名門私立高校“帝千学園”に、ひとりの教師がやって来る。彼の名は、義澤経男（田中圭）。セレブの子息たちが多く、東大進学率も高いこの学校で、今日から3年D組の担任を務めるのだ。義澤は“ある覚悟”を胸に、強烈な笑顔を作って校門をくぐっていく。義澤は3年D組の副担任・頼田朝日（山田裕貴）から、このクラスにはいろいろと問題があり、半年の間に3人もの教師が担任を辞めていることを教えられる。
義澤経男（田中圭）に叩きのめされた剣力（高橋侃）が意気消沈する一方、頼田朝日（山田裕貴）にあおられるように、藤原刀矢（高橋文哉）が義澤を“消す方程式”を立てようと言い出す。力だけでなく、長井弓（久保田紗友）や大木薙（森田想）はあまりに行き過ぎた刀矢の発言に戸惑うが、それぞれがリーダー格の刀矢に頭が上がらず結局従うことに。義澤は恋人の前野静（松本まりか）のもとを訪ね、ある決意を語る。義澤の脳裏には、かつて静との間に起きた衝撃の出来事が去来するが…。
担任教師・義澤経男（田中圭）を“消す方程式”を立てる--そう決めたものの、剣力（高橋侃）に続いて大木薙（森田想）まで失敗してしまったことに、藤原刀矢（高橋文哉）は激しく苛立ち、「僕が頼れるのは君だけだ」と長井弓（久保田紗友）に甘く語りかける。実は2年前、弓は有名医師の母・華（青山倫子）の“裏切り”に傷ついたところを刀矢にやさしくなぐさめられ、以来、彼に恋心を抱いていたのだ。刀矢に認められたい一心で弓は実行を決意するが、そこへ副担任・頼田朝日（山田裕貴）が出現。義澤を消すのに、とてもいい方法があると弓を焚きつける。
“賢い人”と“賢いと思っている人”の違いについての授業をはじめた担任・義澤経男（田中圭）に、自尊心をえぐられた藤原刀矢（高橋文哉）の怒りは頂点へ。我慢できず、隠し持ったナイフで義澤を刺そうとするが、誰にも気づかれないようにそれを阻止したのは副担任・頼田朝日（山田裕貴）だった。朝日は「キミこそが“賢い人”なんだから…」と刀矢をなだめながら、もっと頭を使って義澤を追い詰めるよう促す。そんなとき、大木薙（森田想）から前野静（松本まりか）の入院先を聞いた刀矢は、静こそが義澤の弱点だと考え、深夜、長井弓（久保田紗友）とともに病院に潜入。静を誘拐しようとするが、そのとき病室に現れたのは…！？
副担任・頼田朝日（山田裕貴）に促されるまま、担任教師・義澤経男（田中圭）の死体を山に埋めた藤原刀矢（高橋文哉）、長井弓（久保田紗友）、大木薙（森田想）、剣力（高橋侃）は、それぞれ罪悪感に苛まれていた。だが、目障りな義澤が消えて舞い上がる朝日は、クラス運営に悩んだ義澤が自ら失踪したよう周囲に思いこませた上、代わりに3年D組の担任に就任。ついには義澤の恋人・前野静（松本まりか）の病室にも出没する。朝日は、静をこん睡状態に追い込んだ過去を思い出しながら、彼女のベッドにあやしく近づいて…。
伊吹命（秋谷郁甫）の儀式によって奇跡が起きたのか…落雷とともに死んだはずの担任・義澤経男（田中圭）が土中から這い上がってきた--。義澤の脳裏には、3年D組の生徒・藤原刀矢（高橋文哉）、長井弓（久保田紗友）、大木薙（森田想）、剣力（高橋侃）らに対する怒りの感情だけがよみがえったらしく…復讐の炎を目に宿す不気味な姿は、命の知っている“義経先生”とはまったく違う“何か”に変わっていた。同じころ、刀矢は、自首を決意した弓を消そうと、深夜の学校に呼び出し、弓の首にロープをかけた瞬間！！目の前に死んだはずの義澤が…！？闇の義経による、恐怖の復讐劇が幕を開ける…。
藤原刀矢（高橋文哉）、長井弓（久保田紗友）、大木薙（森田想）、剣力（高橋侃）の4人は、よみがえった義澤経男（田中圭）に真夜中の校舎で追いかけられたことを、頼田朝日（山田裕貴）に報告。自分が“消した”はずの義澤が復活したとはにわかには信じられなかったものの、教室の天井から血がポトポトとしたたり落ちるのを目にした朝日は、義澤が潜んでいることを直感。“包丁を持った怪しい男が学園に侵入している”という架空の話をでっちあげ、機動隊に校内を緊急捜索させるよう仕向ける。朝日は「生徒たちのためにも、危険人物を見つけたら迷わず発砲して殺してください！」と、義澤を射殺するよう懸命に機動隊に訴える。ところが、校内のあらゆる場所を捜索しても、彼らは義澤を見つけることはできなかった--。
すべての記憶を取り戻した義澤経男（田中圭）と藤原刀矢（高橋文哉）、長井弓（久保田紗友）、大木薙（森田想）、剣力（高橋侃）らがいる教室に、車いすに乗せた前野静（松本まりか）を連れて現れた、頼田朝日（山田裕貴）--。朝日は、自分に逆らえばすぐにでも彼女の人工呼吸器を外すと義澤をけん制し、今から“授業”を行うと宣言。高校時代、担任教師だった静をなぜ階段から突き落としたのか、得意げに語りはじめる。義澤は怒りに震えるものの、静を人質に取られ、身動きが取れずにいた…。やがて朝日は義澤を刺すよう、刀矢にナイフを渡す。「お前が刺さなきゃ、静を殺す」と脅され、追い詰められた刀矢は、やむなくナイフを握りしめて--！？
「あーーー、うずく、うずくなーーー!」。3年D組の副担任、頼田朝日(山田裕貴)のタブレットに残された、数々の“ビデオファイル”。発見者である刀矢(高橋文哉)・弓(久保田紗友)・薙(森田想)・力(高橋侃)ら裕福でハイステータスな親を持つ生徒4人、通称“4C(4セレブ)”の生徒たちは、おそるおそるもファイルを再生してしまう...。しかしそこには、本性を剥き出しに狂気に踊る朝日の衝撃的な姿が収められていた!?朝日が生徒たちに伝えたかった“最凶の授業”の中身とは...!
「僕とさ......義澤先生もさ、友達だと思わない?友達だよね?あの人もさきっとこの世から消されたがってる。だから消してあげるんだ......」帝千学園3年D組の副担任、頼田朝日(山田裕貴)の狂気の授業、次のターゲットは”薙”(森田想)。あと一歩のところで躊躇し、義澤先生(田中圭)を殺しきれなかった薙に対して朝日は、周りから友達が消えていく”最凶の方程式”を嬉々として語りだす...。
「ふざけんじゃねえぞーーーーーーーーーーーーーーー!・・・・・・試合終了」帝千学園3年D組の副担任、頼田朝日(山田裕貴)の狂気の授業、次のターゲットは“弓”(久保田紗友)。刀矢(高橋文哉)への恋心から義澤先生(田中圭)の殺害を企て実行した弓に対し、愛情のねじれから生まれた”残酷で悲惨な恋の物語”を語りだす...。
「さあ、ハッピーデスデイ to you~♪ハッピーデスデイ to you~♪いい歌だよね~。いや、とても気持ちがいい。でもさ...」帝千学園3年D組の副担任、頼田朝日(山田裕貴)の狂気の授業。答えのない永遠のテーマ【なぜ人を殺してはいけないのか】。その問いに対して朝日が出した、およそ倫理からはほど遠い答えに、生徒達は驚愕する...。そして、義澤先生(田中圭)の死の真相に関して驚愕の真実が朝日の口から語られる...!?
「うずくな~~~とてもうずくな~~~!だってさ~、刀矢君。今夜、君がさ......友達を消すんだから......。うずくよ~~~。どんどん変わっていく君を見るとさ......うずきまくるよ~。」帝千学園3年D組の副担任、頼田朝日(山田裕貴)の狂気の授業、次のターゲットは“刀矢”(高橋文哉)。義澤先生(田中圭)の死後、朝日にそそのかされ弓(久保田紗友)の殺害を企て実行しようと心に決めた刀矢に対し、友達殺しを正当化する”不正をもって正義を成す”最凶の方程式を語る...。
「ゾンビだって!ハハハハハハハ、アメリカのゾンビドラマじゃねえんだぞ!!まあ、君たち、安心してください!このあと、あいつを、この学校に潜んでるあいつを、捕まえる時間です!」帝千学園3年D組の副担任、頼田朝日(山田裕貴)の狂気の授業。生徒達にどうしても今伝えたい、朝日の人生の方程式の中でも最高だという”命”に関する方程式。しかしこの方程式を朝日が口にしようとした瞬間、彼の背後に不穏な”影”が幾度となく通り過ぎ...。事態は思いもよらぬ方向に急展開を遂げる!!!
「静先生、ありがとーーーーーーーーーーーーーー!!!!!!静先生のおかげで僕は変われた。覚醒出来た。静先生の言う通りだったよ。変わろうとしなけれや変われない。あの日から僕はずっとおびえていた。」帝千学園3年D組の副担任、頼田朝日(山田裕貴)の狂気の授業。残された最後?のビデオファイルにおさめられていたのは、静先生を階段から突き落とした日のまだ語られていない隠されたエピソード。。。そして、”2人のこれから”に関する衝撃の発表だった...。
「愛だよねーーーー愛だよねーーーー。愛がなんだよーーーーーーーー!あいつの本当の望みに気づけばさ......気付けばさ......」帝千学園3年D組の副担任、頼田朝日(山田裕貴)の狂気の授業。すべてが終わりと思われタブレットを捨てようとした最中、”最後に”と題された正真正銘最後の朝日先生から生徒たちにと撮影されたビデオファイルが見つかる。このビデオファイルは果たしていつ撮影されたものなのか...?頼田朝日の方程式、いよいよ完結。
