Die Außerirdischen haben inzwischen den gesamten Militärstützpunkt inklusive Elsie unter ihre Kontrolle gebracht. Godzilla will Nick und seinen Freunden helfen. Dabei gerät auch er in die Gewalt der Aliens.
From their secret base on Isle Del Diablo, the aliens assemble their forces. H.E.A.T. desperately fights to resist, but are easily defeated. Once captured and brought to the Tachyons, they are told that the monster army, including a brainwashed Godzilla, will be used to attack major cities across the world in preparation for a full-scale invasion of Earth. At its head marches the aliens' ultimate weapon: Cyber-Godzilla.
Pourchassant la monstrueuse chauve souris, le H.E.A.T. découvre un des dinosaures aquatiques en charge de la protection du vaisseau des aliens. Au même moment, Cyber GINO apparaît tandis que King Cobra, C-Rex, le Rat et Queen Bee refont surface à leur tour.
Desde su base secreta en Isle Del Diablo, los alienígenas reúnen sus fuerzas. HEAT lucha desesperadamente por resistir, pero es derrotado fácilmente. Una vez capturados y llevados a los Tachyons, se les dice que el ejército de monstruos, incluido un Godzilla con el cerebro lavado, se utilizará para atacar las principales ciudades de todo el mundo en preparación para una invasión a gran escala de la Tierra. A su cabeza marcha el arma definitiva de los alienígenas: Cyber-Godzilla.