ある日、裏山の近くに捨てられていた小さな苗木を拾ったのび太は、家に持ち帰り、庭に植えようとするが、ママに大反対されてしまう。そこで、ドラえもんは、植物が自由に動き回ることができるようになる『植物自動化液（しょくぶつじどうかえき）』を取り出し、その苗木にふりかける。 翌朝、苗木は小さな男の子のような姿に！ のび太は“キー坊”と名づけ、弟のようにかわいがる。キー坊は考える力をもちち、本を読んだり、テレビのニュースを理解できるほどに成長していく。 そんなある日、キー坊をつれてみんなで裏山に出かけると、突然、カミナリが鳴りひびき、巨大な渦が出現！ みんなはその渦の中に巻き込まれてしまう。たどり着いたのは、植物たちが支配する“緑の星”。そこでは、自然を大切にしない地球から、すべての植物をうばい取ってしまおうという恐ろしい計画が進められていた。さらに、キー坊にはあるパワーが秘められており、それを利用しようと企んでいたのだった。 はたして、ドラえもんやのび太たちは、地球の緑とキー坊を守ることができるのか！？