被告人として出廷した何でも屋・真柴祐太郎（菅田将暉）に興味を持った弁護士・坂上舞（麻生久美子）は、すぐさま保釈手続きを取り、彼に仕事を紹介する。それは舞の弟・坂上圭司（山田孝之）が「dele. LIFE」という会社を立ち上げ、単独従事している秘密裏の仕事…。クライアントの依頼を受け、その人の死後に不都合なデジタル遺品をすべて“内密に”抹消する仕事だった！やがて、圭司のPC端末「モグラ」がある信号を感知する。ゴシップ記者をしている依頼人・安岡春雄（本多章一）のデバイスが、まったく操作されなくなったのだ！ 死亡確認に向かった祐太郎が、自殺したと思われる安岡の遺体を発見したため、圭司は速やかにデジタル遺品を削除しようとする。ところが、安岡が息子・俊（川口和空）と交わした“約束”について知った祐太郎は、他殺の可能性を主張。証拠を見つけるためにも、デジタル遺品の中身を確認しようと言い出し…！まもなく、スケジュールアプリの内容から、安岡が片山薫（江口のりこ）という城南署の人間と頻繁に会っていたことが判明。祐太郎は事情を聴くため、薫のマンションを訪れる。ところが、中から出てきた謎の男・牧野（般若）に突如襲われ…！ 一方、圭司はデジタル遺品の中に“とんでもない事実”を格納した隠しフォルダを発見する――。
自分のスマホが48時間操作されなかったら、スマホのデータを全削除してほしい――。プログラマー・坂上圭司（山田孝之）が営む「dele. LIFE」にそう依頼していた宮内詩織（コムアイ）のスマホが、操作されなくなったとの信号が送られてきた。死亡確認に向かった圭司の相棒・真柴祐太郎（菅田将暉）は、自室でペンを握ったまま死んでいる詩織を発見。さらに「エンディングノート」と書かれた1枚の紙を見つける。そこには「お葬式はしないでください」など、プリントアウトされた希望リストとともに、「dele. LIFE」宛に手書きで「やっぱりデータは消さないでください」との一文が記されていた！何らかの理由で死にそうになった詩織が、慌ててこの一文を書き足したのだとしたら、なぜ彼女は死ぬ直前になって削除依頼を撤回しようとしたのか…。圭司と祐太郎は謎多き本心を探らざるを得なくなる。やがて祐太郎は友人のふりをし、詩織の両親と接触。葬式にほかの友達も連れてきてほしいと頼まれ、詩織の友人を探し始めた祐太郎は巡り巡って、春田沙也加（石橋静河）が働くガールズバーへとたどり着く。だが、詩織の名を聞いた沙也加は、怪訝な顔で彼女のことはよく知らないと告げ…!?やがて想定外の事実が次々と発覚。そんな中、祐太郎の一言が響いた圭司は、詩織が削除依頼を取り消したデータの中身を確かめようと決意をする――。
「dele. LIFE」の事務所に、さびれた街で写真館を営む老人・浦田文雄（高橋源一郎）が現れた。社長の坂上圭司（山田孝之）が外出中だったため、真柴祐太郎（菅田将暉）は無断で浦田を事務所内に案内。さらに浦田から、死後のパソコンデータ削除と併せ、“奇妙な依頼”を引き受けてしまう。それは…削除する前にデータをコピーし、バラの花と一緒に同じ街の住人・江角幸子（余貴美子）へ届けてほしい、という依頼だった！勝手な受託に苛立ちを隠せない圭司の隣で、浦田の依頼にロマンを感じる祐太郎。ところが数日後、耳を疑うような事実が判明する。浦田が海に飛び込んで自殺したのだ！ 死亡確認に向かった祐太郎は突然の出来事に肩を落としながらも、幸子の所在を確認すべく、彼女が営む理髪店へ。身元を偽り、幸子に接触するのだが…!?やがて祐太郎は、不審な男が写真館に忍び込み、浦田のノートパソコンを盗んでいく現場を目撃。すぐ圭司に報告し、何とかして男の正体と居場所を突き止めようとするが、事はそう簡単には運ばない。その矢先、浦田のパソコンが起動したとの信号が、圭司のPC端末「モグラ」に送られてきて…！
「人は二度死ぬと言う」「呪われた力を持った僕」「あの判断は間違っていなかったはずだ」――そんな不可解なフレーズと葛藤に満ちた、遺書とも取れるメールが「dele. LIFE」に届いた。送信主は日暮裕司（野田洋次郎）という35歳の男。「dele. LIFE」にPDFファイルの死後削除を依頼していた人物だった。メールを受け取った坂上圭司（山田孝之）は「あれまで消えてしまうことが正しいのか」という言葉を目にするや、「あれ」が削除依頼ファイルだと推測。何を思ったか自ら進んでファイルを開き、子どもが色鉛筆で描いたと思われる絵が数点格納されているのを確認する。すぐさま日暮の死亡確認に向かった圭司と真柴祐太郎（菅田将暉）は、色鉛筆を手に絶命している日暮を目視。遺体の下から描きかけの風景画と古ぼけた女性の写真を発見した圭司は、思いがけない言葉を発する。日暮はかつて天才超能力少年としてもてはやされたサイコメトラーで、圭司も心酔していた人物だというのだ！だが25年前、日暮はある少女の依頼で、失踪した母親の居場所を霊視しようとするも失敗。世間から猛烈なバッシングを受け、メディアから姿を消したのだという。その哀れな境遇に同情した祐太郎は圭司とともに、最期の瞬間まで日暮の心を大きく占めていた思いをひも解こうとする。そんな中、日暮にとって“最後の依頼人”となった少女・松井美香（松本若菜）の行方が判明！ 近所に住む父・重治（矢島健一）の助けも借りながら、今では幸せな家庭を築いているという美香を訪ねた２人は、妙な話を耳にする――。
データの死後削除を「dele. LIFE」に依頼していた天利聡史（朝比奈秀樹）のパソコンが操作されなくなって、72時間が経った。この事実を知らせる信号を受信した「dele. LIFE」の社長・坂上圭司（山田孝之）は、相棒の真柴祐太郎（菅田将暉）に死亡確認をするよう指示し、そのまま外出する。圭司が向かったのは、とあるカフェ。目の前に現れたのは、圭司がどういうわけか1年に一度会い続けている元恋人・沢渡明奈（柴咲コウ）だった…！その頃、聡史の家を訪れていた祐太郎は、聡史の幼馴染・楠瀬百合子（橋本愛）と出会う。守秘義務を貫くため、聡史とは小学校で同級生だったと素性を偽る祐太郎。百合子はそんな祐太郎をいぶかしく思いながらも、聡史のもとへ案内する。向かった先は病院の一室…。そのベッドに横たわっていた人物こそがほかでもない、3日前に車にはねられて意識不明となっている聡史だった。「今、一人はしんどい」――実は聡史の婚約者でもあるという百合子の悲痛な訴えに共鳴した祐太郎は、彼女に付き添って思い出の場所を散策。だが、その道すがら、想定外の出来事が起こる。祐太郎が「dele. LIFE」の人間だと感づいた百合子が、データの死後削除依頼を取り消すと言い出したのだ！ 会話や表情の端々から聡史への強い愛情を感じ取った祐太郎は、百合子の心を救いたい一心で、聡史の親友・宮田翔（渡辺大知）と接触。そこで思わず言葉を失ってしまう状況に直面し…!?
長野の別荘地で、雪に覆われ眠るように死んでいる家出少女・石森純子（山田愛奈）が見つかった。遺書はなかったが、警察は自殺と判断。しかし、純子の両親・石森俊一（横田栄司）と石森美穂（霧島れいか）の気持ちは収まらない。愛娘の自殺原因を知りたいと切望する石森夫妻は、弁護士・坂上舞（麻生久美子）のもとへ。フリープログラマー・坂上圭司（山田孝之）とその相棒・真柴祐太郎（菅田将暉）に引き合わされた夫妻は、純子が日記をつけていたパソコンのパスワード解除を依頼する。実は、俊一には自殺の原因に心当たりがあった。純子が家出する前の行動から、通学していた中学校でいじめに遭っていた可能性が高いというのだ。さしあたり、純子のスマホから消去されていたデータを復元した圭司は、同級生たちとの仲睦まじい写真や動画を発見。そこに写っていた小川優菜（中田青渚）らと接触した祐太郎は、“思わず言葉を失う動画”を新たに入手してしまう…。やがて苦労の末、圭司は純子のパソコンへ入り込むことに成功。ところが…データが何も残っていないという、まさかの状況に直面する！ 死ぬ前にデータを消したのは、身辺を綺麗に整理しようと思ったからなのか…。それとも、見られるとヤバいものが入っていたからなのか…。この謎多き現実が、圭司に火をつける。「根こそぎさらってやるよ。全部復元して、謎を解いてやる」――取り憑かれたように純子のパソコンと格闘する圭司。そんな彼の前に“果てしなく深い闇”が立ちはだかる！
依頼人・笹本隆（西ヶ谷帆澄）の死亡確認を取った真柴祐太郎（菅田将暉）が「dele. LIFE」に帰ってきた。死後に削除するよう依頼されていたファイルを、すぐさま消そうとする坂上圭司（山田孝之）。ところが、圭司の姉で弁護士の坂上舞（麻生久美子）は、隆がある男の息子だと察知し、顔色を変える。その男とは死刑囚・笹本清一（塚本晋也）。8年前にバザー会場でジュースに毒物を混入し、死者4名を出した罪で逮捕されるも、無実を主張し続けている男だった！ 削除指定ファイルはこの事件に関するものかもしれない――そう考えた舞は、圭司に中身を見せるよう要請。すると、笹本が毒物を入れたとされる日時に、別の男が不審な粉末をウォータークーラーに投入する映像が出てくる！この映像があれば死刑判決を覆せるかもしれない、と考える舞。だが、圭司は証拠として提出するのは契約違反だと難色を示す。そんな中、真相を調べてみることを選択した祐太郎は、事件現場近くで洋食店を営む上野兼人（Mummy-D）から、映像に写っていた男が市会議員・宮川新次郎（千葉哲也）だという情報を入手。さらに、その事件で上野の娘が死亡していたことも分かり…。やがて、圭司と祐太郎はそれぞれ、宮川にまつわる黒い裏事情を入手する。だが、その内容はまるで異なるものだった！ しかも調べれば調べるほど、街に暮らす人々から、犯行動機となりうる“裏の顔”が次々と浮かび上がってきて…!?
「dele. LIFE」にデータの死後削除を依頼していた辰巳仁志（大塚明夫）が死亡。パソコンの動作停止を知らせる信号が、「dele. LIFE」の社長・坂上圭司（山田孝之）の端末に送られてきた。その報告を受けた相棒・真柴祐太郎（菅田将暉）は怒りを抑えた表情を浮かべ、依頼人は弁護士の辰巳仁志なのかと確認する。いつもは朗らかな祐太郎の豹変ぶりに、驚きを隠せない圭司。その矢先、さらに想定外の出来事が起こる。何者かが「dele. LIFE」のシステムにクラッキングを仕掛けてきたのだ！まもなく圭司は、辰巳が祐太郎の妹・真柴鈴（田畑志真）の死をめぐり、入院先の弁護を担当していた人物だと突き止める。当時、鈴の死には不審な点があったが、病院側の主張が通り、祐太郎ら遺族は筆舌に尽くしがたい心の傷を負っていたのだ…。身を切り裂く過去に共鳴した圭司は、祐太郎に促されるまま、辰巳が遺した音声データを再生。そこには“祐太郎の無念を晴らす真実”を示唆する、大物政治家・仲村毅（麿赤兒）との黒い会話が記録されていた…！相手が相手だけに慎重に動き、確実に仲村を追い詰めようとする圭司。だが、データの即時公表を切望する祐太郎は、圭司への不信感をあらわに「dele. LIFE」を飛び出し…!? そんな中、圭司とその姉・坂上舞（麻生久美子）の間にも、これまで互いに語ることのなかった“過去の出来事”をめぐり、不穏な空気が流れ始める――。
