Da qualche tempo navi, aerei ed altri mezzi di trasporto svaniscono senza lasciare nessuna traccia. Per capire la causa di queste misteriose sparizioni Banjo colloca Beauty fra l'equipaggio dell'Eagle, un moderno aereo di linea. Ben presto il mistero viene svelato: il comandante Benmer ha la singolare passione (forse sarebbe meglio parlare di "fissazione") di collezionare i mezzi di trasporto dopo averli ridotti di dimensione ed il Daitarn 3 costituirebbe il pezzo più prezioso della collezione.
最新鋭の旅客船や旅客機などを略奪し、コレクションするコマンダー・ベンメル。一方、事件の裏でメガノイドが暗躍していると考えた万丈は、新型旅客機イーグラムを囮にする。しかし潜り込ませたビューティが人質にされ、万丈はダイターンをコレクションされそうになる。
