Grazie al servizio di spionaggio il Generale Nero scopre l'ubicazione della Fortezza delle Scienze e invia il Generale Insetto Scarabeth che con Mikeros attacca senza pietà. Il Duca Gorgon, appostato nei pressi della fortezza, scopre il punto di decollo di Mazinga che nel frattempo ha subito una pesante sconfitta dalla base volante di Mikene. Nel frattempo un bozzolo contenente un mostro guerriero viene depositato nella foresta. Il bozzolo si schiude e il mostro comincia a fare danni. Boss interviene e viene menomato; tocca a Venus intervenire e inizialmente riesce a contrastare il nemico. Tetsuya intanto, dopo aver ricevuto le cure necessarie alla base, decolla di nuovo e costringe Mikeros alla ritirata.
「兜甲児の留守中は、俺たちが平和を守るリーダーだ！」(ボス) 諜報軍団のアルゴス長官の部下・ゴーゴン大公は、グレートマジンガーの基地が海中にあることに気が付く。報告を受けた大昆虫将軍スカラベスは、戦闘獣ムガリッサを放ち、研究所攻撃作戦を開始した。その頃、ジュンの気を引こうと、おしゃべりカラスのバカラスを捕らえていたボスは、ムガリッサの卵を発見する。
