しかし問いただすと、恐るべき事実が発覚！退いてつつましく暮らしていた彼のもとに幻妖斎がやってきて、妻と娘の百合（山田愛奈）を人質に取ったという…。やがて４人の前に《霞谷七人衆》の一人・鬼念坊（勝矢）が現われる。鬼念坊はその怪力で赤影たちを翻弄。あろうことか意識を失った白影を連れ去ってしまい…!?
《霞谷七人衆》の鬼念坊（勝矢）に連れ去られ人質に取られていた白影（加藤諒）が解放されるが、赤影（佐藤大樹）、青影（木村慧人）に斬りかかり、まさかの暴走！ 白影の身に一体何が？ 鬼念坊に立ち向かう術のない赤影は、黒兵衛（唐橋充）にある奇策を伝える。やがて、鬼念坊との死闘で深手を負った黒兵衛は、娘の百合（山田愛奈）が飛ばした蝙蝠（こうもり）の後を追う。そして満身創痍の黒兵衛の前に、彼の妻・静を引き連れた幻妖斎が現れる。赤影たちは、彼のピンチを救うことができるのか――!?
壮絶な死を遂げた黒兵衛（唐橋充）の無念を晴らすべく、打倒・幻妖斎をあらためて誓った赤影（佐藤大樹）、青影（木村慧人）、白影（加藤諒）。罪のない信者たちを犠牲にしないため、幻妖斎をおびき寄せることを計画する。一方で、織田信長（EXILE TAKAHIRO）は、羽柴秀吉（柄本時生）と滝川一益（忍成修吾）に、毛利と北条を同時に攻めるよう指示。安土城の守りが手薄になることを心配する一益をよそに、秀吉はどこか能天気に振る舞うのだった。一益は武器商人の織辺多門（笠原秀幸）のもとを訪れて新たな武器の製作を依頼するが、怪しい男に後をつけられていて――!? 金目教に関する重要な情報を入手した赤影たち。青影と白影は幻妖斎が現れるという場所へ向かうが、大きな罠が張り巡らされていて…。
