ジャイアンや、のび太のクラスメートの男の子たちが、スネ夫に逆らったとたん、突然、空から“砲撃”を受けたと、ドラえもんのもとにやってきた。だが、ドラえもんはそんな危険な道具は貸していないという。 実は、スネ夫から、マンガやゲームをあげるから…と頼まれたのび太が、ドラえもんの留守中に『無敵砲台（むてきほうだい）”という道具を勝手に未来デパートに注文し、渡してしまったのだ。無敵砲台とは、砲台をどこかにセットしておけば、持ち主の思いのままに誰かを砲撃することができる恐ろしい道具だった。標的となった人物は、狙われたら最後、それを防ぐことも逃げることもできないのだという。 ジャイアンたちに責められたのび太は、返してほしいと頼みに行くが、スネ夫には拒否するばかりか、のび太たちを砲撃。みんなが言いなりになる状況を楽しんでいるスネ夫に、返す気などまったくなかった。 ドラえもんとのび太は、無敵砲台のスイッチを止めるため、砲台の場所を探すが、なかなか見つからず…！？