Tragedien udspiller sig fredag 3. marts 2006 - dagen for den store fastelavnsfest på Hasseris Gymnasium i Aalborg. Den 23-årige handelsskoleelev David Falk er på sin cykel på vej til festen, hvor han ved, at hans 18-årige ekskæreste Cecilie Næblerød vil være til stede. På bordet derhjemme har han efterladt sig et afskedsbrev. Kort efter ankomsten til gymnasiet slår David Cecilie ihjel foran hundredvis af elever og efterlader dem med et traume for livet. Få timer efter finder politiet David i et skur foran ungdomsboligen, hvor han har hængt sig. Tragedien i Aalborg optager i dagene efter hele Danmark og efterlader spørgsmålet om, hvordan det kunne gå så galt. "Den sorte box: Mysteriet om David" fokuserer på de frygtelige konsekvenser, det kan have, når unge eksperimenter med stoffer - og forsøger at finde svar på, hvordan det kunne gå så galt.