武家に初めての奉公に上がった菜々（清原果耶）は初日の朝から失敗続き。しかし奥様の佐知（谷村美月）と主人の市之進（町田啓太）の優しさに包まれ、すぐに風早家に溶け込む。だが菜々には、実は武家の出身という秘密があった。ある夜、屋敷を訪れた男の名前を聞いて菜々は凍りつく。その男、轟平九郎（北村有起哉）は藩政を陰で動かす誰もが恐れる存在だったが、この轟こそ菜々の父を無実の罪で切腹に追い込んだ敵だった。
市之進（町田啓太）の建白書が突き返された裏に居たのは、やはり轟（北村有起哉）だった。父を陥れた男の姿を初めて見た菜々（清原果耶）は、かつて団子（だんご）をごちそうして助けた壇浦五兵衛（松尾諭）が剣術指南役になったことを知り、剣の指導を願い出る。一方、佐知（谷村美月）が結核に冒されていることがわかり、薬代をつくるため市之進の頼みで質屋に向かった菜々だが、その間に子どもたちがかどわかしに遭ってしまう。
間一髪飛び込んできた菜々（清原果耶）は、五兵衛（松尾諭）に習った突きの型でかどわかしの犯人を倒す。だが無理もたたった佐知（谷村美月）の命の灯は燃え尽きようとしていた。武家の出であることを告白した菜々に市之進（町田啓太）と子どもたちを託し、佐知はこの世を去る。その間に轟（北村有起哉）のわなでぬれぎぬを着せられ、市之進は謹慎処分となった。怒った仙之助（高田翔）たちは、実力行使で轟を除こうと動きだす。
轟（北村有起哉）が襲撃されるのを目撃した菜々（清原果耶）の報告で、市之進（町田啓太）は菜々と轟の因縁を知る。一方、破談になった再婚話の相手、雪江（南沢奈央）が市之進を訪ねて来る。雪江の思いを知り気持ちがざわつく菜々は、追放を覚悟して暇を言い渡す市之進に、佐知（谷村美月）との約束で自分が子どもたちを守ると誓う。やがて風早家は閉門、菜々たちは屋敷を追い出され、市之進は詮議のため江戸送りになると決まる。
野菜を売って生計を立て始めた菜々（清原果耶）。湧田の権蔵（宇梶剛士）一家に因縁をつけられるが、ひょんなことから親しくなる。一方、江戸での詮議で日向屋（本田博太郎）と轟（北村有起哉）の不正に触れ怒りを買った市之進（町田啓太）だが、老臣・柚木（イッセー尾形）の助けで沙汰は据え置きとなる。父の遺品を調べた菜々は儒学者・椎上節斎（石橋蓮司）の協力で不正の証拠を発見。だが轟がそれを奪いに乗り込んで来る。
轟（北村有起哉）に証拠を渡した菜々（清原果耶）だが、それは節斎（石橋蓮司）に作ってもらった写しだった。一方、市之進（町田啓太）が罪を認めれば切腹を免れ、恩赦で市之進を無罪にできると轟に持ちかけられた雪江（南沢奈央）は、菜々を救うために罪を認めるよう勧める手紙を市之進に送る。菜々の身を案じた市之進は苦悩の末、無実の罪を認めることを決意。故郷の村に帰るよう菜々に命ずる手紙を雪江に託す。
雪江（南沢奈央）に子どもたちを託した菜々（清原果耶）は、思い出残る家を離れることを決意。だが恩赦が轟（北村有起哉）の偽計で、市之進（町田啓太）が無実の罪を認めたのは自分のためだと知った菜々は、轟に御前試合での父の仇（あだ）討ちを申し入れる。菜々を始末するよい機会との日向屋（本田博太郎）の思惑で仇討ちが許可され、菜々は轟との対決に臨む。ひと太刀だけかわしたいと仲間に告げる菜々には、ある勝算があった。
