明鏡医科大学付属病院病理部の病理医。患者とコミュニケーションを取ることが苦手な性格で、最終診断の要であり、人の命を守る最後の砦になれるという思いから病理医になった。病院内ではうだつが上がらず、周囲の職員から見下されている。元看護師の麻帆と結婚し、一人娘・あかりが生まれるが、優柔不断な藤巻に麻帆は幻滅し、今では夫婦仲も完全に冷え切っている。しかし、その人生は殺人球菌「ギフト」の発見によって激変！ 重い病に倒れた麻帆の治療の道を探るため奔走する中、球菌をめぐる熾烈な権力争いの渦中に巻き込まれていく。