聖杯戦争。それは万能の願望機を求め、七人の魔術師とサーヴァントが覇を競い合う殺し合い。冬木の地で行われた第五次聖杯戦争終結より幾年。アメリカ合衆国、スノーフィールドの地において観測された聖杯の予兆。盤上に集うイレギュラー尽くしのマスターたちに、次々と召喚される規格外のサーヴァント。そこに顕現する戦いが満たす器は、偽りか真実か。前代未聞の聖杯戦争がいま、幕を開ける──。
砂漠にてアーチャーとランサーが繰り広げた規格外の戦闘により、さまざまな勢力が聖杯戦争の開幕を知ることとなった。事態が混迷を極めていく中、情報の把握と操作に奔走するファルデウスの監視の目が、スノーフィールドに新たに現れた一人の少女を捉える。行き場なく街を歩く彼女の名は、アヤカ・サジョウ。その身体には、令呪に似た紋様が刻まれていた。
