Come un esercito di zombie, i rottami dei robot dell'esercito di Hayato risorgono, posseduti dagli Invasori che si trasformano in Metal Beast, che ingaggiano una terribile battaglia con l'esercito dei robot, che deve vedersela con le proprie armi migliorate dai mostri alieni.
Lo Shin Dragon torna in vita e con dei raggi luminosi teletrasporta al suo interno Go e Kei. I due vengono interfacciati grazie ad arcani meccaniscmi e le loro memorie genetiche vengono prelevate e interscambiate.
dove scoprono un altra potente reliquia del passato: la fortezza volante Kujira, la Balena.
Discutendo con Hayato e Shikishima, Benkei scopre che Go altro non è che un clone, creato utilizzando il codice genetico di Saotome e di Michiru, la figlia defunta del professore; anche i due mostri sgusciati da capsule del laboratorio tredici anni prima, incontrati da Ryoma e Hayato, erano dei cloni, realizzati proprio con il DNA dei due piloti, con lo scopo di pilotare lo Shin Dragon.
Sul campo di battaglia Benkei e Gai a bordo della Shin Getter Bear vengono abbattuti e scagliati all'interno del Laboratorio, dove scoprono un altra potente reliquia del passato: la fortezza volante Kujira, la Balena. Usando la Balena come un ariete, Benkei sfonda una parte dello Shin Dragon, interrompendone le funzioni e liberando Go e Kei. Finalmente riuniti, Kei forma lo Shin Getter-2 e distrugge il Metal Beast, ma lo Shin Dragon è scomparso nel nulla, teletrasportatosi chissà dove.
早乙女に立ち向かったケイの真ジャガー号は、バランスを崩しそのまま落下。真イーグル号との合体でケイを救ったゴウだったが、突如起動した真ドラゴンの中へ取り込まれてしまう。エネルギーを集約し、内部変体するかの様な真ドラゴン。その時隼人は、一時的に弱まった真ドラゴンを破壊すべく戦闘隊を出撃させるが…。
