Misaki is under the full control of the commander who sends her into Battle alone. However, in the Quantum Core things take an unexpected turn and time is rewound 3 years back to the Military Academy on Earth.
ヴェルンスは、もはやグールを阻止するためにはウォッチャーズ・ネストを放棄するしかないと決断し、巨大ホールを形成して住民たちを一気に太陽系に脱出させる“オペレーション・エクソダス”を発動させる。しかし、それは完全なるグールを誘うルブランの罠でもあった。みさきの前に現れるグール。みさきとグールは融合を始め、みさきは自己の存在意義を問う究極の選択を迫られる……。
Misaki está bajo el control total del comandante que la envía a Battle sola. Sin embargo, en el Quantum Core las cosas toman un giro inesperado y el tiempo se rebobina 3 años atrás en la Academia Militar en la Tierra.
Вернс принимает решение отказаться от Неста Наблюдателей, чтобы остановить гулей, и запускает "Операцию Исход", формируя гигантский зал для массовой эвакуации жителей в солнечную систему. Однако это также ловушка Люблана, призванная привлечь полных гулей. Перед Мисаки появляется гуль. Мисаки и гуль начинают сливаться, и ей предстоит сделать окончательный выбор, ставя под сомнение смысл своего существования...