西元1722年，雍正皇帝(陳建斌飾)在年羹堯和隆科多的扶持下擊敗對手，登上皇位。年羹堯之妹——華妃(蔣欣飾)漂亮跋扈，專寵數年，仗著年家和哥哥的勢力，與皇后(蔡少芬飾)分庭抗禮。皇帝忙於朝政，數日未進後宮，太后(劉雪華飾)為江山子嗣著想，勸皇帝進行三年一次的選秀。 大理寺少卿甄遠道長女——甄嬛(孫儷飾)天生麗質，雖在選秀之列，卻不願嫁入帝王家，期待一位真心待她之人的出現。甄家世交——太醫溫實初(張曉龍飾)借機表達愛意，他不希望甄嬛進宮；甄嬛卻一直視溫實初為自己的親哥哥，婉然謝絕。 選秀那日，甄嬛與自小一同長大的濟州協領家沈眉莊(斕曦飾)相遇，兩人親如姐妹。眉莊溫婉大方，在眾多秀女中十分出挑。甄嬛則刻意打扮樸素，意圖落選。窮鄉僻壤來的縣丞之女安陵容(陶昕然飾)失手打翻茶碗，被佐領千金夏冬春(穎兒飾)奚落，甄嬛出手援助，夏冬春理虧詞窮訕訕而去。陵容感激甄嬛和眉莊，三人結為好友。 陵容因一隻蝴蝶落在她鬢邊的海棠花上，引起皇帝注意，被入選賜香囊。 眉莊順理成章地得到皇帝和太后的賞識並順利入選。當太監叫到甄嬛名字時，皇帝和太后都十分詫異，因為眼前的甄嬛像極了一個人……
原來甄嬛和早已過逝的純元皇后十分相像，太后不滿甄嬛，故意說“甄”字犯了皇帝名諱，皇帝卻被甄嬛的才貌深深吸引，力排眾議，選其入宮，太后甚為憂慮。 皇后前來賀喜皇帝又得佳人，皇帝封甄嬛為常在，並賜封號“莞”。此舉可見皇帝對甄嬛的重視，皇后只笑不語。甄嬛回家，喜訊早已傳到甄府，甄遠道帶領全家下跪迎接“莞常在”。 皇帝昨夜去了小產後的欣常在宮中過夜，華妃心頭有氣，害死了皇后派來服侍她的宮女福子。 甄嬛見陵容入住客棧，便把她接到家中，陵容在甄府備受關愛，感動之餘亦自憐身世。甄嬛決定帶貼身侍女流朱和浣碧一同進宮，甄父遲疑再三，說出浣碧乃甄嬛同父異母的親妹妹，甄嬛詫異。 次日，宮中太監前來宣旨，定下入宮之期，並派皇帝御前的芳若姑姑指導禮儀。華妃在宮中得知了選秀的情況，認定夏冬春與皇后為一党，蓄意除之。 華妃嫉妒甄嬛尚未入宮便得皇上歡心，差人專門安排她在偏遠的碎玉軒居住。皇后有心幫甄嬛，但礙于華妃，一再謙讓。入宮前夜，甄嬛與父母家人淚別。
翌日，甄嬛、陵容和眉莊同時入宮，三人被分在了不同的宮殿。位份最低的“答應”安陵容不幸與專橫的夏冬春一同入住延禧宮；眉莊身為貴人位份較高，住進了氣派的咸福宮；甄嬛則入住偏僻的碎玉軒，甄嬛私下告誡流朱與浣碧事事當心，不可有任何差池。 延禧宮內，夏冬春對陵容百般欺淩，陵容委曲求全，不與之相爭。陵容來看望甄嬛、眉莊，三姐妹約定以後要相互扶持，抱成一團。 入宮三日後，秀女們要拜見皇后，甄嬛刻意低調，避免引起華妃妒恨。華妃故意為難新人，讓她們長跪不起，自己卻與皇后閒聊；皇后給足華妃面子，適時讓新人們起身，博得眾人的尊敬。 甄嬛、陵容和眉莊三人在回去的路上與夏冬春起了爭執，夏冬春欲出手打陵容時，華妃為樹威信，殺雞儆猴，“賞”了夏冬春宮刑“一丈紅”。甄嬛三人逃到御花園時，又發現了井裡的死屍，心驚不已。皇后得知自己派給華妃的宮女福子被害井中，又聞夏冬春被賜‘一丈紅’成了殘廢，明白華妃是在跟自己暗中較勁。
甄嬛無意中發現碎玉軒海棠樹不開花的秘密——樹底下被人埋了大量麝香，這正是此前住在碎玉軒的芳貴人無故小產的緣由。甄嬛害怕自己得寵後遭他人謀害，便請來溫實初協助自己，假稱受驚染上風寒不便侍寢。溫實初甘願冒殺頭死罪，替甄嬛隱瞞實情，並用藥物催發甄嬛病情。 甄嬛染疾，皇帝便翻了眉莊的牌子，溫柔大方的眉莊頗得皇帝歡心。次日，皇帝賞賜宮中稀有的綠菊給眉莊，並希望她學習六宮事宜，為華妃分憂。此舉讓華妃怒火中燒。 與此同時，皇后一邊埋怨齊妃的懦弱，另一邊卻十分抬舉眉莊，借機擴張勢力。宮女福子的死因經皇后查明系華妃指使他人所為，差人告知皇帝，皇帝不滿華妃的跋扈行為。恰逢此時西北准葛爾部落發生叛亂，滿朝文武百官當中唯有派年羹堯前去平叛方能化險為夷。皇帝為顧全大局，只得勸皇后低調處理福子溺斃之事。 甄嬛的病一直沒有起色，原本趨炎附勢的太監宮女們紛紛另謀出路。首領太監康祿海不滿甄嬛失勢，主動請辭去服侍麗嬪。甄嬛感歎世態炎涼。
陵容與眉莊時常看望受冷落的甄嬛。新年將至，甄嬛生病不便參加合宮夜宴，碎玉軒中剪紙為樂，小允子感激甄嬛，為其剪了小像。 宴席間，皇帝看著瓶中的梅花觸景生情，思念已逝的純元，遂前往倚梅園。皇后不放心，請果郡王允禮(李東學飾)悄悄尾隨護駕。 甄嬛獨自前往倚梅園，把剪紙小像掛在枝頭。甄嬛祈福時念了句“逆風如解意，容易莫摧殘”，驚動了一陌生男子(皇帝)，甄嬛謊稱宮女逃脫，一旁的宮女余鶯兒偷聽在側。果郡王發現了樹上所掛的剪紙小像，悄悄取下藏於袖中。 皇帝命大太監蘇培盛為自己找來能夠對上“逆風如解意”下句的女子，當晚偷聽皇帝與甄嬛對話的宮女余鶯兒對出下半句，被蘇培盛帶來覲見皇帝。皇帝未生懷疑，又見其聲音動聽相貌不差，故晉為官女子。 眉莊告訴甄嬛倚梅園的宮女余氏得寵，還被皇帝封為答應，甄嬛默不作聲。眉莊辭別甄嬛，在大雪封路的宮中長街與餘答應狹路相逢，餘答應恃寵而驕，竟讓身為貴人的眉莊給她讓路，眉莊隱忍不發。
甄嬛知道餘氏因頂替自己博得皇帝恩寵，不禁心存慶倖。陵容得皇帝翻牌，卻因緊張導致渾身哆嗦，皇帝不願勉強，叫人把陵容抬回宮中，換餘答應前來伺候。陵容遭人奚落，更加難以抬頭做人。宮中得勢的餘答應擅長昆曲，嫵媚惑人。 余答應被封為妙音娘子，自持有華妃撐腰，驕橫無禮，頂撞眉莊，更冒犯與甄嬛同住的淳常在以及皇帝身邊老人欣常在，把欣常在關進慎刑司，驚動六宮。太后震怒，褫奪余答應的封號，華妃卻樂得袖手旁觀。 甄嬛身邊的太監小允子在御花園一角紮了個秋千，甄嬛時常玩耍。一日甄嬛偶遇身穿常服的皇帝，皇帝故意隱瞞身份，自稱果郡王與她交談，甄嬛吹簫一曲，皇帝心動。 次日，皇帝又去杏花樹下與甄嬛相見，以秋千試其心性，又一起賞花談詞；甄嬛雖仰慕此人才華，終究顧及兩人懸殊身份離開。皇帝約她五日後再見，甄嬛應允。 皇后認為沒有皇上的發話，太后的責罰並不會對餘氏有太大影響，故未理會。餘答應跪在養心殿外半宿，把皇帝的心都給唱軟了，重又獲寵，並故意刁難蘇培盛手下太監小廈子，引來嫉恨。 皇帝與甄嬛約定之日大雨滂沱，皇帝趕往御花園途中卻被太后叫去壽康宮。
甄嬛如約在雨中等著那個自稱“果郡王”的人到來，結果卻失落而回。余答應路過時見到甄嬛，頗感意外。皇帝見過太后便匆匆趕往御花園赴約，卻已人去樓空。皇帝染了風寒，病倒數日。病癒後的皇帝惦記甄嬛，瞞著華妃獨自前往御花園。 窺伺皇帝行蹤尾隨至御花園的余氏遇見甄嬛，趁機欺淩並口出狂言。皇帝出面維護甄嬛，貶斥餘氏，命蘇培盛將餘氏遷至遠處。甄嬛此刻大吃一驚，呆立原地久久未動。眼前這個人並非果郡王，而是君臨天下的皇帝！皇帝喜愛甄嬛，破例在未侍寢前晉封甄嬛為“莞貴人”。 甄嬛得皇帝關注之事傳遍六宮，皇后早有戒備，唯獨華妃對此嗤之以鼻。眉莊、陵容前來道喜，眾人紛紛逢迎。甄嬛對皇帝動情，決意接受挑戰，與溫實初商定瞞下裝病一事，慢慢“病癒”。期間，甄嬛與皇帝下棋談書，調香烹茶均投其所好，皇帝愈發對甄嬛鍾情。
侍寢之夜，皇帝賜浴湯泉行宮，皇后大度，以身體抱恙為由未一同去行宮，有意成全皇帝和甄嬛。新婚之夜，甄嬛以一雙紅燭祈求白頭到老，皇帝感動。 次日，甄嬛早早來到皇后宮中請安，皇后甚是滿意，與甄嬛投緣。而在碎玉軒，皇帝已賜下“椒房”恩寵，更體貼甄嬛心意，按民間嫁娶“撒帳”習俗討甄嬛歡心，兩人感情更加深厚。甄嬛一連七天受寵，華妃在宮中醋性大發，身邊的曹貴人勸她靜觀其變，而華妃則如臨大敵。 康祿海獲知甄嬛得寵，想重回身邊伺候，被甄嬛拒絕，但麗嬪為此與甄嬛結怨。 眾妃在皇后宮中閒談，華妃矛頭指向甄嬛，並讓眾妃嫉恨甄嬛專寵。皇后為平衡後宮，制止華妃，甄嬛對皇后甚為感激。
華妃見甄嬛受寵，又與眉莊交好，便挑撥兩人關係，孰料眉莊並不所動，甄嬛與之坦誠相待，兩人情意更甚從前。 甄嬛為保平安，懇求皇帝不要專寵自己，以免六宮妒恨。皇帝依言去看望齊妃，甄嬛心中失落；皇帝忍不住來看望甄嬛，甄嬛以“四郎”相稱，更得恩寵。 華妃離間不成，便決定先除掉眉莊，以免後患。她以讓眉莊學習六宮事宜為藉口，故意刁難眉莊，眉莊為顧大局，不與之相爭。華妃獨大，皇后也不便插手，只能睜一眼閉一眼。 華妃又施一計，趁夜深眉莊回宮途中，故意叫人引開眉莊身邊的侍女，獨留眉莊一人在千鯉池旁。華妃身邊太監周甯海把眉莊推入池中，眉莊不懂水性，幾乎淹死。次日，眉莊醒來明白告知甄嬛，一定是華妃所為，只是苦無證據，需暫時隱忍，但要與華妃鬥到底，甄嬛擔憂。
眉莊深恨華妃卻不能輕舉妄動，甄嬛唇亡齒寒，更警惕華妃。甄嬛身體倦乏貪睡，心生疑惑，溫實初發現是有人在甄嬛湯藥中加入會致人癡呆的毒藥。甄嬛驚怒之下與眾人設計抓出內奸花穗與小印子，審問後二人招認是失寵的餘氏指使的。 甄嬛告知皇帝余氏陷害自己的歹毒行為，同時道出當日倚梅園中餘氏冒名頂替自己之事，皇帝大怒賜死余氏，餘氏不肯就死。甄嬛不願再問此事，陵容為報答甄嬛，撞著膽子前往冷宮，告訴蘇培盛用弓弦勒死餘氏，將其痛快瞭解。 事後，陵容前來告訴甄嬛這一消息時，卻聽到眉莊對自己行為的懷疑和不解，不禁傷感，更覺自卑，獨自離去。陵容甄嬛傳分集劇情介紹第一次與眉莊、甄嬛之間產生隔閡。
甄嬛和槿汐懷疑餘氏背後有人指使，便布下迷魂陣，待此人自投羅網。陵容發覺麗嬪深信鬼神之說，便讓小允子扮成女鬼，把麗嬪嚇得當場說出華妃是幕後主使的真相；華妃深感不安，欲帶走麗嬪。甄嬛與眉莊一起拖延時間，不惜與華妃當面對峙。 關鍵時刻皇后趕到，帶走了魂飛魄散、滿口囈語的麗嬪。華妃驚怒交加，曹貴人趕來寬慰華妃。皇帝安慰受驚的甄嬛。事後，太后從麗嬪口中得知真相，為保皇家顏面，太后命皇后將麗嬪廢入冷宮。因此事涉及華妃，皇帝一時震怒，下令暫時奪去華妃協理六宮的權力。太后見眉莊心細謹慎，讓皇后多加培養。 華妃被冷落後，曹貴人因生有溫宜公主而未受連累。沒了華妃的掣肘，曹貴人利用女兒在皇帝面前邀寵，漸生擺脫華妃控制之心，無奈因其出身一般，終是有心無力。 浣碧在宮中鬱鬱寡歡，因思母心切，不顧宮中禁忌，私自在假山後燒紙祭母，被曹貴人當場逮到，此事也成為其日後利用浣碧的把柄。
眾人前往圓明園行宮避暑。皇帝因顧及年羹堯權位及舊情，不得不帶上華妃一同前往行宮。 果郡王允禮應詔入宮陪皇帝射箭取樂，其一箭雙鴿的精湛箭術勾起皇帝心中多年的忌諱。允禮察覺出皇帝的不滿和質疑，當即表態自己會韜光養晦般存活于世，必定遠離朝政。 甄嬛前往皇帝處伴駕，曹貴人借機挑撥離間，暗示皇帝當日遇見甄嬛時假借果郡王之名，恐引起甄嬛對允禮產生傾慕之情，而非皇帝本人。生性多疑的皇帝立即對甄嬛心存芥蒂，責問甄嬛是在何時對自己有情，甄嬛以余氏欺淩皇帝解圍為由，巧妙地周旋過去。 眉莊有寵無孕，深感無依無靠，便召來同鄉—太醫劉畚索取生男秘方。甄嬛告誡眉莊需謹慎，眉莊讓甄嬛盡可放心，劉畚乃自己同鄉，並無不妥。 恰逢溫宜公主滿周歲，皇后準備好好操辦。曹貴人設宴邀請甄嬛、眉莊等人，席間眉莊噁心嘔吐，眾人皆認為其懷孕，皇帝更是喜出望外。太醫劉畚當場確認眉莊已有一個多月的身孕，皇后關照眉莊讓其安心養胎。
皇帝欲晉眉莊為嬪，皇后建議待眉莊生產後再為其晉封，皇帝稱讚皇后顧慮周全；眉莊因其賢慧得體，獲賜“惠貴人”封號。 眉莊有孕不方便侍寢，唯恐甄嬛落單，又憐憫陵容孤苦，便接她來行宮避暑。陵容眼見眉莊與甄嬛得勢，心中失落異常。 溫宜公主周歲生辰之際，後宮大宴，生母曹貴人與懷孕的眉莊大受奉承，久病在床甚少露面的端妃也出席賀宴，十分疼愛溫宜，並對甄嬛產生好感。 甄嬛離席更衣時在水邊浣足取樂，偶遇果郡王；果郡王知道她便是小像上的人，心中傾慕，甄嬛卻嫌其放蕩不羈，態度冷淡。 回到宴席後，曹貴人故意施計讓甄嬛當眾作已故純元皇后生前擅長的驚鴻舞，欲以大不敬之罪令甄嬛失寵。甄嬛急中生智，與眉莊、陵容三人歌、舞、琴相和，博得皇帝賞識。 而在場的其他人卻各懷鬼胎，紛紛指責甄嬛舞姿有模仿純元之嫌，毫無新意可言。正當甄嬛一籌莫展時，果郡王吹奏笛子入席，以悠揚的笛聲助甄嬛一臂之力；甄嬛靈感突發，翩翩起舞，皇帝為其傾倒，曹貴人弄巧成拙。
甄嬛一舞豔驚四座，更得聖寵。豈料華妃早有準備，借驚鴻舞與《樓東賦》婉轉複寵。人人都以為皇帝憐憫華妃是二人情深意濃，甄嬛卻何嘗不知，皇帝此舉意在利用年氏一族協助自己來穩固大清的江山。華妃複寵後，皇帝為顧朝政不免冷落了甄嬛，甄嬛頗識大體，深得皇帝賞識。 安陵容父親隨軍護送西北銀糧遭劫丟了銀糧，被皇上降旨關押入獄。陵容孤苦無助，祈求甄嬛、眉莊相助。甄、眉二人因位卑不敢干政且能力有限，未能救出安父。陵容權衡利弊之後選擇投靠皇后。華妃聽聞安比槐之事，即刻說服皇帝將其賜死；皇后態度則與華妃相左。 皇帝找來甄嬛商議此事，甄嬛借古喻今，皇帝最終寬恕了安比槐。豈料，皇后身邊的剪秋姑姑一早將寬恕之事告知陵容，讓陵容誤認為此事是皇后起的作用。陵容感激皇后之餘，不免重新權衡自己與眉莊、甄嬛之間的關係，認定皇后才是自己在宮裡最可依靠的。 夏日炎炎，甄嬛與皇帝耳鬢廝磨。浣碧故意打扮得花枝招展，意圖惹皇帝注意；豈料她的小心思早已被甄嬛看出端倪。
甄嬛與皇帝夜訪眉莊，華妃不敵甄嬛盛寵，只得退讓。眉莊遭人陷害，被宮女茯苓當眾揭破假孕真相。皇帝勃然大怒，下令幽禁眉莊，降“貴人”為“答應”。 茯苓慘遭滅口，死無對證；太醫劉畚被人收買，攜賞銀躲過追殺，連夜出逃，僥倖逃脫。甄嬛明知此事乃華妃、曹貴人等人一手策劃，卻苦於無計可施，愛莫能助，只得通知父親找人活捉劉畚，方能為眉莊洗清冤屈。 眉莊獲罪一事恰逢前朝西北戰事告急，甄嬛急於求見皇帝為眉莊洗冤，卻遭到華妃阻擋。皇帝在屋內隔窗相望，心生憐憫；而屋內的曹貴人趁機挑起皇帝更多疑心。敬嬪探訪眉莊時意外發現其食物遭人投毒，眉莊生還渺茫。 皇帝離開甄嬛宮殿時，看到擺在宮門前的殘敗花朵，當即責罰了內務府總管；皇后順水推舟，借機將此人撤換。豈料此事出在甄嬛宮中，被撤之人乃是華妃遠親，華妃對甄嬛恨之入骨。
眉莊失寵，處境淒涼。甄嬛暗中求助於芳若，憶及自己與眉莊多年的情意，並跪求芳若照應失寵的姐妹。 宮中新到螺子黛，皇帝獨獨賞賜了華妃與甄嬛；華妃深感地位岌岌可危，痛恨甄嬛。 甄嬛探訪陵容，從絹子上發現對方有爭寵之心，於是順水推舟勸其接近皇上。陵容以一曲《金縷衣》引來皇帝側目，華妃心生憎恨。皇后察覺到陵容心生不安，欲將其據為己有。甄嬛眼見陵容伴皇帝而去，心生傷感。 陵容憑歌聲擅寵，一時風光無限，昔日對其欺淩之人紛紛奉承；陵容陶醉于權勢之餘，亦感念甄嬛的扶持。皇后對陵容的謙虛態度頗有好感，讓剪秋多加照顧。 陵容晉封為常在，把皇帝賞賜的衣料盡數贈與甄嬛；浣碧不滿陵容所為，覺得自己容貌等條件絲毫不遜於她，更使臉色給陵容看。此舉平添了甄嬛與陵容之間的嫌隙。
宮中夜宴，甄嬛觸景生情悄然離席，卻在桐花台與果郡王不期而遇。允禮向其道出生母舒太妃身世，盡露哀怨之情，感歎世態炎涼；甄嬛新生好感，婉轉相勸，令允禮舒緩心結。 甄嬛返回宴席，宮女報知曹貴人女兒溫宜公主吐奶，帝后等人頗感意外。 華妃發覺皇帝格外愛惜溫宜公主，於是心生一計，命曹貴人抱來溫宜由她撫養，一方面為爭寵，並彰顯自己的賢德；另一方面好方便其進一步控制、打壓曹貴人。眼見女兒受苦，曹琴默有苦難言，暗恨華妃。溫宜病勢加重，皇帝擔憂不已，日夜守在華妃宮中。 太醫疑心溫宜食物傷胃，查出孩子所食的馬蹄羹被人換成了木薯粉，甄嬛繼而被人懷疑下毒。皇帝責問甄嬛夜宴當晚離席良久是否有人可為其作證。 危急關頭，久病的端妃出面為甄嬛作證，化險為夷。皇帝雖有疑惑，但為平眾議，讓皇后全權處理。此番事後，曹貴人心疼女兒被華妃利用，心生叛意。
華妃為防皇帝起疑殃及自身，指使禦膳房的太監小唐出面頂罪。皇后認定此事乃是華妃所為，望皇帝不要顧念舊情，嚴懲華妃；皇帝心知肚明，卻礙於年羹堯之勢，下令杖殺小唐滅口，草率平息此事。 西北戰事告捷，皇帝急欲恢復華妃協理六宮之權。甄嬛以穩固朝政為由出面勸阻，皇帝答應暫緩處理此事。浣碧精心打扮欲引起皇帝注意卻弄巧成拙。甄嬛無力阻止年氏家族強盛之勢，又察覺浣碧漸生叛離之心，深感腹背受敵。 甄嬛疑心木薯粉一事乃浣碧暗中勾結曹貴人所為，遂以胭脂水粉和蜜合香相送試探曹琴默。曹琴默暗防甄嬛，丟掉所有禮物，唯獨留下了蜜合香。 華妃獲知兄長年羹堯凱旋而歸後，滿以為皇帝會恢復自己的權位，卻得知甄嬛于背後勸阻皇帝另其復位之事擱淺，華妃大發雷霆。 甄嬛刻意讓槿汐在宮中散佈自己將要探望被禁足的眉莊。她假扮浣碧出宮，特意命浣碧留守宮中。浣碧不知是計，偷偷向曹貴人通風報信。曹貴人慫恿華妃即刻搜查眉莊寢宮，卻一無所獲。
甄嬛暗中派人告知皇帝風波始末，皇帝盛怒之下斥責華妃，奪回其對溫宜的撫養權，將公主歸還曹貴人。 事態平息，眾人離去，甄嬛借機夜探眉莊。眉莊失寵孤苦，對皇帝的絕情失望至極。甄嬛回宮時驚動侍衛，恰巧果郡王在旁協助其避過盤查。甄嬛發現自己的小像被果郡王所得，心懷感激的同時卻刻意避開果郡王的情意。 甄嬛夜審浣碧，告訴她自己就是她同父異母的親姐姐，並念及多年姐妹之情，對此前發生的事情不予追求。甄嬛答應浣碧，一定為其求得所想一切，浣碧知錯，感激涕零。 回到紫禁城的第一晚，皇帝按規矩應宿在皇后宮中；皇帝卻思念甄嬛不已，命人送去同心結一枚。皇后此時突然意識到甄嬛來日的威脅會比華妃更大，緊緊摟住皇帝不放。
皇帝有意遏制華妃，平衡後宮勢力，故將蜀錦製成玉鞋贈與甄嬛。果郡王離京遊蜀，親手繪製夕顏花圖案蜀錦，期待來日有機會贈與心上人。 華妃穿著素淨給太后請安，將皇帝賞賜甄嬛蜀錦玉鞋一事告訴太后，言語間醋意大發。太后為社稷之長久考慮，命人把自己頭上戴著的鳳穿步搖贈與華妃已表安慰。送走華妃後，太后請來皇帝，側面告誡皇帝對待後宮佳麗需雨露均沾，更強調了華妃的地位，皇帝心知肚明。 年羹堯平定西陲，還朝請安。慶功席上他自恃是朝廷的功臣，霸氣十足，字裡行間滲透著的不屑，在皇帝面前更加肆無忌憚，根本沒把皇帝放在眼裡。 皇帝強忍不滿，表面應和。華妃對哥哥的跋扈表示擔心。皇后得知年氏家族的強大勢力，不禁黯然神傷。 華妃忌諱皇帝對陵容的賞識，特意設局請陵容為其吟曲，甄嬛陪陵容同行。
甄嬛與陵容同時受到華妃的戲謔和侮辱。陵容回到住處委屈流淚，甄嬛勸其忍字當頭。陵容敬畏皇后，贏得其好感。皇后在陵容身上看到自己百般忍耐的影子，更加欣賞陵容。 華妃在宮中不斷挑起紛爭，皇帝雖感厭惡卻礙於局勢不予理睬。甄嬛陪皇帝賞雪練字，淳常在捧梅花而入，引得皇帝注目。淳兒言語天真，十分得皇帝寵倖。 陵容本就自卑，又見皇帝贈給甄嬛的蜀錦玉鞋，心生妒忌。淳兒得寵，言語天真，無意間得罪了陵容；陵容心胸狹窄，認定淳兒是仗著甄嬛之勢故意欺淩自己。 皇后聽說陵容身體不適，假意探訪，卻發現陵容藏於枕下的秘密——一個身上紮滿銀針的小人(華妃的人偶替身)！皇后斥責陵容不應背後詛咒華妃，陵容擔心此舉被皇后告發，皇后卻借機拉攏陵容。
年羹堯進宮面聖，見果郡王卻不起身行禮；性情豁達的果郡王不以為然。皇上對年羹堯甚為器重，朝廷委任官員悉聽他的主意；年羹堯居功自傲，不知收斂，皇帝略表不滿。皇帝與甄嬛討論朝政朋黨之事，甄嬛博古通今，甚得皇上心意。 陵容精心繡了件寢衣送給皇帝，卻看見皇帝貼身穿著甄嬛繡制的寢衣，心中狐疑，認為甄嬛意在與自己爭寵。皇后察覺，挑撥陵容與甄嬛的關係。 翌日，幾個姐妹們聊天時，陵容從毫無心機的淳兒口中得知皇帝根本沒把自己贈送的寢衣當回事兒時，於是黯然離去。甄嬛為淳兒向陵容道歉，差人送去玉釵一雙，陵容誤會甄嬛此舉是有意向自己炫富。與此同時，皇帝更加寵愛淳兒，陵容備受冷落；皇后告訴陵容，甄嬛其實一直在利用她。
甄嬛得太后寵倖，窺見到皇后並不得太后歡喜，又被皇帝冷落，每日靠習字打發時間。太后喜愛甄嬛，著意調教，令其習書法抄經文，沉穩心性。富察貴人借懷孕恃寵而驕，得罪了甄嬛、華妃等人。曹貴人本想挑起華妃與甄嬛之間的爭執，卻反被甄嬛利用。 初春之際，宮中時疫發作，宮女太監不斷染病，人人自危。皇后要求華妃等人清掃各自宮苑。歹毒的華妃指使周寧海把時疫宮人用過的器皿贈與禁足中的眉莊，眉莊染疾。甄嬛欲求皇帝救助眉莊，皇帝卻為京城百姓安危和朝政煩心，無暇接見。甄嬛求助溫實初照料眉莊，實初為守承諾，冒險照拂病重的眉莊，眉莊感動。溫實初為助甄嬛鞏固地位，苦尋治療時疫的良方。 甄嬛派出的人找到陷害眉莊的太醫劉畚，劉畚親口承認華妃為幕後主使。皇帝疑心劉畚是甄嬛有意安排的，甄嬛感到心寒。皇帝寬恕眉莊，解除其禁令，並降位華妃。
蘇培盛欲傳旨責罰華妃，陵容指使宮女，提前把消息透露給華妃。華妃焦急無奈，曹貴人提議以治癒時疫的藥方奪回寵愛。華妃找來江太醫，竊取了溫實初研製了一半的藥方獻給皇帝。這藥方雖存有不足，卻暫時控制了疫情的發展。皇帝龍顏大悅，即刻下令恢復了華妃協理六宮之權。甄嬛愈感力不從心，皇后也甚為憂慮。 甄嬛看望眉莊時遇到溫實初，眉莊看出實初對甄嬛仍存有超乎尋常的關心，心中悵然若失。華妃聯合哥哥年羹堯，找來大臣趙之垣彈劾甄嬛父親甄遠道是不敬之功臣，違背聖意。皇帝找來甄嬛在養心殿商談甄父事宜，甄嬛明知此事有鬼，只於言語間點到為止，焦急中自歎能力有限。 陵容此刻卻應詔於殿外等候皇帝，皇帝以心煩為由打發陵容獨自回去。陵容誤以為甄嬛在背後作梗，對其怨恨進一步加深。是日，皇帝翻了陵容的牌子。陵容滿心歡喜，精心打扮準備侍寢。未承想皇帝因惦念甄嬛心切，再次改變主意去了碎玉軒，陵容因此遭到富察貴人及宮人的恥笑。陵容認定甄嬛必是與自己爭寵，傷心欲絕，姐妹情誼出現裂隙。皇后恰逢時機地安慰落寞的陵容，無助的陵容更加靠攏皇后。
江太醫給華妃診脈，華妃詢問自己何時才能懷孕。江太醫深知華妃無孕的緣由，只能三緘其口。甄父最終被貶為都察院禦史，位降幾級，甄嬛為父擔憂。眉莊身體好轉，溫實初前來診脈；眉莊偶然發覺所用茶碗被人更換，懷疑遭華妃等人陷害染疾，只是時過境遷，此時根本無力搬倒華妃。富察貴人有孕，皇后格外照顧，更提議皇帝厚待富察，引華妃嫉恨。皇后邀嬪妃們賞花，陵容利用富察所用香粉招致貓兒性情大發，撲向富察肚子；甄嬛此刻被人暗中推倒，險些撞倒富察；甄嬛為救富察，自己倒地，脖頸被貓爪抓破。皇后命太醫為富察和甄嬛診療，富察受驚後不幸小產。另一邊，太醫診脈後得知甄嬛已經懷孕，太后和皇后大喜，華妃卻惱怒異常。眉莊和甄嬛分析富察流產之事並非意外，而是人為，要甄嬛倍加小心。太后命人把惹禍的貓抓來，用香粉引得貓發狂，暗示皇后此事與她有關，皇后心驚不已；太后表示此事關乎皇家血脈，命皇后必須保住甄嬛腹中皇嗣。
端妃權衡皇后與華妃兩股勢力後，夜訪甄嬛，對其點明利害並結成同盟。華妃得知甄嬛有孕，驚怒交加，怨恨端妃當年致使自己不能再孕，對端妃羞辱報復不止。華妃懷疑身邊的御醫不可靠，請來哥哥年羹堯為自己舉薦貼心可靠的大夫。曾在年羹堯軍中效力的名醫陳大夫前來為華妃診脈，太后身邊的孫姑姑旁敲側擊，讓陳大夫明白華妃無法懷孕的緣由；陳大夫在華妃面前不敢吐露半句口風，與宮中其他太醫一樣保持沉默。 皇帝回宮，得知甄嬛有孕大喜過望，封甄嬛為莞嬪。皇帝感歎自己膝下子嗣炎涼，囑咐皇后好生照顧甄嬛，不得傷害，皇后膽戰心驚。陵容贈甄嬛一瓶家傳的舒痕膠，告知此藥去疤效果極好。而陵容卻在此藥膏內放入大量的麝香，孕婦長久使用必將傷及腹中胎兒；甄嬛懵然不知，仍視陵容為真心姐妹。甄嬛被正式冊封為莞嬪，在宮中地位與日俱增。
皇帝來見眉莊，見眉莊仍有心結且態度冷淡，皇帝討個沒趣，去探望甄嬛。甄嬛裝睡，被皇帝察覺。皇帝發覺甄嬛的傷痕已經淡了許多，感歎甄嬛美貌世間無雙。 皇帝提到江慎、江誠兩位太醫收受宮女太監賄賂，毫無醫德可言，甄嬛借機舉薦溫實初，並告知皇帝治療時疫的方子乃二江竊取而來，皇帝起了殺意，派手下血滴子暗中除掉二江。華妃得知此事替二江向皇帝抱屈，皇帝表示定會厚葬兩人。 皇帝為甄嬛繪製“姣梨妝”，後宮內外盛行。甄嬛生辰之際皇帝大擺宴席，引來眾妃嫉妒。果郡王真心一片，別出心裁，用滿湖盛開的蓮花博得甄嬛一笑；席間更吹奏《鳳凰於飛》之曲，表達皇帝與甄嬛夫妻恩愛、和鳴鏗鏘之意。 華妃聽聞淳兒即將獲封貴人，心生殺機；曹貴人暗歎華妃不分主次，自亂陣腳。淳兒撿拾風箏時無意撞見華妃收取他人賄賂，曹貴人使計令淳兒暴露身份，華妃殺人滅口。曹貴人報信于甄嬛，為自己謀得後路。甄嬛發現淳兒死因蹊蹺，決意報仇。
西南戰事大勝，年氏一族風光無限，皇帝更是另眼相看，答應晉華妃位份。華妃意在後位，咄咄逼人使皇后在眾妃面前顏面掃盡。皇后探知皇帝一時不會對付年氏一族，只得自己加緊謀劃。內務府預先備下皇貴妃服制送與華妃試探其態度，華妃不疑有詐，欣然收下。皇帝聞風不悅。 年羹堯以軍功自傲壓制朝中文官，興建王府窮奢極欲。年羹堯夫人發病，年羹堯命人強行請走宮中所有御醫為愛妻診治；皇后深夜頭風病發，卻找不到一個御醫，皇帝聞訊大怒。次日百官聞風諫言，皇帝卻一味寬縱，更出言安慰年羹堯。年羹堯更加驕縱，百般壓制甄遠道。甄嬛夜讀《鄭伯克段于鄢》試探皇帝心意。翌日，華妃滿心歡喜等候晉升，卻得知皇帝僅晉封自己為貴妃，而非位同副後的皇貴妃；華妃這時才意識到自己太過心急。陵容偶遇落寞的齊妃，暗示齊妃孕婦忌諱夾竹桃。護子心切的齊妃正中陵容的圈套，親自做了摻有夾竹桃汁液的栗子糕叫人送給甄嬛，被陵容當場假意揭穿。皇后急招齊妃，令她下跪自首。
齊妃祈求皇后寬恕，皇后借機奪取撫養三阿哥的權力。齊妃無奈授人以柄，只得聽命于皇后。槿汐感覺此事有詐，告誡甄嬛要留意陵容，甄嬛卻不以為然。 皇后與皇帝離宮祈福，華貴妃獨掌六宮，大權在握。甄嬛有孕在身，體弱不適，華貴妃令太監周甯海前去碎玉軒請甄嬛到翊坤宮聽事；甄嬛自知此行凶多吉少，為了避免與華貴妃發生衝突，以大局為重，只得前往。 華貴妃藉口甄嬛懷有身孕恃寵而驕，責罰其烈日之下跪于宮外誦讀《女誡》，眉莊挺身而出保護甄嬛，被責罰一同下跪；陵容假意口頭哀求，言語更加冒犯華貴妃。浣碧在一邊焦急萬分，連忙趕去太后宮中報信，奈何太后病重不能見人，只得求助於進宮看望太后的果郡王。 烈日炎炎下，甄嬛體力不支暈倒在地；果郡王不顧禁忌，擅闖翊坤宮救出甄嬛。華貴妃發覺甄嬛下跪處有血跡，大吃一驚。 果郡王抱甄嬛回到碎玉軒，手中全是血，甄嬛似有小產跡象。蘇培盛趕赴天壇告知皇帝甄嬛出事了。
甄嬛久跪小產，皇帝與皇后聞訊策馬趕回宮中。甄嬛失子，皇帝自責不已，皇后假意安慰。 華貴妃得知甄嬛小產自知罪孽深重，在曹貴人勸說下只得脫簪請罪。 皇帝大怒，廢其華貴妃之位，褫奪封號，降為妃位，並責罰其每日正午跪于翊坤宮門外兩個時辰思過。皇帝顧及朝政與年羹堯的勢力，不能依甄嬛所願殺掉華妃，甄嬛心灰意冷。 年羹堯得知妹妹華妃失寵後上書諫言，向皇帝直言冷落妹妹會使年氏一族寒心，令其地位不穩。皇帝處於兩難境地，找來果郡王探其口風，果郡王以“不在其位，不謀其政”為由推脫，消除了皇帝的疑心。 甄嬛沉浸在失子之痛中，不能自拔，槿汐勸慰，甄嬛埋怨皇帝的言語被前來探望的皇帝聽到，止步不前。皇帝心中鬱結，來到太后處，訴說是自己當年賜給年妃的歡宜香導致甄嬛流產的，自責不已，太后寬慰皇帝。
溫實初給甄嬛診脈，察覺她體內有用過少量麝香的症狀，甄嬛讓流朱去內務府取來華妃宮裡的歡宜香。溫實初恨自己無力，不能讓心愛的甄嬛免受今日之苦。不料此話卻被前來探望甄嬛的眉莊聽到，眉莊大驚失色，強忍悲傷黯然離去。 皇帝前來探望甄嬛，甄嬛仍舊對歡宜香一事耿耿於懷，兩人心生隔閡，皇帝拂袖離去。 為寬解皇帝連失兩子的抑鬱，皇后安排宮中宴飲，並找來樂師調教陵容唱歌。甄嬛失子後日日以淚洗面，皇帝自責不已，躲避甄嬛。 宮中大宴，眾妃花樣百出，竭盡全力亦無法使皇帝高興。皇后故意讓甄嬛看見妃嬪的媚態，讓她以為皇帝早已喜新厭舊。即便如此，皇后仍察覺甄嬛失子亦無法動搖其在皇帝心中的地位，無奈只得使出殺手鐧。 宴飲之上，一蒙面女子若仙女般蕩舟而出，靡靡之音令皇帝傾倒，此人正是陵容。華妃欲見皇帝而不能，正巧看到陵容得寵，氣得回宮大發雷霆。溫宜哭鬧聲引起華妃惱怒，瘋癲般地搶奪溫宜；曹貴人反抗不得，恨之入骨。
陵容一朝得寵，炙手可熱，更得御賜金縷衣。在皇帝面前，陵容不忘以歌聲和柔順討好皇帝，並時時為皇后說好話。眾妃嬪欲與陵容爭寵，卻被皇后相繼彈壓，陵容感激之餘，也發現自己被眾人孤立，只得更加依附皇后。 富察貴人借機挑撥陵容與甄嬛的關係，陵容出面解圍，譏諷富察；甄嬛對陵容爭寵一事心存芥蒂，陵容潸然淚下，道出自己受制於人的苦衷，甄嬛被其假像所蒙蔽。 眉莊在宮中長街偶遇皇帝，勸說皇帝探視甄嬛，皇帝猶豫再三，前往碎玉軒。 甄嬛傷心過度不能自拔，含淚睡去；皇帝看見以為甄嬛仍深怨自己，傷感愧疚之下再不踏足碎玉軒，甄嬛完全失寵。 甄嬛與槿汐前往延慶殿探望端妃，感歎其遭遇，請來溫實初盡力救治端妃。 陵容頗得皇帝歡心，浣碧看後不滿，語出譏諷；陵容表面並不在意，內心卻更恨甄嬛。
甄嬛失寵臥病，備感淒涼，唯得敬妃與眉莊二人照料。眉莊認為甄嬛雖對皇帝失望，卻做不到無情。 皇后眼見華妃甄嬛兩人都已失寵，陵容又在自己掌控之中，異常得意。敦親王福晉憐憫甄嬛，獨自前來探望；此舉猶如雪中送炭，讓甄嬛倍感意外。 入夜，甄嬛遙聞屋外有人以笛聲吹奏《長相思》，尋聲而去卻是果郡王；二人感歎世事多變，彼此慰藉。甄嬛雖感知果郡王情意，卻礙於身份，告誡浣碧不要與果郡王過分接近。眉莊為使甄嬛振作，帶她去冷宮看失寵的芳貴人和瘋了的麗嬪，以二人之遭遇為前車之鑒，提醒甄嬛為家族興衰和自我生存做好長遠打算。 長街上，落寞的甄嬛撞倒齊妃，引來富察貴人挑釁；齊妃和富察貴人命失勢的甄嬛跪於長街，並讓宮女煽其臉面。甄嬛終於認清眼前殘酷的現實，為了重獲皇帝的喜歡，要浣碧等人在冬天找來蝴蝶，眾人卻疑心甄嬛瘋癲。浣碧只得求助果郡王，果郡王願意滿足甄嬛的一切要求，為她尋來蝴蝶。
甄嬛在眾人的協助下，引來前往倚梅園祈福的皇帝；皇帝眼見蝴蝶圍繞甄嬛紛紛飛舞，美不勝收，即刻為其傾倒，甄嬛得寵翻身。 甄嬛欲擒故縱，連續多日藉口拒絕皇帝寵倖，卻反而更加得到皇帝的眷顧。 皇帝拿她無計可施，便找來果郡王商議，不料尚未娶妻的果郡王一語道破皇帝的心意，皇帝內心寬解，果郡王卻十分落寞。 准葛爾使者入宮求親，皇帝認定“攘外須得安內”，將先帝幼女朝瑰公主嫁給准葛爾可汗；甄嬛向皇后提議曹貴人細心，適宜協助公主準備嫁妝。皇后見皇帝對甄嬛言聽計從，甚為擔憂，卻苦無良策應對。曹貴人眼見痛不欲生的朝瑰公主，兔死狐悲，心驚不已。 不料，准葛爾老可汗娶得朝瑰三日後便暴斃，公主按當地習俗下嫁給老可汗之子。甄嬛轉述公主近況，以溫宜前途撼動曹貴人。 甄嬛為了家族前途，終於同意皇帝夜宿碎玉軒。
陵容討好甄嬛遇冷。皇后警告陵容要與甄嬛和好，才能安身立命。 甄嬛以“人彘”之事逼瘋富察貴人，同時威懾齊妃和曹貴人；曹貴人迫于甄嬛的壓力，暫時向其低頭，把年妃收受宮外賄賂之事告知甄嬛。 敦親王勞軍歸來戎裝進殿，禦史張霖彈劾其大不敬之罪，被敦親王報復打昏，引起文臣激憤；敦親王稱病拒絕上朝，皇帝為難。甄嬛向皇帝提議借福晉之手勸敦親王上門道歉，並自請前往說服福晉相助。 皇帝根據甄嬛的的提議，為安撫敦親王，加封了其子女，並提議由太后撫養其女兒以作人質。敦親王不解內情，在福晉勸服下勉強道歉。 甄嬛以茶葉之事告知皇帝宮中貢品都是先入年羹堯與敦親王府邸，剩餘的才送入宮中，建議皇帝不必動怒，而將此事刻意宣揚出去，使年羹堯和敦親王等人失盡人心。皇帝欣賞甄嬛政治才能，允許她單獨與自己商議政事。
皇帝告知甄嬛往事，溫僖太妃與舒妃爭寵敗落，為先帝所厭棄。甄嬛請封諸位太妃與敦親王生母並立，更顧全果郡王生母顏面。為安撫年氏一族，甄嬛親自請求皇帝複華妃位份，並決意委曲求全。 皇后得知甄嬛干涉朝政，勸誡皇帝小心為妙；皇帝卻認為敦親王等事乃家事，對甄嬛表示信任。皇后見甄嬛勢力日益強大，焦慮不安。 皇帝採用甄嬛意見，恢復年世蘭“華妃”的封號；但華妃此時卻已如驚弓之鳥般患得患失。皇帝找來甄嬛之父甄遠道，告知他暗中協助自己搜集年羹堯的罪狀。 皇帝向太后說起晉封太妃一事甄嬛出力不少，太后提醒皇帝後宮嬪妃不得干政，並告誡皇帝對待六宮要雨露均沾，以免引起不必要的麻煩。眉莊從太后口中得知是甄嬛建議皇帝複華妃之位的，她十分惱怒，不再理會甄嬛。
甄嬛真誠找到眉莊，希望對方能夠理解自己的做法，眉莊質問甄嬛此舉意在如何；甄嬛不便說出實情，令眉莊誤會進一步加深，姐妹關係逐漸疏遠。 華妃複寵，甄嬛與陵容面合心不合，不讓分毫。皇后拉攏陵容繼續挑撥甄嬛與眉莊的關係。眉莊冷待甄嬛，甄嬛傷心不已。 華妃復位，皇帝雖對其恩寵有加，但華妃內心卻隱約感到不安。皇帝對華妃身邊的宮女頌芝頗有好感，華妃敢怒不敢言。 陵容眼見眉莊與甄嬛關係淡漠，乘勝追擊，設苦肉計用自己的血配製藥膳給甄嬛送去以期打動甄嬛；甄嬛看出倪端，不為所動。
皇帝攜眾妃到圓明園避暑。甄嬛在避暑山莊遇見自幼不得父愛的四阿哥弘曆，對其憐愛有加。 皇帝在大殿聽取大臣們歷數年羹堯的不是，華妃聞訊焦急，擔心年氏家族地位不保，無奈之下只得引薦頌芝，將其拱手獻給皇帝解圍。 頌芝得到皇帝寵倖，獲晉為“芝答應”。華妃為長遠打算，強忍心中怒火，小心看著皇帝臉色行事。華妃耳聞皇帝召見大臣議事，唯恐與哥哥年羹堯有關，便交代頌芝侍寢時試探口風，被皇帝推託。皇帝找來甄嬛共議對付年羹堯之良策。甄嬛明白皇帝用意，欲與其聯手演出好戲。 華妃、頌芝等人與甄嬛狹路相逢，甄嬛表面對華妃畢恭畢敬，卻出言譏諷頌芝，令其難堪。華妃看在眼裡，私下與曹貴人商議要給甄嬛顏色看看。
皇帝在九州清晏大殿設宴，甄嬛礙于皇帝極力容忍華妃，卻不能容忍芝答應的無理；皇帝一怒之下，貶甄嬛去蓬萊洲幽禁。皇后冷眼旁觀，覺察此事有異。 皇后提醒陵容務必陪伴甄嬛同赴蓬萊洲；陵容只能以避開華妃鋒芒為由，執意跟隨甄嬛。 天涼了，眉莊命人給甄嬛捎來衣物，甄嬛得知眉莊仍關懷自己，心裡得到些許安慰。 皇帝差遣果郡王協助自己查明敦親王與年羹堯謀反篡位的證據，一舉拿下敦親王等叛黨，將敦親王福晉及其子女接到宮中幽禁。遠在蓬萊的甄嬛得知消息內心稍感寬慰。 平定亂黨作亂之後，甄嬛從蓬萊洲回宮，皇帝親自接待，兩人頗有默契。 皇后越發擔心甄嬛日益強大，要陵容牢牢盯緊甄嬛，有什麼舉動及時向她彙報。
年羹堯獲知同黨敦親王被皇帝捉拿，寫了一紙奏摺呈送皇帝，情急之下把“朝乾夕惕”四字寫成了“夕陽朝乾”，皇帝看後大怒。 皇帝不斷讓身邊大臣向自己列舉年羹堯的各項罪名，意在借助他人之口，徹底剷除年氏一族。年羹堯最後因不恪守為臣之道等罪名被皇帝革了川陝總督和一等公爵位。華妃得知此消息大為震驚，不顧宮規前往養心殿替哥哥求情；皇帝避而不見，華妃磕頭請求皇帝的原諒。 眉莊始知甄嬛用心良苦，二人和好如初。陵容在皇帝面前不忘假意表達自己與甄嬛的姐妹情誼，皇帝不知真情，反而更加憐愛陵容。眼見華妃失勢，曹貴人不得不另尋靠山。皇后面前，曹貴人告發華妃此前種種罪行。 皇后命人徹查華妃多年惡行，眾叛親離的華妃得知兄長年羹堯已被賜死，親信太監周甯海不堪大刑之苦，供認出自己多項罪名。皇帝大怒，降華妃為年答應。
曹貴人因告發華妃罪行有功，被晉封為襄嬪。 端妃告知甄嬛後宮如政局，不可憑一己之力改變；另外還需特別防範襄嬪，也就是從前的曹貴人。 秀女大選的年份已到，未免宮中紛擾，皇帝提議推遲選秀；皇后建議不必大肆選秀，只在功臣家眷中選取四名適齡女子入宮即可，皇帝欣然接受。 新進宮的祺貴人之父與甄嬛父親同在都察院為官，祺貴人便要求與甄嬛同住，藉以博得了皇帝的關注。祺貴人在宮中與華妃狹路相逢並受了氣，三番五次地向皇帝挑唆。 甄嬛發現自己宮外屢屢受到華妃宮中內監肅喜的窺探，於是設計一舉搗毀華妃勢力；眉莊在旁相助，推倒火燭，不惜燒傷自己，告訴皇帝是華妃指使他人縱火，欲燒死居於碎玉軒的祺貴人並加害于甄嬛。
皇帝最終下旨賜死華妃，華妃卻不願就死。甄嬛來到冷宮，替華妃送行。她親口告訴華妃，皇帝和太后當年為了防備年氏一族勢力過強，便在華妃專用的歡宜香中添加了大量麝香，致使其終身不孕，並導致甄嬛昔日流產的事實。華妃聽聞真相後，絕望中撞牆而死。皇帝為示自己對華妃的厚愛，許她以貴妃名位入葬。 曹貴人得風寒無人照看，太醫院奉太后密旨在其藥物中下了失神之藥，致其噩夢連連，不斷夢見華妃來冤魂索命，最終驚懼而死，端妃獲聖旨撫養溫宜公主。 皇帝決定冊封甄嬛為妃，陵容在一旁假裝賀喜，被皇帝一同冊封為嬪。
除掉華妃之後，陵容向皇后說起皇帝稱甄嬛為“莞莞”一事，皇后感到甄嬛帶來的威脅，心生妒意。 皇后唆使祺貴人讓其父瓜爾佳鄂敏在前朝挑撥皇帝與甄父甄遠道之間的關係。皇帝本性多疑，在皇后的唆使下，察覺到甄嬛愛讀政要史書，內心不悅，有意疏遠。 冊封禮前，甄嬛發現禮服不妥，便草率地穿著內務府送來的替代禮服前往受禮現場。皇后當場指認甄嬛身上的衣服系已故純元皇后的舊衣，皇帝更是錯認甄嬛為純元；皇帝被揭破秘密，尷尬惱怒，指責甄嬛冒犯純元皇后，將其囚禁於碎玉軒，非召不得出。甄嬛始知自己原來一直都是純元皇后的替身，徹底心碎。眉莊冒死奔走于皇后與太后宮中為其求情，但兩宮都不願意出面干預此事。
禁足於碎玉軒的甄嬛傷心欲絕，而此時的碎玉軒猶如冷宮一般。眾人備受欺淩，甄嬛因病重暈倒。流朱為替甄嬛求醫，強闖碎玉軒大門，卻遭到侍衛阻攔；流朱救主心切，絕望之下撲向侍衛手中的刀刃，血流不止，侍衛不得已向皇帝報告實情。 皇帝聞訊震怒，斥責侍衛失職，命溫實初速救甄嬛和流朱；流朱終因傷勢過重死去。 甄嬛醒來後意外發現自己懷孕，為保腹中胎兒平安，請求皇后照顧自己身孕，承擔一切後果。皇后不願答應，太后告誡她不可一錯再錯，更不許她拿烏拉那拉氏家族的榮華富貴開玩笑。甄嬛得知流朱為救自己而死，悲痛萬分。溫實初告訴甄嬛，她所使用的舒痕膠中含有大量不易察覺的麝香，這才是導致她當年小產的根本緣由。甄嬛始知陵容惡毒。
眉莊獲知甄嬛懷孕卻仍被禁足，欲以探望，卻因宮規森嚴而不能前往；她囑咐溫實初要替自己照顧好甄嬛。 大臣瓜爾佳鄂敏繼續在皇帝面前讒言、詆毀甄嬛父親甄遠道，皇帝心生戒備，最終下旨將甄遠道革職收監，其家眷圈禁府中，甄氏敗落。太后為甄嬛腹中的龍子考慮，擔心她得知家族之事身體不妥，命孫姑姑傳信安撫甄嬛。陵容受皇后旨意，派新來的太監小貴子故意將甄父被大臣鄂敏告發革職入獄的消息告訴甄嬛，甄嬛一驚之下動了胎氣。事成之後，陵容暗地裡派人把小貴子毒死已絕後患。甄父在獄中被人投毒，生命垂危。 甄嬛帶孕求見皇帝，皇帝態度冷淡；甄嬛此刻真正知道原來皇帝此前對自己的萬般寵愛只因自己的容貌與純元相似，一時之間痛心無比，受到刺激早產。
甄嬛痛苦中早產下一女，取名朧月，皇帝獲知興奮不已。甄嬛內心對皇帝絕望，自請離宮到甘露寺修行以保朧月平安。甄嬛拜託敬妃收養女兒朧月，替自己撫養女兒長大成人。甄嬛毅然離宮，眉莊、溫實初為其送行。 甄嬛遷居甘露寺，法號莫愁，入寺後備受欺淩；皇后趁機安插陵容、祺嬪(原來的祺貴人)等人好生伺候皇帝，在宮中大肆擴張勢力。眉莊為甄嬛的離去傷心不已。溫實初因其御醫的特殊身份，獲准往來宮中及甘露寺兩地之間，暗中保護甄嬛。 果郡王獲知甄嬛出宮修行，趕來甘露寺探訪，為甄嬛帶來女兒朧月的畫像，安慰甄嬛思女之情。甄嬛感激。
皇后攜敬妃等一干嬪妃赴甘露寺進香，甄嬛躲在立柱後不願相見。甄嬛看到眉莊時過於激動被祺嬪發現。祺嬪故意踩在甄嬛手上，迫使其因疼痛出聲而暴露；甄嬛被迫以狼狽落魄之相出來見皇后等人，皇后得意之下，囑咐祺嬪告訴寺中主持不必善待甄嬛。 眉莊回宮後求太后庇護甄嬛，並自請入住甄嬛的碎玉軒為其守宮，甘受冷落。敬妃撫養朧月盡心，卻因無意間在皇帝面前為甄嬛說情遭到斥責；太后眼見皇帝此舉，由女及母，擔心甄嬛安危，暗中派遣芳若每月定期探望甄嬛。 甄嬛偶遇果郡王生母舒太妃，二人十分投緣。甄嬛欲撮合浣碧與王爺的侍從阿晉相好，浣碧心中早已愛上果郡王，斷然拒絕了甄嬛的好意。 眉莊在宮中備受冷落，唯有溫實初悉心照顧；眉莊越發愛慕溫實初，卻發現此人一心只掛念甄嬛一人。
果郡王多次向甄嬛暗表情意，均被回絕。 宮中雖然皇后獨大，但皇帝仍舊不時牽掛甄嬛，皇后為此頗為頭疼。 甘露寺眾尼不容甄嬛等人，被眾尼姑于病中趕出寺外。果郡王允禮獲悉後帶阿晉冒著大雪策馬趕來相救，將甄嬛送到清涼台休息，甄嬛被徹底感動。溫實初牽掛甄嬛，想盡辦法前來照顧，卻察覺出果郡王對甄嬛有意。甄嬛病重，允禮捨身相救，自己卻染了重病；甄嬛病情穩定後找到允禮，兩人的情感剛有一絲靠近時，皇帝帶著敬妃、女兒朧月突然來到清涼台探望允禮；甄嬛躲在屏風後看到女兒時百感交集，斷然拒絕允禮的一切好意。浣碧殷勤照顧得病的果郡王，表露愛慕之意，甄嬛病好後立即離開果郡王住處。
皇帝在剷除年氏一族及其黨羽後，開始著手處置年氏同黨，自己的舅舅隆科多。隆科多乃是母親皇太后昔日的舊情人，皇帝始終認為此事讓自己顏面無存，決心將其剷除。 太后雖然不同意皇帝的做法，但身為母后，她必須要保護兒子的江山社稷。為了成全兒子，不忍昔日情人被自己的兒子賜死，也為保皇族聲譽，親自密訪隆科多，騙其喝下毒酒，親手毒死愛人，但事後太后因此事傷心不已。 溫實初發現甄嬛與果郡王二人相戀，深受打擊。太后因隆科多一事病重臥床不起，皇帝卻不予探望，只有眉莊天天在太后身邊悉心照顧。
陵容在宮中少了很多對手，為討好皇帝使盡渾身解數，導致皇帝縱欲過度高燒不退，太后知曉後大怒。 果郡王入宮侍疾，發現皇帝病中呼喚甄嬛昵稱，深受觸動，惶恐不安。 皇后發覺陵容已不似從前那麼容易掌控，竭力用祺嬪制衡陵容。 允禮、甄嬛二人攜手北游，於山中撞見一遭毒蛇咬傷中毒的男子；甄嬛機智救助了該男子，通過男子的言語及手部特徵等斷定此人擅長拉弓射箭，應該是位准葛爾人。男子仰慕甄嬛的聰明伶俐，對其印象深刻。 皇帝病癒後對後宮舊人失去了興致，前往圓明園百駿園閒逛時，偶遇馴馬女葉瀾依，即刻被其桀驁不馴的獨特氣質所吸引，欲將其帶回後宮。
淩雲峰禪房中，甄嬛終於決定和相愛的果郡王在一起，二人許下終身之約。 皇帝新寵葉氏入宮後即封為答應，此舉違背祖制，引起後宮其他眾嬪妃的不滿。皇后無意間得知齊妃對兒子三阿哥的前途野心勃勃，於是欲除掉齊妃。 皇后暗中點撥齊妃小心皇上新寵葉氏，齊妃明白皇后用意，認為葉氏得寵有孕，必將影響自己兒子的前途。齊妃命太醫配好九寒湯送給葉氏服用，葉氏明知有詐，毅然喝下湯藥導致腹痛。皇帝得知葉氏從此失去生育能力後震怒，命人徹查究竟。 種種證據指向齊妃，齊妃百口莫辯，只得向皇后哭訴求情，此舉正中皇后的圈套，皇后告訴齊妃她已不會贏得皇帝歡心以及“子憑母貴”的道理，齊妃眼見兒子與皇后親熱的情景，深知自己的罪行會連累兒子前途。齊妃託付皇后照顧皇長子弘時，絕望自殺。
皇帝及眾人以為齊妃系畏罪自殺，死後無封。皇后收養皇長子弘時。 眉莊同情葉氏遭遇前來拜訪，得知葉氏根本不愛皇帝，無意得寵。除去了齊妃，皇后在後宮的地位更加牢固，到處是自己的勢力。太后看在眼裡內心焦急，找來皇后對其進行教誨，豈料皇后如今已是羽翼豐滿，言語中不斷衝撞太后。 葉氏因九寒湯一事受屈，皇帝晉升其為甯貴人，但葉氏根本不在乎這些稱謂。御花園中，葉瀾依巧遇果郡王，欣喜不已，並對其吐露心聲，說出自己將永念允禮昔日救命之恩，希望來日報答。果郡王讓葉氏自己珍重。 果郡王允禮奉皇帝旨意出巡滇藏，與甄嬛相約回來後兩人以假死藥出逃。眉莊暗地探訪甄嬛，告訴甄嬛其父在外一直被果郡王派人暗中保護著；但果郡王剛赴滇藏，甄父便傳來病危的消息。
甄嬛明白此舉應為瓜爾佳氏所為，恨自己不能出力，眉莊勸甄嬛自保為先。 果郡王逾期未歸，甄嬛發現自己有了身孕，欣喜之際卻從溫實初口中得知允禮已慘死他鄉的噩耗。甄嬛有孕，求死不得，為保住腹中允禮的孩子，為復仇雪恨，甄嬛決意設計回宮。 槿汐為促成甄嬛回宮，甘願自我犧牲，入宮找到皇帝身邊大太監蘇培盛，作其“對食”妻子；蘇培盛深受感動，答應助甄嬛一臂之力。 蘇培盛以為太后祈福為由，請皇帝入甘露寺進香，皇帝欣然前往。甄嬛費盡心機獲得皇帝的注目，加之皇帝本就對其餘情未了，兩人迅速複合，甄嬛在寺中侍寢。
皇帝回宮後，隱瞞與甄嬛私會的消息。不久，甄嬛稱自己懷孕；蘇培盛請來溫實初親自為其把脈，溫實初明白甄嬛回宮復仇的用意，知道相勸也是無果，只能鼎力相助。皇帝得知甄嬛懷孕，意欲接甄嬛回宮。皇后聽到甄嬛有孕的消息感到震驚，悔恨自己一時大意，讓甄嬛鑽了空子。 為防止甄嬛回宮，皇后親手策劃了一系列好戲給別人看：先是進香香柱斷裂不止，然後自己佯裝失足落水，另一邊安插他人候機在太后壽康宮裡點火，鬧得宮裡是非不斷。陵容候機在皇帝旁邊煽風點火，並請來欽天監正使，以天象不詳之名暗示甄嬛懷孕有不祥之兆，皇帝決定暫緩甄嬛回宮一事。 四阿哥弘曆湯中被人下了毒，嬤嬤誤食後慘死，恰巧讓眉莊碰上，把弘曆帶到太后跟前。
太后明白此舉必是皇后所為，於是召來皇帝、皇后，以弘曆之遭遇點醒皇帝，促成甄嬛回宮一事以平衡後宮勢力，皇后幾欲阻攔未果。 甄嬛去探望允禮生母舒太妃，告知自己懷了允禮骨肉，設計回宮是為了給允禮報仇。 甄嬛回宮前，皇后得知消息情知無法阻攔，特意慫恿皇帝大興土木迎接甄嬛回宮，引得前朝言官非議，內外反對。為使甄嬛順利回宮，皇帝決定為甄嬛改姓鈕祜祿氏，封為熹妃，並稱其為皇四子弘曆的生母，甄嬛這才得以回宮。 果郡王逃出准葛爾生還，回宮拜見皇帝，卻被皇帝指派去甘露寺接回新妃。果郡王與甄嬛重逢，大感命運弄人。甄嬛見不能回頭，依舊狠心決定回宮。
果郡王力求一生保護甄嬛周全。甄嬛于甘露寺洗去從前困苦，由果郡王親自接回宮中。甄嬛回宮後極盡榮寵，住進奢侈的“永壽宮”中。四阿哥弘曆依附之余更孝順討好甄嬛，甄嬛也以生母之份格外疼愛弘曆，彼此各取所需。安陵容蓄意討好，甄嬛不動聲色，一一應對。甄嬛偶見葉瀾依，感其特立獨行，同時知道她身份卑微，被人陷害致不能生育。皇后見甄嬛與從前大不相同，要除掉她更為困難，便挑撥甄嬛女兒朧月的養母敬妃與甄嬛的關係。 甄嬛母女相聚，朧月因故不認生母，甄嬛大感傷心，深怨皇帝。甄嬛與眉莊閒聊宮中事，才知人事大變。太后傳旨召見二人。甄嬛精心設計，言語間承受住了太后的責問，重贏太后歡心。甄嬛在眉莊的陪同下返回宮中，途徑儲秀宮時，險些從轎中跌落。
孕期的甄嬛險些從轎上跌落，眉莊拼死相護；甄嬛發覺所經之路上的六棱石被人換成了長滿青苔的鵝卵石，心知遭人算計，卻不知到底是儲秀宮的祺嬪還是欣貴人所為。甄嬛於是告知皇帝不適，皇帝大怒，命蘇培盛徹查此事。 溫實初得知眉莊為救甄嬛手腕受傷，趕來救治時無意表露愛意，眉莊欣喜害羞。 祺嬪分外嫉恨甄嬛，和欣貴人一起假意登門拜訪；甄嬛無意間發現祺嬪不能懷孕的秘密——她身上戴著的一串麝香珠乃是皇后所賜。 欣貴人向甄嬛示好，依附甄嬛。甄嬛昔日的侍女佩兒被祺嬪毒打，甄嬛將計就計，命佩兒暗查祺嬪和欣貴人。陵容偶遇甄嬛，帶著含有麝香的香囊接近甄嬛，意圖使其小產，討好之餘不忘挑撥甄嬛與祺嬪的關係。 祺嬪裝病邀寵，惹得皇帝不快。甄嬛巧罰祺嬪，贏得太后贊許，在宮中樹立了威望。祺嬪有苦難言，暗恨甄嬛。
皇帝探望祺嬪，卻發現她責打宮女；欣貴人頻頻暗示，皇帝終於動怒冷落祺嬪，降祺嬪為貴人。祺貴人到皇后面前訴苦，反被皇后責駡；祺貴人憎恨陵容的譏諷，皇后一党開始內鬥。皇帝命蘇培盛請來欽天監副使季惟生觀看天象，季惟生以“危月燕沖月”之不祥之兆暗示安陵容的命理不祥，與太后等人相沖，需以靜修為宜。皇帝深信不疑，決定遠離陵容，並晉升季惟生掌管欽天監正使一職。 太后深感皇帝身邊少賢妃，力勸眉莊侍寢。眉莊心中不願，太后為使事成，令皇帝去看望眉莊，並讓孫姑姑拿給眉莊一壺暖情酒，必要時服下。眉莊暗召溫實初前來哄其喝下暖情酒，二人相好。 皇帝因星象一事刻意疏遠陵容。眉莊告訴溫實初自己有了他的孩子，並懇求實初保住自己和孩子的命。
眉莊假意丟了鐲子偶遇皇帝，重得恩幸。眉莊屢被寵倖，一朝聲稱有孕，太后大喜。眉莊有孕後身份尊貴，陵容為贏取太后好感百般討好眉莊，更意圖通過眉莊接近皇帝；眉莊假意見她，過後便稱不適，眾人更以為陵容不祥。 皇后見甄嬛臨產、眉莊有孕，自己更勢單力薄，索性假稱頭風發作，對後宮諸事不聞不問。 敬妃因過於疼愛朧月，對甄嬛回宮後親近朧月的舉動心存妒忌。皇帝為使甄嬛開懷，一意孤行令朧月回到甄嬛身邊，反而使朧月更加不願接近生母，敬妃疼惜不已，為留住朧月在身邊，只得向皇后求助。皇后看中敬妃心思，趁機挑撥離間。 蘇培盛與槿汐“對食”之事被敬妃揭發，二人被重責罰入慎刑司受苦。甄嬛力保二人未果，不便出面再求，只得請端妃出面相助，救出槿汐。
溫實初發覺甄嬛所懷乃雙生子，認為其腹大之事已可掩飾過去。甄嬛請求皇帝先不要說出雙生子之事。甄嬛腹大逾于常人，後宮流言頓起，皇后借他人之口暗示皇帝甄嬛腹中胎兒來歷不明，但甄嬛早已料到皇后這一手，皇帝未與理睬，反而斥責了皇后。甄嬛則借機分清敵我，借皇帝之手大肆剷除異己。槿汐因被揭破與蘇培盛之事大受打擊，甄嬛極力勸解，槿汐終於振作。中秋家宴即將到來，甄嬛得知果郡王即將從盛京歸來，悲喜難言。中秋宴席上，浣碧打扮得格外奪目，以期得到果郡王注目。甄嬛身體不適，提出去外面走走，與果郡王私下相見，甄嬛故意態度冷淡。葉瀾依尾隨在後，暗中聽到二人對話，認為是甄嬛辜負了果郡王，因而憎恨甄嬛。 回宮路上甄嬛被葉瀾依暗算，以貓撲向其肚腹。甄嬛受驚嚇難產，艱難之下痛苦誕下龍鳳胎。皇帝喜獲一雙兒女，即刻下旨：永壽宮熹妃(甄嬛)晉熹貴妃，于皇子滿月之日同冊嘉禮；熹貴妃出月後賜協理六宮之權。皇帝為龍子賜名弘曕，公主賜名靈犀。
甄嬛產後復原，探知蘇培盛與槿汐之事為敬妃出賣，遂對敬妃動之以情，曉之以理，答允將朧月長留敬妃身邊；敬妃再次對甄嬛死心塌地，並與甄嬛聯手對付皇后等人。皇后感歎，甄嬛因一對兒女保住一生榮華，已難以撼動她在皇帝心中的地位。 葉瀾依在御花園碰到甄嬛，假意邀請甄嬛、浣碧到自己的春禧殿小坐。途徑一偏僻處，葉瀾依突然抽出匕首抵住甄嬛脖頸，斥責甄嬛對果郡王的薄情。甄嬛告訴葉瀾依自己對果郡王的真實感情，也知道葉氏對果郡王有情；葉氏識得甄嬛手腕上帶著允禮送的珊瑚手釧，此物乃允禮至愛。葉氏明白允禮與甄嬛之間的深厚感情，放走甄嬛。甄嬛看出，葉瀾依是個至情至性之人。 甄嬛生子，皇后倍感地位岌岌可危，找來祺嬪、陵容二人商量對付甄嬛的方法。豈料此二人之間早已心生芥蒂，祺嬪憎恨陵容身份地位卻與自己爭寵，命人在陵容的湯藥中下藥，導致陵容失聲。 為博甄嬛紅顏一笑，皇帝派人接甄嬛小妹玉嬈進宮做伴。
皇后躲在暗處觀察陵容的動向，對貞、康二人的刁難不予理睬。陵容為了複寵，開始節食並練習冰舞，因抹了太醫院調製的纖潤膏，體力不支暈倒。甄嬛得知陵容不擇手段欲與自己爭寵，失望之下決意不在過問此事。為了迅速達到效果，皇后讓陵容服用可令身子迅速輕盈卻會導致不育的“息肌丸”，陵容為求速成，毫不猶豫地吞下。 除夕，紅梅叢中一穿著紅衣、化妝成梅仙的女子(陵容)翩然而出，宛若“冰上飛燕”。皇帝如癡如醉，眾人又驚又愕。陵容複寵。 甄嬛小妹玉嬈在宮中初遇慎貝勒允禧，兩人一見鍾情。 果郡王舊病發作，又不幸墜馬。甄嬛苦於不能探望，便成全浣碧去王府小住照顧。浣碧衣不解帶，更對王府中人刻意周全，贏得滿府贊許。 景仁宮大殿上，祺貴人道出甄嬛與溫實初私通，並讓甄嬛昔日家中婢女玢兒、宮中侍女斐雯以及甘露寺女尼靜白出面舉證，一石激起千層浪。
葉瀾依暗中派阿綠通知浣碧、玉嬈速請甘露寺其他尼姑來為甄嬛解圍。唇戰之時，皇帝聞訊趕來。 慎貝勒允禧關鍵時刻趕來力證甄嬛清白，玉嬈為甄嬛夜闖皇后宮中，引起皇帝注目。為求真相，皇后主張滴血驗親，皇帝執意執行。驗血之時，皇后使計在水中做了手腳，甄嬛差點落入皇后圈套，幸而及時發現。 葉瀾依帶尼姑莫言進宮佐證甄嬛與溫實初清白，大殿之上，甄嬛毫不留情地揭發了祺貴人之父瓜爾佳氏一族陷害自己父親的實情。滴血驗親無果，皇后心中有鬼，被迫拉出宮女繪春充當自己的擋箭牌。 皇帝遷怒皇后，命她在宮內養病，交出協理六宮的大權。
陵容以言語刺激溫實初，溫實初為求能留在眉莊身邊，不惜自宮。陵容故意叫侍女引來眉莊。 即將臨盆的眉莊眼見這一幕慘劇，產女血崩，離開人世，甄嬛痛不欲生。 皇帝鍾情玉嬈，百般示好，玉嬈卻不予理睬，躲避皇帝。溫實初傷心眉莊之死，自請為眉莊守陵三年。太后因眉莊之死遷怒陵容，皇帝只得少見陵容。 陵容獨自祭拜眉莊，為甄嬛失去摯友露出邪惡的笑容。皇帝開玩笑要納浣碧為常在，浣碧大驚失色拒絕。
眾人在圓明園牡丹台賞舞，浣碧事先在果郡王矜纓中動過手腳，故意灑酒弄濕果郡王衣衫，果郡王起身時小像從懷中掉出。 恒親王以為小像是甄嬛，葉瀾依解圍說小像可能是玉嬈或者浣碧。皇帝認定小像不可能是玉嬈，對甄嬛起了疑心。浣碧挺身承認小像是自己的，被當場賜婚與果郡王。甄嬛以酒醉遮掩悲傷。 皇帝告訴果郡王，沛國公之女孟靜嫻愛慕其多年成病，欲成全靜嫻同為果郡王側福晉。允禮無奈接受，並請旨除浣碧、靜嫻外，自己終身不再另娶，還要浣碧入府主持家事。 甄嬛為成全浣碧，力爭使其成為自己義妹，其母牌位入甄氏祠堂，成為果郡王側福晉。浣碧更名玉隱，以甄家二小姐的身份如願以償嫁入甄府，甄氏兩老也因此婚事得以回京，葉瀾依卻感歎果郡王不幸。
朝中瓜爾佳氏為其女被降之事屢屢進言，引得皇帝煩躁，又逢瓜爾佳氏行事不檢點，甄嬛借皇帝對玉嬈的垂愛之情，讓玉嬈對皇帝透露甄家冤屈。 皇帝將純元皇后的一塊玉佩賜給玉嬈，欲納玉嬈為妾；另一邊，玉嬈與慎貝勒允禧日漸情深。瓜爾佳氏最終被裁，甄家終得平冤。瓜爾佳文鴛(祺貴人)為家人求饒不得，在大雨中被侍衛亂棍打死，拖去亂墳崗。皇后漠然對待祺貴人之死，陵容深感兔死狐悲。 瓜爾佳氏敗落之事牽出陵容父親安比槐受賄，陵容欲求情，卻被皇帝拒絕。皇后告誡陵容不必非要真懷孕也可得寵，陵容明白皇后的意思。 甄嬛和玉隱為分散皇帝對玉嬈的注意，安排了王府侍女采蘋入宮侍寢，采蘋即刻被皇帝封為“瑛答應”。 太后身體健康每況愈下，為防止突發意外，決定提前留一道遺詔以保皇后後位。
為成全玉嬈和允禧，甄嬛故意讓皇帝看見二人兩情相悅，皇帝拂袖而去。玉嬈在皇帝面前以情動人，表明自己只肯為人正妻，不願作他人之妾。皇帝不能為玉嬈廢後，又感允禧二人深情，只得退步。 太后病危，垂死前卻念念不忘自己最疼愛的兒子老十四，欲見其最後一面，皇帝不肯。太后彌留之際道出皇帝多年前為爭皇位幽禁皇親，殘害手足，因而會落得今日六親不認，骨肉分離的地步；皇帝痛恨此言，揭開太后與隆科多私情的傷疤，太后痛心之下嚥氣，皇帝落淚。 四阿哥弘曆資質聰慧，甚得皇帝喜歡。陵容父親安比槐因貪污下獄，陵容為救父親，百般纏住皇帝，雖知自己不宜懷孕，仍強行受孕。因陵容有孕四個月，皇帝只得先不懲處安比槐。 皇后為陵容請封，甄嬛為羞辱陵容，以“鸝妃”為號贈與陵容；同時，更為後宮妃嬪請封，大封六宮，眾人感激甄嬛。 陵容因懷孕備受榮寵，暗地裡卻為“鸝妃”二字深感羞辱，後宮眾人更是加以恥笑。 甄嬛發現陵容宮中有燒艾的跡象，發覺陵容拼命掩飾滑胎跡象，太醫衛臨更是道出陵容的孩子根本就生不下來的秘密。
皇帝下詔為宮中各嬪妃晉位：晉端妃為皇貴妃，敬妃為敬貴妃，與熹貴妃同理六宮事。安嬪為鸝妃，欣貴人為欣嬪，甯貴人為甯嬪，瑛常在為貴人。 甄嬛拿出從陵容宮中偷取的香料，發現陵容為爭寵，以暖情香勾引皇帝。 甄嬛借他人之手將暖情香塗在百合花蕊中送到陵容宮中，陵容與皇帝不自覺動情，導至陵容小產。 皇后感歎未能用陵容這一胎扳倒甄嬛，反而讓她的地位更為穩固。甄嬛告訴皇后、皇貴妃等人，陵容以暖情香勾引皇帝，皇上獲悉陵容在宮中濫用這些事物後，命人搜宮。 甄嬛亦道出當年自己被貓爪傷後，陵容給自己用了含有麝香的舒痕膠致其流產的事實；皇帝命人請來陵容對峙，陵容道出皇帝只不過把自己當成一隻鳥兒般的玩物而已，從未真正愛過自己。皇帝大為失意，顏面盡掃，下旨禁足陵容于延禧宮，不許人伺候，要親眼看其自生自滅。 陵容私下與甄嬛相見，道出多年來自己與甄嬛等人的宿怨情仇。陵容瘋狂吞食杏仁致死，臨死前告誡甄嬛“皇后，殺了皇后”，甄嬛不解。
三阿哥弘時學業無成，招致皇帝呵斥，皇后愈感自己如履薄冰，對待弘時的學業更加苛刻，更不許弘時提到生母齊妃。弘時感念甄嬛為生母爭到死後哀榮，親近甄嬛。為保住母家勢力，皇后決定讓弘時和自己表侄女青櫻結親。 靜嫻來拜訪甄嬛，道出懷有果郡王孩子一事，並試探甄嬛對果郡王的態度，結果一無所獲。 三阿哥弘時與瑛貴人互生愛慕，被敬貴妃等人發現，認為瑛貴人乃皇帝嬪妃，豈能與皇子有私情。
皇后借機指責甄嬛，認為瑛貴人乃甄嬛二妹玉隱力薦入宮侍奉皇帝的，甄嬛與此事脫不了干係。皇帝對弘時、瑛貴人苟且之事大為惱火，斥責瑛貴人企圖勾引皇子，賜白綾將其正法。 甄嬛、皇貴妃、敬貴妃三人交談，皇貴妃道出皇后宜修與逝去的純元皇后兩姐妹間的往事，三人不免懷疑純元的死因與皇后有關。 甄嬛再度懷孕，卻因多年體虛，自知腹中孩子註定保不住。考慮到這是一次扳倒皇后的機會。眾妃嬪受邀到甄嬛的永壽宮，甄嬛故意向皇帝提出請皇后、皇貴妃、敬貴妃等人為自己腹中的孩子祈福。 皇后為避嫌，告病不願赴約，卻怎奈皇帝親自盛情邀請，不得不冒險來到甄嬛宮中。甄嬛暗中飲下滑胎藥，提出讓皇后與她親自將福袋掛在自己宮中，朧月好奇緊隨其後。
甄嬛疼痛中與皇后爭執起來，皇后推倒甄嬛，一切都被朧月看在眼裡，甄嬛小產。溫實初趕來查明甄嬛小產系腹部遭受大力撞擊以致胎氣大動，孩子滑胎而死。 甄嬛以皇后推倒她為由嫁禍皇后，敬貴妃在一旁相助。皇帝對皇后產生懷疑，皇后拼死辯解，朧月挺身而出保護母親，指認甄嬛小產是皇后所為。皇帝責令皇后思過，嚴懲此事。 皇帝越發年老，猜疑心愈來愈重。朝中不斷有人提出立太子的呼聲，皇帝反感至極。三阿哥弘時聽人唆使，請求皇帝厚待手足，善待罪臣，皇帝大怒，認為弘時圖謀不軌，意在太子之位，有窺視其皇位之舉動，即刻撤下弘時的黃帶子，交于恒親王約束養贍，與其斷絕父子關係。皇后在自己宮中聽聞此訊，更加絕望。 皇后失勢，為除去甄嬛，姑姑剪秋暗自下毒欲毒殺甄嬛及其兒子弘曕。夜宴間，六阿哥弘曕的湯汁被果郡王側福晉孟靜嫻誤飲，靜嫻生子後毒發身亡，果郡王甚是傷感。皇帝命蘇培盛即刻派人查明真相，剪秋與皇后身邊大太監江福海遭到嚴刑拷打。
甄嬛發現孟靜嫻的孩子身上帶有青斑，想起宮中傳說先皇后純元之子生下便夭折，身上也帶有青斑，請來敬貴妃共查此事。 皇帝命人徹查皇后宮中所有宮女太監，蘇培盛從一干人口中得知皇后此前蓄意謀害甄嬛等多項罪名，並遷出皇后陷害純元皇后身亡的重大秘密。 皇帝意欲廢後，皇后承認自己的種種罪行，哭訴自己之所以為之，完全是因為太愛皇帝，不願與任何女人共用皇帝的寵愛。因太后先前立有遺詔，不准廢後，皇帝礙于純元皇后的情面，下旨與皇后烏拉那拉氏宜修死生不復相見，將其禁足于景仁宮。 准葛爾可汗摩格覲見，席間認出甄嬛，想起昔日此女子曾在山上搭救自己之事，欲奪甄嬛。摩格奉上一串九連玉環欲為難大清皇帝及眾臣，卻被甄嬛巧施一計，教導女兒朧月以孩童無知為由，破玉解密，摩格大掃顏面。皇帝以甄嬛之計在准葛爾軍隊中散佈時疫削弱其兵力。
血滴子夏刈向皇帝告發甄嬛與摩格私下相見，皇帝怒不可遏。 摩格為保住甄嬛性命，向皇帝提出要與甄嬛和親，並求祛除時疫的藥方。皇帝虛以委蛇，試探甄嬛態度。皇帝問責甄嬛，果郡王聽聞此事大驚，欲不顧一切救回甄嬛，皇帝當即斷定甄嬛與果郡王有私情。甄嬛為避嫌，自請前往准葛爾和親。 皇帝對外散步甄嬛已經準備前往准葛爾和親；對內圈禁甄嬛不讓任何人知道其動向。送親之日來臨，果郡王不知是計，以為甄嬛已經出宮，私自帶兵出關營救甄嬛。 豈料，這一舉動正好驗證了皇帝對甄、允二人有私情的猜測。允禮自承擅自領兵之罪，要求戍守邊關受風沙之苦自懲。 一晃三年。皇帝期間命夏刈查獲多封允禮與玉隱的信件，每封信件最後，都會提到甄嬛。皇帝明白了允禮的用意，下決心除去果郡王。三年後，允禮回宮。
皇帝讓甄嬛以毒酒親手殺死果郡王。甄嬛不忍愛人死去，欲喝下毒酒，卻不想毒酒被果郡王調換，口吐鮮血告訴甄嬛，她才是自己一生中唯一的妻子。甄嬛悲痛萬分，來不及等到允禮咽氣前告訴他自己的一對雙胞胎乃是他的骨肉。允禮慘死于甄嬛懷抱中。 甄嬛賜死果郡王有功，被賜予協理六宮的大權，位同副後。皇帝察覺甄嬛心中仍有允禮，與她日漸疏遠。果郡王死後，皇帝為隱瞞真相，不准張揚。玉隱在果郡王葬禮上撞棺殉情而死。 甄嬛疑惑皇帝為何突然要殺果郡王，蘇培盛找來允禮與玉隱的家信，信中結尾均是果郡王問及甄嬛安好的言詞。甄嬛領悟到，這才是導致皇帝起了殺機的原因，十分憎恨皇帝。
朝中大臣紛紛請求皇帝早立太子，有大臣請立弘曆，有大臣請立甄嬛之子弘曕。大臣張廷玉表示，如果立甄嬛之子，應請求皇帝先賜死甄嬛，免得將來甄嬛如同武則天一般獨自把持朝政。 皇帝假意問起甄嬛立嗣一事，甄嬛識破皇帝用意，表示弘曕年紀尚小，弘曆才能堪當大任，皇帝微笑不語。弘曆感激甄嬛相助，愈加孝順。 葉瀾依痛恨皇帝賜死允禮，假意承寵，暗自給皇帝使用暖情香，並騙其服下含有慢性毒藥的丹丸，皇帝沉溺聲色。皇帝病重，懷疑六阿哥弘曕身世，吐血病倒。 皇帝新寵孫答應和侍衛私通，被敬貴妃逮個正著，皇貴妃和甄嬛商議，此事千萬不能驚動皇帝，讓甄嬛獨自處理為好。甄嬛故意將此事繪聲繪色、添油加醋地告知皇帝，皇帝由此及彼，想起母親皇太后當年與隆科多私通一事，怒不可遏，病重不起。
葉瀾依最後給皇帝服用了所謂長生不老的金丹。皇帝彌留之際，甄嬛獨自陪伴其身邊，將所有真相講給皇帝聽，皇帝急火攻心之下駕崩。 甄嬛來到廢棄的景仁宮最後一次探望皇后，皇后以為自己還能當上皇太后，沒想到甄嬛告訴她先帝生前與他死生不復相見，而且一直會讓她當一輩子的皇后；自己能夠有今天，全都是拜皇后所賜，皇后翌日于絕望中孤獨死去。 甄嬛被尊為太后，扶持四阿哥弘曆登基。為保兒子弘曕一生平安，免去弘曆對弘曕的疑心，甄嬛自請將弘曕納入果郡王名下，成為一世的親王，永不參與朝政。 雖然得到了無以倫比的榮華富貴，可是她身邊所有的朋友、包括敵人都已經不復存在了。甄嬛，這個當初懷有夢想和美好憧憬的女子，只能一個人身心俱疲地躺在睡榻上，享受著那份孤獨和寂寞，回憶起一件件令人傷心的陳年舊事，回首望去，不過是一代封建王朝的悲情故夢罷了。