ある雷雨の夜、馬車事故に遭った英国貴族のジョースター卿。偶然その場に居合わせたブランドーは、自分が命を救ったようにふるまい恩を売りつける。 それから 12年、ブランドーの死後、その息子であるディオがジョースター家に招かれた。ジョースター卿の子ジョナサンは、同い年のディオと仲良くしようとするが、 強く拒絶されてしまう。 さらに、優秀なディオと何かと比較されて落ち込むジョナサン。そんな中、ある少女と出会い……？
大学生となったジョナサンとディオ。ジョースター家の正式な養子となっていたディオは、かねてから進めていたジョースター家乗っ取り計画、ジョースター卿の 毒殺を目論む。 一方、偶然ブランドーの手紙を発見したジョナサンは、父が衰弱していく原因が毒ではないかと疑い、調査のためロンドンへ向かうことに。 それを知ったディオは、彼を秘密裏に始末するため、ジョナサンが研究していた謎の仮面「石仮面」を利用しようとする。
解毒剤の入手に成功し、屋敷に戻ったジョナサン。ディオの行った悪事を暴き、彼を追求するジョナサンに、殊勝な態度で反省をみせるディオ。 だが、ジョナサンに同行していた暗黒街出身の男。スピードワゴンは、ディオに対し「こいつは生まれついての悪だ」と断じて警戒を促す。 窮地に陥ったディオは、自ら石仮面をかぶることで「人間を超越」しようとする。そして、血を求めて凶暴化したディオの爪がジョナサンに襲いかかる…!
ディオとの戦いで重傷を追ったジョナサンは、再開したエリナの手厚い看護で傷と心の両方を癒す日々。 ある日、惨劇の現場である屋敷跡を訪れたジョナサンは、発見されなかった石仮面を案じながらも、事件を忘れようとする。だがその帰り道、ツェペリと名乗る男と出会い、彼の運命は再び大きく動き出す。 一方、ロンドン中を恐怖に陥れていた殺人鬼・切り裂きジャックの前に、車椅子の男が現れる。その男は屋敷で死んだはずのディオ…!
険しい断崖に囲まれた町、ウインドナイツ・ロット。町の外れにたどり着いたジョナサン一行は、スリの少年ポコと出会い、ついにディオ本人との対面を果たす。暴帝としての貫禄を見せるディオに波紋攻撃を繰り出すツェペリとジョナサンだったが、ディオの気化冷凍法により、波紋エネルギーを封じられてしまう。さらにディオは、ゾンビ化した伝説の騎士・タルカスとブラフォードを招喚すると、ジョナサン一行にけしかける……!
ジョナサンとブラフォードの死闘が続く。これまでの闘いでジョナサンから勇者の素質を感じ取ったフラフォードは、互いの最大を尽くした闘いを要求。死闘の末、ジョナサンの波紋で人間としての痛みと高潔な魂を取り戻したブラフォードは、ジョナサンに「幸福と勇気の剣」を託して消滅する。改めてディオへの怒りを燃やすジョナサンたちに、タルカスの刃が迫る。一行はかつて騎士たちの修練場として使われていた遺跡に逃れるが…?
ポコの勇気ある行動によって、ジョナサンが捕らわれた双首竜の間への扉は開かれた。 すぐさまジョナサンの救出に向かうツェペリだったが、その脳裏にあったの は、かつての師であるトンペティから告げられた「死の運命」――！その運命が示したように、タルカスの必殺技によって胴体を両断されてしまうツェペリ。 だが、自らの意志を込めた究極の波紋「深仙脈疾走」を繰り出し、瀕死のジョナサンに新たな力を与える。波紋エネルギーの相乗効果でさらなる強さを得たジョナサンの、怒りと悲しみに満ちた反撃が始まる……!!
修練場からの脱出後、ツェペリの師・トンペティとその弟子たちと合流したジョナサン一行は、町民たちのゾンビ化が進んでいることに焦りを隠せない。 一方、ゾンビによる制圧を待つディオは、ポコの姉に自らの仲間となるよう誘いをかけるが、すげなく断られ怪人ドゥービーに襲わせる。その窮地を救ったのは、ジョナサンの一撃だった。 再びディオと対峙したジョナサンは、多くの人々の想いを胸に、「幸運と勇気の剣」を携えて決戦に臨む!!
ついに、ディオとジョナサンの長き因縁に終止符が打たれた。死闘を終えたジョナサンは、自らを献身的に支えてくれた愛する女性、エリナとの結婚を迎える。 アメリカ行きの蒸気船でハネムーンに出発したふたりは、幼少期の思い出を語り合いながら幸せなひとときを過ごす。 だがその時、ジョナサンが倒したはずのディオの部下、ワンチェンを視界に捉える…！衝撃を受けつつ、彼を追って機関室に向かったジョナサンが目にしたものは…！
奇妙な冒険第01話から第09話までを再編集して再話したものです。
1938 年、アメリカ――。亡くなった祖父の知己、スピードワゴンの誘いで、祖母エリナと共にロンドンからニューヨークに越して来たジョセフ・ジョースター。 到着 早々、トラブルに巻き込まれながらも、生まれつき備わる波紋の力と誇り高き血統の片鱗を見せるジョセフ。 一方、遺跡調査中のスピードワゴンは、同行していたストレイツォの裏切りに遭っていた…！ストレイツォは瀕死のスピードワゴンに、石仮面と不死への憧れを語り出す。
ジョセフの前に現れたのは、吸血鬼となったストレイツォだった！機先を制して機関銃をブッ放すものの、全くダメージを与えられず戦慄するジョセフ。 対するストレイツォは必殺の一撃で決着を狙うが、ジョセフのトリッキーな策で思わぬ反撃に遭う。 手榴弾で木端微塵にしても回復してしまうほどの化物となった「波紋法」の後継者ストレイツォを相手に、ジョセフに残された手段はたったひとつの策のみ！そのとっておきの策とは…!?
ストレイツォが残したメッセージ「柱の男」のなぞを探るべく、一路メキシコへ向かったジョセフ。現地でスピードワゴンの生存情報を耳にし、思わぬ朗報に喜びを隠せない。一方、スピードワゴンがとらわれている地下実験室では、ドイツ軍による「柱の男」の研究が行われていた。実験中、柱から分離した柱の男は「サンタナ」と名づけられる。その直後、石仮面の男を吸収してしまうほどの力を見せたサンタナは、さらに急速に成長を始め・・・。
ついにメキシコの地下研究所にたどり着いたジョセフ。「柱の男・サンタナ」との対面を果たし、互いに戦闘態勢へ突入。だが、ジョセフの波紋エネルギーはサンタナの体に反発してしまい、外部からの攻撃は届かない。そこでジョセフは、サンタナの体内から直に波紋を流そうと苦肉の策に出る。しかし、吸血鬼をはるかにしのぐ能力を持つサンタナにとってジョセフの波紋は致命的なものにはならず、驚異的な速さで回復をし始めてしまい・・・！？
サンタナ以外にも「柱の男」は存在する――。その事実を知ったジョセフは、シュトロハイムの遺言に従い、スピードワゴンと共にローマへと飛び立つ。そこで待っていたのはウィル・A・ツェペリの孫、シーザーだった。直情型のジョセフと気障なシーザーは相性が悪いのか、互いに反目しあう。仲違いしたまま、ドイツ軍が発見した「柱の男」の元へと向かうふたり。一方、地下遺跡では「柱の男」が永い眠りから目覚めようとしていた…！
復活した「柱の男」―ワムウ、エシディシ、カーズの3人に友を殺され、怒りに震えるシーザー。満を持して必殺技「シャボン・ランチャー」を放つものの、ワムウの対波紋ワイヤーによって、あっけなく弾かれてしまう。彼ら「柱の男」たちは、2000年前から存在していた「波紋一族」との戦いで、波紋の対処法を学んでいたのだ。為す術もなく佇むシーザーに対し、ジョセフは新たな必殺技のお披露目を兼ねて、ワムウたちに戦いを挑む！
再戦の誓いとして、心臓と喉に「毒の指輪」をはめられたジョセフ。33日以内にワムウとエシディシに勝たなければ、指輪の呪縛からは解放されない。だが、今の実力ではワムウたちに敵わないと悟ったシーザーは、ジョセフと共にヴェネチアにいる波紋の達人を訪ねることに。その達人は、リサリサと名乗る妙齢の美女であった。当初は彼女の実力を侮っていたジョセフもその強さを体感し、1か月の過酷な修業によりさらなる成長をめざす！
ジョセフに課せられた最終試練、それは師範代・ロギンズとの戦いに勝利すること。だが彼が向かった先の試練上に待っていたのは、ロギンズではなく「柱の男」、エシディシだった。エシディシは彼らが求めていた「エイジャの赤石」の持ち主がリサリサであることを知り、襲撃を仕掛けてきたのだ。予想外の展開に動揺しながらも、ジョセフはエシディシを阻止するため反撃を開始。成長したジョセフの波紋は、エシディシに通じるのか…！？
エシディシに勝利したジョセフは、状況報告のためリサリサのもとへ向かう。そこで、使用人のスージーQがリサリサを襲おうとしている場面に遭遇。倒したはずのエシディシが彼女にとりついていることを知ったジョセフは、シーザーとの合体技でエシディシを消滅させる。だがエシディシは、すでに「エイジャの赤石」を仲間に送っていた。その送り先がスイスのサンモリッツであることが判明すると、ジョセフたちは急ぎ追跡を開始する！
「赤石」の送り先には、サンタナ戦で木端微塵になったはずのドイツ軍人シュトロハイムの姿があった。全身を機械化したシュトロハイムは、「エイジャの赤石」を求めて現れたカーズと戦闘を開始する。超人的な戦いを繰り広げるものの、「光の流法」を操るカーズはシュトロハイムを圧倒。死闘を見守るジョセフは、カーズが落とした「赤石」が雪面を滑りながら崖に向かうのを目撃すると「赤石」を回収すべく雪上を一気に駆けだした…！
奇妙な冒険の第10話から第19話までを再編集して再話したものです。
シーザーの秘められた過去――。それは、シーザーの父・マリオを襲った悲劇の物語でもあった。ツェペリ一族の積年の恨みを晴らそうと意気込むシーザーは、父の仇であるカーズを倒すため、単身敵の拠点へと侵入する。だがそこに現れたのはカーズではなく「風の流法」を操るワムウであった。一族の誇りを胸に、ワムウとの戦いを始めるシーザー。ジョセフと共に過酷な修業を乗り越え、威力を増したシーザーの波紋がワムウに炸裂する！！
シーザーの死を悼う間もなく、ジョセフとリサリサはカーズとワムウが待つ部屋へと向かう。そこにはカーズたちの他に、100体もの吸血鬼が待ち構えていた。圧倒的な敵の数を前に焦りを隠せないジョセフだったが、リサリサはカーズに対し「エイジャの赤石」を賭けた決闘を申し出る。それに応じたカーズたちは、決闘の時間と場所を指定。それは満月の夜、「骸骨の踵石」と呼ばれる古代環状列石の場でデスマッチを行うというもので……？
ついに古代環状列石の闘技場にて、ジョセフ対ワムウの戦車戦が開始！様々な小細工でワムウを出し抜いたジョセフは、第1レース目の武器、大型スレッジ・ハンマーの獲得に成功する。勢いに乗ったのも束の間、カーズをして「戦闘の天才」と称するワムウは、ジョセフの発想の上をいく策略でジョセフを迎撃する。ワムウの思わぬ反撃に、戦車から振り落とされ無防備となるジョセフ。絶対絶命という状況下で、ジョセフがとった行動とは！？
ジョセフとワムウの死闘も、両者が一歩も譲らないまま佳境へと突入。ジョセフの抜け目ない策略により致命的な一撃を受けたワムウは、最後の切り札として最終流法・渾楔颯を放つ。だがジョセフは、その攻撃をも逆手に取ることでワムウに勝利する。シーザーとの誓いを果たしたジョセフは、その場で「毒の指輪」の解毒剤を口にする。残るはリサリサとカーズの一戦――。一行は、次なる決闘場「ピッツベルリナ山神殿遺跡」へと向かう。
瀕死状態のリサリサをエサにして、ジョセフを心身共に追い詰めようとするカーズ。しかし騙されるより騙すことを得意とするジョセフは、絶妙な奇策を練り、死力を尽くした波紋攻撃でカーズを打ち破る。ここに、誇り高き戦士たちの戦いは終結を迎える。命を懸けてリサリサを守ったジョセフの精悍な姿を見守りながら、スピードワゴンは静かに彼らの過去を語りだす。それはリサリサとジョセフにまつわる、悲しく数奇な運命の物語――。
「エイジャの赤石」をはめ込んだ石仮面の力で、復活を遂げるカーズ。太陽を克服し「究極の生命体」となったカーズは、もはや無敵状態。圧倒的な実力差を感じ、一目散に逃走を始めたジョセフたちは、その最中にドイツ軍の戦闘機を発見する。ジョセフはすぐさま戦闘機に乗り込むと、執拗に彼らを追ってくるカーズに対抗すべく、命懸けの奇襲作戦を敢行。どんな技や兵器も通用しない、不死身の究極生物に対する起死回生の策とは……！？
ジョセフの特攻で溶岩の中へと落ちたカーズ。だが、それでもなお復活を果たしたカーズにジョセフは腕を切り落とされ、絶望の声を上げる。死を覚悟したジョセフに、カーズがとどめを刺そうとしたその瞬間、ジョセフが手にしていた「エイジャの赤石」が波紋エネルギーを増幅させ、ヴォルガノ島の火山が噴火活動を始める。大気圏外にまで噴出するほどの強烈なマグマはジョセフとカーズを呑み込み…！？世代を超えた因縁、ここに決着ッ！！
奇妙な冒険第20話から第26話までを再編集して再話したものです。
1987年、日本。ジョースター家の血を引く青年・空条承太郎は留置場に囚われていた。 承太郎の母・ホリィは「自分には悪霊がとりついている」と釈放を拒む承太郎を案じ、アメリカにいる承太郎の祖父・ジョセフに助けを求めることに。すぐさま来日したジョセフは、友人のアヴドゥルと共に承太郎のもとへ向かい、承太郎に対し「悪霊の正体を全て知っている」と告げる。そしてその正体と、一族にまつわる忌まわしき因縁を語る…！
ジョセフが語った“悪霊”の正体――「幽波紋（スタンド）」の力を隠しながら、日常生活に戻る承太郎。だがある日の登校中、不自然な現象で軽傷を負ったことをきっかけに、花京院典明と名乗る転校生と知り合う。医務室で傷の治療を行おうとした承太郎は、花京院からのメッセージに気が付く。そこには花京院の幽波紋（スタンド）による、承太郎への殺害予告が書かれていた。さらに、突如暴れ出した養護教員に襲われてしまい…!?
覚醒したスタンド能力で、ＤＩＯの刺客・花京院を打ち破った承太郎。傷つき倒れた花京院の身柄を確保し、ＤＩＯの情報を得ようとするが、ジョセフは花京院の脳に「肉の芽」という、摘出不可能なＤＩＯの細胞が植え付けられていることに気付く。花京院の死は免れないことを指摘するジョセフだったが、承太郎は自身のスタンドで花京院の「肉の芽」を摘出しようとする…!
50日以内にＤＩＯを倒さなければ、ホリィの命が危ない――。承太郎たちはＤＩＯを打倒するため、彼が潜んでいると思われるエジプトへの旅を開始する。道中の飛行機内、承太郎たちは再びＤＩＯの放った刺客と遭遇！それは、破壊と災害、そして旅の中止を暗示するという凶悪なスタンド「灰の塔（タワー・オブ・グレー）」であった。誰がスタンドを操っているのかも不明な状況下で、静かに動き出した花京院は…？
ＤＩＯからの新たなる刺客、ポルナレフに襲われた承太郎たち。彼のスタンド「銀の戦車（シルバーチャリオッツ）」の鋭い剣さばきに圧倒されるが、ポルナレフの挑発に応じたアヴドゥルが「魔術師の赤（マジシャンズレッド）」で立ち向かう。タイガーバームガーデンに場を移して行われた両者の対決で「魔術師の赤（マジシャンズレッド）」が誇る必殺技、クロスファイヤーハリケーンを喰らい、倒れ込むポルナレフ。敵の再起不能を確信するアヴドゥルだったが…？
新たな同行者を加えた承太郎たちは、スピードワゴン財団の協力をうけて海路で次の目的地・シンガポールへと向かう。その道中、船内から密航者が見つかり騒ぎが起こるなか、承太郎が海中から敵スタンドに襲われてしまう。船にいる人間は、仲間を除くと身元のはっきりした船員10名、そして謎の密航者がひとりだけ…。自分たちの命を狙う敵の本体は一体誰なのか？スタンドの本体をあぶり出すべく、承太郎はある奇策をうった！
ニセ船長の仕掛けで爆破された船から脱出し、救命ボートで広大な海を彷徨う承太郎たち。そこに姿を現したのは、巨大な貨物船であった。疑心暗鬼になりながらも、一行は助けを求め、貨物船に乗り移る。だが、船は正常に稼働しているにも関わらず、船内に人影はなく、いたのは檻の中のオランウータンが一匹だけ…。承太郎たちが妙な不安を覚えながらも船内の探索を続けていると、ひとりでに動き出したクレーンが仲間に襲いかかった！
シンガポールに到着した承太郎一行は、宿泊先のホテルで別行動をとる。ホテルの部屋で一人になったポルナレフを待ち受けていたのは、「呪いのデーボ」として怖れられる新手のスタンド使いだった。デーボが操るスタンド「悪魔（エボニーデビル）」には、相手を恨めば恨むほど強くなるという能力があり、正面から戦いを挑んだポルナレフは敵の罠にはまり絶体絶命の危機に。残虐かつ残忍な手口で攻撃を仕掛けるデーボに対し、ポルナレフが見出す勝機とは!?
「我々の中に裏切り者がいる、花京院に気をつけろＤＩＯの手下だ――」ハーミットパープルで念写された奇妙なメッセージを前に、とまどうジョセフ達。一方、それを知らない承太郎は、花京院やアンとシンガポールを散策していた。花京院はスリに過剰なまでの暴行を加えるなど、異常な行動を繰り返す。普段のスマートさとは違った、異様な雰囲気を漂わせる花京院を不審に思った承太郎は、花京院が何者かに取り憑かれていると考え…。
シンガポールを出国し、無事インドに入国を果たした承太郎たち。文化の違いに驚きながらも、レストランで小休止をとる。そこで、鏡の中だけに見える謎のスタンドに襲われるポルナレフ。承太郎が敵から聞き出していた「鏡をつかうスタンド使い」は、ポルナレフの妹の仇である「両腕が右手の男」である可能性が高い。復讐に燃えるポルナレフは、単独行動をさせることが敵の狙いだと告げるアヴドゥルの制止をふりきり、別行動をとることに。
ポルナレフを庇い、敵スタンド攻撃の前に倒れたアヴドゥル。それを目の当たりにしたポルナレフは、ショックで冷静さを失っていた。そこにつけ込んだＪ・ガイルはスタンド「吊られた男（ハングドマン）」で猛攻撃を始める。このままでは敗北必至と踏んだ花京院は、ポルナレフと共に逃亡をはかる。追撃してくるホル・ホースとＪ・ガイルのコンビに苦戦を強いられながらも、ポルナレフたちは本体を探り当てることで反撃の糸口をつかもうとするが…!?
ガンジス川のほとり、聖地ベナレスをめざす承太郎一行。その道中、ジョセフは自分の腕に奇妙な腫れ物があることに気付く。最初は気に留めていなかったものの、徐々に大きくなっていく不気味さもあり、医者に看てもらうことに。そして、医者がその腫れ物を切除しようとした瞬間、腫れ物は人の顔になり、自分が「女帝（エンプレス）」のスタンドであると語る。さまざまな手段で切り離そうと試みるジョセフだったが、自身の肉体であるがゆえに傷つけることができない。さらに猛スピードで成長を続ける敵スタンドを打ち破る術とは…？
インドからパキスタンへの道のりを四駆車で飛ばす承太郎たち。運転手を任されたポルナレフは、荒れた山道で前を走るボロ車を強引に抜き去ってしまう。しばらく快調に車を走らせる一行だったが、先ほど抜き去ったボロ車に後ろからあおられ、先を譲ることに。だが、抜くや否やボロ車は再び速度を落とし、嫌がらせとも思えるような運転を繰り返す。再びポルナレフがボロ車を追い抜いた瞬間、正面から大型トラックが現れ衝突の危機に!!
承太郎たちは敵スタンド使いの妨害を乗り越え、ようやくパキスタンに入国を果たす。だが、周囲が濃霧に包まれてきたため、近くの町で宿を探すことに。一行が到着した町は、異様なほどに物静かで、住民もそっけない対応ばかり。そんな中、道端で恐怖に顔を歪めた変死体を発見する承太郎たち。死因がはっきりしない異常性から、スタンド使いの仕業と考え警戒を強める彼らに、ホテルを経営しているという老婆が声をかけてくるが…？
エンヤ婆がＤＩＯの新たな刺客であることに気付いたポルナレフ。この事実を仲間に知らせようとするポルナレフだったが、エンヤ婆のスタンド「正義（ジャスティス）」に操られた多数の死体に襲われてしまう！町全体が、すでにエンヤ婆の支配下に置かれていたのだ。この強大なスタンドパワーの前にはなす術がなく、ひたすら逃げまどうポルナレフ。だがついに敵の攻撃で傷を負ってしまい、エンヤ婆の術中に落ちてしまう…!!
エンヤ婆を生け捕りにした承太郎たちは、パキスタンの首都・カラチに入る。その地で彼らを待っていたのは、ＤＩＯからの新たな刺客・鋼入りの（スティーリー）ダンと名乗る男だった。ダンはＤＩＯの命令に従い、仲間であるはずのエンヤ婆をためらうことなく殺してしまう。その非情さに憤りを隠せない承太郎たちは、４対１という有利な状況で臨戦態勢に。だが、すでにダンによる恐ろしきスタンド攻撃は始まっていた…！
ジョセフの脳内に入り込んだダンのスタンド「恋人（ラバーズ）」。ジョセフの命を握ったことで圧倒的優位に立ったダンは、承太郎に対して卑劣な行為を繰り返すが、逆らえない承太郎は怒りを抑えつつその命令に従う。一方、ジョセフの脳内にスタンドを侵入させた花京院たちは、脳細胞をエサにしている敵スタンドを発見！だが、意外な素早さを見せる敵を捉えきれず、苦戦を強いられる。そして、更なる罠が２人を待ち受けていた。
アラブ首長国連邦に到着した承太郎たちは、砂漠を横断するためラクダで移動することに。移動中、仲間以外は誰もいないはずの砂漠で何者かの気配を感じていた。承太郎がスタープラチナで確認しても不審なものは見当たらず…。だが、気付けば午後８時を過ぎているというのに、太陽は沈むどころか西からのぼり始めている！一行はこの事態が敵スタンドによるものと推測したものの、対抗策は見つからない。上昇する気温はついに70度を超え…!?
花京院典明は夢を見ていた。赤ん坊の泣き声が響く奇妙な遊園地で『死神』のタロットを見つける花京院。花京院はカードの中から飛び出した死神の大鎌をとっさにかわすと、鎌は傍らにいた犬を切り裂いた。叫び声を上げて目覚めた花京院だったが、悪夢の内容は思い出せない。やがて飛行機で次の街を目指す一行は、小型機購入の条件として赤ん坊を同乗させることに。機内でうたた寝した花京院とポルナレフは、あの遊園地の夢を見る…。
花京院の赤ん坊が怪しいという訴えを誰も信じようとはせず、逆に花京院の異常を疑う仲間たち。なんとか誤解を解こうと、花京院が夢の中で自ら傷つけた腕の傷「ＢＡＢＹ ＳＴＡＮＤ」を見せても、ますます誤解を深めるばかり。追いつめられた花京院はスタンド攻撃による強硬手段をとろうとするが、ポルナレフの当て身で気絶させられる。やがて、眠りに落ちた承太郎たちが悪夢の中で目を覚ますと、全ての真相に気付き戦慄する！
ある人物に会うため、紅海に浮かぶ孤島へ向かった承太郎たち。島に到着した一行が出会ったのは、白髪以外はアヴドゥルにうり二つの男――アヴドゥルの父親だった！男は承太郎たちとの対話を頑なに拒み、家に閉じこもってしまう。自分をかばって死んだアヴドゥルを想い、ひとり砂浜で悲しみにくれるポルナレフ。その時、海岸でフジツボがこびりついた奇妙なランプを発見する。フジツボを落としてみると、突然ランプが発光し始め…!?
勢いで口走った自分の願いで復活した妹・シェリーに襲われ、傷を負ったポルナレフ。「審判(ジャッジメント)」の暗示を持つ敵スタンド使い・カメオは、ポルナレフの第３の願いを叶えると告げ、死んだアヴドゥルをも復活させた。シェリーとアヴドゥルは、２人がかりでポルナレフの肉体を食いちぎろうと襲いかかる。スタンドで反撃を試みるも、カメオに抑え込まれて絶体絶命の危機に陥るポルナレフ。意識も朦朧とし、ついに死を覚悟する…！
新たな移動手段として潜水艦を手に入れた承太郎たち。紅海を抜け、アフリカ大陸――ＤＩＯのいるエジプトへの上陸を目指す。潜水艦のソナーで外部の反応を探りながら、静かに海中を進む一行。そんな中、承太郎は逃げ場のない海中で襲われることの危険性を指摘し、警戒を強める。そして、いよいよアフリカ大陸に接岸しようとしたその時、キャビンにあったコーヒーカップが変形し、ジョセフの義手を切り飛ばしてしまう！
敵スタンド「女教皇（ハイプリエステス）」の襲撃で、沈没寸前の潜水艦からの脱出をはかる承太郎たち。海中を自力で泳ぐためにスキューバ用の装備を着ける一行を、再び敵スタンドが襲いかかる！次々と姿を変える敵を捉えきれず、翻弄されながらもかろうじて潜水艦から脱出した承太郎たち。さらなる敵の追撃を警戒しながら陸を目指す一行は、前方に２つの海底トンネルを発見したことで海岸が近いことを知り、安堵するのだが…？
DIOのいるエジプト上陸を果たし、ジープで砂漠を横断中の承太郎たち。彼らのもとに、一機のヘリコプターが降り立った。そのヘリは、一行の旅をサポートしていたスピードワゴン財団のもので、ジョセフの要請を受けて承太郎たちの新たな仲間を連れてきていた。ジョセフ曰く、機内には「愚者（ザ・フール）」の暗示を持つスタンド使いが乗っているという。だがヘリの中を見ても、操縦者以外には特に人影らしい人影は見えず…？
新たにイギーを仲間に加えた承太郎たちだったが、水のスタンドの急襲によって花京院が重傷を負う。アヴドゥルは姿の見えない敵からの攻撃に対して一計を案じるものの、すんでの所で看破されてしまう。圧倒的不利な状況が続くなか、イギーはなぜかのん気にいねむり中…。一撃必殺の威力を誇り、どこからくるかわからないスタンド攻撃に加えて、遠く離れた位置にいると思われる本体…。承太郎たちは勝機を見出すことができるのか!?
ンドゥールとの闘いで重傷を負った花京院とアヴドゥルの治療中、アスワンの街で小休止を取る承太郎たち。敵スタンドの襲撃を警戒する一行は、ポルナレフが無作為に選んだカフェに入ることに。だがそのカフェには、すでに「クヌム」のスタンド使い・オインゴと、「トト」のスタンド使い・ボインゴの兄弟が潜んでいた。カフェの店員に扮したオインゴは、ボインゴのスタンド能力に従って承太郎たちに毒入り紅茶を出そうとするが…。
承太郎たちは一路、ＤＩＯのいるカイロを目指してナイル河を下るための小型帆船を探す。一方、一行の近くの河べりを歩いていた農夫のチャカは、道ばたに落ちていた一本の装飾刀を拾う。周囲の人間が刀を抜こうとしてもびくともしないが、チャカが抜こうとすると、妖しく光る刀身があらわになった。すると、チャカの心に不思議な声が響き、おとなしかったチャカの性格が魅入られたかのように突如変貌する。奇妙な刀の正体とは…!?
コム・オンボでアヌビス神のスタンド使い・チャカを倒したポルナレフだったが、同じくアヌビス神のスタンドと語る理髪店の主人に襲撃される。そのことで、チャカの持っていた「刀」こそがスタンドであると気がついたポルナレフは反撃を試みる。だが、ポルナレフの闘い方を憶えたことで以前よりも強力になったアヌビス神のパワーに押されてしまう。刀がポルナレフに届こうかという絶体絶命の危機に、承太郎が現れるッ!
ナイル川中流の街・ルクソールに到着した承太郎たち。その道中、ジョセフは傍らの岩に奇妙なコンセントがついていることに気がついた。不思議に思いながらも何気なくコンセントに触れた途端、感電してしまう。だが感電した以外は特に異常が見られないため、そのまま承太郎たちと合流を果たすジョセフ。その後、義手の調子が悪くなったり、金槌がジョセフ目がけて飛んできたりと、小さなアクシデントに見舞われはじめ…。
敵スタンドの能力により、磁力を帯びた体になったジョセフ。敵の本体らしき女の行方を追ううちに、アヴドゥルもコンセントに触れてしまい磁力を帯びてしまう。磁力の影響でくっつきあうジョセフたちは、互いの体を引き離してから街を駆け巡り、女を追いかける。やがて、余裕を見せるスタンド使いの女を捉えるふたりだったが、鉄道線路に足を取られてしまい再びくっつき合ってしまう。そこに、警笛を鳴らして近付いてくる列車の姿が！
ジョセフとアヴドゥルがマライアと戦闘を繰り広げていた頃、承太郎たちはふたりが来ないことを不審に思い、ルクソールの街中を探る。すると、ポルナレフが殺気を出しながら自分たちを尾行する男を発見。男の正体を探ろうした直後、男の影が伸びてポルナレフの影に迫ってくる。とっさに身をかわしたポルナレフだったが、男はその隙に逃げ出してしまった。その直後、ポルナレフは自分の衣服が妙にブカブカになっていることに気付き…？
「セト神」を暗示する敵スタンド使い・アレッシーの能力で、心も体も子供に戻ってしまったポルナレフ。混乱する彼を救ったのは、通りがかりのマレーナという女性だった。だが彼女の家の中までも、アレッシーの魔の手は迫る。浴室でアレッシーに襲われたポルナレフは、丸裸のまま本体と同じように縮んでしまったスタンドで抵抗を続ける。かろうじて危機を脱したポルナレフだったが、一緒にいたはずのマレーナが見当たらない…。
長い旅路の果て、ついに目的地であるエジプト・カイロへと到着した承太郎たち。さっそく、立ち寄ったカフェでＤＩＯの館の聞き込みを開始する。すると、その場にいた客のひとりが「その館に見覚えがある」と静かに声を上げる。詳細を聞き出そうとするジョセフに対し、その客は情報の対価としてギャンブルでの勝負を要求。少しでも時間が惜しいジョセフは代案を提示するも、痺れをきらしたポルナレフが賭けに乗ることになり…。
敵スタンド使い、ダニエル・J・ダービーとのギャンブル勝負に敗れ、魂を奪われてしまったジョセフとポルナレフ。ふたりの魂を取り戻すため、承太郎はポーカー勝負を挑む。承太郎は勝負の前にスタープラチナの精密さを見せつけ、ダービーにイカサマが困難であることを宣言。さらにゲーム開始直後、カードを配るダービーの不審な動きを捉え、その指をへし折ってしまう！互いの魂が賭けられた、白熱のポーカー対決の行方は…!?
カイロでＤＩＯの館を探す承太郎たちを追い、カイロ空港に降り立ったホル・ホース。彼は新たなパートナーと手を組み、再び承太郎たちの命を狙っていた。そのパートナーとは、予知能力を持つスタンド使い・ボインゴ。ホル・ホースは、ボインゴの予知に目をつけて強引に連れ出したものの、いまいち予知能力を信じきれずにいた。だが、最初に示された突飛な予知を実行した結果、「自分たちは無敵のコンビ」と確信する！
カイロで承太郎たちと遭遇したホル・ホースたち。ボインゴの予知で示された通り、路地裏でポルナレフのスキをついて鼻の穴に指を突っ込むことに成功したものの、ホル・ホースは次にとるべき行動がわからず身動きがとれないでいた。そこにポルナレフを探す承太郎たちが姿を現し、予知の通りに行動したことで逆に危機に陥ってしまう。さらに、ポルナレフが仲間に合図を送ったことに気付き、ポルナレフだけでも倒そうとした瞬間――!?
カイロの街でＤＩＯの館の捜索を続ける承太郎たち。アヴドゥルのツテで、カイロに詳しいサングラスの男に館の捜索を依頼し、一行はしばらく待機することに。一方、単独で街を散策していたイギーは二匹の大型犬に絡まれる。イギーの眼力にひるんだ犬たちは、近くの館にいた鳥を次のターゲットに。だが犬たちが館に入り込んだとたん、氷柱で串刺しにされてしまう。突然の事態に驚愕するイギーの前に、一羽のハヤブサが姿を現し…。
ＤＩＯの館を守っていたスタンド使いのハヤブサ、ペット・ショップと下水道で死闘を繰り広げるイギー。ペット・ショップは、その生態を活かした恐るべき速度でイギーに襲いかかる。イギーはペット・ショップの放った氷柱のミサイルで足に重傷を負ってしまうが、かろうじて川の中へと逃げ込む。そして水中に砂のドームを作り、敵が姿を消すまで川底に身を隠そうとするが、ペット・ショップの執拗な追撃はとどまることを知らず…!?
イギーの負傷と引き換えにしながらも、ついにＤＩＯの館の所在をつきとめた承太郎たち。館に入った一行を待ち構えていたのは、テレンス・Ｔ・ダービーと名乗る執事だった。かつて倒したギャンブラーの弟でもあるこの男は、自身のスタンド「アトゥム神」の姿をさらし、その能力の一端を見せつける。その直後、承太郎とジョセフ、花京院が足元に現れた異空間に飲み込まれてしまう。３人が着いた先はゲーム機がある奇妙な小島で…？
白熱するダービーとの魂をかけたＴＶゲーム対決。レースゲームで勝負を挑んだ花京院はダービーの策略の前に自ら敗北を認めてしまい、魂を奪われてしまう。激昂するジョセフをよそに、承太郎は静かに次のジャンルを選択する。承太郎が選んだのは、ダービーが「最も得意」と豪語する野球ゲーム。他のゲームでも達人級の実力を持つダービー相手に、試合開始直後から初心者のようなぎこちない挙動を見せる承太郎。果たして勝機は!?
ＤＩＯの館内部で進行する、ダービーとの野球ゲーム対決。劣勢のはずの承太郎は、なぜかダービーに対し投球予告を行う。ダービーは承太郎の行動を不審に思いながらも、相手の魂の状態を判別できるスタンド能力を駆使して優位に立とうとするが…？ 一方、ＤＩＯの館の入口に取り残されていたアヴドゥルとポルナレフ、イギーの３人は、ジョセフの言ったタイムリミットの10分が経過すると、合流を待たずに内部へ突入を開始する…!!
長く険しい旅を共にしてきた仲間との、突然の別れ――。あまりにもあっけなさすぎる事態に、感情を抑えきれないポルナレフ。怒りを爆発させて剣を振り回したことで、姿の見えない敵に傷を負わせたものの深手にはならず。だが、突然空間から姿を現して襲いかかってくる謎の敵スタンドの攻撃はとどまることがない。体勢を整えるため、その場を移動したポルナレフとイギーは、広間で背中合わせになって見えない敵の襲撃に備えるが!?
ヴァニラ・アイスの容赦のない攻撃で窮地に追いやられるポルナレフ。死を覚悟した彼を寸前で救い出したのは瀕死のイギーだった。最後の力を振り絞り、徐々に力を失っていくイギーのスタンド。隙をついて飛び出したポルナレフの剣先はヴァニラ・アイスの頭を貫いた。渾身の一撃を受け、不死身とも思えるタフさを見せたヴァニラ・アイスもついに崩れ落ちる。死闘を終えたポルナレフは、傷ついた身体を押し宿敵DIOのもとへ向かう…!!
ついにDIOとの対面を果たしたポルナレフ。敵意をむき出しにするポルナレフに対し、DIOは「再び仲間になることを許す」と声をかける。誘いを拒絶するポルナレフだったが、謎の現象によって近付くことすらできない。せめてスタンドの正体を見極めようと「銀の戦車（シルバーチャリオッツ）」で攻撃をしかける。そしてDIOのスタンド「世界（ザ・ワールド）」と激突しようとしたその瞬間、背後の壁が崩れ落ちる。中から現れたのは…!!
闘いの舞台は闇夜に包まれ始めたカイロの市街地に。ジョセフと花京院はDIOから逃亡しながら闘い、承太郎とポルナレフはDIOを追いながら闘うという、挟撃の形をとる一行。そんな中、花京院は「DIOのスタンドの正体を暴く方法を思いついた」と、周辺の建物に罠を張り巡らせる。花京院を追いかけるDIOは、花京院が仕掛けた「法皇の緑(ハイエロファントグリーン)」の結界にはまり、エメラルド・スプラッシュの集中砲火を浴び…!?
ジョセフは花京院が残したメッセージで「世界(ザ・ワールド)」の能力を見破るが、DIOの非情な攻撃で倒れてしまう。激昂する承太郎は「星の白金(スタープラチナ)」で「世界(ザ・ワールド)」とのラッシュ対決に挑むものの、DIOのパワーに押し負けてしまう。時を止めてとどめを狙うDIOだったが、時の止まった世界で承太郎の指先が動いていることに気付き警戒を強める。DIOの脳裏によぎるのは、承太郎の言葉――「同じタイプのスタンド」!?
ポルナレフの奇襲と自らの命を懸けたトリックで、ついにDIOへ反撃の一撃を与えることに成功する承太郎。重傷を負ったDIOは時を止めながら逃亡をはかる。承太郎はラッシュ攻撃でトドメを狙うが、それこそがDIOが仕組んだ「逃走経路」だった。承太郎に吹っ飛ばされたDIOの先には、倒れ伏したジョセフの肉体が…！回復したDIOへの怒りを燃やす承太郎は、己の感情の赴くままに時の止まった世界でDIOとの最終決戦に挑む――!!
1999年、4月―。東方と言う姓の人物を探して日本のS市杜王町にやってきた空条承太郎は、駅前で不良に囲まれた一人の少年に遭遇する。亀を傷つける不良に対して、怒りもせず、頭を下げて謝るその少年の姿に不快感を抱く承太郎だったが、次の瞬間、衝撃の言葉を耳にする。その少年の名前は、東方仗助。彼こそ承太郎が探していた人物だった―。
杜王町に潜む凶悪殺人犯、アンジェロのスタンドを目撃した仗助は、その件を承太郎に報告する。何らかの方法で人間の体内に入ってくるタイプのスタンドだと考えた承太郎は、自分が行くまで物を一切口にするな、水場に近づくなと仗助に注意するが、まさにその時、コーヒーを介して仗助の母・朋子の体内にスタンドが侵入してしまう！仗助は慌てることなく、ある行動に出るのだが―。
アンジェロのスタンド能力は、謎の弓と矢によって引き出されたものだった。しかも、その弓と矢にはどうやらDIOも関わりがあるらしい―！アンジェロを倒したところでこの町の危機が去ったとは考えられない仗助と承太郎は、弓と矢の行方を追うことを決意する。それから数日後、仗助とともに帰宅をしていた康一は、仗助の家の前の空き家に人影を見かける―。
弓と矢で射られ瀕死の重傷を負った康一を助けるため、虹村邸の中へと歩を進める仗助。その彼を天井の闇の中から無数の光が攻撃してきた。仗助は間一髪でかわすも、攻撃を受けた億泰の顔面には無数の穴が！仗助は形兆のスタンドの正体を話せば傷を治してやると億泰に持ちかける。しかし、それでもしゃべろうとしない億泰に対して、仗助は驚きの行動に出る！
形兆を打ち破った仗助と康一。これ以上被害者が出ないよう、弓と矢を探して破壊することにした2人は、屋根裏部屋の奥でそれを発見する。だが、薄暗い部屋の奥からは何かをひっかくような音と奇妙な叫び声が！意を決した仗助が部屋の中へ飛び込もうとしたその瞬間、怪物のような手が康一の足をつかみ―。
自転車で学校へ向かう途中、康一は袋に入った猫をひいてしまった。あまりの事に慌てふためく康一。そこへ小林玉美という男が現れる。事故にも関わらず、猫を埋葬してやるから金を出せと言い始める玉美。訳が分からずあっけにとられる康一を、猫をひき殺してタダで立ち去るのかと責め立てる。罪悪感にかられた康一の胸に錠前が現れて―！
玉美からぶどうヶ丘高校の間田敏和が、スタンド使いかもしれないと聞いた仗助と康一は、それが本当か学校内を調べ始める。間田のロッカーの中を調べる仗助だったが、その中には不思議な木製の人形が入っている以外、特に変わったところは見当たらない。しかしその時、人形は見る間に仗助そっくりの姿に変身し、二人に攻撃を仕掛けてきて―！
同級生の山岸由花子から好きだと告白された康一。はじめは告白に嬉しさを隠せなかったが、突然キレたり、しおらしくなったりする由花子の姿に引いてしまう…。さらに翌日には、1日で編んだという手編みのセーターや手作り弁当などを用意してきて、康一はそんな彼女の好意に異常さを感じ始める。思い込みの激しい由花子の行動はますますエスカレート。ついにとんでもない行動に出る。
どんどんエスカレートしていく監禁生活に耐えきれなくなった康一は脱出を試みる。由花子との会話からどこかに電話があると考えエコーズを使って周囲を捜索、公衆電話を発見した康一は仗助たちに連絡をとろうとするが、その考えは由花子に読まれていた。作戦を見透かされ絶望する康一。余裕の由花子は食材を仕入れるため公衆電話へ向かうが、そこで予期せぬ出来事が起こる！
杜王町に新しくできたイタリア料理店にやってきた仗助と億泰。この店はお客からのオーダーに応えるのではなく、シェフのトニオが客を見て料理を決めるという変わった料理店だった。トニオは億泰を快適な気持ちにするための料理として、まず水を提供すると、一口飲んだ億泰はあまりのうまさに大感動！感動で次々と涙があふれてくるのだが、次第に体が異常な反応を見せ始めて―。
レッド・ホット・チリ・ペッパーがついに仗助の前に姿を現す。承太郎以上とも思えるパワーを発揮し、電気の通るところであればどこでも移動ができ、そしてそのパワーを持ちながら遠隔操作もできるということに仗助も改めて脅威を感じるのだった。翌日、承太郎に呼び出された仗助たちは、ある人物が杜王町に向かっていると知らされる―。
ジョセフ・ジョースターの命を狙うレッド・ホット・チリ・ペッパーを倒すべく、仗助たちは港に集まっていた。バッテリーのついたものでジョセフの船へと乗り込むであろうと考えた承太郎は、仗助と康一を港に残し、何かが飛び立ったら本体を探して撃退するよう命じる。ジョセフに対する複雑な気持ちを抱く仗助の前に、勝利を確信したレッド・ホット・チリ・ペッパーの本体が姿を現す！
音石明を捕まえ、弓と矢を無事に回収することができた仗助たち。事件は無事解決し杜王町には平和が戻るが、仗助には大きな問題が―。未だに打ち解けられない父、ジョセフとの関係だ。遠くから母を見るだけという条件で自宅まで連れて行こうとするのだが、耳は遠いわ、勝手に違う方向へ向かうバスに乗ろうとするわと振りまわされてばかり。しかもジョセフは、近くにスタンド使いがいると言いだして―。
大人気漫画「ピンクダークの少年」の作者、岸辺露伴が杜王町に住んでいると知って自宅にサインをもらいに行く康一と間田。中から出てきた露伴はサインすることを快諾してくれただけでなく、仕事場を見学するよう家の中へと招き入れてくれて康一たちは大興奮！しかしリアリティを追及する露伴の度を超えた行動に、康一は次第に恐怖を覚えはじめ―。
いつの間にか露伴の自宅前にやってきていた康一がおそるおそる家の中に入ると、そこにはものすごいスピードで漫画を描く露伴の姿があった。昨日、康一の体験を読んだことで創作意欲が掻き立てられ、漫画を描きたくて描きたくてしょうがないというのだ。ヘブンズ・ドアーの能力でまたも康一を本に変えた露伴が、ページを破り取ろうとしたその時、玄関に予期せぬ人物が現れる！
突然、承太郎からハンティングに誘われた仗助。その目的は、音石明によってスタンド能力を身に付けた「ネズミ」を狩りに行くというものだった。仗助たちが、ネズミが射られた用水路にやってくると、そこには煮こごりのような状態で固められた何十匹ものネズミの異様な死体が！自分たちが追っているネズミの仕業と考え排水溝の先へと進むと、それは農家の 下水へとつながっていて…。
康一と露伴は奇妙な光景を目にしていた。目の前に、地図にはない謎の小道があるのだ。この道がいったいどこへ続くのか…ふたりが進んでみるとそこは空き家や電気の切れた自動販売機、地図に載っていない曲がり角や道が広がっていた。不思議に思う康一たちだが、そこで更なる異変に気づく。何度やっても右左右と曲がっている最初の場所に戻ってきてしまうのだ。露伴は何者かにスタンド攻撃を受けているのではと考えるのだが―。
貯金がなくなり頭を抱える仗助の前に1円玉を持った小型のスタンドが現れた。驚いた仗助がその後を追いかけていくと、そこには新たなスタンド使い、矢安宮重清（重ちー）の姿が！自身のスタンド、ハーヴェストを使って町中に落ちている小銭を集めているという重ちーの行動に感心した仗助は、ハーヴェストを使ったあることを思いつく。
５００万円の当選宝くじを手に入れ銀行へ換金にやってきた仗助たちだったが、その当選くじが本当に仗助たちのものか行員に怪しまれてしまう。自分たちで買ったとしらを切る仗助だが、宝くじの裏には仗助たちとは別の人物の名前と電話番号が書いてあると指摘され、さらに行員はその番号に電話をかけ始めた！言い逃れできない状況に追い込まれた仗助は、ある行動に出るのだが―。
康一にまったく振り向いてもらえないことに落ち込んでいた由花子は、とある店の前で足を止める。エステ「シンデレラ」、その店は普通のエステとは違い「幸福の顔」を作るという変わった店だった。エステティシャンの辻彩に「愛と出会う顔」にしてもらった由花子が町に出ると、さっそく康一に遭遇。しかも、いつもと様子が違ってとてもいい委囲気に…。これまでの人生で最高の幸せを感じる由花子だったが、その効果は30分しか持たず…。
行きかう人々で賑わう昼時の町中、吉良吉影は女子社員の誘いを断ってパン屋でサンドイッチを買うと公園で1人、ランチを楽しんでいた。そこへ通りかかった重ちーは誤って自分のサンドイッチと吉良のサンドイッチの袋を取り違えてしまう。それに気づき、血相を変え重ちーを追いかける吉良。実は、吉良の袋の中にはサンドイッチではない別のものが入っていて―。
吉良吉影は杜王町に潜んでいた殺人鬼であり、そしてスタンド使いでもあった。自身の秘密を知った重ちーを消そうとする吉良にハーヴェストで応戦する重ちーだったが、吉良のスタンド、キラークイーンの特殊能力により瀕死の重傷を負ってしまう。一瞬の隙をつき、吉良の前から逃げることに成功した重ちーはクレイジー・ダイヤモンドに傷を治してもらうため、そして吉良の脅威を知らせるため仗助の元へ向かう。
ボタンの持ち主を探していた承太郎と康一は靴のムカデ屋で殺人鬼・吉良吉影のスタンドが放つ第２の爆弾「シアーハートアタック」に遭遇する。康一は逃げる吉良を追おうとするが、承太郎はそれよりも再び攻撃する隙を狙っているであろうシアーハートアタックを警戒するよう促す。まずは犯人を確保すべきと考えた康一は慎重な行動をとる承太郎に納得がいかない。しかし、次の瞬間、シアーハートアタックが康一に取り付き―！
進化したエコーズＡＣＴ３の能力でシアーハートアタックを重くし、なんとか難を逃れた康一だったが、そこへ殺人鬼・吉良吉影が姿を現す！ついに目の前に現れた殺人鬼に強い怒りを感じた康一はＡＣＴ３で吉良に対抗するが、まったく歯が立たない。公衆の面前で恥をかかされたことに気がおさまらない吉良は、康一に容赦ない攻撃を浴びせるのだが…。
吉良吉影の手がかりを得るため、かつて吉良が住んでいた家を調査する仗助たち。それといった特徴のない吉良だが、承太郎は家の中の物から高い知能と能力を隠すため、わざと自分の長所や短所を人前に出さない男だと分析する。それと同時に、長年切った爪とそのデータを机の引き出しに保管しているのを発見。仗助たちは平凡な男の異常な趣味を目の当たりにし、不気味さを感じていた。すると、ふいに机上にあるポラロイドがひとりでにシャッターを切って…。
弓と矢を奪い仗助たちの元から逃走した吉良吉廣は、息子の吉影を守るため味方となるスタンド使いを探していた。矢に射抜きたいものを選べと告げると、矢はある人物を差す―。その頃、吉良吉影を追う露伴は杜王駅前で通勤中の会社員の写真を撮影していた。吉良が誰かとすり替わったのであればそいつとして通勤していると考えたのだ。吉良がその家族を消し去る前に見つけたいと願う露伴。そこに突然、少年がジャンケンをしてほしいと声をかけてきた。
顔を奪い、川尻浩作として生活を始めた吉良だが、自分の本性を隠したまま生活をすることにいらだちを覚え始めていた。道行く女性を見ては自分の本性を打ち明けたい、その細い首を絞め殺してみたい…という衝動を懸命に抑える吉良。しかし、川尻の妻・しのぶの首筋を見た瞬間、殺人衝動に駆られて―！一方、仗助たちは杜王町の外れの麦畑でミステリー・サークルに倒れた不思議な男を発見する。
チンチロリン勝負でイカサマがおこなわれていると感じた露伴は自身の小指にペンを突き立てる！次の勝負で仗助のイカサマを見破れなければ、２００万円でクレイジー・ダイヤモンドに治療を頼んでやるが、イカサマの正体を見つけたときは、仗助の小指を貰うという露伴。さらに、取り立て人として玉美を呼び出し、心の錠前で、仗助がイカサマをしないという逃げ道も封じる！！
露伴に窮地を救われた仗助は、謎の足跡型スタンドの本体を探す。どこまでも追ってくるスタンドをバイクで振り切り、康一に電話をしてエコーズで敵本体を探してもらおうと考えるが、仗助の匂いを覚えたスタンドは大まかな位置をつかんで仗助の傍へ現れるため、時速６０キロ以下に減速する事すらできない。何とか携帯電話を入手し康一へ連絡を取ることに成功するが、気が付くと目の前には海が迫っていて―！
ある朝、しのぶから地下室で喉に大きな穴が開いたブリティッシュ・ブルー種の猫を見つけたという話を聞いた川尻。あの『矢』で射抜かれた猫なのではないかと考えた川尻が地下室へ様子を見に行くと、そこには死んだ猫の姿があった。猫に恐怖したしのぶがホウキを振り回した際に倒したビンの破片で喉を切って死んでしまったようだ。川尻は家の庭に猫を埋葬してやるのだが、翌日、猫を埋めた場所からは怪しげな植物が生えて…。
行方不明となった吉良吉影の姿を探していた吉廣は川尻浩作を発見する。間違いなく息子の吉影だと確信した吉廣は川尻に近づこうとするが、その後ろには川尻をビデオで隠し撮りする早人の姿が！露伴や承太郎たちも吉影を捜索している中、このままでは見つかってしまうと考えた吉廣はある行動に出る。一方、登校中の仗助と億泰は道端で双眼鏡に変身した未起隆に遭遇。使われていない鉄塔を見てくれと言われ、双眼鏡を覗くと、そこには鉄塔の上で生活する男がいた！
火事の修理と見積もりのため、露伴の家に一級建築士の乙雅三がやってきた。露伴は家の中に乙を招き入れるが、乙のとる奇怪な行動に興味を惹かれる。その頃、仗助は鉄塔に捕らわれてしまった未起隆を助けるため、再び鉄塔内で鋼田一と対峙していた。しかし、鉄塔の構造を熟知した鋼田一は仗助の攻撃を余裕でかわすと、今度は思いもよらぬ攻撃を仕掛けてきて…。
乙雅三の背中を見たことで露伴はスタンドのチープ・トリックに取り憑かれてしまった。チープ・トリックへの攻撃はそのまま本体である露伴自身に返ってきてしまうため、むやみに攻撃することもできず、露伴は窮地に立たされる。そして、康一を探していた仗助と噴上の前にあらゆるものを紙にして閉じ込めるスタンド・エニグマを持つ少年が現れる。エニグマの少年がポケットから取り出した紙にはあるものが隠されていて…。
チープ・トリックの攻撃に困り果て、自宅に康一を呼び出し助けを求める露伴だったが、スタンドが取り憑いた背中をどうしても見せようとしない露伴の姿に、康一はからかわれているのではないかと不信感を抱き、怒って帰ってしまう。チープ・トリックに屈辱を味わわされ怒りに震える露伴は、意を決して自宅を出て杜王グランドホテルに向かうことにする。しかし、それは背中を見られる危険性のある過酷なものだった！
追い詰められた川尻浩作は、早人を手にかけてしまった。事故に見えるよう早人を殺害したが、露伴たちが早人の存在に気づき、明日にも川尻家を調べに来ようとしているという最悪のタイミングだった。このままでは、正体がバレる、捕まってしまう―！絶望の淵に追い詰められた川尻だったが、突如、吉廣の持っていた矢が川尻を突き刺して―！
キラークイーン第３の能力「バイツァ・ダスト」によって岸辺露伴を爆破し、同じ朝に戻ってきたということを聞かされた早人は、キラ・ヨシカゲを倒せるのは露伴のような「能力を持つ者」だけだと思い、露伴を死なせずにキラのことを伝えようとする。しかし、一度起こった運命の結果は変わらない。早人が露伴に会わなくても露伴は爆発してしまう。キラ・ヨシカゲを倒せないのかと苦しむ早人の目の前に、さらなる人物が現れ…。
ストレイ・キャットの空気弾で吉良を殺そうとした早人の作戦は失敗に終わった。早人が何度も同じ朝を往復していると察した吉良は、露伴の他にも何人かを吹き飛ばしている、そしてこれ以上同じ朝に早人を戻らせることは危険だと思い、今回でバイツァ・ダストを解除しようと考える。「運命は」自分に味方してくれていると確信した吉良だったが、そこにある人物が現れた。
キラークイーンとストレイ・キャットの攻撃によって追い詰められた仗助と早人は接近戦に持ち込むため近くの民家に逃げ込むが、そこへ空気弾が壁をすり抜け入り込んできた。灰皿の灰をまき、空気弾を視認できる状況にすることでかわそうとする仗助だったが、なぜか空気弾は仗助を追いかけてくる！外から見えるはずがないのに確実に仗助を狙っている空気弾に仗助と早人は動揺する―。
ついに仗助たちは吉良を追い詰めた！承太郎たちも集まり、絶望の淵に立たされた吉良だったが、それでもなお、助けにやってきた救急隊員の女性にバイツァ・ダストを仕掛け、時間を吹き飛ばそうする。自ら女性に自分の正体を明かすことでバイツァ・ダストの発動条件を満たした吉良は、キラークイーンのスイッチを押す！杜王町の未来をかけた最終決戦、いよいよ決着―！
漫画家・岸辺露伴は、担当編集者の泉京香との打ち合わせで、京香が山奥の別荘を買う話を漫画にしないかと提案される。その別荘地には、世界的大富豪11人が住んでおり、元々はいずれもごく普通の生活を送っていたのだが、25歳の時、この別荘地の購入を機に全員成功を収めていったという。その奇妙な土地が800坪・300万円という破格の値段で売りに出されているのだ。彼らが成功した年齢と同じ２５歳の京香は、自分がこの別荘を買うところを取材してみないかと露伴に持ちかける…。大富豪たちの成功は偶然なのか…それとも何か裏があるのか…。好奇心にかられた露伴は、彼女の付き添いとして、謎の「富豪村」へ同行する―。
漫画家・岸辺露伴は読み切りの打ち合わせにきた漫画編集者の貝森稔に原稿料の前借りを申し出る。妖怪伝説の漫画を描くために取材を行っていたところ、その土地に開発業者がリゾート道路を通そうとしていたため、周囲の山を6つ買って阻止したらリゾート計画で高騰していた地価が暴落、破産したと言うのだ。あまりの内容に貝森は呆気にとられるが露伴は「ちゃんといたんだから取材の価値は十分にあった」「『六壁坂』の妖怪は今もそこにいる」と続け、彼が取材で訪れた六壁坂村で数年前に起こったある事件と取材時に起きたある出来事を語り出す。
杜王町から原宿へ遊びに来ていた橋本陽馬は、モデル・プロダクションのスカウトから声をかけられる。そこからモデルの仕事を始めた陽馬は、「プロのモデルは肉体を鍛え上げなければならない」というプロダクションからの教えに感化され、トレーニングに没頭し始める。杜王グランドホテルのジムで陽馬と出会った漫画家・岸辺露伴は、些細な会話から陽馬とあるゲームを始めることになる。「時速25kmまで加速したランニングマシンで、どちらが早く緊急停止ボタンを奪って押せるか」。勝負に対し異常な執念を見せる陽馬の身体に、ある変化が現れ始めた。
漫画家・岸辺露伴は、取材旅行で訪れていたイタリア、ヴェネツィアの教会内にある「懺悔室」を取材していた。懺悔室とは自分の犯した『あやまち』を神父に告白し、魂を浄化する場所。その叡知に興味を抱いた露伴は、自ら告白を体験してみようと試みる。しかし露伴は誤って本来神父のいるべき部屋に入ってしまい、懺悔する者の部屋にはひとりの男が入ってきた。「体験はリアリティを作品に生む」。好奇心に駆られた露伴は、男の懺悔に耳を傾けることにする。そして男は、ある恐怖の物語を懺悔し始める。
南イタリアの都市、ネアポリス。風光明媚な観光地だが、ギャングが支配する街でもある。ジョースター家の宿敵・DIOの息子と思しき人物「汐華初流乃」を探すため、この街を訪れた広瀬康一は、青年ジョルノ・ジョバァーナと出会い、荷物を盗まれてしまう。その際、康一はジョルノこそが探していた「汐華初流乃」であり、同時に彼がスタンド使いであることを知る。一方、ジョルノはギャングの「涙目のルカ」から因縁をつけられてトラブルになり、それが原因で同じくギャングのブローノ・ブチャラティから狙われることになる……。
涙目のルカに重傷を負わせた犯人を探るブチャラティは、スタンド「スティッキィ・フィンガーズ」の攻撃でジョルノを追い詰める。対するジョルノは、スタンド「ゴールド・エクスペリエンス」で応戦。ジョルノは戦いのなかで、ゴールド・エクスペリエンスに「生命を与える」能力だけでなく、攻撃した相手の「感覚だけを暴走させる」能力があることを知る。
「パッショーネ」に入団するというジョルノの覚悟を理解したブチャラティは、ジョルノに入団試験を受けさせる。試験を出すのは刑務所に収監中の幹部・ポルポ。ポルポはジョルノに炎が灯ったライターを渡し、24時間、炎を消さないよう命じる。しかし試験に臨むジョルノの前に、盗まれたパスポートを取り返すため、康一が現れた。
ライターの炎を再点火すると、突如、ポルポのスタンド「ブラック・サバス」が出現し、攻撃してきた。ジョルノは苦戦するも「ブラック・サバス」の弱点を見抜き、追ってきた康一と共に立ち向かう。その戦いの中で康一が「矢」の存在に気付き、ポルポの課した試験の狙いがスタンド能力の発現にあることを知る。
「パッショーネ」の入団試験に合格したジョルノは、ブチャラティの部下であるレオーネ・アバッキオ、グイード・ミスタ、ナランチャ・ギルガ、パンナコッタ・フーゴ と出会う。ジョルノを迎え入れたブチャラティチームの一行は、ポルポの隠し財産の100億リラを回収するため、カプリ島へと向かう。一方、噂を聞きつけた「パッショーネ」のギャング達も、ポルポの遺産を狙い動き始めていた。
カプリ島へ向かう船の上で、何者かからスタンド攻撃を受けたブチャラティ一行。ひとり、またひとりと船から消える中、隠れた敵の正体を暴くために、ジョルノは自ら攻撃を受ける。新入りを信用していないアバッキオだったが、ジョルノが覚悟を証明したことで、アバッキオはスタンド「ムーディー・ブルース」を発動。ナランチャに起こった出来事を「再生（リプレイ）」させ、ブチャラティと共に敵の能力の謎へと迫る。
ポルポの遺産を狙っていた組織の一員、ズッケェロを倒し、捕らえられていた仲間を救出したブチャラティ。しかしズッケェロは戦いに敗れる前に、ブチャラティたちがカプリ島へ向かっていることを仲間の男に無線で連絡していた。ムーディー・ブルースの能力でその男がすでにカプリ島で待ち伏せしていることを知ったジョルノとミスタは、船より先に島に上陸し、その男を始末すると提案する。
ジョルノと共にカプリ島に上陸したミスタは、ズッケェロの仲間・サーレーを発見。ミスタはスタンド「セックス・ピストルズ」の能力で撃った弾丸を操作し攻撃するが、サーレーのスタンド「クラフト・ワーク」の前に苦戦を強いられる。なんとか反撃を試みるミスタだったが、彼の手元には弾丸が「4発」しか残っておらず……。
ポルポの隠し財産である100億リラの回収に成功したブチャラティたち。そんな彼らの前に、組織の幹部ペリーコロが現れる。ブチャラティから100億リラを受け取ったペリーコロは、ブチャラティを幹部に昇進させ、さっそくボスからの命令を伝える。その内容は、ボスの娘トリッシュ・ウナを組織の裏切り者たちから護衛することだった。
ホルマジオのスタンド「リトル・フィート」の攻撃を受けたナランチャの身体は、少しずつ小さくなっていた。しかしナランチャはスタンド「エアロスミス」のレーダーを駆使し反撃。エアロスミスの激しい攻撃に追い詰められる中、ホルマジオは「暗殺者チーム」がボスから受けた屈辱の記憶を思い出していた……。
ボスの娘・トリッシュを狙うホルマジオは、リトル・フィートの能力でナランチャの身体を数センチまで縮ませ、捕獲。蜘蛛の入った瓶にナランチャを閉じ込め、トリッシュの居場所を問い詰める。絶体絶命の状況の中、『トリッシュを守る』という決意のもと、ナランチャはエアロスミスの銃弾を放ち、反撃を図る。
「暗殺者チーム」からトリッシュを守り安全に逃げるため、ブチャラティ達に下ったボスからの第二指令は、ポンペイ遺跡に隠されたある「乗り物」の鍵（キー）を回収することだった。指令に従い、ポンペイ遺跡へ回収に向かうジョルノ、アバッキオ、フーゴの3人。そしてフーゴは、遺跡の壁に不自然に掛けられた鏡の中に、怪しい人影を見つける……。
鏡の中に潜んでいたのは、暗殺者チームの一員、イルーゾォだった。イルーゾォのスタンド「マン・イン・ザ・ミラー」によって鏡の中に引きずり込まれたフーゴは、スタンド「パープル・ヘイズ」を発動し、応戦を試みる。一方、任務の遂行を第一に考えるアバッキオは、フーゴを探すよう主張するジョルノを残し「犬の床絵」へと向かう。しかし、アバッキオが鍵を回収しようとした瞬間、彼も鏡の中へと引きずり込まれてしまう……。
「ヴェネツィアまでトリッシュを連れて行く」。ボスからの次なる指令に従いブチャラティ達はネアポリス駅へ向かう。「6番ホーム、『亀』のいる水飲み場で『鍵』を使え」。メッセージに従い水飲み場を探すが、鍵穴がみつからない。一方、暗殺者チームのプロシュートとペッシがネアポリス駅までブチャラティ達に迫っていた。鍵穴の謎を解いてフィレンツェ行きの超特急へ飛び乗るブチャラティ。追いすがる暗殺者チーム。そして、列車が発車する。
列車の中で姿を隠したブチャラティ達をあぶり出すため、プロシュートは、スタンド「ザ・グレイトフル・デッド」の能力で、車中の人間を無差別に老化させはじめる。亀の中に隠れていたブチャラティ達だったが、次第に老化が始まり危機に陥る。ミスタが外に反撃へ向かうが、罠を張っていたペッシのスタンド「ビーチ・ボーイ」に捕らえられてしまう。プロシュートとペッシ、ふたりの暗殺者にミスタは追い詰められる。
セックス・ピストルズNo.6の知らせを受け反撃に出たブチャラティだったが、ザ・グレイトフル・デッドの強力な能力の前に苦戦を強いられる。『覚悟』を決めたブチャラティは、プロシュートを道連れに時速150kmの列車の外へと身を投げ出した。激闘の末、最後の力を振り絞りザ・グレイトフル・デッドを発動するプロシュート。その姿に、彼の覚悟を「言葉」ではなく「心」で理解したペッシ。ブチャラティとペッシの『覚悟』がぶつかり合う。
プロシュートとペッシを打ち倒したブチャラティ達は、車でヴェネツィアへと向かっていた。暗殺者チームのメローネは、現場に残されていたブチャラティの血液を採取しスタンド「ベイビィ・フェイス」を発動。列車にいた女性を襲い生み出されたスタンドは、ブチャラティが発するエネルギーを自動追跡する遠隔パワー型スタンドだった。
ベイビィ・フェイスが生み出したスタンドの「人間を別の物体に組み替える」能力をヒントに、ゴールド・エクスペリエンスの能力で「身体の部品を作る」方法を見出したジョルノ。奪われた身体を復元し、反撃に出る。一方トリッシュを狙う暗殺者チームのギアッチョは、メローネと合流するため、ジョルノ達のもとへ車を走らせていた。
空気中の水分を超低温で凝結させ、スーツのように身に纏うギアッチョのスタンド「ホワイト・アルバム」。走行中の車内で低温による攻撃を受けながらもなんとかヴェネツィアに到着したジョルノとミスタだったが、運河へ車ごと飛び込んだ結果、窮地に陥ってしまう。自らの犠牲を厭わない様子のミスタに、ジョルノは犠牲の心でなく『覚悟』が必要であることを示す。
互いに示した『覚悟』により、強敵ギアッチョを倒したミスタとジョルノ。入手したDISCの中に収められていたメッセージは、「サン・ジョルジョ・マジョーレ島の教会にある大鐘楼、その塔の上にトリッシュを連れて行く」というボスからの最終指令だった。トリッシュを連れ、塔を昇るブチャラティ。しかしエレベーターの中から突如としてトリッシュが姿を消す。ブチャラティはエレベーター内に残された痕跡を見て、ボスの真の狙いに気付く――。
ボスの真の狙いが自らの正体を完全に消し去るためにトリッシュを始末することだと悟ったブチャラティは、信じた正義を再び裏切ったボスを倒し、トリッシュを救い出すことを決意する。一方、ボートでブチャラティの戻りを待つジョルノは、ただならぬ異変を感じていた。『空の雲はちぎれ飛んだ事に気づかず、消えた炎は消えた瞬間を炎自身さえ認識しない』。ボスのスタンド「キング・クリムゾン」が立ちはだかる。
それぞれの『正義』、それぞれの『意志』により、組織を裏切る道を歩み出したブチャラティ達。トリッシュも自らの意志で「自分は何者から生まれたのか」を知るために、「母は『サルディニア島』で父と出会った」と話す。ヴェネツィアで様子を伺っていた一行だったが、レストランでの食事中、ナランチャがスタンド攻撃を受ける。ボス直属の親衛隊が、動きを見せ始めた。
ナランチャに攻撃したのは、親衛隊のスクアーロのスタンド「クラッシュ」だった。さらに、スクアーロの相棒・ティッツァーノのスタンド「トーキング・ヘッド」の能力により、考えていることの逆を言ってしまうナランチャ。スクアーロとティッツァーノはナランチャを利用してチームを撹乱し確実に追い詰めていく。二人の親衛隊を相手に危機に陥るナランチャだが、無事ヴェネツィアを脱出するため、臆することなく立ち向かっていく。
スクアーロとティッツァーノを倒したブチャラティたちは、ボスの過去を探るためサルディニア島へ出発する。ジェット機を確保するためマルコ・ポーロ空港へ向かったところ、一人の不気味な男が近づいてきた。スタンドを発動しようとしたそのスタンド使いを、ミスタは攻撃される前に射殺。あまりのあっけなさに違和感を抱きながらも飛び立った一行だったが、ジェット機の中、ジョルノは戸棚から不審な物音を聞く……。
空港でミスタが殺害した男・カルネのスタンドは、自らが死んで初めて発現するスタンド「ノトーリアス・B・I・G」だった。『動き』に反応し次々に襲い掛かるノトーリアス・B・I・G。ジョルノは両腕を失い、ゴールド・エクスペリエンスの能力が使えなくなったかのように思われたが、ブローチに生命を与え左手を創り出していた。トリッシュはその左手を守ると決心し、ブローチに向かうが、動きを感知されてしまう。絶体絶命かと思われたそのとき、トリッシュのスタンド「スパイス・ガール」が発現した。
1965年、夏。アドリア海に浮かぶ女子刑務所の中で一人の女性が男児を出産した。奇妙なことだが、彼女は女性しかいない環境下で2年前から服役していたにも関わらず妊娠していたのだった…。時が経ち現在、サルディニア島に一人の若い青年が訪れていた。彼の名はドッピオ。時を同じくして暗殺者チームのリーダー、リゾットもトリッシュとブチャラティたちの行方を追ってサルディニア島に到着する。ドッピオとリゾットが、コスタ・ズメラルダで出会う。
スタンドの音を聞き取った仕草から、ドッピオがボスから信頼されたスタンド使いであると判断したリゾットは、磁力を操るスタンド「メタリカ」によりドッピオを攻撃する。ドッピオはボスからの電話により与えられた「キング・クリムゾン」の能力の一部「エピタフ」を使い応戦。戦いの最中、ドッピオの様子が徐々に変化していることに気付いたリゾットは、ドッピオの正体を悟る。
リゾットの猛攻により窮地に陥ったドッピオだが、 崖の下にいたナランチャのエアロスミスによる銃撃を誘い込み、 リゾットに致命傷を負わせる。 ブチャラティとナランチャはエアロスミスが察知した敵を確認するため崖の上へと向かい、 アバッキオはトリッシュの母親を撮影した人物の正体を暴くため、 ムーディー・ブルースで15年前の海岸を再生（リプレイ）する。
死の間際、アバッキオはムーディー・ブルースの再生（リプレイ）を終え、ボスの顔と指紋をデスマスクとして仲間たちに残した。アバッキオの意志を継ぎ、残された指紋からボスを探し出そうとするブチャラティ達に、突然何者からか通話が入る。謎の男は、ボスの名は「ディアボロ」であると明かし、ディアボロを倒す可能性が『矢』にあると話す。ブチャラティたちは男に会うため、男が待つローマのコロッセオへと向かう。
ブチャラティたちを待ち受けていたのはボスの差し向けた追手、チョコラータとセッコだった。チョコラータはスタンド「グリーン・ディ」を発動。生物を腐らせるカビによりブチャラティたちが到着した漁村の人々諸共、無差別に攻撃を始める。ブチャラティたちは攻撃を避けコロッセオを目指そうとするが、セッコがスタンド「オアシス」で行く手を阻む。
チョコラータがヘリコプターに乗り上昇を始めると、「グリーン・ディ」は能力により殺傷範囲を拡大。そのままローマへと向かい、ローマの街全体に殺人カビを撒き散らそうとする。チョコラータの狙いを阻止しようとするブチャラティたちの前に、セッコが立ちはだかる。ジョルノとミスタはチョコラータ、ブチャラティはセッコと対峙することを決意する。
激戦の末、チョコラータを打ち破ったジョルノとミスタ。しかしチョコラータが最期に残した留守番電話を受け取ったセッコは、コロッセオにボスを倒す秘密があることを知る。チョコラータの敗北を悟り、秘密を求めコロッセオへ向かおうとするセッコ。セッコを阻止するためブチャラティは攻撃を仕掛けるが、「オアシス」の強力な能力に苦戦する。コロッセオを目前に熾烈な戦いが繰り広げられる。
セッコとの戦いに勝利したブチャラティだが、 その身体は限界に近づいていた。 既にローマに到着していたボスは、 ドッピオの姿でブチャラティに声をかけ接近。 ブチャラティの様態を察し、 自らがトリッシュであるかのように振る舞うことで存在を偽装する。 コロッセオにはボスを倒す秘密を握る男が待っていた。 そして時が飛び、ボスの真の姿が明らかになる。
ボスを倒す秘密を握る男ジャン・ピエール・ポルナレフ。彼の前に現れたのはブチャラティたちではなく、パッショーネを統べるボスの真の姿、ディアボロだった。ポルナレフを始末しようとディアボロがキング・クリムゾンを発動したその時、ポルナレフのスタンド「シルバーチャリオッツ」が「矢」に貫かれた。ディアボロ、そしてコロッセオに近づいていたジョルノたちの身体に異変が起き始める。次第に力が入らなくなった彼らは倒れ、眠りにつく。深い眠りから覚めた彼らの精神には、ある変化が現れていた。
「矢」に貫かれた「シルバーチャリオッツ」は、「チャリオッツ・レクイエム」となり暴走を始め、辺り一帯にいる者の精神をそれぞれ入れ替えてしまった。混乱するジョルノたちの前にポルナレフが姿を現す。「力のある者が『矢』を使えば、その者はすべての生き物の精神を支配する力を持つことになる」――。ポルナレフからスタンド力（パワー）には「先」があると知らされたジョルノたちはブチャラティと合流し、レクイエムから「矢」を奪おうとする。
暴走した「チャリオッツ・レクイエム」の真の能力により、ポルナレフの身体が異形のモノへと変貌を始めた。異常な事態に、一刻も早くレクイエムから「矢」を取り上げようと追うブチャラティたち。しかしジョルノは「ディアボロの精神が、この中の誰かに取り憑いている」と告げる。身体と精神が入れ替わったジョルノたちに潜む、ディアボロの精神。鎮魂歌が奏でられる中、ジョルノたちとディアボロ、どちらが先にレクイエムから「矢」を奪うか。そして遂に、ディアボロが姿を現す。
トリッシュの精神に取り憑いていたディアボロは、レクイエムの謎を解き「矢」を奪うことに成功。 ジョルノ達は矢を取り返そうと攻撃を繰り出すが、時を飛ばすキング・クリムゾン、 そして未来を予知するエピタフの能力を前に、攻撃は届かない。 そしてディアボロが自身のスタンドに「矢」を突き立てようとしたその時、 ブチャラティは、レクイエムを完全に破壊する。 圧倒的な力を持つディアボロに、ジョルノ達は立ち向かっていく。
ブチャラティ達が繋いだ 「矢」を受け取ったジョルノは、 ディアボロとの死闘の末、 ゴールド・エクスペリエンスを矢で貫いた。 「真実から出た『誠の行動』は決して滅びはしない」。 進化したジョルノのスタンド「ゴールド・エクスペリエンス・レクイエム」は、 ディアボロを「死ぬ」という真実へさえも辿り着かない、 終わりのない「終わり」へと葬る。
ジョルノがブチャラティ達に出会う前、 ブチャラティの元へある花屋の店主が訪れた。 店主は、数か月前に『奇妙な形の石』を持ったまま 娘がマンションから飛び降りて亡くなった事件の、 真相を突き止めて欲しいと依頼する。 捜査を任されたミスタは、 疑いのある娘のボーイフレンドだった彫刻家・スコリッピを見つける。 スコリッピはミスタに「われわれは皆『運命の奴隷』だ」と告げ、 ミスタの前に現れた奇妙な石は、 ブチャラティのある『運命』を告げていた。
恋人とのドライブ中に起きた不慮の事故により、窃盗とひき逃げの罪で起訴された空条徐倫。無実を訴えたものの、恋人と弁護士に裏切られ「州立グリーン・ドルフィン・ストリート重警備刑務所」に収容される。15年の実刑に絶望する徐倫だったが、父から贈られたペンダントに触れたことにより、不思議な力が目覚めていて…
徐倫の刑務所生活が始まった。しかし、同じ監房の囚人・グェスの常軌を逸した行動によって、徐倫は窮地に追い詰められていく。グェスは徐倫のペンダントによって、不思議な力・スタンド能力が目覚めていたのだ！グェスの能力で身体を小さくされた徐倫は、自らのスタンド「ストーン・フリー」の能力でグェスに立ち向かうが…
徐倫は刑務所内で、野球帽をかぶった謎の少年と出会う。少年は徐倫に「面会人と会ってはならない」と警告する。刑務所内にいるはずのない少年の存在に違和感を覚える徐倫だったが、翌日、少年の言葉通り面会人が訪れる。その人物こそ、徐倫の父・空条承太郎だった…
数年ぶりに再会した父・承太郎から、すべてはDIOの元部下であるジョンガリ・Aによって仕組まれた事件だったと聞かされた徐倫。承太郎の話に戸惑う暇もなく、ジョンガリ・Aのスタンド「マンハッタン・トランスファー」が徐倫を襲撃する。
面会室で目を覚ました徐倫と承太郎。二人は敵のスタンドに夢を見させられながら、ゆっくりと身体を溶かされていた。どこまでが現実で、どこからが夢だったのか。承太郎のスタンド「スタープラチナ」の能力で面会室から脱出した二人に、新たな敵の影が忍び寄る。
謎のスタンド「ホワイトスネイク」の能力によって、承太郎は自身のスタンドと記憶を具現化した2枚の「DISC」を奪われ、仮死状態となってしまった。徐倫は父の命を救うため、刑務所内に戻りDISCを取り戻すことを決意する。一方そのころ、スタンド能力に目覚めたエルメェス・コステロの前に、異常な男囚・マックイイーンが現れる。
農場で二人の囚人が行方不明になった。徐倫とエルメェスは捜索チームに立候補する。徐倫たちの目的は、農場のトラクターのタイヤに隠されているホワイトスネイクのDISC。しかし捜索中、エルメェスが奇妙なことに気づく。5人いたはずの捜索チームに、なぜか6人いるのだ。チームに違和感が広がるなか、やがて看守の姿も消え…
突如湿地帯に現れ、徐倫たちに襲いかかる正体不明のスタンド。徐倫とエルメェスは本体を突き止めるため、ほかの3人の囚人たちを問い詰めるが、どこか様子がおかしい…。スタンドの正体は、ホワイトスネイクによって知性を与えられたプランクトンの集合体「フー・ファイターズ」だった。高い知性をもつ強敵に、徐倫とエルメェスが挑む。
死んだ女囚・エートロの姿を借り、徐倫たちと行動を共にすることになったF・F（フー・ファイターズ）。ある日、運動場で徐倫とF・F（フー・ファイターズ）がキャッチボールをしていると、女囚・ミラションが現れ、「100回まで続かない方に100ドル」と賭けを持ちかけてくる。徐倫たちは警戒しながらもその誘いに乗るが…
農場で手に入れた承太郎の「スタンドのDISC」をスピードワゴン財団に渡すためには、警備の目をかいくぐり中庭へ向かわなくてはならない。徐倫に与えられたタイムリミットは20分。そこに現れたエンポリオ少年によって、徐倫はとある部屋へ案内される。部屋にいたのは、見知らぬ二人の男。そのうちの一人、寡黙な男、ウェザー・リポートが徐倫の護衛につくと言い…
新たな敵、ラング・ラングラーのスタンド「ジャンピン・ジャック・フラッシュ」の攻撃を受け、身体が無重力状態となってしまった徐倫とウェザー・リポート。無重力はさらに真空状態を作り、二人を絶体絶命のピンチに陥れる。ウェザー・リポートの天候を操る能力で雲のスーツを作り、それを纏うことでなんとか耐えしのぐが……。
ラング・ラングラーを退けた徐倫とウェザー・リポート。しかし徐倫は目的地である中庭を目前にして、プッチ神父と遭遇してしまう。プッチ神父が黒幕だと知らない徐倫は、彼に中庭へ行かせてほしいと懇願する。仲間の存在を警戒したプッチ神父は徐倫を見逃すが、すでに新たな追手を中庭に向かわせていた。残り時間はあとわずか。徐倫はスピードワゴン財団にDISCを渡すことができるのか？
サヴェジ・ガ―デン作戦の成功以後、エルメェスの姿を見かけないことが気になった徐倫は、彼女の過去を調べ始める。どうやら、彼女はある目的を果たすため、自ら刑務所に入ってきたらしい。一方、当のエルメェスは数日来ある男を監視していた。徐倫はF・F（フー・ファイターズ）とともにエルメェスに真意を尋ねるが、取りつく島もなく追い返されてしまう。
エルメェスは姉・グロリアを殺したスポーツ・マックスに復讐をするため、スタンド『キッス』を使い、奇襲をかける。しかしマックスのスタンド『リンプ・ビズキット』の反撃を受け、防戦一方に。徐倫とF・F（フー・ファイターズ）があらわれ、エルメェスに加勢するも、リンプ・ビズキットの能力である『みえない死骸』を前に、３人は次第に追い詰められていく。
スポーツ・マックスを倒した徐倫は、騒ぎを起こしたことを理由に、『厳正懲罰隔離房』に収監されてしまう。しかし、徐倫はホワイトスネイクに関係する『骨』の行方を追うため、わざと罰を利用して懲罰房に潜入していたのだった。F・F（フー・ファイターズ）は、危険な状況に置かれている徐倫を助けに行くべく、『屋敷幽霊』にいるもう一人の男・『ナルシソ・アナスイ』に目を向けるが……
厳正懲罰隔離房で『骨』を探す徐倫。しかしスポーツ・マックスが倒され、DISCを見られたことに感づいたプッチ神父から、スタンド使いが送り込まれる。スタンド『サバイバー』の能力で闘争心を上げられた看守と囚人により、懲罰房は『ファイトクラブ』と化し、各所で戦闘が始まる。看守・ウエストウッドに襲われる徐倫だが、戦闘中に相手もスタンド使いであることに気がつくも、謎の能力を相手に防戦一方に……
ウエストウッドに辛くも勝利した徐倫。周りを見渡すと既に他の囚人同士の戦闘も終わっていた。異様な形で倒れている囚人と、勝ち残っていた数名の囚人。そのうちの一人『ケンゾー』は、ホワイトスネイクに送りこまれたスタンド使いだと自ら明かす。徐倫が戦闘態勢に入ったその時、忍び寄っていたF・F（フー・ファイターズ）がケンゾーに奇襲をかける。
プッチ神父に送り込まれたケンゾー VS F・F（フー・ファイターズ）の戦いが始まった。ケンゾーのスタンド『ドラゴンズ・ドリーム』の能力がわからず、一方的に攻撃を受けるF・F。戦うにつれ生命線の水分が、少しずつ削られていることに気が付いた徐倫は、アナスイに助けを求めるも断られてしまう。『ドラゴンズ・ドリーム』の突破口を見つけたF・Fは戦いに必要な水分の補給を試みるも……
ケンゾーを退け、『骨』をもって逃げた小男を追う徐倫たち。小男を見つけ『骨』を奪い取ろうとするも、辺りには囚人たちが倒れており、その体からは『植物』が生えていた。そして、そばに近づこうとする徐倫の顔にも……。一方、隠れてその様子をうかがっていたDアンGは、『植物』の原因は『骨』に関係しているのではないかと考えていた……
懲罰房から脱出する際に徐倫が見つけた異形の生命体、『緑色の子供』。そして、それを飲み込んだ敵スタンドらしき『ヨーヨーマッ』。一見従順な素振りを見せるヨーヨーマッと徐倫たちを乗せたボートは湿地帯を進んでいく。だが、徐倫たちが本当に恐れるべきは看守たちの追手ではなく、ヨーヨーマッの見えないスタンド攻撃だった……
スタンド『ヨーヨーマッ』を倒すために、徐倫・アナスイと別行動をし、本体のDアンGを追っていたF・F（フー・ファイターズ）。そこでDアンGを見張っていたプッチ神父を発見し、彼が『ホワイトスネイク』の本体だと知る。ホワイトスネイクの妨害を受けながらもDアンGを撃破するF・F。ヨーヨーマッが消滅すると共に、飲み込んでいた卵が割れて……
『緑の赤ん坊』の捕獲に成功した徐倫とアナスイ。一方、ホワイトスネイクとの戦闘で消滅したように見えたF・F（フー・ファイターズ）だったが、窮地に現れたウェザー・リポートの雨によって間一髪生き延びる。F・Fとウェザー・リポートは徐倫とアナスイのもとに向かい、４人は無事に合流を果たすが…
ウェザー・リポートに扮していたプッチ神父の襲撃から承太郎の記憶DISCとアナスイの命を守り、F・F（フー・ファイターズ）は消滅した。逃げたプッチ神父の野望を阻止するため、徐倫はグリーン・ドルフィン島からの脱獄を決意する。そこに『ミューミュー』と名乗る看守が、ホワイトスネイクからの伝言を持って現れて……
ミューミューのスタンド『ジェイル・ハウス・ロック』の能力で「覚えられる物事が３つまで」になってしまう徐倫。手に縫い付けた『エンポリオに会え』という文字を頼りに動き出す。だが、一方のエンポリオもミューミューのスタンド能力で窮地に陥っていた。記憶を失いながらも警備の目をかいくぐり、徐倫はエンポリオのいる隠し部屋までたどり着くが、それもまたミューミューの思惑通りであった。
プッチ神父を追ってグリーン・ドルフィン島からの脱獄に成功した徐倫たち。脱獄を知ったプッチ神父は、次の「新月」までの5日間、徐倫たちから遠ざかるため北へ向かうも、病院で起こった人質事件に巻き込まれてしまう。一方、徐倫たちに続き、脱獄に成功したアナスイ、ウェザー・リポートは何者かのスタンド攻撃を受けていることに気付く。
スタンド「自由人の狂想曲(ボヘミアン・ラプソディー)」の攻撃を受け体と心が分離してしまったアナスイは、自らの肉体を取り戻すべく、ウェザー・リポートとは別行動をとる。だが、ウェザー・リポートにも「自由人の狂想曲(ボヘミアン・ラプソディー)」は襲い掛かる。町から離れつつあるスタンド本体の位置を察知したウェザー・リポートは雨で道路を封鎖するも……
元恋人のロメオと再会した徐倫は、許しを請う彼からヘリコプターのキーを受け取り、プッチ神父が目指すケープ・カナベラルへと向かっていた。その道中、プッチ神父の存在を西の方角に感じ取る徐倫。進路を変更しようとしたその時、自分の意思とは無関係にまぶたがおりてくる奇妙な症状に襲われる。それはDIOの息子、リキエルのスタンド能力「スカイ・ハイ」の攻撃であった。
リキエルとの死闘を制した徐倫は、ウェザー・リポートがプッチ神父の実の弟という驚愕の事実を知る。その後、プッチ神父の気配を追って救急病院へとたどり着くが、そこで徐倫たちが見たものは、病室に深く掘られた巨大な穴。この中にプッチ神父が潜んでいると確信した徐倫は、それが罠であると知りつつ穴に飛び込む……
ヴェルサスのスタンド「アンダー・ワールド」の能力で、徐倫とエルメェスは墜落する飛行機の記憶の中に捕らわれていた。墜落まであと2分――刻一刻と迫る運命の時。徐倫が飛行機から飛び出して攻撃を仕掛けるも、記憶の外側にいるヴェルサスには届かない。外部からの助けを求めるため、徐倫はエンポリオへ連絡を取った。
ヴェルサスにより記憶がよみがえったウェザー・リポートは、本来の荒々しい性格も取り戻していた。そして、無意識下で発動する彼の恐ろしい能力、悪魔の虹「ヘビー・ウェザー」が現れ、巻き込まれた人間はカタツムリへと姿を変えていく。一方、徐倫たちから逃げ切ったヴェルサスは、プッチ神父の求める「天国へ行く方法」を自分のものとするため、エンポリオを探し出し、承太郎のDISCを奪うことを目論む。
1972年、生まれたばかりのエンリコ・プッチには双子の弟がいた。しかしその弟は死んだ赤ん坊とすり替えられ、兄弟は他人として別々の人生を歩むこととなる。時は流れ、神学の道に進んだ若きプッチの前に現れた、DIOと名乗る不思議な男。この奇妙な邂逅の翌年、プッチは実の弟、ウェス・ブルーマリン（ウェザー・リポート）が生きていることを知る……
「ヘビー・ウェザー」によるカタツムリ化を止めるため、ウェザー・リポートのもとへ急ぐ徐倫たち一方、ウェザー・リポートはプッチ神父によってもたらされた悲劇に決着をつけることを考えていた。プッチ神父の接近を感じ取り、警戒するウェザー・リポートとアナスイだったが、「ヘビー・ウェザー」の対処法を知るプッチ神父は思わぬところから二人に奇襲をかける。
ウェザー・リポートのスタンド能力を封じ込めたDISCを託された徐倫は、プッチ神父を追ってケープ・カナベラルへとたどり着く。スペース・シャトルの打ち上げ施設があるこのエリアは、地球上でも「引力」が弱い場所。新月まであと2日――『天国の時』を待つプッチ神父の身体には異変が起こりはじめていた……
重力に逆らいながら進む徐倫たちを急襲する「ホワイトスネイク」と「緑色の赤んぼう」が合わさったようなスタンド。それは、プッチ神父に目覚めた新しい能力「C-MOON」。触れた物が裏返る能力に、徐倫たちは苦戦を強いられる。重力の底へ落とされるアナスイを救うため窮地に飛び込んだ徐倫の前に現れたのは……
「C-MOON」の一撃必殺のパンチを受け、裏返りながら姿を消した徐倫。しかし、徐倫の気配に気づいたプッチ神父は、「ジョースターの血統」と確実に決着をつけるため消えた徐倫の後を追う。そして、プッチ神父は確かに感じ取っていた。徐倫の生存だけでなく、もう一人のジョースター、空条承太郎がまもなくここに現れることを……
承太郎、エルメェスと合流した徐倫は、ついにプッチ神父を追い詰めた。しかし、承太郎の放った銛が神父を射貫こうとするその瞬間、「天国の時」がついに訪れる。プッチ神父から漏れ出す幾つものまばゆい光線。徐倫が気が付くと、神父の姿は消え、ケープ・カナベラルを混乱に陥れた重力の逆転は元に戻っていた。
プッチ神父の能力は完成した。新たなスタンド「メイド・イン・ヘブン」による超スピードの攻撃から戦況を立て直すため、「海(オーシャン)」へ決死の移動を図る徐倫たち。アナスイが囮となり、承太郎が「スタープラチナ」で時を止め攻撃を仕掛ける。しかし、プッチ神父の行動がわずかに早く、承太郎が目にしたのは徐倫に今にも突き刺さらんとする大量のナイフ……
全てを巻き込む「時の加速」は止まらない。やがて宇宙は一巡して……目を覚ましたエンポリオがいたのはグリーン・ドルフィン・ストリート刑務所。人類は世界の終点に到着し、新しい世界を迎えた。以前の世界からの因縁を断ち切るために現れるプッチ神父。絶体絶命の窮地に陥ったエンポリオは、徐倫が授けてくれたDISCを頭へ押し込んだ……
