| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S01E01 | 太陽に挑む者 |
October 4, 2003
TBS (JP)
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| S01E02 | 禁忌の身体 |
October 11, 2003
TBS (JP)
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| S01E03 | おかあさん…… |
October 18, 2003
TBS (JP)
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| S01E04 | 愛の練成 |
October 25, 2003
TBS (JP)
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| S01E05 | 疾走！機械鎧(オートメイル) |
November 1, 2003
TBS (JP)
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| S01E06 | 国家錬金術師資格試験 |
November 8, 2003
TBS (JP)
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| S01E07 | 合成獣(キメラ)が哭く夜 |
November 15, 2003
TBS (JP)
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| S01E08 | 賢者の石 |
November 22, 2003
TBS (JP)
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| S01E09 | 軍の狗<いぬ>の銀時計 |
November 29, 2003
TBS (JP)
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| S01E10 | 怪盗サイレーン |
December 6, 2003
TBS (JP)
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25 | |
| S01E11 | 砂礫の大地・前編 |
December 13, 2003
Animax
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| S01E12 | 砂礫の大地・後編 |
December 20, 2003
Animax
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| S01E13 | 焔 vs 鋼 |
December 27, 2003
Animax
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| S01E14 | 破壊の右手 |
January 10, 2004
Animax
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| S01E15 | イシュヴァール虐殺 |
January 17, 2004
Animax
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| S01E16 | 失われたもの |
January 24, 2004
Animax
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| S01E17 | 家族の待つ家 |
January 31, 2004
Animax
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| S01E18 | マルコー・ノート |
February 7, 2004
Animax
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| S01E19 | 真実の奥の奥 |
February 14, 2004
Animax
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| S01E20 | 守護者の魂 |
February 21, 2004
Animax
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| S01E21 | 紅い輝き |
February 28, 2004
Animax
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| S01E22 | 造られた人間 |
March 6, 2004
Animax
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25 | |
| S01E23 | 鋼のこころ |
March 13, 2004
Animax
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| S01E24 | 思い出の定着 |
March 20, 2004
Animax
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25 | |
| S01E25 | 別れの儀式 |
March 27, 2004
Animax
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| S01E26 | 彼女の理由 |
April 3, 2004
Animax
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| S01E27 | せんせい |
April 10, 2004
Animax
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| S01E28 | 一は全、全は一 |
April 17, 2004
Animax
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| S01E29 | 汚れなき子ども |
April 24, 2004
Animax
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| S01E30 | 南方司令部襲撃 |
May 1, 2004
Animax
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| S01E31 | 罪 |
May 8, 2004
Animax
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| S01E32 | 深い森のダンテ |
May 15, 2004
Animax
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| S01E33 | 囚われた人間 |
May 29, 2004
Animax
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| S01E34 | 強欲の理論 |
June 5, 2004
Animax
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| S01E35 | 愚者の再会 |
June 12, 2004
Animax
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| S01E36 | 我が内なる科人(トガビト) |
June 19, 2004
Animax
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| S01E37 | 「焔の錬金術師」「戦う少尉さん」「第十三倉庫の怪」 |
June 26, 2004
Animax
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| S01E38 | 川の流れに |
July 3, 2004
Animax
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| S01E39 | 東方内戦 |
July 10, 2004
Animax
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| S01E40 | 傷痕 |
July 17, 2004
Animax
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| S01E41 | 聖母 |
July 24, 2004
Animax
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| S01E42 | 彼の名を知らず |
July 24, 2004
Animax
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| S01E43 | 野良犬は逃げ出した |
July 31, 2004
Animax
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| S01E44 | 光のホーエンハイム |
August 7, 2004
Animax
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| S01E45 | 心を劣化させるもの |
August 21, 2004
Animax
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| S01E46 | 人体錬成 |
August 28, 2004
Animax
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| S01E47 | ホムンクルス封印 |
September 4, 2004
Animax
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| S01E48 | さようなら |
September 11, 2004
Animax
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| S01E49 | 扉の向こうへ |
September 18, 2004
Animax
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| S01E50 | 死 |
September 25, 2004
Animax
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| S01E51 |
ミュンヘン1921
series finale
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October 2, 2004
Animax
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