ある日、峰岸たち「フェイス」のメンバーは不審な連続自殺事件の捜査に乗り出す。事件の自殺者が皆、PCを何者かにハッキングされていた共通点を見つけ出した凛たちは、それぞれの過去を調べる。すると、その全員がかつて「愛とやすらぎの会」の会員であった事が判明した。「愛とやすらぎの会」に疑念を持った峰岸たちは、会の本部へ捜査に入る。しかし、代表・神崎美麗はその捜査にも微塵も動揺を見せない。何の手掛かりも得られないかに見えたが、凛はそこで見覚えのあるひとりの男を見かけた。捜査本部に戻りプロファイリングをすると、その男の過去が判明。男は、かつて凛が研修生だった時に担当した服役囚であった。 凛がその男と「愛とやすらぎの会」の因果関係を捜査する一方で、魔の手がジワジワと迫ってくる。
ストーカーの魔の手から凛を救ったのは、兄・浩一郎だったのか? ますます混迷を極める凛と浩一郎。 そんな最中、「東西銀行」の複数の口座に不正なアクセスがあり、大金が不正送金され、消えた。銀行へ急行した凛がマルウェアに感染したPCを発見する。感染したPCの所有者は高柳慶太だった。高柳への取り調べで判明した感染元のホテルへ急行した凛たち「フェイス」のメンバーは、不正WiFiを探すが、そこで銃撃戦となってしまう。凛は、不正送金が流れている先を掴み、ホテルで逮捕した男を泳がせ、後を追う。しかし、思いもよらない人物の手が、意図的に引き起こした犯行がそこにはあった・・・。
愛とやすらぎの会」を捜査するため、凛は施設に乗り込む。代表の神崎美麗は何処かへ消えていた。一方、峰岸は藤堂にサイバー犯罪とは無関係な女子高生・磯野瑠依誘拐事件の捜査を依頼される。瑠依の自宅を訪ね、母・朋美に事情を聞いたところ、朋美はかつて財閥の会長の愛人であり、その男との間に生まれた娘が瑠依だった事がわかる。従って、身代金要求額の三十億円の支払も可能なのだ。娘が誘拐されているのにも関わらず心配や憎悪に満ちていない朋美に凛は疑念を感じる。誘拐の実行犯と思しき男たちを逮捕しても真相は闇の中。朋美にトリックを仕掛けた凛は、朋美から事件の真相を聞き出す。神崎美麗の潜伏先を突き止め急行するが、凛、小笠原、修司が、そこで見た光景は意外なものだった・・・。
「イントルーダー」の資金調達部門が判明した。 ある人の死に大きなショックを受けた修司は行方不明のままだ。「フェイス」の内部も裏切者騒ぎでメンバー間に不信感が募り、不穏な空気が充満している。 そんな最中、全国十数か所の病院が一斉に激しいサイバー攻撃を受ける。「イントルーダー」の仕業だと睨む凛。「フェイス」と「イントルーダー」のサイバー空間における静かだが、激烈な戦いが続く。 凛は「イントルーダー」の攻撃の中に見覚えのある手口を見つけ出す。劣勢に立たされる「フェイス」へ密かに反撃の為のメッセージを送り、救おうとする何者かがいた。それをきっかけに形成は逆転し、病院へのハッキングは阻止される。また、同時に内部の裏切者について気付いた凛は、その裏切者へメッセージを送り、罠に嵌める。 ようやく見えて来たその裏切者の正体とは・・・?
凛は「フェイス」の危機を救ってくれたのは修司に違いないと思っている。修司は「イントルーダー」に捕まっているのか、未だに行方不明のままだ。安否を気遣う凛や小笠原が修司の捜索から戻ると、事件が相次いで起きる。そんな最中、「フェイス」宛に「イントルーダー」から宣戦布告のメッセージが届く。メッセージから発信元を特定した凛たちは急行。現場を捜査する凛たち「フェイス」は罠に嵌り、窮地に立たされてしまう。しかし、凛は「イントルーダー」のスパイを突き止めることに・・・。 その矢先、凛は「イントルーダー」に拉致され、アジトに連行される。囚われの身となった凛は、その牢獄で痛めつけられたひとりの男と再会する。凜と男の運命は如何に・・・?
スパイが判明した。囚われていた凛と男は、脱出に成功。しかし「イントルーダー」のサイバーテロは激しさを増し、また死傷者が出てしまう。現場へ急行した凛たちが目撃したものは悲惨な光景だった。そんな中、スパイの哀しい過去が明らかとなり、「イントルーダー」による「フェイス」の壊滅という真の狙いも明らかになる。「フェイス」本部は奇襲に合い、メンバーが犠牲となる。駆け付けた峰岸により本部は守られるが、多くの犠牲者を出す結果となった。その後、凛は捕えた男を見て驚愕する。その男と会話を交わそうとするが口を閉ざし心を開こうとしない。その最中、凛は男が逃亡したという騒動を耳にする。すぐに後を追った凛は、逃亡しようとする男に銃口を向けた。
凛は発砲した。それはかつて自分が兄に銃撃された時と対照的な出来事だった。多くの犠牲者を出し、不満が渦巻く中、最終計画に向け動き出した「イントルーダー」の攻撃は激しさを増す。 峰岸たち「フェイス」は「イントルーダー」の最終計画の狙いを突き止める。「イントルーダー」の最後の拠点を特定した凛たちは未来を懸けて反撃に撃って出る。その最終決戦を通して、浩一郎、小笠原、キリコ、峰岸たちの様々な真実も明らかに。そしてついに凛たち「フェイス」のメンバーは「イントルーダー」の黒幕の正体へ迫る。真実と直面した凛と浩一郎の運命は・・・?サイバー犯罪特捜班「フェイス」と国際的なサイバー犯罪組織「イントルーダー」の激烈な戦いの結末とは・・・?