どら焼きを買うため、２２世紀にある“空想動物サファリパーク”でアルバイトをはじめたドラえもん。ここは、ユニコーンやドラゴン、妖精、ケンタウロス、ツチノコ、人魚、カッパなど、空想上の動物たちが暮らすサファリパーク。ドラえもんは、ベテランパークレンジャーの、サブさんの指導を受けることに。 ところが、ドラえもんがドラゴンを怒らせてしまったから大変！ 雄叫（おたけ）びを上げて炎を吐くドラゴンにおどろいた空想動物たちがさわぎ出し、１頭のユニコーンが暴走してしまう。サブさんから、そのユニコーンのお腹に赤ちゃんがいると聞いたドラえもんは必死に追いかけるが…！？ 同じ頃、ドラえもんからチケットをもらったのび太、しずか、ジャイアン、スネ夫も、空想動物サファリパークを訪れていた。園内専用の“サファリクラフト”に乗り込み、森林エリアにやって来たところ、ユニコーンを追うドラえもんに遭遇（そうぐう）。のび太としずかの協力もあり、ドラえもんはなんとかユニコーンの保護に成功する。 そんな中、のび太たちとはぐれたジャイアンとスネ夫が行方不明になってしまう。さらに、空想動物たちが次々と姿を消してしまい…！？