A few years after the events of Adieu, Galaxy Express 999, Tetsuro and his motherly companion Maetel, tried to get rid of the evil Mechanized Empire, but now that Tetsuro is back on planet Earth, and is getting beaten up by cruel rulers, who overtook after the machines gotten destroyed. Maetel sweeps him away yet again.
Maetel fait escale sur Terre à bord du Galaxy Express 999. Elle est là pour venir chercher Tetsurō. Cela fait un an qu'il est revenu sur Terre de son périple à bord du 999. Maetel retrouve Tetsuro enfermé et enchaîné chez lui dans les bas-fonds de Megalopolis. Maetel le libère et lui propose de l'accompagner dans un nouveau voyage vers la planète Eternal qui le conduira vers sa destinée.
Un anno dopo la morte della regina Andromeda, tutti gli esseri meccanici presenti sulla Terra perdono la vita. Allo stesso tempo un signore oscuro si reca sul pianeta ed introduce lentamente una nuova politica, grazie alla quale le persone possono vivere in prosperità, senza aver bisogno di nulla. Nonostante ciò, la gente non riesce a soddisfare i propri bisogni e il sovrano opta per sacrificare la natura terrena e dopo un anno la Terra viene distrutta dalla fotosintesi naturale. Le persone presenti si trasformano in esseri meccanici che perdono l'interesse per lo sviluppo e disprezzano la natura e tutto ciò che è legato ad essa...
Der Film knüpft ein Jahr nach den Ereignissen von Galaxy Express 999 an. Der junge Tetsuro und seine fürsorgliche Begleiterin Matel versuchen das Universum von dem Mechanized Empire, welches die Erde besetzt, zu befreien.
Un año después de los acontecimientos de "Destino final Andrómeda" Tetsuro es prisionero de un régimen opresor que ha tomado el control de la Tierra, y momentos antes de ser ejecutado, es rescatado por Maetel y el conductor del 999. La razón: una fuerza maligna amenaza a todo el universo, destruyendo planetas poco a poco.
La Tierra es uno de los primeros planetas en ser destruido, mientras el 999 se dirige a un planeta donde podría estar la solución a esa fuerza maligna, donde está una persona que fue capaz incluso de revivir a Claire, la camarera del 999. Tetsuro se enfrenta a una guerrera llamada Helmazaria a bordo del 999, quien hace todo lo posible por asesinarlo.
