南の島に遊びに来たドラえもん、のび太、スネ夫、ジャイアン、しずかの５人は、のび太が海底で見たという大きな建物を探すため、瞬間移動潜水艦ファミリータイプで、海底探検へ。だが、強力な磁場のバリアーが張られていて、潜水艦が操縦不能になってしまう。 やっとの思いで島に戻ってきた５人が海辺で遊んでいると、のび太が突然「こんにちは」と誰かにあいさつをする。密林の入り口に子どもが立っていたと話すのび太だったが、そこには誰もおらず…！？ 翌日、のび太がひとりで遊んでいると、昨日密林の入り口にいた子どもが話しかけてきた。ジキムと名乗るその少年は、どうやらのび太以外の人間には見えないらしい。 ジキムと仲良くなったのび太は、彼がずっと独りぼっちだったという話を聞き、海底に眠るジキムの家へ遊びにいくことにする。 一方、のび太の姿が見えないことに気づいたドラえもんたちは、のび太の行方を探し回るが…！？