ＦＢＩに出向していた都市伝説オタクの美人刑事・音無月子（長澤まさみ）が一時帰国した。月子の目的は、富士山に関する都市伝説を語り合うシンポジウムに参加すること。月子はさっそく会場となる富士山麓へと向かう。と、そこへ警視総監になったばかりの武重治（伊武雅刀）が現れた。武は月子のため、警視庁内に都市伝説が絡んだ全国の事件を追う「非科学事件捜査班（略称：ＵＩＵ）」を設立し、月子の上司・丹内市生（竹中直人）を班長に任命。月子はＵＩＵ設立にあわせ、警視庁に復帰することに。 その矢先、事件が起こった！ シンポジウム当日の朝、25年かけて辿り着いた富士山の謎の真実を発表する予定だったＵＭＡ研究家・中野修二（瀬川亮）の死体が、本栖湖の湖畔で見つかったのだ。地面には中野の遺体を引きずった跡が残されており、樹海の方へと続いていた。しかも不可解なことに、中野の手の平には謎の赤い古代文字が…。遺体を発見した月子はその状況を確認するや、ある確信を抱く。 「この事件には富士山の都市伝説が絡んでる！」 中野は本栖湖で多数目撃証言のあるＵＭＡ「モッシー」を研究し続けていた男。彼はシンポジウムでモッシーの真実、あるいは富士の樹海で自殺を遂げられなかった者たちが暮らすと噂される“地図にも載らない村”の秘密を公表しようとしていたのではないか…。 月子はさっそく、帰国した彼女にいち早く会おうと駆けつけていた鑑識課員・勝浦洋人（溝端淳平）も巻き込み、捜査を開始。中野の自宅アパートから、25年つけ続けた日記のうち１カ月分だけが無くなっていることを発見する。