Die Bemühungen der Premierministerin bleiben ohne Erfolg und die Atomrakete wird von dem amerikanischen U-Boot abgefeuert. Die Tachikomas opfern sich, indem sie den Satelliten, in dem sich der Server mit ihrer KI befindet, zum Absturz bringen und damit die Rakete im Flug zerstören. Batou kann die beiden Verschütteten befreien und Kuze wird in Gewahrsam genommen. Der Rest des Teams übergibt das Plutonium an das Militär. Im Regierungsgebäude wird Verteidigungsminister Takakura als einer der Drahtzieher des Konflikts festgenommen. Kazundo Gouda versucht sich mithilfe der CIA, die den gesamten Konflikt offenkundig mit inszeniert hat, nach Amerika abzusetzen. Er wird allerdings von der Polizei aufgehalten und von Major Kusanagi getötet. Zur selben Zeit ermordet ein weiterer Mitarbeiter der CIA Hideo Kuze in seiner Zelle, da man keinen charismatischen Anführer in Japan gebrauchen könne.
Kuze and the Major come up with a plan to save the refugees, but the chances of its success are slim. Realizing this, the Tachikomas disobey the Major's orders and come up with a plan of their own. Batou has also disobeyed the Major's orders to go to the bridge and is desperately searching for her in the ruins of Dejima. Meanwhile, the Prime Minister is frustrated with being spurned by the Chief Cabinet Secretary. Determined to be remembered as more than a mere figurehead, she takes matters into her own hands.
Un missile nucléaire est lancé du sous-marin, les Tachikomas vont essayer de l'arrêter. Kusanagi et Kuze se retrouvent coincés sous des décombres.
Commovente conclusione di questa seconda serie.
この終焉は、通過点の一つであり、又始まりでもあるのだろう。自らを賭して攻撃を阻止したタチコマ。革命の行く末を見極めることなく逝くクゼ。ゴーダとの因縁を精算する9課。そして──。
종언은 수많은 통과점의 하나일 뿐이며, 또 다른 시작일 뿐이리라. 자기 희생으로 공격을 저지하는 다치코마. 혁명의 완성을 보지 못하고 눈을 감는 쿠제. 고다와의 인과를 청산하는 9과. 그리고…
El JMSDF deja suelto con otra ronda de huelgas fuego de artillería y de misiles como refugiados en Dejima intentan evacuar la isla a bordo de balsas y botes. En un intento de salvar tantas vidas como sea posible de refugiados, órdenes Kusanagi las unidades Tachikoma para asegurar el mayor espacio, ya que pueden encontrar en la red para almacenar recuerdos y los fantasmas de los refugiados, pero las unidades Tachikoma caso omiso de estas órdenes.
