נועה מפקדת לראשונה על מחלקה, ונאלצת להתמודד עם טירוניות בעייתיות, מפקדים קשוחים ומערכת נוקשה.
נועה חדורת המוטיבציה לוקחת פרויקט מיוחד- לשקם מ"כית שהייתה אמורה לצאת מהתפקיד עקב אי-התאמה. בין הטירוניות פורצת מלחמה סביב שאלת בגדי הים במקלחות המשותפות.
המ"מ הקודמת, סאלי, מגיעה לביקור שמערער את מקומה של נועה במחלקה. הטירוניות גונבות את הטלפון של המ"כית שלהן והמפקדות שוברות את הראש כיצד להשיב אותו.
כשחגית מסרבת לקלוט נשק ועלולה שלא לסיים טירונות, צליל יוצאת מגדרה כדי למנוע זאת בכל מחיר. כפיר מתכונן לוועדה שתכריע את עתידו הצבאי ומוצא את עצמו תלוי בחוות הדעת החיובית של נועה.
ביום המטווחים של המחלקה, נועה מוצאת מכתב אהבה מסתורי באפוד שלה ונעשית אובססיבית לגבי זהות הכותבת שלו. צליל מתמודדת עם ההשלכות של ההחלטה שלה לעזור לחגית.
במהלך ערב גיבוש פלוגתי, בו מתחרות המחלקות על גביע יקר מפז, החברות של ספיר וצימר עומדת במבחן לא צפוי. נועה, שלא הוזמנה לאירוע, מוצאת עצמה על גג השק"ם בחברת טירון שמאיים לקפוץ.
שבע חיילות, שלוש עמדות, ולילה אחד ארוך של שמירות. פרק שכולו מפגשים משונים ובלתי צפויים שרק טירונות יכולה לייצר.
לקראת מסדר ניקיון המב"סית, נועה מתעקשת, בניגוד לעמדת כפיר, לקחת עוד פרויקט מיוחד עבור המחלקה שלה. בזמן שצליל מסתבכת עם האורח שלה בבסיס, נועה מתעמתת עם שמרית על אירועי השבת הפלוגתית.
החיילות יוצאות למסע הכומתה שלהן בשטח מחוץ לבסיס. אלא שברית מפתיעה בין שתי אויבות מייצרת עבור המפקדות מסע משלהן.
יום אחרון לטירונות והחיילות עומדות להתפזר ליחידות. חגית מפתיעה את צליל עם שאיפות חדשות, כפיר מבין שנועה לא לכלכה עליו בפני המב״סית, ונועה, אכולת אשמה עקב האירועים האחרונים, עומדת בפני החלטה קשה.
לפני פתיחת מחזור חדש, הבט״ר יוצא ליום כיף בפארק מים. נועה והמפקדות מגלות שאירועי המחזור הקודם הוציאו להן שם רע. הן מנסות לתקן את תדמיתן וגם לעכל את הסמ״פ החדשה.
במקביל לקליטת מחזור חדש של חיילים עתודאים, המחלקה צריכה גם לעכל טלטלה בלתי צפויה. צימר מובילה התנגדות ל"תוכנית 2025" שעליה אחראית טולי.
צליל יוצאת למסע מחוץ לגבולות הבסיס ונקלעת לאירוע חגיגי ולא צפוי. נועה מנסה לנהל יום קליטת נשקים בסגל חסר ונאלצת להיעזר בטולי - שמנצלת את ההזדמנות כדי לנסות לשכנע את צימר להצטרף לצוות ההטמעה בהובלתה.
בזמן שנועה חוששת מהתקרבות המפקדות שלה אל טולי, יוגב מגלה שהילל מתקשה להשתלב במחלקה של נועה ויוזם מבצע לשיקום מעמדו החברתי.
בשביל לאחד את המחלקה נועה יוזמת יום אימון מיוחד בשטח ומסרבת לוותר עליו גם לנוכח עומס חום, חזיונות מערערים ולחץ מצד טולי. כפיר מקבל בשורה משמחת אך מתקשה לשמוח ממנה.
צליל לא מסתפקת בתפקיד שהוטל עליה לקראת טקס יום הזיכרון הבט"רי, ומסתבכת כשהיא פועלת, בעצתה של חגו, כדי לשדרג את מעמדה.
נועה יוצאת שבת בבית הוריה עם משימה שמפחידה אותה יותר מכל. התוכנית שלה מסתבכת עקב נוכחותה של אורחת לא רצויה.
צליל מאבדת תקווה שתקבל המלצה לקצונה מנועה, ומגלה אפשרות לחיים אחרים בבסיס. כפיר טומן מלכודת לטולי ונועה מגלה תופעה מדאיגה בקרב חיילי המחלקה.
הבט"ר עומד למסדר במעמד מפקד מגל, וכולם במתח: הילל מסתכן כדי להתחבב מחדש על חבריו, צימר מחבלת לטולי בהכנות למסדר, וצליל חוצה גבול נוסף.
חגית מתכוננת לשלב הבא בקריירה הצבאית ועוזרת לחיילת במצוקה. בזמן שצליל מצטרפת למאבק של צימר על ההילטונים, נועה וכפיר מתמודדים עם השלכות ההחלטות שלהם בנוגע לטולי.
אקו ותומר כץ, המוזיקאים מאחורי פס הקול של הסדרה המפקדת, בלייב סשן מיוחד לכבוד סיום העונה השנייה של הסדרה המדוברת.
לקראת עליית העונה החדשה והאחרונה של "המפקדת", יוגב מזכיר לנו את כל מה שהספקנו לשכוח וגם מספר מה קרה חמישה חודשים אחרי שנועה וכפיר השטנקרו על המב"סית
נועה, שהוגלתה על ידי המב״סית לחדר האוכל, חוקרת תעלומה במזווה של הבסיס - בזמן שחייה הקודמים בפלוגת געש לא מפסיקים לרדוף אותה.
צימר מגלה שפלוגת געש נבחרה לייצג את הבט״ר בתחרות הפלוגה המעולה, ותעשה הכול כדי למנוע זאת. צליל חוזרת מקורס הקצינים להיות מ״מ בפלוגה.
טולי נוסעת עם כפיר לבה''ד 12 כדי להציג תכניות למפקד מגל, ונתקלת בדמות מעברה שהתאמצה לשכוח. נועה חזרה לפיקוד, ומגלה שאיבדה את הכוח הפיקודי שלה.
חגית יוצאת לשליחות חריגה מטעם המב''סית לנטרל אויבים מבית. טולי עלולה לאבד את כל מה שנלחמה עבורו, ונועה מנסה טכניקות פיקודיות חדשות ומאתגרות.
ביקורת פיקוד מרכז לקראת תחרות הפלוגה המעולה מביאה איתה אורחת מפתיעה שמערערת את האמונה של המפקדים במוסד הטירונות עצמו.
אלונה סער (נועה) ונועם לוגסי (טולי) נפגשות להכין קרמבו ביתי ולרכל סודות מאחורי הקלעים של המפקדת. איך טולי נראתה באודישן, מה באמת קרה בסצנות סקס ולמי מהן מצדיעים ברחוב?
הפלוגה עוברת אימון מטווחים מיוחד לקראת התחרות, בהובלת מדריך קליעה קשוח שמטיל אימה על המפקדים. מייקי מגלה סוד שצליל נואשת להסתיר, וטולי נדרשת לבחירה בלתי אפשרית.
הפלוגות המתחרות משתתפות בערב גיבוש חגיגי בבאולינג לקראת תחילת התחרות. נועה וכפיר נאלצים להסתיר כשל חמור שעלול להביא להדחת הפלוגה מהתחרות.
בזמן ששאר המפקדות יוצאות לשטח התחרות, כפיר, יוגב ומייקי מוצאים את עצמם תקועים בחדר האוכל, מאוימים ע''י כוח עליון שמאלץ אותם להתמודד עם הרגשות שלהם.
נועה נאלצת להוביל את פלוגת געש בניווט בשטח, בלי טולי וכפיר, בזמן שהמפקדים הולכים ויוצאים משליטה. במקביל, צימר יוצאת למשימה מיוחדת מחוץ לבסיס.
תחרות הפלוגה המעולה בשיאה, וכך גם המתח בין המחנות השונים בפלוגה. טולי וצימר לוקחות סיכון מחושב שעלול להיגמר בכלא, ונועה נדרשת לקבל את ההחלטה הפיקודית הגדולה ביותר שלה.
