“철수하는 적들을 바다에서 잡을 수 없다면, 적들이 모두 떠나버린 빈 바다의 적막을 나는 감당할 수 없다.” 전란의 막바지. 삼도수군통제사 이순신은 7년전쟁의 종지부를 찍을 최후의 결전을 앞두게 된다. 순천 예교성에서 농성중인 왜장 고니시 유키나가를 공격하기 위해 조명연합군 결성을 서두르는데... 그러나 이미 전의를 상실한 명나라 수군도독 진린은 출정을 거부한다. 이에 이순신은 더는 진린을 장수로 인정하지 않을 것이라며, 자존심을 자극한다. 반면 고니시에게 매수되어 번번이 협공약속을 어겨왔던 명나라 육군제독 유정은 선조에게 출전하겠다는 장계를 올리고, 왜교성 공략에 강한 의지를 보인다. 1598년 10월 초이틀. 극적으로 결성된 조명연합군은 수륙협공으로 왜교성 공략에 나서게 되나, 또다시 왜군에게 매수된 명나라 제독 유정의 배신으로 조명연합수군은 위기에 처하게 되는데...
"임금은 적이 두려웠고, 그 적과 맞서는 수군통제사가 두려웠던 모양이다." 왜교성전투는 조명연합군과 왜군 양측 모두에게 적잖은 피해를 가져왔다. 이순신은 아군의 피해도 있었지만 적선 수 십 척을 격침시킨 승전이었다는 장계를 올리고, 궁지에 몰린 왜장 고니시 유키나가는 다시 유정을 매수해 왜교성전투 패배의 책임을 모두 이순신에게 돌리는 장계를 올리도록 한다. 동시에 상반된 두개의 장계를 받고 갈등하는 선조. 또한 조정에서도 이 장계의 처리를 두고 동인과 서인이 각기 입장을 달리하여 일대 파란이 인다. 한편 고니시는 진린을 매수하여 이순신에게 퇴각로를 열어주면 포로를 돌려보내겠다는 제안을 하지만, 이순신은 일언지하에 거절한다. 진린마저 물길을 차단하여 완전히 고립된 고니시는 이순신에 대한 증오로 광분하게 되고... 이순신을 백성의 영웅이라 칭송하는 밀서를 받게 된 선조는 괴로워한다. 왜군과 연통이 닿아있는 유정제독은 또다시 이순신의 역심(逆心)을 의심하는 장계를 올리고, 이를 받은 선조는 이순신에게 압박을 가할 심산으로 선전관을 파견하게 되는데...
“오는 적보다 가는 적이 더 무섭다. 적은 철수함으로써 세상의 무의미를 내 눈 앞에 완성해 보이려는 듯 했다.” 조정에서 파견된 선전관은 왜교성전투 패배의 책임을 물어 삼도수군통제사 이순신에게서 조선수군에 대한 모든 지휘권을 박탈, 명나라제독 유정에게 넘긴다. 분개하는 장수들과 동요하는 군졸들. 그로 인해 진중의 질서는 무너져 내리고... 이 기회를 놓치지 않은 왜장 고니시 유키나가가 포로의 수급을 베어 조선군 진중으로 돌려보냄으로써, 진중은 더욱 흔들리게 된다. 무군지죄(無君之罪)까지 들먹이며 이순신을 압박해오는 선전관. 점차 전의를 상실하여 반목하는 장수들. 그러나 왜적을 물리치겠다는 이순신의 굳은 의지는 변함이 없다. 조선군 진영의 혼란을 틈타 고니시 유키나가는 지원군 요청을 위한 척후선을 급파하고, 이에 이순신은 어명을 거역하면서까지 군사를 움직이게 된다. 이를 목도한 선정관은 이순신에게 역모의 죄를 물어야 한다는 밀계를 올리게 되는데...
“적에게도, 그리고 나에게도 여기는 사지(死地)였다.나는 죽음을 각오했던 것인지, 삶을 각오했던 것인지는 확실치 않다.” 이순신은 선전관을 감금시키고 최후의 결전을 준비한다. 출전의 날. 이순신은 선전관에게 적을 무찌르고 부하를 지키기 위해서는 역도의 누명을 쓰는 것 쯤 두렵지 않다는 굳은 의지를 밝히고, 모든 책임을 자기에게 있으니 부하들을 부탁한다는 말을 남긴다. 이순신의 결심을 알 듯한 선전관은 놀라게 되는데.. 한편 사천에 주둔 중이던 시마즈 요시히로(島津義弘)는 고니시 유키나가를 구함과 동시에 불패의 조선장수 이순신의 목을 취하기 위해 1만2천 대군을 이끌고 급히 노량으로 출정한다. 마침내 노량-! 조선의 사활을 건 최후의 결전이 펼쳐진다.
“나는 용감해지고 싶은 거야. 균이 형님처럼...” 이순신, 원균, 유성룡이 함께 유년시절을 보낸 1555년 한양 건천동. 건천동 대장 원균은 아랫마을과의 전투를 앞두고 추가 병력을 모집하고 있다. 원균 형님처럼 용감해지는 것이 소원인 겁쟁이 소년 이순신도 이에 지원을 하지만, 폭포에서 뛰어내리는 입단 신고식을 통과하지 못해 탈락하고 만다. 간절하게 부대원이 되고 싶은 순신의 열망을 알게 된 원균은 순신에게 마지막 기회를 주게 되는데... 산세가 험하기로 유명한 장군바위를 정복할 것! 험한 산길에 비까지 내리자 아이들은 하나 둘 돌아가고 마침내 순신과 원균, 둘만이 남게 되는데...