Boss, accompagnato da Shiro, Nuke e Mucha cadono in una trappola della Marchesa Yanus che li attira sulla sua isola e li fa prigionieri, offrendoli a Kabuto in cambio di Mazinga. Tetsuya si reca sull'isola ma subisce gli attacchi del mostro, a causa della presenza degli ostaggi. Ma i ragazzi si liberano fuggendo dalle caverne dei Catloo lasciando via libera al Grande Mazinga che però viene attirato sul fondo di una fossa marina.
Nel frattempo l'Isola Vulcanica della Marchesa Yanus attacca la Fortezza delle scienze che cerca di difendersi alla bell'è meglio. Nell'abisso il combattimento è per la vita o per la morte ma alla fine è Mazinga che la spunta e risale in superficie dove viene aiutato da Venus a uscire dai meandri della fossa oceanica tornando in tempo per difendere la base e scacciare il nemico.
「所長、よくわかりましたよ。人間、どんな土壇場へ来ても、最後まで希望を失ってはいけないことを」（鉄也） ヤヌス侯爵がボスボロットを倒し、シロー、ムチャ、ヌケの三人を人質に取った。シローたちは逃げ出すが、切断したボスボロットの首ごと捕虜にしたボスを餌に、グレートマジンガーを誘い出すことに成功。海溝の中に閉じ込めてしまう。鉄也は戦闘獣・バブールの攻撃と水圧とに苦しみながら、反撃のチャンスを窺う。
