两千多年前的一个下午，郊外荒野，熊猫小仙玲玲的筋斗云坏在了半路，他也被摔得浑身是伤，画面里的他却依然用头撞树、砸手。他用香点燃通讯器，请求联系司命府，通讯画面转接多次后才终于接通。原来玲玲本是一只修炼千年的熊猫，好不容易拿到了升仙资格，上了天庭后才被告知需要参加一次神仙晋升考核。他领到任务是保护取经团队，潜伏在花脖子山破坏妖怪们吃唐僧肉的计划，潜伏代号是玲珑塔。虽然也质疑为何要做这种考核，同时担心自己没有培训就去执行任务是否可靠，但玲玲还是硬着头皮出发了。几经周折，玲玲终于与自己的直属领导上峰星君取得联系并进行了仓促的沟通，玲珑塔擦干血迹，开始继续奔走。夜幕降临时，他爬上一辆停在路边不见主人的牛车火速静音驶离。牛车停下，接头人土地公将玲玲带上山，交代他的身份是猪精厨子，向他交接了衣服和法宝。玲玲进入城寨，参加了一场葬礼，被绑住受审。令人意想不到的是，混乱之中 ，玲玲竟被山寨军师鼹师认作是大王的私生子，被山寨众妖奉为了新任大王！
受先王的信任和嘱托，鼹师希望玲玲能重振山势，带领众妖吃到唐僧肉，而玲玲只能先迷迷糊糊顺着山寨众妖的意思顺势而为。玲玲作为山寨大王的随身侍卫大吉哥在树林里四处寻找玲玲，而玲玲正躲在树顶点香通讯，向上峰星君汇报自己阴差阳错已经成为了妖寨的新大王，想请示在目前这样的情况下，自己可否撤离？然而这一申请被直接驳回，上峰表示这既是困难也是机遇，命令玲玲坚持死守。与此同时，唐僧也踏上了西天取经之路，即将与他的第一个徒弟孙悟空会面……鼹师向玲玲介绍山寨的情况，发现山寨陷入赤字，员工离职。玲珑塔正在考虑如何逃跑时，正好又遇到了前来发送欠款通知急报的山寨主任胡狼精。鼹师表示老大王送儿子进京留学许多年，玲玲对此局面一定有超凡的见解。心虚之下，玲玲发誓不会让山寨被卖。但当众人询问他未来的展望，他却只能闪烁其词。没想到这样也能被鼹师企业级理解，直接接过话头，开始向山寨主要成员们讲解变革的措施。鼹师风风火火地召开了全体大会，宣布要将山寨转型为旅游胜地，通过努力还清欠款、改善生活，并时刻不忘吃唐僧肉这以终极目标玲玲
山寨众妖如火如荼地开始了建设风景旅游区的行动，玲玲及时地向上峰星君汇报了当前这一情况，仓促沟通后被下达了“既是机遇，也是挑战；支持，但是不鼓励”的指示。迷迷糊糊接下指示，玲玲继续潜伏。鼹师的动员受到了众妖的赞同，债主收到这一反馈后也同意了暂时不讨债，但如果十日内提供不出具体的执行方案，还是会继续来催债。鼹师提议妖寨主要工作人员庞总管、兔爷、胡狼精依次进行提案汇报，择优采纳方案对山寨进行具体改造。提案会开始了，三个人的三个方案各有特点各有侧重。玲玲本打算消极怠工，对每个提案都不发表明确意见，却没想到在鼹师的理解推动下，会议决定将三个提案融合采纳。与此同时，鼹师也带来了放贷银行决定提高贷款额度的消息，以提振山寨士气为由，玲玲在鼹师的言语敦促之下在借款合同上按上了手印。于是山寨众妖根据最新制定的京剧规划方案，展开了更加火热密集的准备工作。玲玲试图用消极态度打击众人信心，却没成想被鼹师理解成认为山寨人才不够，需要进行妖才引进。
为了引进妖才，促进花脖子山的繁荣发展，妖才引进大会热热闹闹地到来了。鼹师传达了选才标准：一看才华，二看决心，三看薪酬。虽然玲玲一直试图反驳消极对待，但大会还是如期举办了。第一轮过去，玲玲因为心怀卧底任务，所以对于鼹师特别推荐的有卓越能力的妖怪们都不予录用，反而录用了一群能力和法力都并不高强甚至有点弱的“气氛组”，在考虑这样或许能够获得阻碍妖怪们达成吃唐僧肉这一目标的同时，内心也升腾起一股认同感。在“气氛组”面试中，还出现了一位来自盘丝洞的罗刹女，最终包括罗刹女、麝兰、蘑菇精、骨德白、现现在内的一众平凡小妖获得资格留在了花脖子山。而这一事件又被鼹师升华为花脖子山的精神内核，并火速将这一美谈在妖界传扬开来，越来越多的妖怪前来投靠花脖子山。而这一传言也传到了天庭，成为了天庭重点关注的反面对象，甚至还派遣了天兵天将调查此事。
景区开业，却并未迎来想象中的火爆场景。数日过去了，游客仍然寥寥无几。看到这样的局面，玲玲内心松了口气，一直被压抑的心情也被释放了出来。此时蘑菇精一个喷嚏，玲玲吸入了粉末产生幻觉，开心地跑到后山滚呐滚，滚出了原型，以熊猫的形态碰到了村民……花脖子山有熊猫的消息一传十十传百，景区突然人满为患。虽然众人都对山里是否真的有熊猫提出了质疑，但又都觉得不管是不是真的有，以此为契机带来的客流量只要能维持三个月，山寨的欠款就都可以还清了。于是山寨众妖又干劲满满地开始了每天的工作，事情又朝着和玲玲的任务目标相反的方向发展了。一天晚上，罗刹女来到玲玲的房间，以要给大王献舞为由，跟玲玲对上了暗号。原来罗刹女也是本轮派下界的潜伏特工，代号番天印，并向玲玲传达了由于上峰星君被带走调查，新的上线已经变成自己的消息。
得到了新的上级消息，玲玲有了新的工作动力，开始对山寨工作格外用心。罗刹女也及时地提醒他不要忘了吃唐僧肉这一终极目标，再一次告诉了他在做领导的同时不忘身负的任务的要义。山寨召开捕获唐僧动员大会，由此，山寨进入了变法的第二阶段，并开始使用万里寻踪图实时跟进唐僧行踪。为了捕杀唐僧，山寨决定组织法术展示交流会，玲玲不得不开始临阵磨枪，山寨众妖也开始了如火如荼的练兵工作。玲玲不管是寻求罗刹女的帮助还是妄图修习21天速成的魔法书都于事无补。在鼹师的敦促下，只能老老实实地开始练法术，鼹师先是建议他从最“基础”的御剑术开始练起。每日的训练让玲玲疲惫不堪，但自己的法术还没怎么精进，山寨众妖们每天勤奋苦练的氛围反而让玲玲内心的压力和惭愧之感日渐加重
玲玲本是蜀地山林里的一只熊猫，得高人点化有机会学习法术修炼，但玲玲积极性并不高，法术也一直没有太大的长进。经过考虑，玲玲决定根据自身的情况修习栅栏术。在他苦练法术的这段日子里，玲玲不会法术的消息也不胫而走，并因为这一点，山寨众妖对于玲玲的态度变得有点不服，在庞总管的煽风点火下，他们甚至怀疑起了玲玲的真实身份，想找机会验明正身，而这一切被在议事堂装了千里耳的玲玲听到了。这让玲玲乱了阵脚，他决定找机会逃跑。逃跑过程中玲玲误入鼹师的洞穴，被鼹师劝下，并和他一起到草地上谈心，玲玲再次内心动摇，暂时决定不逃走。山寨风景区的开放日到了，看着热热闹闹的众妖，鼹师跟玲玲讲述了众妖的经历，也道出了栅栏术的核心意义——心中有想要保护的人。认真体悟了鼹师的话，回想起了儿时师父的嘱托，玲玲潜心修习，终于练成了栅栏术，博得了众妖的欢呼和认可。
孙悟空一心取经，于是带着唐僧抄近道，而这偏离了原定路线的走向，很可能会导致唐僧并不经过花脖子山的后果。因此，山寨决定修路，将唐僧师徒引到专门为他们创造的“最优路线”上。修路工作又如火如荼地展开了。一个施工结束的夜晚，玲玲带领一波小妖扎寨睡在离工地很近的山林里。夜间醒来，玲玲遭到了蝶谷蝶妖的伏击并被抓回蝶谷。原来是因为修路修到了别的妖寨地盘，引来了他们的不满。鼹师只身前往蝶谷，试图通过谈判解救玲玲，却没想到也被抓起来关进了牢房。夜里，鼹师跟玲玲讲起了自己少时的故事。鼹师本是一只鼹鼠精，化成人形后与狗精、马精、鹅精三个同学一起为了梦想努力学习参加科考。而这三位同学也都成了各妖寨的骨干军师，鼹师此番前来的路上拜会了旧友，并得到了他们本人和他们各自妖寨的倾力帮助。三位友人联系到了蝴蝶谷的大王蝶后，并随她一同前来，同意了鼹师将玲玲救回。
鼹师终于顺利救回了玲玲，并与蝶谷结下了友好关系。回花脖子山的路上，鼹师继续向玲玲讲出了自己因妖怪身份暴露而没能参加科考的经历。如果不是来到花脖子山遇到老粉风怪，自己可能并不会有今天的这番成就。看着出门迎接的众妖，鼹师的眼神变了，原来在拜会老友的过程中，他被告知了花脖子山上有天庭卧底的消息，鼹师决不允许有人毁掉花脖子山、毁掉他的梦想……经过众人的努力，唐僧终于返回原路走上正轨，路过花脖子山的日子越来越近了。为了庆祝，山寨决定在周末组织团建。鼹师决定通过此次团建，以竹子为诱饵，测出谁是熊猫精，因为他推测卧底有可能是前不久山寨里莫名出现的熊猫。玲玲猜到了鼹师的用意，在心里推测卧底行动已经进入倒计时……玲玲假装晕倒，并准备伺机逃跑，却被罗刹女拦下了。罗刹女告诉他坚守岗位，日后升仙帮他升职。
团建进行到了激动人心的唐僧肉分食抽奖环节，鼹师传达了务必妖妖有肉吃的核心思想。抽奖后就是晚宴，众妖纷纷来向玲玲敬酒，酒过三巡的大家都难以掩盖真情的流露，玲玲的感动又深了一层。一片欢声笑语之间，玲玲本打算按照罗刹女的指示在鼹师的酒里下药并偷取到防御工事图，却因被众妖感动，顾及大家之间的情义没有忍心下手。宴会后，在温暖的氛围中，众妖先是各自许愿，随之大家还展示了准备好的惊喜节目——演唱歌曲《大王别慌张》给玲玲听。听完之后的玲玲回忆起在花脖子山的点点滴滴，更是触动不已，他许下心愿：希望取经队伍能走得慢一点，再慢一点……玲玲与鼹师两人在夜晚的山寨中席地而坐，促膝长谈，此间，鼹师告诉了玲玲花脖子山有卧底的情况，并指出卧底就是熊猫精。而与此时，真的小粉风怪回到了花脖子山寨门口……
原来在被玲玲偷走牛车后，小粉风怪由于没了交通工具，又不知道正确路线，一路到处询问甚至打工，经过了重重困难才终于来到了花脖子山。小粉风怪提出要回王位，但身份受到了质疑。鼹师请小粉风怪和玲玲两人展开辩论，各自为自己的身份正名，然而小粉风怪的理由并不充分，在拉出老牛出来指认后也并未占到任何优势。赶走了小粉风怪，玲玲和鼹师继续坐在山寨大厅内等待来投防御工事图的间谍出现。正当小粉风怪灰溜溜准备离开山寨甚至怀疑自己，遇到了蹲守多时的庞总管，庞总管靠屁味认出了小粉风怪，两人一番感动相认后，庞总管决定帮小粉风怪夺回王位。庞总管带领一众老护卫队成员逼宫，缠斗之中却忘记了鼹师的鼹鼠本体。趁叛军不注意之时，鼹师挖地道带玲玲逃走。逼宫团队紧追不舍，两人眼看就要被追上而玲玲由于氧气不足加体力不支，也晕倒在了洞穴里。
为躲避追杀，鼹师只能先挖出一个封闭的洞出来，而玲玲因此快要窒息而死。危难之际，鼹师竭尽全力挖出多条地道，搬来众妖做救兵救玲玲。等玲玲醒来，庞总管和一众叛军已经被抓住。玲玲意识到两人昨晚藏匿的地道就是防御工事的地下部分，鼹师开始了讲解，听的同时脑子里已经出现了花脖子山众妖伤亡惨烈的画面。与此同时，罗刹女也被抓到，并被指认为天庭内奸。与此同时粉风怪也被抓住了，鼹师带人去审问，玲玲趁机放走了罗刹女。玲玲本想装作被罗刹女打伤，却被鼹师告知自己已在昨晚喝酒后自己说出了自己就是天庭卧底的实情。两人对峙之间，山寨起火，原来是罗刹女走前一把火烧了山寨。花脖子山被付之一炬，已经不具备狙击唐僧的能力。玲玲顺利完成潜伏任务，踏上返回天庭的路。
玲玲点燃通讯香，联系到了天庭工作人员，终于得到了升仙资格，然而他的心里却并没有想象中的开心。询问自己到天庭之后的工作安排，玲玲却被告知还需要换一个山寨继续潜伏。与此同时，花脖子山上，胡主任和大吉正在组织众妖发放遣散费，而胡主任、大吉、兔爷和鼹师等人 却毅然决然地选择继续留在花脖子山。唐僧师徒经历重重考验和劫难，继续前进在西行的取经之路上，他们离花脖子山越来越近了……与土地公交接下个任务的玲玲听闻唐僧师徒即将抵达花脖子山且必有一战，还听到了“来都来了，除妖务尽”这句行业金句。玲玲的内心再一次产生了巨大的震动和犹疑，偶然踢到的树枝令玲玲想起了曾经与鼹师的对话，想起了在花脖子山的点点滴滴，仿佛明白了自己的心之归处。玲玲踏上筋斗云，朝着花脖子山的方向飞去……
孙悟空抵达花脖子山寨，正当山寨中剩余的为数不多的众妖枕戈待旦时，玲玲回来了。本想用自己天庭潜伏者的身份唬住孙悟空，解救山寨于危难，但孙悟空根本没听过也不在乎他是谁。事到如今，玲玲终于喊出自己是花脖子山大王的身份，这一下鼓励到了还留在山寨的众妖，大家从山寨各处涌了出来，准备背水一战。山寨众妖基本全军覆没，只剩玲玲一人还撑着使用栅栏术，众妖也撑着虚弱的身体陆续唱起《大王别慌有我呢》。歌声中，孙悟空想起了自己曾在花果山与众猴的日子，内心在感动之余也生出一种可以理解的感情，于是决定放弃继续攻击花脖子山。成功躲过一劫的花脖子山众妖抱在一起欢呼，鼹师也在此时发动大家，准备开展升级版变法。