At a Neo UN development base, Yukie is being tested to pilot the Fafner Mark Nicht, however Idun, who has taken human form, assimilates Yukie and destroys the development facility. Kazuki, Maya, and Canon are unable to bring Kenji back to the Alvis base, following Mamoru's death. Soushi, still in the Siegfried System, faces his past. Kazuki, assisted by Tsubaki, tries to save Soushi. However, Idun suddenly attacks the island and attempts to assimilate the entire base. Though Maya, Michio, and Canon intercept, they are easily defeated. Michio then activates the self-destruction sequence and attempts to ejects, but he is captured and dies in the blast. Also, Soushi disappears, along with the Siegfried System, infuriating Kazuki.
スカラベ型の攻撃によって、フェストゥムが基地に張り巡らせた触根。そこに捕らえられたままのジークフリード・システムを助けるため、一騎はファフナーとの同化を促進する薬剤を投与する。乙姫と協力して、総士を救助しようとする一騎。しかしその時、イドゥンが駆るファフナー・マークニヒトが竜宮島を襲い…。
En una base de desarrollo de Neo ONU, Yukie está siendo probado para pilotar el Fafner Mark Nicht, sin embargo Idun, que ha tomado forma humana, asimila a Yukie y destruye la instalación de desarrollo. Kazuki, Maya y Canon no pueden llevar a Kenji de regreso a la base de Alvis, luego de la muerte de Mamoru. Soushi, todavía en el Sistema Siegfried, se enfrenta a su pasado. Kazuki, asistido por Tsubaki, intenta salvar a Soushi. Sin embargo, Idun ataca repentinamente la isla e intenta asimilar toda la base. Aunque Maya, Michio y Canon interceptan, son fácilmente derrotados. Michio luego activa la secuencia de autodestrucción e intenta expulsarlo, pero es capturado y muere en la explosión. Además, Soushi desaparece, junto con el Sistema Siegfried, enfureciendo a Kazuki.
被夺走的力量，正被夺走的希望，厄运在大家还不适应的时候再一次降临。“总士，总士~~~”眼睁睁看着总士被Festom带走，一骑只能悲痛欲绝地呼喊……真矢父亲的造访，使得真矢的未来发生巨变。即将步入战斗行列的她却为此感到欣慰……“靠机器偷看别人的内心就算是了解么？”总士被真矢这样质问，他是真的不了解一骑么，还是只是不善于表达。另一方面，新国联的军事基地遭到了Festum的狂袭，一骑是否能平安无事……固执地认为是一骑和总士放弃了翔子的甲洋，奋力营救救生艇。在成功救援之后，迎接他的却是菲斯特姆侵蚀心灵的同化……生命是迷惘还是欢欣，人们都有自己的答案。继一骑后有资质的少年和少女们也开始了战斗训练。沉眠中的乙姬出现觉醒的先兆，给龙宫岛的未来带来未知的变数……
