『世紀末なんてフツーだ ケンシロウ登場！』 世紀末の救世主となるはずだったケンシロウも、現代では北斗神拳を持て余し、仕事が見つからず困っていた。コンビニで偶然再会.したケンシロウ、トキ、ラオウの三兄弟は、たった一つのコンビニバイトの正式採用権の座を巡って、熾烈な戦いを始める。 『歌えケンシロウ 愛をとりもどすために！！』 コンビニの店長・リュウケンからお駄賃をもらった三兄弟が、いそいそと向かった先は、スナックユリア！だが久しぶりの再会だと言うのに、カウンターの中にいるユリアの様子が、なにかおかしい。三人がユリアの機嫌を直そうと、カラオケを始めると…。
『ゼニは滅びぬ！ 南斗は敵だっひゃー！』 町内祭りで、出店を出すことになったコンビニリュウリュウケン。リュウケンに、祭りで一番売り上げを上げた者にバイト正式採用権を与えると言われ、三兄弟は奮起する。だが会場は、辺り一面、南斗の店だらけ。それを見た三兄弟は…。 『眠るな！！ 墓標なきコンビニで！！』 リュウリュウケンが、初めての24時間営業をすることになった。だが、店長のリュウケンは早々に帰ってしまう。眠さをこらえて、時には眠りながらバイトをする三兄弟。そこに、ジャッカルや、でかいババアがやってくる。
『卑劣！ ストーカーには地獄すら生ぬるい！』 リンの友達のアイリが、ストーカーに悩まされていると言う。それを聞いた北斗三兄弟は、早速ストーカー退治に乗り出した。こっそりアイリの後をつけて、ストーカーを探す三兄弟。だが、アイリをつけ回すのは、ストーカーだけではなかった。 『バナナがない！ ケンシロウはじめてのおつかい』 コンビニ・リュウリュウケンのバナナが売り切れた。ケンシロウはリュウケンの指令を受けて、近所のドレミマートに、バナナを買いに行く。そんなケンシロウの前に、南斗のハートや、シン達が立ちはだかる。
『オレオレ！オレだよ！ ラオウと小さいばあさん』 ラオウが一人でコンビニの留守番をしていると、電話がかかってきた。「もしもし！オレだよオレ！」その声を、弟のトキだと思い込んだラオウ。トキが会ったと言う小さいばあさんのために、金を用意しようと奮闘する。 『健やか！健康人生！！ トキさんの場合』 病弱なトキは、毎日ジョギングをしている。それには、ある人の助言があった。自らの過去やジョギングを始めたきっかけ、通販で買ったもの、気をつけている食事など、トキが自身の健康ライフについて語る。
『結婚したい女 愛はこんがらがったったー』 マミヤがコンビニにやって来た。愛するユリアにそっくりなマミヤの姿を見て、驚くケンシロウ。思わず「俺の愛した人に似ている」と言ってしまった途端、マミヤはケンシロウに夢中になる。さらにマミヤの父、マミヤを好きなレイ、レイを好きなユダまで現れて…。 『雲のジュウザだ 三兄弟あぶなし』 リンが、タヌキ耳のジュウザをひろってきた。コンビニでバイトの募集の張り紙に目をとめたジュウザは、「俺がなってやってもいいぜ」と乗り気。リュウケンに気に入られ、女性客の人気もさらう。アルバイト正式採用権を争っている三兄弟は、大ピンチ！？
『ホワッチャーネーム！！ サウザーの英語塾』 コンビニに、変な神輿がやってきた。それに乗っていたのは、サウザー。自分が先生をしている英語塾の子ども達に、神輿をかつがせていたのだ。唖然とする三兄弟。そんな中、子供のひとりが、三兄弟に助けを求めて逃げてきた！ 『ひと夏の拳 波の数だけアタタタタっ！』 海にやってきた一同。だが海が初めての三兄弟は、戸惑うことだらけ。それでも、ラオウは浮き輪で海へ入り、ケンシロウはチンピラをやっつけ、トキは入念なＵＶケアするなど、海を満喫する。そこに、また南斗のシンたちが現われる。
『宿なし救世主！ ならば家を建てるまでっ！』 三兄弟が、ついにバットのアパートから追い出された。行くあてもなく公園にたどりつく三人。そこには、子供に『三匹の豚』の絵本を読むお母さんがいた。三兄弟は、絵本を参考に、藁や木の枝で、家をつくることにするのだが・・・。 『マーズアタタック！ あの日のユリアが歌ってた』 リンが、今度は火星人をひろってきた。火星人はリュウケンと気が合い、仲良くなる。火星人は、地球に来た目的があったのだが、それを忘れてしまったという。一方、戦う北斗三兄弟のもとに、不思議な少女が鞠を持って現われる。
『ラオウさらわれる！ ラブストーリーはトウトツに』 ラオウと黒王号が散歩に出かけていた時のこと。黒王号は、ラオウとの出会いを思い出して、感傷にひたっていた。だが次の瞬間、急にラオウの姿が見えなくなる。ラオウが何者かにさらわれたのだ 。 『ジャギ主役！ この時を待っていたのだ』 またストーカーに困らされているアイリ。ケンシロウに助けを求めようとしたが、近眼のため、間違えてジャギに助けを求めてしまう。ジャギもアイリを放っておけず、ケンシロウと間違えられたまま、アイリを助けるようになる。
『ユリアを取りもどせ ケンシロウ対シン対横浜ギャング 前編』 自慢のユリア人形が手元にないことに気づいたシン。ケンシロウが持っているのではないかと、ケンシロウを捜しに行く。その頃、ケンシロウはユリア人形と一緒に横浜にいた。横浜では、密輸グループと刑事との抗争が、まさに始まろうとしていて・・・。 『ユリアを取りもどせ ケンシロウ対シン対横浜ギャング 後編』 横浜で、ついにシンはケンシロウを見つけた。ユリア人形を奪い合い、激しい闘いを繰り広げるケンシロウとシン。そして、本物のユリアもまた、道に迷って横浜にいた。果たして二人はユリアと再会を果たすことができるのか！？
『動かざることヤマのごとし フドウ動く！』 バットは大学でのレポート提出のため、一日、幼稚園の見学をすることになった。だがその幼稚園には、巨大な体躯のフドウ先生がいた。子供への愛情を熱く語るフドウ先生だったが、愛情は空回り。そこにヒャッハー達が攻めてきた！ 『女子会とは何か？お前たちに問うてみたい！』 リン、アイリ、マミヤ、トウが、スナックゆりあで女子会をすることになった。それを聞いた北斗三兄弟も、めかしこんでスナックゆりあへと向かう。女子会をやっているすぐそばで、男子会を始める三人だったが・・・。
『ヨロレイヨロレイ！ レイよ愛をとりもどせ』 マミヤに言い寄ってくる男が現われた。金持ちの男の言葉に、心が揺れるマミヤ。マミヤのことが好きなレイは、それを見て黙っていられない。北斗三兄弟を連れて、マミヤと男の元へと向かう。 『その時は来た！ ケンシロウｖｓラオウしびれる決戦！』 ユリアから、電話で牛乳の配達を頼まれたケンシロウ。ユリアに会えると、慌てて配達に出かけた。後からそのことを知ったラオウは激怒。トキもケンとラオウの後を追う。ユリアをめぐって、三兄弟が決着をつける時が来た！？
『ラオウ 風邪をひく！』 ラオウが風邪を引いた。コンビニリュウリュウケンで寝ていると、ケンシロウやトキ、リュウケン、レイなどが、次々にやってくる。ユリアにお見舞いに来てほしいラオウは、そんな面々が次第にユリアに見えてきて・・・。 『ケンシロウ 酔っぱらう！』 酔っぱらったケンシロウ、すっかり性格が変わってしまった。ラオウやトキの秘孔をつくだけでは飽き足らず、リンに絡んだり、コンビニの商品に秘孔をついたりと大暴れ。挙句の果てには、南斗のシンのところへと向かう。
『死闘！ 南斗対北斗！』 バットが南斗のシンにさらわれた！ケンシロウ、トキ、ラオウとリンは、南斗のアジトに乗り込む。シンのたくらみをしった三兄弟は戦いを挑むのだが、そんな一同の前に、さらなる敵が現れた。 『最後のたたかい ケンシロウ対ユリア！？』 リュウケンから最後の指令を受けた北斗三兄弟。シンたちと共に、強大な敵に立ち向かうのだった！
「ちーさい世紀末見ーつけた」 世紀末を求めてさすらうケンシロウがたどり着いたのは、なんと『世紀末学園』！？転校生と間違われたケンシロウは、リンに連れられて２年もみ組へ。そこへいきなり、ジードやトランプたちが襲ってきた！！ 「悪党とそのおともだち」 黒生徒会長を目指し学園を牛耳ろうとしているシンと戦うことになったケンシロウ。トランプを倒しながら、シンのいる２年黒組を目指す。黒組に着いたケンシロウたちを待ち受けていたのは、巨大なブタだった！？ 「イチゴ味1話」 聖帝サウザー様生誕30周年を記念して遂にアニメ化スタート！アニメ完全オリジナルの聖帝サウザー様からのありがたいお言葉を聞け！
「だんごはなくとも３兄弟」 平和が戻った世紀末学園に次に現れたのは、トキとラオウ。２人は、世紀末学園に入学したくてやってきたと言う。リュウケンは、３兄弟のうち一人を入学させることに。そして１人を選ぶためのミッションが与えられた！ 「時計台のエレベーター」 リュウケンは、３兄弟に新たなミッションを与える。それは、世紀末学園の時計台の針を５分進めるというもの。「できそう！」と３兄弟が時計台へ行くと。それは、空高くそびえ立ち、純金の旗がついた時計台で…。 「イチゴ味2話」 サウザーとケンシロウの戦いの火ぶたが切られた!!だが聖帝の身体の秘密を知らないケンシロウはサウザーの衝撃の告白の前になす術も無く倒れるのであった。
「そうだ！保健室に行こう３兄弟編」 次なる３兄弟へのミッションは、保健室へ行き、バンソーコーをもらってくるというもの。ユリア先生に会えると大興奮の３兄弟。移転した保健室を探し、学園内を走り回る。そこで３兄弟は、巨大な女生徒、デビルリバ子と会う。 「マジでチャリでデス道路」 ユリア先生からハガキが届いた。今ユリア先生は、北海道の北斗市にいるという。「ぜひ遊びに来て」と書かれたハガキを見た３兄弟。トキが用意した自転車に乗り、一路北海道を目指す！その頃、リュウケンもまた、北斗市にいたのだが…。 「イチゴ味3話」 百人の人質の大声援を受け南斗白鷺拳のシュウはサウザーとの戦いに挑む。聖帝十字陵の頂になる事すら反発をするシュウに遂にサウザーも「シュウ様」と呼んでしまうのであった。
「学校のカイダンのカイダン」 ３兄弟に、新たなミッションが与えられた！それは、トイレにいるお化けを退治するというもの。だが３兄弟は、お化けが大の苦手。保健室入室タダ券につられて引き受けたものの、すっかり逃げ腰になっていて…。 「ヤムヤムヤミー トキさんとうまい話」 教室でいきなり事務所を構え、商売を始めたトキ。怒るバットに、トキは自分がどうして闇商売を始めたかについて語り出す。トキの先生は、コウリュウ。トキが初めて経済に興味を持ったのは、中学生の頃のことだった。 「イチゴ味4話」 持前の強がりでケンシロウとの戦いに挑むサウザー。しかし戦いに関係のないターバンの少年の執拗なまでの攻撃に遂に心が折れるサウザーであった。
「なにはなくともピラミッド」 北海道北斗市に、修学旅行にやってきたケンシロウたち。ピラミッドがそびえ立つこの町を案内するのは、サウザーそっくりのガイドさん、ザウサー。リュウケンは、何かと金を使わせようとするザウサーから借金を重ねる。 「こうかフコーカコーカな校歌」 リュウケンからのミッションで、世紀末学園の校歌をつくることになった３兄弟。本気になったラオウは、机に向かって歌詞を作り始める。だが、校歌に使ってはいけないＮＧワードがある。悩んだラオウは…。 「イチゴ味5話」 なんとかターバンの少年を捕え、心置きなくケンシロウとの対決に挑むサウザー。しかし戦いの最中、捕えたはずのターバンの少年を見失ったサウザーに再び魔の手が忍び寄るのであった。
「神回」 避難訓練のプリントを届けに、フドウの家にやってきたラオウ。だがいきなりフドウにつぶされ、フドウの腹から体が抜けなくなってしまった！仕方なくラオウは、フドウとおかしな共同生活を始めることになる。 「ひでぶなクイズでおシアワセ」 リハクの司会で、クイズショーが始まった。学園アニメらしく、いろいろな科目から質問が出されるものの、クイズの内容はおかしなものばかり。しかも、最後には意外な結末が待っていた！？ 「イチゴ味6話」 どれだけケンシロウに倒されようが、サウザーの心は決して折れる事はなかった。そこには自身の幼少期の辛い思い出が彼を奮い立たせているのであった。
「トウのかぞえ歌」 前回、リハクのクイズショーで登場したリハクの娘、トウ。ラオウと幸せをつかんだトウが、かぞえ歌を歌い出す。 「チャーハンピーマン話もピーマン」 世紀末学園をクビになったシンが帰ってきた！シンはずっと、密かに学園に戻る機会をうかがっていたのだ。リュウケンから学生証を取り戻したシンは、ユリアのいる保健室を目指す。三兄弟は協力して、シンと戦うことにする。 「イチゴ味7話」 世紀末アイドルユニット「南斗DE5MEN」のメジャーデビューを記念して、サウザー、シュウ、ユダ、シン、レイの5人に直撃インタビュー。
「リュウケン殺人事ケン」 最近、何者かの視線を感じるというリュウケン。教室が停電になった間に倒されてしまった。誰がリュウケンの命を狙ったのか。リンに、犯人を見つけた者には入学採用権を与えると言われ、三兄弟は推理を始める。 「おれがあいつであいつはダレだ？」 階段でリュウケンとぶつかったユリア。気がつくと、リュウケンと人格が入れ替わっていた。それを知らない三兄弟が現われ、次のミッションを受ける。さらにシンまでやって来て、リュウケン姿のユリアはすっかり翻弄される。 「イチゴ味8話」 「南斗DE5MEN」のメジャーデビュー曲初披露！サウザーたちがあの曲を熱唱！！
「アイドルアイドらアイドれば」 学園長は大好きなアイドルのアスカちゃんを、学園祭に呼ぶことにした。だがアスカちゃんには、ネットでペロペロ予告が出ているらしい。学園長は三兄弟に、アスカちゃんを守るミッションを与える。 「アニメＤＤ版モモタローだよ」 学芸会で「桃太郎」をやることになった２年もみ組。三兄弟は誰が桃太郎の役をやるかで争うが、結局リュウケンも一緒に、四人で桃太郎をやることに。一同はさっそく桃太郎の姿になり、鬼が島を目指し歩き始める。 「イチゴ味9話」 ケンシロウへの想いをうまく伝えられないシンは、なんとかしてケンシロウに振り向いてもらおうと色々と策をめぐらす。ユリアとシンのケンシロウへの想いが交錯する。
「これが声優なのか?」 世紀末学園に、声優科が作られることになった。声優科に入りたいと来た生徒はたった一人、アイリだけ。三兄弟も一緒になって、さっそく声優科の授業を受ける。そしてアイリは、オーディションを受けることになるが…。 「まみれ青春！」 もみ組に、教育実習の先生がやってきた。先生の名は、マミヤ。マミヤ先生は、ノリノリで「みんな、マミってる～？」とポーズ。みんなの心をつかみ、どんどん授業を進めていく。 「イチゴ味10話」 赤裸々に語られる「鬼のフドウ」と恐れられた山のフドウの意外な過去と、全く関係のない聖帝サウザーが見せる日常の狂気とは。
「兄弟宇宙」 リュウケンが、世紀末学園の塔のてっぺんに引っかかってしまった。そして、ユリアの保健室もまた、塔につるされることに。片方を助けようとすると片方がバランスを崩す危険な状態で、ケンシロウとラオウは、二人を助けることができるのか！？ 「クリスマスキャロルは突然に」 リュウケンのおつかいで、スーパーに向かったトキ。ふと気がつくと、見慣れない街に来ていた。空腹でパンを盗んだトキは、パン屋のオヤジ等に追われ、一軒の家に逃げ込む。そこにいた少女はトキのことをサンタクロースと思いこむのだった。 「イチゴ味11話」 ユダの居城を突然訪問する南斗のメンバーたち。今後の南斗の方針を話合う５人の中、真剣な話そっちのけでイチゴシェイクと格闘するサウザーであった。
「ハリボテ頂上作戦」 世紀末学園に、他の学校のほうからハン、ヒョウ、カイオウが手下を引きつれて攻めてきた！そして北斗琉々グループの理事長も登場。彼らの狙いはリュウケン！？初めは知らんぷりしていた三兄弟だが、学園のため戦うことにする。 「ハリボテよ永遠に」 世紀末学園の危機にシン、種もみ先生やもみ組の生徒たち、デビルリバ子にリン、バットも戦い始める。そして三兄弟もまた、熾烈な戦いに身を投じる。リュウケンは、そして世紀末学園の行く末はいかに……！？ 「イチゴ味12話」 サウザーvsケンシロウの闘いも遂に大詰めを迎える。果たして勝利の女神はどちらに微笑むのか！？
