Maya and Kyouhei go on a mission to rescue Kazuki at Moldova base. At the same time, the Neo UN fleet invades the Alvis base, trying to secure the island by taking control of the red female core, revealed to be a Coagula Type Festum, however it has left its container. Meanwhile, Yoji manages to persuade Mjolnir, the Master Type Festum which has assimilated Akane Makabe, to give the Fafner Mark Sein to Kazuki. Yukie, as well as Col. Dudley Barns, questions Fumihiko and Soushi concerning the whereabouts of the female core, but the latter two are unaware of its current location. While Kyouhei fends off the Festum in the laboratory, Yoji gives Maya the research data of the Fafner Mark Sein.
真矢は溝口とともに人類軍モルドヴァ基地へ向かった。その直後、竜宮島に人類軍占領部隊が到着。人間相手に戦えない史彦は戦いを放棄し、島民の避難を優先させる。続々と上陸する人類軍占領部隊。晴れて人類軍の軍服に身を包んだ由紀恵はワルキューレの岩戸へ急行するが、そこにコアはいなくなっていて…。
Maya y Kyouhei emprenden una misión para rescatar a Kazuki en la base de Moldavia. Al mismo tiempo, la flota de Neo UN invade la base de Alvis, tratando de asegurar la isla tomando el control del núcleo femenino rojo, revelado como un Coagula Type Festum, sin embargo, ha dejado su contenedor. Mientras tanto, Yoji logra persuadir a Mjolnir, el Master Type Festum que ha asimilado a Akane Makabe, para que le dé el Fafner Mark Sein a Kazuki. Yukie, así como el coronel Dudley Barns, interrogan a Fumihiko y Soushi sobre el paradero del núcleo femenino, pero los dos últimos desconocen su ubicación actual. Mientras Kyouhei se defiende del Festum en el laboratorio, Yoji le da a Maya los datos de investigación del Fafner Mark Sein.
新国联军队来袭，乙姬觉醒后自己走出了岛屿的基地。而在新国联基地为了让一骑继承迷失的意志，真壁茜将最新型的法芙娜交给了他……沉没的法芙娜，似乎象征着甲洋冰封的心，他是否将不再醒来？看着被同化后的他，大家不断自责。只有总士，却说出了冷酷的话。一骑忍不住问总士“对你来说，法芙娜和我们哪一个更重要？”“法芙娜”总士的回答让他震惊……新国联侦察机和菲斯特姆一同出现，龙宫岛要如何应付？一骑不听命令坚持救人使得龙宫岛终于暴露在了新国联的视线里。龙宫岛的先进技术结晶引起了新国联的觊觎……
