盗みを働いた場所の人間を殺害して切り裂き、その遺体を赤い箱に入れて元の場所に戻す、という猟奇殺人事件が連続して発生した。“怪盗サイ”と呼ばれる犯人が起こした事件は、今年で５件目。しかし捜査は、サイが全く証拠を残さなかったことから一向に進まなかった。 そんな折、ネウロと弥子は、堀口雄三という男から、息子・明の素行調査を依頼された。パソコン好きで深夜出歩くことが多いという明は、最近、血だらけで帰宅してくるという。そして、昨夜、堀口と同居している明の祖母が、明の後をつけたまま帰宅していない、というのだ。 ネウロは、笹塚が尾行してきていると気付きながらも、明の後を追った。明は猫を見てナイフを取り出し、廃ビルに入っていった。拳銃を手にとある部屋に突入した笹塚は、筒井と共に明を拘束。現場の状況から判断すると、明がペットなどの動物を殺して、箱詰めにしていたことは明らか。笹塚は、ついにサイの正体を暴いたと思った。だが、明のアリバイが成立したため、保釈せざるを得なくなってしまう。 しかし、アリバイ成立の要因となったコンビニの監視映像が、明によって改造されていたことが判明。例の廃ビルにやって来た明が、再び拘束された。その室内で、祖母の他殺死体を発見した笹塚たちは、明を追及する。これに対し、明は、サイのマネをして動物で実験し、ついに人を殺すことが出来た、と興奮した。 この様子を見ていたネウロは、弥子の指を操り、笹塚と一緒に明を追及していた筒井こそが連続殺人犯のサイだと告げて――。