各高校の優劣が卓球の強さで決まる「卓球戦国時代」を舞台に、卓球バトルに燃える高校生たちの姿を描く。強豪校への下克上に意気込む恵比寿長門学園卓球部だったが、生徒の律（佐野勇斗）の暴力事件で、試合停止の処分を受ける。そんな中、学園中から軽蔑される律の元に卓球部部長・松陰（北村匠海）が現れる。
「卓球戦国時代」 高校生同士の優劣を決めるのも、勉強や喧嘩の強さではなく・・卓球の勝敗。 戦国時代の領地争いのごとく、高校同士の覇権争いは熾烈を極めていた。 高杉律（佐野勇斗）の起こした暴行事件によりエビ高卓球部は半年間、試合出場禁止となり、格上高校からひどい仕打ちを受けていた。 そのせいで律は学校中から非難され孤立する。 そんなある日、律の秘めた能力に気づいたエビ高卓球部部長の松陰久志（北村匠海）が律を卓球部へスカウトする。 罪悪感から入部をためらう律だが、仲間を守るため再び卓球に向き合うことを決める。 そんなエビ高の前に 西東京の頂点・八王子南工業高校が立ちはだかる―。
再び卓球を始めた高杉律（佐野勇斗）の前には 部長・松陰（北村匠海）の病などさまざまな障害がたちはだかるも エビ高は見事八王子南工業高校に勝利！ 強い結束力を武器に底辺から勝ち上がってきたエビ高は ついに東京の王者・薩川大学付属渋谷高校との戦いに挑もうとしていた。 しかし決戦を前に、光太郎（古川毅）が何者かに襲われてしまうー！ 薩川 vs エビ高の結果はいかにー！？
エビ高が東京の頂点にたち、戦いに終止符が打たれたと思った、その半年後・・・。 都立八王子南工業高校の部長・近藤勇美（森崎ウィン）は大阪の頂点・天下布武学園との試合に負けていた。 天下布武学園の織田佐之助（荒牧慶彦）はそこで宣言する。 「東京の頂点・エビ高を潰し、他の高校もすべて潰して、天下布武に従わせてみせる。」 唯一無二の存在である大切な家族が痛めつけられる姿を目の当たりにした土方歳鬼（板垣瑞生）は、かつてのライバル高であるエビ高へ向かい、井上紋太（田中洸希）や伊藤俊介（吉澤要人）らに天下布武に復讐するため、の結成を提案する。 しかし、その場にいた明智（草川直弥）に「無理だ」と一刀両断され―――。
土方（板垣瑞生）たちの前の現れた明智（草川直弥）はなんと大阪の頂点・天下布武学園の元エースだった。 明智の口から１年前、大阪で起こったある出来事が語られる。 そのころ、同じく大阪からやってきた謙信ソルト電子工学院がエビ高連合軍に試合を申し込む。 今すぐにも「ぶっつぶす」と息巻く土方と、「まだ試合には早い」と制止する明智。 バラバラなエビ高連合軍は、果たして謙信ソルトにどのように立ち向かうのか―。 そして、エビ高連合軍の絶体絶命のピンチにあのチームが現れる！？
ついに団結した＜エビ高連合軍＞。 しかし、織田(荒牧慶彦）たち天下布武学園の勢力は、すぐそこまで迫っていた。 土方（板垣瑞生）たちの前に、天下布武からの果たし状が届く。 そのころ、東京の別の高校に律（佐野勇斗）と光太郎（古川毅）が現れる。 エビ高vs天下布武の試合を知り、すぐにでも駆けつけようとする光太郎だが律はそれを断る。 律の想いとは―。 そして、律・光太郎不在のまま、エビ高連合軍vs天下布武学園の天下分け目の戦いが幕を開ける。
律（佐野勇斗）と光太郎（古川毅）により危機を脱したエビ高連合軍。 あとは土方（板垣瑞生）と明智（草川直弥）の結果にかかっていた。 明智は敵陣の織田（荒牧慶彦）を見ながら過去のことを思い出していた。 一年前の大阪―。 ある日、天下布武学園に織田佐之助が転校してくる。 織田は憧れの斯波真一（定本楓馬）と卓球をするため、この学園に来たのだという。 織田と明智と斯波は、共に切磋琢磨する仲間になった。 しかし「ただ卓球を楽しみたい」という織田の想いとは反対に部長の今川義富（廣瀬智紀）は権力を振りかざしていた。 部長に仲間が傷つけられたのをみた織田は怒りをおさえきれず、今川の元に向かうー。
信玄明王高校との戦いに決着がつけられなかった織田（荒牧慶彦）たちは再び卓球の練習に励んでいた。 仲間と勝利を目指して卓球をし、放課後は皆でハンバーガーを食べて帰る。 織田が理想とする高校生活を送っていたはずなのだが・・・。 ある日、信玄明王と謙信ソルト電子工学院が戦いを始める。 斯波（定本楓馬）はある想いを抱え、一人でその試合場所に向かう。 謙信ソルトの部長として斯波の前に現れたのは、仲間だと思っていたまさかの人物だった―。 そして一報を聞き、試合場所に駆けつけた織田たちが見た光景とはー！？
エビ高連合軍と天下布武学園の天下分け目の決戦は明智（草川直弥）と上杉（染谷俊之）の戦いが始まった。 上杉は、親友・斯波（定本楓馬）の話を出しながら明智を挑発する。 対する明智は―。 そして、ついに最終決戦 土方（板垣瑞生）と織田（荒牧慶彦）の戦いが始まる。 マザーをはじめ、この狂った時代に奪われた大切なものを取り戻すため仲間との絆を胸に、土方は戦いへ向かう。
東東京の頂点に君臨する薩川大学附属渋谷高校との頂上決戦に勝利し、卓球ランクによる支配から自由を取り戻した高杉律 (佐野勇斗) 率いる恵比寿長門学園卓球部は薩川渋谷高校、八王子南工業高校とともに親睦を深めるため温泉旅行を計画。レクリエーションで卓球大会を行うことになっていた。当日、温泉旅館で準備を進める一同のもとに近藤勇美 (森崎ウィン) の幼なじみ桑原大志 (松本大輝) が果たし状を持って現れる。対決に備えそれぞれが準備を進めるなか、温泉旅館で殺人事件が発生。それは新たなる波乱の幕開けであった。
親睦を深めるため温泉旅行を企画し先行して八王子南工業高校とともに温泉旅館に来ていた恵比寿長門学園。その矢先に近藤勇美 (森崎ウィン) の幼なじみ桑原大志 (松本大輝) が殺害された。悪天候により旅館が孤立してしまいエビ高、八王子のメンバーは犯人探しをすることに。不審者をみたと言う証言もあるなか不審な行動をとる高杉律 (佐野勇斗) に一同は疑いの目を向ける。事件が発生して以降、桂光太郎 (古川毅) と市村哲 (ジャン海渡) も行方不明に。伊藤俊介 (吉澤要人) は冷静な観察力と特技を活かし井上紋太 (田中洸希) とともに事件の真相を暴こうとする。そして第2の被害者が。
卓球による支配から手に入れた自由を脅かす凶悪な殺人事件。近藤勇美 (森崎ウィン) の幼馴染みでもある桑原大志 (松本大輝) を殺害したのは一体誰なのか。高杉律 (佐野勇斗)、桂孝太郎 (古川毅)、市村哲 (ジャン海渡) の無実が明らかになるなか伊藤俊介 (吉澤要人) は真犯人に目星をつける。一同は未だ雲隠れする真犯人の捜索を開始する。果たして親睦会を混乱に陥れた真犯人とは。
