入試に合格して亜衣や凛と同じ大学に通い始めた門出と凰蘭は、竹本ふたばや田井沼マコトという新しい友だちもでき、尾城先輩が会長を務めるオカルト研究会に入ることに。一方、宇宙からの侵略者は東京各地で目撃され、自衛隊が駆除活動を繰り広げていた。上空の母艦は傾いて煙が立ち上り、政府転覆を狙って侵略者狩りを続ける過激派グループ「青共闘」も暗躍。世界の終わりに向かってカウントダウンが始まるなか、凰蘭は不思議な少年・大葉に再び遭遇する。
