Efter att Scientologkyrkan vägrar att samarbeta med skapandet av en dokumentärfilm, jobbar Louis Theroux med en tidigare scientolog Mark Rathbun i stället. Kyrkan övervakar Theroux och filmteamet, som leder till flera hetsiga konfrontationer. Theroux ställer sig också frågande till Rathbuns tidigare medverkan i kyrkans terroristiska aktiviteter, vilket medför en del spänningar dem emellan.
