밀거래를 하던 허준이 조건이 탐탁치 않자 물건을 태우라고 하자 놀란 선장은 웃돈을 더준다고 하면서 배포가 큰 허준에게 앞으로도 계속 무역을 하자고 한다. 한 몫 챙긴 허준은 투전판에서 속임수로 돈을 날리게 되자 고을 골목으로 나와 날렵한 솜씨로 투전판 사내들을 두들겨 팬 후 감히 어디서 속이려 드냐며 전대를 빼앗는다. 중국약재를 대주는 의원집을 찾아간 허준은 위독한 어버지를 모시고 진료를 받으러 온 다희를 만나게 된다. 다희는 중국약재를 쓰지 않으면 살길이 막막하다는 말에 남자 행상을 하고 약재를 구하려고 한다. 다음날, 밀거래 단속이 심해졌다는 얘기를 듣고 정황을 살피던 허준은 군졸에게 잡혀간 한 사내를 구해주다 그가 바로 다희임을 알고 깜짝 놀란다. 기방을 들른 허준은 술을 마시며 다희 생각에 젖어드는데... 한편, 어머니 손씨는 허준의 행실에 대해 조심하라고 타이르고 이에 허준은 그래봤자 천민인데 무슨 소용있냐고 반항한다. 하지만 눈물이 글썽한 어머니를 보며 허준은 더이상 화를 내지 못하고...
허준은 사내들이 잠시 허점을 보이는 순간을 이용해 그들을 물리치고 도망친 후, 다희를 뒤쫓으나 종적이 감춰진지 이미 오래다. 궁리 끝에 일단 다희의 목숨을 살려보자는 의도로 허준은 포도청을 찾아가 종사관에게 민자헌 대감이 바로 대역죄인임을 고발하고 이정찬 대감 여식인 다희가 민대감 집에 있을 거라고 아뢴다. 이로 인해 민자헌 대감은 오랏줄에 묶여 포졸들에게 끌려가고, 다희는 가마에 태워져 모셔져 가는 모습을 나무 뒤에 숨어서 쳐다보는 허준은 마음에 아로새긴 여인이자 이제 신분을 되찾은 다희를 잃은 생각에 허망해한다. 자초지종을 알게된 어머니 손씨는 망연자실해 있는 아들 허준을 달랜 후, 산음땅을 향한다. 어머니와 함께 마침내 산음땅에 도착한 허준은 서찰을 품에 지니고 아버지 허륜 대감이 찾아가 뵈라던 사또를 찾는다. 그러나 그 사또는 이미 관직에서 물러난 지 오래다. 오직 아버지 서찰만 믿고 먼길을 내달려 온 허준은 허망해 하고... 찾는 사또가 없자 허준은 허탈한 마음으로 관아를 빠져 나온다. 호구지책도 문제지만, 호패가 없는 신분이 탄로나면 당장 산음에서 쫓겨날 신세임을 한탄하는 허준과 손씨다. 관아의 형방과 호형호제하는 건달 구일서는 허준의 행태를 수상히 여기며 미행하다가, 허준에게 다가가 호패가 없는 사람임을 확인한 후, 자신이 해결해주겠다고 하는데...
각오를 단단히 하고 정진하라는 어머니 손씨의 다짐을 듣고 이른아침, 유의원 댁에 당도한 허준은 전날 한바탕 싸움을 한 부산포로 부터 물을 길어 오는 일부터 하라는 말을 듣곤 무작정 물을 길어온다. 나루에 나가 삼적대사와 예진을 모시러 나간 허준은 심한 통증으로 울고 있는 어린 아이에게 침을 놓아 진정시키는 예진의 모습을 목격하곤 깊은 인상을 받는다. 허준이 길어온 물 맛을 본 유의태는 허준에게 이런 물을 어떻게 쓰느냐며 호통을 친다. 허준이 몰랐다며 변명을 늘어놓으며 용서를 구하자, 유의태는 환자에게 독을 쓴 후, 되돌리려는 심보를 가진자는 의원이 될 수 없다고 하면서 허준에게 물벼락을 내린다. 물에 흠뻑 젖는 허준이다. 다음 날 이른 아침, 물지게를 젊어진 허준은 때마침 마주친 예진에게 약재에 쓰는 물을 어디서 구해야 하는지를 묻고, 예진은 물은 서른 세가지의 종류가 있고 그 쓰임새에 따라 구하는 방법이 다르다는 것을 일러주는데...
늦은 밤, 전날 약재 창고에서 마주쳤다는 얘기를 하지 말라고 협박을 하는 부산포를 면박주며 되돌려보내는 허준. 함안댁 소개로 바느질 일감을 찾으러 나선 손씨는 목적지가 유의태 의원댁 마님임을 알곤 주저한다. 그때 멀리서 아들 허준이 피고름이 묻은 수건을 빨면서 힘겨워하는 모습을 보고는 안스러워하는데... 유도지는 다음날 내의원 취재(시험)를 통과해 이 지긋지긋한 시골을 떠나, 아버지 유의태 처럼 살지 않겠다는 포부를 예진에게 밝힌다. 급한 환자가 들이닥치자 병무잡이 임오근은 유도지를 모셔오라 이르나, 유의태 부인 오씨가 내의원 취재(시험) 공부에 방해된다며 오근보고 진료하라 이른다. 오근은 당황하고 허준과 예진은 안타깝게 지켜본다. 오근이 환자 치료를 버거워하자 예진은 유도지를 불러와 치료케한다. 예진은 자기도 병자를 진료할 수 있게 해달라고 한다. 그러나 유도지는 진료하자면 온갖 험한 꼴을 볼 것이라며 만류한다. 이때 예진은 유도지를 왜 병사로 불러들였냐며 오씨에게 꾸지람을 듣는다. 오씨가 내치라는 환자를 문밖으로 내치려던 허준은 출타후 돌아온 유의태가 자초지종을 듣고 다시 들이라 이르자 환한 표정으로 환자를 다시 들인다. 유의태는 유도지를 불러 위급한 환자를 내팽겨치고 무슨 공부냐며 나무란 후, 친분이 두터운 삼적대사를 통해 왜 의원이 되려는지를 알아본다. 유도지가 시험을 단념케하려는 것 아니냐며 화난 표정을 짓자, 유의태는 더 큰 의원을 만들고자함이라 이르며 아직 멀었다고 말하자, 유도지는 자리를 박차고 나오는데...
면접을 무사히 치룬 후, 합격만을 기다리던 유도지는 다음 날 낙방한 것을 알고는 영문을 몰라하면서 시험관을 찾아 답안을 확인하려 한다. 지나치던 정작은 유도지의 아버지 유의태가 양예수의 가슴에 비수를 꽂았던 과거를 전해준다. 유의태와 양예수의 구침지회(닭에게 9개 침을 놓고도 닭이 멀쩡히 돌아다니는 것으로 침술의 경지를 이름) 내기를 통해 유의태가 침술에 우위를 보여줬던 것이다. 유의태로부터 그 치욕을 당한 양예수가 시험 면접관이었다는 사실과 아버지 때문에 합격할 방도가 없음을 깨달은 유도지는 참담함을 느끼고, 허준은 그런 유도지를 안타깝게 쳐다본다. 한편, 한양 땅에서 허준이 애타게 찾는 다희는 양태와 함께 산음땅에 도착해 허준을 찾아 나선다. 하루종일 찾아도 헛수고만 하던 다희와 양태는 주막에서 구일서를 만나, 허준의 행방을 부탁한다. 아무것도 모르는 구일서는 엉뚱한 작자가 허준을 찾는다며 손씨에게 말한 후, 괜한 사람이 허준을 찾는다싶어 허준이 산음땅을 떠난 지 몇 개월 됐다고 이른다. 이를 전해들은 다희는 혼절해 유의태 병사로 옮겨지고 예진에게 진맥을 받는다. 한편 시험에 낙방한 유도지는 한양 기생집에서 초췌한 모습으로 만취한다. 이를 보다 못한 허준은 산음으로 내려가자고 설득하는데...
구일서를 통해 누군가가 자신을 찾는다는 소식을 들은 허준은 영문을 몰라하고 구일서는 몸을 숨기라고 말한다. 하지만 병사 일을 놓을 수 없다고 하는 허준. 유도지의 명에 따라 약초꾼으로 격상된 허준은 부산포 일행과 함께 길을 나선다. 그러나 허준을 시기하는 부산포 일행은 허준을 산새가 험하고 산짐승들이 득실대는 곳으로 안내하고, 허준은 별 의심없이 약초를 찾아 나서다 날짐승에 위협을 받아 봉변을 당하고 독이 서린 약초를 먹다가 의식을 잃고 쓰러진다. 예진의 처방으로 기력을 찾은 다희는 이곳에서 허준을 찾을 길이 없다는 양태의 말을 듣자 허탈해한다. 한편, 의식을 찾은 허준은 자신이 문둥병자가 있는 동굴 안에 있음을 알고 질겁하는데... 이때 삼적대사가 나타나 병자를 무서워하는 놈이 무슨 의원이 되려하느냐며 호통을 치고, 허준은 잘못했다고 용서를 구하며 온몸의 독을 제거할 약을 받아 마신다. 얼마후 삼적 대사의 지압을 받은 후 깨어난 허준은 여기까지 오게된 자초지종을 얘기하는데...
잡초를 약초로 속여 낭패를 보게한 부산포 일행을 혼줄낸 후 약초를 말리던 허준은 예진으로부터 다희가 나루터에 있을 거라는 말을 듣고 급히 달려나간다. 안타까운 마음으로 기웃거리던 허준은 다희와 양태를 발견하곤 집으로 데려온다. 놀란 손씨는 다희를 돌려보내라고 타이르지만 허준은 그렇게 하면 평생 한을 떨치지 못할 것이라고 방 앞에서 다희와 무릎 꿇고 애원한다. 마침내 손씨는 허락을 하고, 허준은 병부잡이 임오근에게 혼례를 치루게 됐다고 아뢰고, 옆에 있던 예진은 축하한다고 하면서 다희로부터 받은 비단을 허준에게 건네며 부인될분께 드리면 알거라고 하면서 행복하길 빈다고 전해달라고 한다. 정한수 한그릇만 떠놓고 조촐하게 혼례를 치르는 허준과 다희의 저편에서 예진은 애잔하고 쓸쓸한 얼굴로 그들을 지켜본다. 늦은 밤 만취해 돌아온 유도지는 유의태를 보자 분을 삭이지 못하고, 책을 마당으로 갖고 나와 갈갈이 찢고 불태운다. 보다못한 예진은 이를 만류하고 도지는 방으로 들어가, 취재에 합격해 내의원에 들어가고자함은 예진 때문이라고 하면서 자신의 마음을 받아줄 사람은 예진 밖에 없다며 도와달라고 하는데...
예진이 필서한 한의학 책을 몸에 지니고 약초를 캐는 허준은 일을 마치고 의원댁으로 돌아오자마자, 유도지로부터 캐온 약초의 양이 형편없다고 면박을 듣는다. 순간 삼적대사와 함께 들어오던 유의태는 허준이 캐온 약초를 보고 누가 캤냐고 하면서 모름지기 약초 한뿌리를 캐더라도 이런 정성으로 캐야한다고 이른다. 표정이 일그러지는 유도지, 허준은 이에 난처해하는데... 더부살이 하던 구일서 집을 떠나 인근 폐가를 손봐 이사한 허준은 다희에게 고생이 되더라도 참으라고 하고, 다희는 산음땅이 아니라 나라에서 제일 가는 의원이 될때까지 뒷바라지를 열심히 하겠다고 이야기한다. 이 얘기를 엿들은 손씨는 다희에게 싸늘한 시선을 보내며 뱁새가 황새 쫓다 가랑이 찢어진다고 허준에게 이른다. 사냥을 하던 구일서와 양태로부터 짐승의 내장을 도려낸 이상한 흔적을 보았다는 얘기를 들은 허준은 뭔가를 추적하다가 험한 꼴을 한 안광익이란 사람을 만난다. 그가 사는 움막에 놓여진 한의학 책과 약초에 대한 범상치 않은 지식을 확인한 허준은 깊은 인상을 받는다. 진찰 순서를 앞당겨 달라며 돈을 건네는 환자 보호자에게 이러면 안된다고 거부하는 허준. 이 상황을 목격한 유도지는 눈에 가시처럼 보이던 허준에게 어떻게 돈을 받을 수 있느냐며 앞으로 병사에도 들지 말고, 책도 보지 말라고 호통친다. 예진은 자초지종을 들어보자 하지만, 도지는 오히려 예진이 허준을 버려놨다며 면박을 준다. 품을 팔러 의원댁에 온 다희는 몰래 이 상황을 지켜보곤 서글퍼하는데...
손씨는 구일서와 양태를 찾아와 허준이 홀린 사람처럼 매일 새벽마다 서리를 맞고 들어온다며 뭐하고 돌아다니는지를 알아봐달라고 부탁한다. 허준을 미행하던 구일서와 양태는 이를 알아차린 허준에게 들키고, 허준이 돌아가라하자 구일서는 미쳤다고 하고 양태는 착잡한 얼굴로 허준을 보는데... 그러나 손씨와 다희의 걱정에도 아랑곳 않으며 허준은 안광익에게 의술 배우기에 전념한다. 한편 병사를 돌아보던 유의태는 궂은 일을 마다않으며 병자를 정성으로 보살피는 허준과 다친 사람이 백정이라 멸시하는 유도지를 바라보며 둘을 비교한다. 아들 도지가 예진과 혼인 의사를 굽히지 않자 오씨는 함안댁을 시켜 예진의 신랑을 수소문한다. 함안댁이 나이가 많고 곰보인 신랑이라며 주선을 주저하자, 오씨는 괜찮다며 예진에게 혼사를 다그친다. 그러나 예진은 오씨에게 혼인할 뜻이 없다고 아뢰고, 오씨는 그렇다면 앞으로 도지에게 대하는 자세를 올바르게 하라고 단단히 이른다. 예진은 유의태를 찾아가 삼적대사와 함께 대풍창(나병) 환자들을 돌보고 싶다고 아뢴다. 왜 굳이 벅찬 일을 하려하냐고 하면서 다른 이유가 있냐고 묻는 유의태에게 결연한 자세로 보내달라고 하는 예진이다. 유도지는 예진을 만류하지만, 작심한 예진은 서로의 갈 길이 다르다며 설득한다. 떠나는 예진을 바라보며 괴로워하는 도지인데... 한편 허준은 스승인 안광익의 소원이 사람의 배를 갈라 실제로 오장육부를 보고 더욱 깊은 의술을 다지고 싶다는 말을 뇌리에 새긴다. 허준은 구일서와 양태를 설득, 죽은 송장을 구하기 위해 묘지를 찾지만 묘지기에게 들켜 실패하는데...
목매달아 숨이 넘어갈 순간의 딸을 데려와 살려달라고 애원하는 노인의 부탁을 받은 허준은 자신은 의원이 아니라고 말한다. 하지만, 손씨는 사람 목숨이 넘어가게 생겼는데 손을 써보라고 허준에게 말한다. 온 몸 맛사지, 수탉 벼슬 피 먹이기 등 환자에게 여러 방법의 처방을 해도 의식이 돌아오지 않자 노인은 허준의 멱살을 잡으며 오히려 환자를 죽이려 한다며 노한다. 당황하여 밖으로 나온 허준은 얼마 후, 환자의 의식이 돌아온다는 소리를 듣고 기쁨의 눈물을 흘리는데... 손씨와 다희는 대견스러워한다. 겨드랑이 냄새 때문에 환자가 자살하려 했다는 자초지종을 들은 허준은 처방전까지 일러주고, 노부부가 은비녀를 꺼내 놓자, 허준은 자신을 믿고 따님을 맏겨주신 것만으로도 감사드려야 할 처지라며 정중히 거절한다. 한편 유의태 몰래 한증 환자를 손봐온 임오근은 치유가 힘들어지자, 허준에게 처방을 부탁한다. 상태를 상세히 전해들은 허준은 열을 다스려야 한다고 일러준다. 환자가 정신이 돌아오자, 오근은 허준을 보며 좋아하고, 허준은 자신감이 넘치는데...
소갈병 환자의 오줌이 왜 단맛이 나느냐는 유의태 질문에 당황한 허준은 대답을 주저하다가 차분히 자신의 의견을 이야기한다. 정확한 그의 답변에 짐짓 놀라는 유의태. 계속되는 유의태의 질문에 허준이 정확히 답하자 오씨와 도지마저 놀라하고 예진은 미소를 머금는다. 유의태는 그간 노심초사한 흔적이 보인다며 약재 창고를 허준에게 맡기라 이른다. 모두들 놀라하고 허준 또한 거두어 달라고 말하지만, 유의태의 뜻은 변함이 없다. 한참 아래의 허준에게 약재 창고지기를 빼앗긴 부산포 일행은 억울해 하며 행패를 부린다. 감내하는 허준. 집으로 돌아온 허준은 양태로부터 다희가 산통을 겪고 있다는 얘기를 전해들으며 안타까이 여긴다. 결국 남자 아이를 순산한 다희에게 수고했다고 하면서, 유의태 의원에게 칭찬을 받고 앞으로 약재 창고 일을 맡게 될 것 같다고 전한다. 손씨와 다희는 눈물이 글썽하고, 허준도 눈물을 흘리는데... 예진은 약재 창고 정리하던 허준을 찾아가 축하드린다고 하면서 자신이 기록하던 약재목록을 건네준다. 이를 목격한 도지는 질투의 눈빛으로 허준을 노려보는데...
허준은 자신때문에 고생하는 어머니와 수모를 겪은 아내에게 의술 배우는 것을 그만 두겠다고 선언한다. 어머니는 예전에는 더 큰 고충을 겪었으니 포기하지 말라며 허준을 다그친다. 창녕에 있는 성대감의 큰아들이 어머니가 풍으로 쓰러졌으니 유의태에게 발걸음을 하라고 한다. 하지만 중증의 환자들 때문에 갈 수 없다고 하는 유의태. 대신 문하에 있는 의원을 보내겠다고 한다. 도지는 자신이 갈 생각에 미소를 짓는데.. 유의태는 수일 내에 직접 갈테니 허준에게 약재와 함께 떠나라고 당부한다. 도지는 못마땅해 하고 예진은 뒤돌아 흐뭇해한다... 성대감은 병자의 머리맡을 비웠다고 호통친다. 그때 허준이 물지게를 지고 오자 놀라며 분개한다. 물의 쓰임에 대해 설명하자 말문이 막히고... 허준은 정신이 혼미해질 정도로 온 기력을 다해 병자를 보살핀다. 긴장을 늦추지 않고 침을 놓으며 무사히 침술을 마치는데... 갑자기 병자의 차도가 좋지 않아 허준은 탕약으로 병자를 돌봐야 한다고 간청하지만 성대감은 호통치며 허준을 내치는데...
더이상 가망이 없다는 의원의 말을 들은 성대감은 허준을 끌고 오라고 호통을 치지만 창고에 가 본 하인들은 허준이 없어진 것을 알고 놀란다. 하인들에게 끌려온 예진이 영문을 몰라 하자 성대감은 혼자 살려고 함께 온 여자를 두고 도망친 비겁한 놈이라며 산음땅까지라도 뒤져 당장 찾아내라고 한다. 그러나 이때, 허준이 물지게를 지고 마당으로 들어오는 모습에 다들 놀란다. 허준은 무릎을 꿇으며 지금 약을 쓰지 않으면 다시는 못 일어날 거라며 죽을때 죽더라도 의원의 도리를 다하고 싶다고 간절히 부탁한다. 허준의 결연한 의지에 성대감은 탕약을 쓰라고 허락하고 예진은 눈물을 글썽이며 감격스러워 한다. 정성껏 탕약을 다리는 예진과 허준의 노력으로 성대감의 부인 심씨는 드디어 의식을 회복하고...
다희는 어두운 얼굴로 허준에게 자신의 힘으로 의원이 되어야 한다며 서찰을 포기하라고 하지만 허준은 이런 기회는 다시 오지 않는다며 화를 내고 밖으로 나간다. 이를 엿들은 손씨는 허준이 다 알아서 할 것이니 아녀자는 남정네하는 일을 믿고 따르는 것이 도리라며 입막음을 한다. 도지는 문안인사 올리는 허준에게 냉랭한 시선을 건네며 성대감댁 마님 병부일지를 보자 한다. 뭔가 빈틈을 찾으려 몇마디 묻지만 허준의 완벽한 처방에 싸늘한 표정을 지으며 예진과 함께 돌아간다. 또한 평소 허준을 괴롭혀 온 영달과 꺽쇠는 허준에게 잘 보이려고 빨래 등 궂은 일은 자신들이 하겠다며 아부를 떤다. 출타 중인 유의태 대신 환자를 진료하던 도지는 옆에 서 있던 허준을 의식하고 진단과 처방을 하라 이르며 시침에 대해 물어본다. 허준이 대답하지 못하자 예진은 의아해 하고 도지는 자신만만한 얼굴로 하나하나 설명하며 의술에도 체계가 있어 두서없이 공부한것은 언젠가는 한계를 드러내는 법이라고 한다. 도지는 관아의 형방으로부터 내의원 과거가 내년에 있다는 소식을 전해 듣고 뛸듯이 기뻐한다. 도지는 예진에게 본격적으로 공부를 할 거라며 의서를 챙겨달라고 하면서 각오를 다지고 옆에 있던 허준 역시 품안의 서찰을 꺼내보며 결의를 다진다. 한편, 서찰을 받은 허준이 괘씸하다고 생각한 임오근은 허준이 성대감으로부터 서찰을 얻었다는사실을 도지에게 알린다. 도지로부터 이 일을 전해들은 유의태는 굳은 얼굴로 허준을 불러 들이는데...
재차 서찰을 부탁하려고 창녕 성대감 집을 찾은 허준은 아들로부터 성대감이 조정의 부름을 받아 한양에 올라갔고 지금은 벌써 명나라로 동지사를 명받아 떠났을 거라는 말을 전해 듣는다. 절망감에 허준은 강가에서 지난 날을 회상하며 복받치는 설움을 어쩌지 못한다. 집으로 돌아온 허준은 술로 세월을 보내고 손씨와 다희는 이를 안타까이 여긴다. 만취한 채 밤길을 가던 허준은 도지와 오근 일행을 멀리서 발견하곤 몸을 숨긴다. 이때, 삼적대사가 나타나 왜 니가 유의태 문하에서 쫓겨났는지 알겠다고 하자 허준은 나는 죽은 사람도 살린 사람이라며 그래도 그 공로를 다 스승께 돌렸는데 서찰 한 장 받았다고 쫓을 수 있는 거냐고 한다. 이에 삼적대사는 한사람 병자를 살릴 때마다 헛된 욕심과 사악한 마음에서 자신을 구하는 거라며 네 놈은 병자만 살릴 줄 알았지 자신은 살리지 못했다고 한다. 이 말에 멍해진 허준은 멀어져가는 삼적대사를 바라만 보고... 한편, 도지는 이조참판을 지낸 영감의 병을 고치고 와 어머니 오씨에게 자랑스럽게 전하고 함께 기뻐한다. 오씨는 네가 거창에 있는 동안에도 창녕 성대감댁에서 들었다며 그쪽 문중에서 사람을 보내 왔다고 한다. 그럼 허준을 찾은 거 아니냐는 도지의 말에 오씨는 이제 허준은 내쫓겼으니 응당 네가 갈 자리라며 니가 천거만 받는다면 양예수도 무시하지 못할 거라고 하지만 도지는 착찹해 한다. 허준이 개망나니 생활을 하고 있다는 얘기를 들은 예진은 고이 간직한 패물을 내다 팔아 쌀을 마련해 몰래 허준의 쌀가마니에 갖다 놓는다. 예진을 수상히 여긴 침모는 예진을 미행하고 이 사실을 오씨에게 일러 바치는데...
차마 어미와 처자식을 고생시킬 수 없어 부산포와 함께 일을 하게 된 허준은 한진사댁 며느리를 진맥한다. 뱃 속 아이가 사내애임에도 부산포는 딸이라 고하며 아들로 만들 수 있는 비법이 있다며 진사에게 돈을 긁어내고 이 사실을 허준에게는 숨긴다. 극진한 대접을 이상히 여긴 허준은 부산포가 건네는 엽전 몇 냥을 마다하다 받고는 집으로 돌아와 손씨와 다희 앞에 내놓으며 다시는 행상 일을 말라고 한다. 영문을 몰라하는 손씨와 다희에게 허준은 이제 의원의 꿈은 접었다며 그저 돈이나 벌어 가족들이 고초 당하는 일은 없게 할 거라며 나가 버리고 이에 다희는 착찹해 진다. 병사에 성대감댁 아들이 문중에 병자가 있어 허준을 데리러 왔다며 찾아 온다. 이미 허준은 산음땅을 떠났다며 유도지를 내세우는 오근의 말에 성대감 아들은 다른 사람은 필요없다며 돌아서고 이에 오씨와 도지는 발끈한다.
왕진을 나가려던 유의태는 오랜 시간 동안 무릎 꿇고 용서를 구하던 허준에게 시선만 줄 뿐 아무말 않고 나간다. 예진은 삼적대사에게 허준을 거두어 줄 것을 간청한다. 삼적대사는 허준에게 몇마디 묻곤 따라오라 한다. 허준이 놀란 얼굴로 쳐다보자 삼적대사는 진정한 의원의 길을 가고자 한다면 유의원 밑에서 안주하지 말고 대풍창 병자를 돌보는 나를 따르라고 한다. 주저하는 허준에게 예진은 자신도 병자를 돌본 적이 있고 현재는 다른 방도가 없으니 따라가라 한다. 고민 끝에 결심한 허준은 어머니 손씨와 다희에게 함양 삼적사에 의술을 배우러 떠나겠다고 한다. 손씨는 걱정을 하지만 다희는 여기는 걱정 말고 가서 의술에 정진해 내의원이 꼭 되라고 용기를 북돋아 줘 허준은 감격해 한다. 길을 나선 허준은 산 속을 헤매다 대풍창환자에게 얻어맞는다. 이때, 삼적대사가 나타나 허준을 반가이 맞으며 소개한다. 허준은 그 곳에서 스승 안광익을 만나고 서찰에 대한 이야기를 전해들은 안광익은 허준에게 그건 욕심이 아니라 죄라 한다. 이에 허준은 깊이 뉘우치고 있다고 하는데...
삼적대사는 대풍창 병자의 아들을 양자로 들이고 죽은 아들의 이름인 상화로 부른다. 그리고는 양예수에게 내의원을 떠나겠다고 한 후 세상을 등지며 오늘에 이른다. 도지는 허준을 향한 마음의 병을 앓으며 누워있는 예진에게 탕약을 손수 지어 먹이는 등 정성을 다한다. 보다 못한 오씨는 예진에게 도지가 병수발 때문에 의서도 보지 못하고 며칠째 잠 한 숨 제대로 못 잤다며 왜 도지의 앞길을 가로막느냐며 핀잔을 주고 이에 예진은 착찹해진다. 칡뿌리 행상이 변변치 않아 입에 풀칠조차 하기 힘들어지자 다희와 손씨는 걱정이 태산이다. 삯바느질이나 허드렛일을 부탁받았던 함안댁도 유의원댁 일 외에는 도대체 일이 없다고 한다. 다희는 무언가 결심한 듯 유의원댁 마님 오씨를 찾아가 허드렛일을 맡겨주십사 하고 이에 오씨는 거만을 떨며 일을 주라고 지시한다. 오씨에게 다짐을 받은 뒤 삼적사에 들른 도지는 문둥병 환자를 치료하고 있는 예진을 발견하고는 놀란다. 도지는 예진에게 산음으로 돌아가기를 재촉하는데... 이때 허준이 나타나자 도지는 냉랭한 얼굴로 예진이 왜 이 곳에 왔는지 알겠다며 마음에서 지우겠다고 하고 만취해 집으로 돌아간다. 예진은 착찹해하지만 허준은 영문을 몰라 한다.
삼적대사는 대풍창 병자의 아들을 양자로 들이고 죽은 아들의 이름인 상화로 부른다. 그리고는 양예수에게 내의원을 떠나겠다고 한 후 세상을 등지며 오늘에 이른다. 도지는 허준을 향한 마음의 병을 앓으며 누워있는 예진에게 탕약을 손수 지어 먹이는 등 정성을 다한다. 보다 못한 오씨는 예진에게 도지가 병수발 때문에 의서도 보지 못하고 며칠째 잠 한 숨 제대로 못 잤다며 왜 도지의 앞길을 가로막느냐며 핀잔을 주고 이에 예진은 착찹해진다. 칡뿌리 행상이 변변치 않아 입에 풀칠조차 하기 힘들어지자 다희와 손씨는 걱정이 태산이다. 삯바느질이나 허드렛일을 부탁받았던 함안댁도 유의원댁 일 외에는 도대체 일이 없다고 한다. 다희는 무언가 결심한 듯 유의원댁 마님 오씨를 찾아가 허드렛일을 맡겨주십사 하고 이에 오씨는 거만을 떨며 일을 주라고 지시한다. 오씨에게 다짐을 받은 뒤 삼적사에 들른 도지는 문둥병 환자를 치료하고 있는 예진을 발견하고는 놀란다. 도지는 예진에게 산음으로 돌아가기를 재촉하는데... 이때 허준이 나타나자 도지는 냉랭한 얼굴로 예진이 왜 이 곳에 왔는지 알겠다며 마음에서 지우겠다고 하고 만취해 집으로 돌아간다. 예진은 착찹해하지만 허준은 영문을 몰라 한다. 여러 날이 지난 후 도지는 과거 준비에 더욱 정진하기 위해 안동으로 가고 이를 본 양태는 손씨와 다희 에게 먹을 것을 갖다 주며 과거 이야기를 꺼낸다. 다희는 착찹해지고... 한편, 과거 소문을 들은 삼적대사는 허준을 불러 이제 여기는 그만 정리하고 과거를 보러 떠나라고 하지만 허준은 마다한다. 이에 삼적대사는 내의원에 들어가 출세하라는 뜻이 아니라 내의원에는 체계적으로 공부할 수 있는 책과 고귀한 약재가 많으니 죽어가는 백성을 위한 연구에 힘쓰라는 뜻이라고 하는데...
함안댁이 산고 끝에 딸아이를 낳을 즈음, 허준은 과거를 보고자 집으로 돌아온다. 노자돈을 걱정하는 손씨 앞에 다희는 유의원댁에서 허드렛 일을 하면서 모은 거라며 돈을 내놓고 허준과 손씨는 감격해 한다. 손씨, 다희와 양태의 배웅을 받으며 과거보러 떠나는 허준은 가던 길에 스승 유의태와 마주친다. 눈빛만 주고 아무말 없이 가는 유의태를 뒤로 하고 갈 길을 재촉하던 허준은 길목에서 허준의 은혜에 보답하고자 삼적사 사람들이 마련한 노잣돈과 예진의 서찰을 주려고 찾아 온 상화와 수연을 만나게 된다. 필요한 물품이나 사가지고 가라며 거절하던 허준은 정성에 못이겨 받은 후, 허준의 빈자리가 느껴진다며 내의원 합격을 진심으로 기원 한다는 예진의 편지를 읽고는 상념에 잠긴다. 하루 백리길을 걸어 쉬어갈 주막에 당도한 허준은 그곳에서 도지 일행을 만나지만 도지는 불쾌한 얼굴을 하고 임오근은 빈정 거린다. 늦은 밤 주막에 위독한 사람을 살려달라 간청하는 사람이 들이닥친다. 도지를 비롯해 의원들 모두 내일 새벽녘에 과거를 보러 나갈 사람이라며 나몰라라 한다. 뒤늦게 사정을 접한 허준은 병자 식구들에게 자신이 가겠다고 나선다. 주막에 머물렀던 과거 응시 의원은 아까 그 사람이 바로 그 유명한 허준 의원이었냐며 따라 나서고 도지의 얼굴은 일그러지는데... 한편, 마음을 졸이며 하루 하루를 보내던 다희는 유의원댁에서 일하다가 유의태와 마주친다. 유의태는 예를 갖춰 다희를 대하면서 허준을 생각하고 다희는 새삼 유의태의 높은 인품을 느낀다. 정성을 다하여 환자를 돌보는 허준에게 식사라도 대접하려는 환자 가족의 정성을 받아들이는 허준은 식사를 마치고 발걸음을 재촉하려던 차에 문 밖에 병을 고쳐달라며 몰려든 환자들을 보고 난감해 한다. 다른 의원은 갈 길이 멀다며 서두르자 하지만 환자들의 애원에 허준은 갈등하다가 반나절만 시간을 내겠다고 한다. 마침내 허준은 다른 의원과 함께 수많은 병자를 고치기 위해 발벗고 나서는데...
삼적사에 돌아온 상화를 맞으며 삼적대사는 허준을 만나봤냐고 묻고 상화는 고개를 끄덕이며 옆에 있던 예진에게 서찰을 전했다고 한다. 상념에 잠긴 예진을 보던 삼적대사는 뭔가 심증을 잡은 듯 허준은 처자가 있는 몸이라며 빨리 기댈 어깨를 찾아야지 어쩌자고 외로운 가슴앓이를 하느냐고 타이르고 이에 예진은 얼굴을 붉힌다. 약속한 반나절이 지나자 함께 환자를 돌보던 다른 의원이 빨리 떠나자고 하지만 허준은 갈등하다 다른 의원에게 먼저 떠나라며 재차 환자를 돌본다. 자신의 급한 일을 제쳐두고 환자를 돌보는 허준을 보며 촌로와 마을 사람들은 감격해 한다. 허준과 함께 있다 먼저 떠난 의원과 만난 유도지는 허준이 그 곳에 남아 환자를 돌보고 있다는 말을 전해 듣고 무거운 얼굴을 한다. 환자를 돌보느라 며칠 밤을 뜬 눈으로 지새운 허준은 산길을 걸으며 시험 준비에 여념이 없다. 그러나 돌쇠가 안내하는 길을 쫓아온 허준은 뭔가 이상함을 느끼고 그제서야 돌쇠는 위급한 자신의 어머니 병을 한번 봐주십사 거짓으로 길을 안내했다고 털어 놓는다. 시간이 급한 허준이 울분을 토하며 그냥 가려하자 돌쇠는 낫을 들고는 쫓아가 어머니를 살려내지 않으면 죽이겠다고 협박한다. 아랑곳 않는 허준이 돌쇠를 물리치고 걸음을 재촉하려는 순간, 돌쇠 어머니가 각혈을 하면서 방문 앞에서 꼬꾸라지고 이에 허준은 황급히 달려가 부축한다. 결국 허준은 발목이 잡히고 마는데... 한양 내의원 앞, 수십명의 의원이 시권을 교부 받기 위해 웅서거리고 서 있다. 이때, 마을 어귀에서 서성거리던 도지는 내의원 어른이 멀리서 오자 아는체를 하며 긴히 드릴 말씀이 있다고 한다. 도지는 아버지의 치기어린 잘못을 자신과 연관짓지 말아 달라며 어머니 오씨가 챙겨준 금덩이를 건넨다. 한편, 돌쇠의 노파 병을 돌보던 허준은 다가 온 시험날짜와 한양까지의 거리를 계산하며 갈등한다. 그러던 중 자신의 과거 길에 노잣돈을 건네주고 격려를 보내 준 다희와 예진의 모습을 떠올리는데...
돌쇠 노모의 병으로 발목이 잡힌 허준은 탕약을 만들고 돌쇠에게 처방법을 알려 준 후 봇짐을 챙기고 서둘러 떠날 차비를 한다. 돌쇠는 무릎 꿇고 은혜를 어찌 갚아야 할지 모르겠다며 갈길이 머니말을 구해보겠다고 하자 허준은 믿어 보기로 한다. 시권(과거응시권)을 받은 후 의서를 펼치고 차분히 정리하던 도지는 임오근이 자신도 과거에 응하려 한다고 하자 요행에 기대는 쓸데없는 생각은 버리라며 밖으로 나가 버린다. 말을 갖고 돌아왔어야 할 돌쇠가 포졸에게 포박당하고 허준은 말을 훔쳐오라는 공법으로 함께 오랏줄에 묶여 관아에 잡혀간다. 돌쇠는 미안해 어쩔 줄 몰라하고 옥사에 갇힌 허준은 눈물을 삭이며 허망해 한다. 이때, 관아로 허준에게 치료를 받았던 사람들이 몰려와 사또에게 허준의 석방을 간청한다. 자초지종을 들은 사또는 허준을 풀어주고 예를 갖추며 한양까지 당도할 말을 내준다. 희망의 얼굴 빛으로 말을 타고 숨가쁘게 달려가는 허준이지만... 허준이 과거 시험장에 나타난 시각은 이미 시험이 끝날 무렵이다. 8백리 길을 달려왔다며 허준은 간청해 보지만 헛수고고 옆에 있던 오근과 영달은 안쓰러운 눈으로 쳐다본다. 한편, 시험이 끝나고 면접에 들어간 유도지는 면접관인 양예수 앞에 무릎을 꿇고 입격만 되면 충성을 닷하겠노라고 밝힌다. 다소 놀란 양예수는 사사로운 감정으로 당락을 결정하지 말라고 면접관에게 이르고 마침내 유도지는 과거에 합격한다. 감격스러운 마음으로 유도지는 허준을 불러 술을 권하며 지금의 심정을 이해하겠다면서도 매사 작은 일에 얽매이다보면 큰 일을 그르치기 쉬운 법이라며 실수였다고 훈계한다. 내일 등재한 의원끼리 뱃놀이 연희를 벌이기로 했다며 함께 가자는 도지의 말에 허준은 정중히 거절하며 한양을 떠나려 한다고 아뢴다. 요란한 농악대의 풍악 소리와 함께 내의원에 합격한 도지가 마을로 들어온다. 허준이 낙방했다는 소식을 들은 다희는 암담해 하고 손씨는 실성해 쓰러지는데...
낙방한데다 종적까지 감추었다며 손씨는 허준에게 무슨 변고가 생겼다며 몸져 눕는다. 양태와 일서는 걱정하는 다희를 안심시키고 허준이 합격할 거라고 돈내기를 걸었던 구일서는 도망다니느라 정신이 없다. 삼적대사는 예진에게 도지가 내의원에 합격을 했고 허준이 소식이 없는 걸 보니 낙방한 것 같다고 전한다. 이에 예진은 착찹해 하고... 한편, 허준은 진천 버드네골 환자를 정성으로 돌본다. 진천관아의 이방이 찾아와 사또가 허준의 행동을 높이사 상을 내리고 연희를 베풀고자 한다고 전한다. 돌쇠 등 마을 사람들은 좋아하지만 허주은 집으로 돌아가 내의원 합격만을 고대하던 처자식을 보아야 한다며 진료만 끝나면 떠나겠다고 한다. 잔치 준비에 한창이던 오씨는 거만한 자태로 다희에게 허준의 근황을 물으며 오르지 못할 나무는 쳐다보지도 말랬다며 품삯을 후하게 줄테니 일이나 거들라고 한다. 이때, 관아의 사또가 잔치에 올거라는 전갈을 받은 오씨는 들떠서 유의태와 도지에게 전한다. 도지는 기뻐하지만 유의태는 담담해 하고 마당 한켠에서 잔치를 지켜보던 다희의 눈에 눈물이 맺힌다. 잔치가 무르익을 무렵, 사또에게 진천 현감으로부터 파발이 도착한다. 서찰 내용인즉, 산음 사는 허준이란 의원이 가난한 백성을 돌보느라 과거장에 들어가지 못하는 세상에 둘도 없는 의원이라는 것. 허준의 의로운 행동에 감격한 다희는 하염없이 눈물을 흘리며 집으로 달려가고 심각한 유의태의 표정을 살피는 도지 표정은 굳어진다.
동헌 마당에서 유의태와 마주친 허준은 난감해 하며 그냥 돌아가려 하지만 유의태는 의원이 어찌 환자의 병세를 확인하지 않고 가려하느냐며 따라 오라고 한다. 유의태는 진맥하던 허준에게 무슨 병이냐 묻고 허준은 곽란이란 위험한 병이라 이른다. 이에 유의태는 이방에게 허의원의 독력으로 치유될 수 있으니 너무 심려하지 말라며 자신은 물러가겠다고 한다. 유의원이 예상보다 일찍 돌아오자 예진은 놀라고 유의태는 미소만 짓고 들어가 버린다. 오근이 스승님이 허준에게 밀려나셨다며 당시의 상황을 이야기하자 영달은 이 일이 알려지면 우리 약방은 문닫아야 하는 거 아니냐며 걱정을 하고 예진은 그런 일은 없을 거라고 단호하게 말하지만 마음은 무거워진다. 한편, 허준의 처방으로 사또는 급한 고비는 넘긴다. 관아를 빠져나온 허준은 망설이다 유의원댁에 들어가고 이를 본 장쇠가 스승을 밀어낸 배은망덕한 놈이라며 멱살을 잡고 흔들지만 허준은 그냥 몸을 내맡긴다. 이 소란에 유의태는 밖으로 나오고 병과를 알리려 왔다는 허준에게 냉랭하게 들라 이른다. 한동안 침묵이 흐르다 유의태는 병과 처방을 묻고 어느새 예전의 문답을 주고 받던 스승과 제자의 분위기가 흐른다. 말을 마친 유의태는 그럼 병사로 가 병자를 살피라 이르고 허준은 감격에 겨워 눈시울이 붉어진다. 이 소식에 예진, 손씨 그리고 다희는 모두 기뻐한다.
어머니가 허준이 지어준 약을 먹고 눈이 멀었다는 돌쇠는 병사에서 한바탕 소란을 피운다. 진찰을 하던 허준은 돌쇠에게 혹시 부자탕을 또 드린게 아닌가 묻는다. 당혹스러워 하던 돌쇠가 한결 차도가 있길래 그 뒤로도 세 첩을 더 지어 들었다 하자 허준은 암담함에 눈을 감아버리고 돌쇠는 흥분하며 허준에게 어머니를 눈멀게한 책임을 돌린다. 돌쇠모는 자긴 이미 죽은 목숨이었다며 눈이 멀면 어떻냐고 하지만 돌쇠는 어머니가 이대로라면 자기는 못 산다고 해 허준은 더욱 괴로워 한다. 의원 일각에서 고통스런 얼굴로 상념에 빠져 있는 허준에게 예진과 오근은 허의원의 책임이 아니라고 하지만 허준은 자신의 안일한 생각이 병자의 눈을 멀게 한 거라고 한다. 대전에서 돌아온 양예수는 김응택이 병을 치료한 걸로 알고 주상전하가 자네들의 노고를 치하하며 어사주를 내리셨다 한다. 김응택과 송학규는 내심 도지를 살피지만 도지는 아무런 내색을 하지 않는다. 혼자 의서를 보고 있는 도지에게 송학규는 어의 영감의 귀에 이 사실이 전해지지 않도록 입조심하라고 하지만 도지는 오히려 겸손한 태도로 그저 나으리의 높은 의술을 전수받기를 바랄 뿐이라고 해 송학규는 흡족해 한다. 한편, 돌쇠는 허의원은 자기 어머니만 돌봐야 한다며 낫을 들고 병사의 병자들을 내쫓는다. 이로 인해 병자들은 허의원이 독한 탕약을 쓴다며 탕약 먹기를 거부하며 유의원이 오면 그때 먹겠다 한다. 이에 예진이 거부하는 사람들은 모두 병사에서 내치라 이르자 병자들은 마지 못해 탕약을 마신다. 유의태는 삼적과 함께 병사에 돌아와 돌쇠모의 병세를 살피고는 탕약을 쓴 한 시간 후에 시침을 하겠다고 한다. 때가 되어 돌쇠 모가 있는 사랑채에 든 유의태는 허준에게 직접 시침을 하라고 지시한다. 이에 돌쇠는 유의태가 침을 놓아주길 바라지만 오히려 호통을 치며 허준의 침술에 신뢰를 보낸다. 주저하던 허준은 조심스럽게 침을 놓고 모든 사람들은 숨을 죽이며 지켜보는데...