Batou und seine Kollegen versuchen eine Serie angekündigter Selbstmordanschläge zu verhindern, kommen aber immer zu spät. Durch Überwachungsaufnahmen finden sie heraus, dass die Täter Flüchtlinge sind und können so mithilfe der Polizei die letzte Attentäterin in einer U-Bahn-Station stellen. Batou schießt der jungen Frau in den künstlichen Kiefer, wo sich der Auslöser für die Bombe im Bauch ihres Cyborgkörpers befindet. Zur selben Zeit dringt Major Kusanagi in das Computersystem des Nachrichtendienstes ein und stellt Nachforschungen über Gouda und dessen Motive an: er will einen Helden für die Massen erschaffen, der die Führung in dem von Gouda herbeigeführten Konflikt zwischen Flüchtlingen und Staat übernimmt und Japan auf lange Sicht gesehen wieder zu seiner alten Größe verhilft. Auch die Unabhängigen Elf wurden von Gouda eigens als Mittel zu diesem Zweck erschaffen.
Several bombings have occurred throughout New Port City. Each time, Section 9 arrives too late to stop their detonations. With a fifth and final bomb set to go off somewhere in the city, the unit puts all of the information they have found from the first four bombings together.
Even the Cabinet Intelligence Service is having their fair share of difficulties. A hacker has infiltrated its incredibly advanced computer security system. The hacker enters the vast array of information stored at the CIS and begins to collect data...
Alors que des attentats-suicides se succèdent, le major infiltre un super ordinateur gouvernemental pour enquêter sur Gōda.
Colossale battutaccia della Kusanagi: "Se ti affidi alla sola tecnologia [intelligenza artificiale] allora prima o poi ti potranno hackerare anche cani e gatti". Giurerei che l'autore della serie pensa esattamente il contrario: non è da lui ammettere, a questo punto della serie, che l'intuito umano sia ancora innegabilmente superiore a quello delle macchine in qualsiasi caso (specie dopo che lui ha "umanizzato" i Tachikoma nella prima serie).
生きることに希望を見だせない人々がその身をやつす「自爆テロ」。そして、それを阻止するため奔走する9課。一方、単独で内閣情報庁に潜入した草薙は、そこでゴーダの仮想人格と対峙するが──。
삶에서 희망을 찾지 못한 자들이 저지르는 「자폭 테러」. 그리고, 그걸 저지하기 위해 분투하는 9과. 한편에서 혼자 내각정보청에 잠입한 쿠사나기는 고다의 가상인격과 대치하게 된다
Aprovechándose de la situación de los refugiados, unos terroristas cibernéticos lanzan unas bombas contra hombres de negocio, Batou y Togusa deben investigarlo. Mientras tanto, Motoko quiere infiltrarse en el sistema de Gohda para descubrir más sobre los 11 Individuales.