ここは日本のとある街、眉難市。眉難高校に通う由布院煙、鬼怒川熱史は、鳴子硫黄、蔵王立とともに「地球防衛部」と称して何もしない部を立ち上げ、高校ライフをダラダラと満喫していた。今日も銭湯「黒玉湯」の一番風呂で煙と熱史がまったりとしていたところ、湯船に突然、謎の物体が落下。桃色の生命体は姿を現すなり、彼らに日本語で声をかけてきた！「この星を守りたい……どうか力を貸していただけませんか」
優雅な調べが響く眉難高校生徒会室。会長の草津錦史郎をはじめ、有馬燻、下呂阿古哉ら生徒会の面々は「地球上生物完全服従計画」に掲げる愚民粛清を遂行するため、地球を征服するためにやってきたらしい謎の生物、ズンダーと結託していた。一方、防衛部の５人はウォンバットと命名した桃色の生命体から、今後も「バトルラヴァーズ」として戦うことを懇願されていた。
恒例の美男子コンテスト開催が迫る眉難高校。大して興味もなくヒマをもてあましていた防衛部の面々だが、やんわりと対立関係にある生徒会に対抗するため、「地球防衛部・最強タラシ蔵王」を勝利に導く作戦会議を始める。その裏で、美男子ナンバーワンの座を狙って奮闘するも空回りまくるバレエ部顧問に目をつけたズンダーたち。コンテスト当日、優勝者が発表されようとしたその瞬間…
かつて共に流れ星へ願いをかけた少年。夜の生徒会室で草津は回想に耽り、世界征服の誓いを新たにする。一方の防衛部は、黒玉湯で相変わらず中身のない会話を繰り広げていた。居合わせたオッさんが高校生だと知り、部室でもフケ顔談義を続ける面々。そこに突如、謎のフィールドが学校を包み、高校生たちが次々に小学生へと姿を変えられてしまう。突然のことに、防衛部も困惑する中、目の前に現れたのは……！
梅雨に入り、各自インドア活動に勤しむ防衛部。ふと見れば、命を共有という名目でウォンバットに操られている俵山先生がカビている！ 混乱する部室に、マスコミ研究会の城崎と田沢が突撃取材にやってきた。秘密を探ろうとする城崎に追い回され、ウォンバット、由布院、鳴子、蔵王のストレスも増加。黒玉湯で怒りを発散する防衛部だが、そこに城崎たちも押し入ってくる。そんな中、ラブレスレットにラブアラートが……。
正体不明のバトルラヴァーズを抹殺せんと画策する征服部ことカエルラ・アダマス。ついでに部費支出削減のため、防衛部も始末しようと「期末テストで成績が平均に満たない場合は廃部」という通知を突きつける。しぶしぶ勉強する防衛部の面々。生徒会は金融事情に精通した鳴子を経理担当にスカウトする。交渉に出向いた下呂から給与額を提示され、あっさりと防衛部を去る鳴子。４人となったバトルラヴァーズは、出現した怪人によって苦戦を強いられる。
由布院の思いつきで、海合宿へと赴くことになった防衛部一行。同じ頃、生徒会の３人もリムジンで海辺のリゾートに向かっていた。眩しい太陽に白い砂浜だが、そのビーチは何か普通では無かった。 何だか妙な気分を味わうメンバーたち……。 とりあえず宿に戻り風呂に入るが、誰かが使用した形跡のある鳴子の歯ブラシが発見される。好きな子の縦笛を吹く的なアレにお互いが疑心暗鬼に陥るなか、犯人探しが始まった。
眉難高校ではいつもの通学路で鬼怒川と由布院が仲良く登校していた。しかしコンビニに立ち寄った後、由布院は突如鬼怒川に怒りを覚えるのだった。鬼怒川に対して怒鳴りだし、理由が分からないまま２人の間に生じた亀裂は、ついに防衛部を抜ける騒ぎにまで発展してしまう。喧嘩に巻き込まれた有基たち。有基は闇雲に２人に仲直りを迫るが、鳴子と蔵王にたしなめられてしまう。果たして、由布院と鬼怒川は仲直りできるのか!?
怪人が次々と倒され、計画の見直しを迫られる草津たちは征服部として打って出ることを誓い、新たな刺客を送り込む。そんな事はつゆ知らず、やっつけ仕事感覚でバトルラヴァーズに変身する防衛部。しかし怪人はその場で戦おうとはせず、「眉難山に来い」と捨て台詞を残して姿を消す。敵からの呼び出しに「バス代も無いし、無理！」と無視を決め込む防衛部の面々。そこへマスコミ研究会の城崎が金になる話を持ち込むが……。
いつも元気な有基の様子がおかしい。クラスメイトで野球部のマネージャーに体温計を借り、微熱があることに気付いた防衛部の面々は実家の黒玉湯まで有基を送る。風邪を引いた弟を献身的に看病する強羅に、過剰な兄弟愛を見せ付けられる一同。しかし翌日、登校してきた有基はいつもと一風違う男子に変貌していた。戸惑う防衛部を尻目に有基は……。
文化祭の準備で賑わう眉難高校。人気投票で優勝したクラスに金一封が出るとあって、防衛部も参加することに。鬼怒川のカレーに加えて、バトルラヴァーズに変身した防衛部の面々は「コスプレヒーローカレー」を売りに勝負をかける。校内に漂うカレーの匂いは生徒会室にも届いていた。カレーを憎悪し、存在を否定する草津。カレーの匂いと共にあの思い出が蘇るのだった。
鬼怒川と草津の激突により、ついにバトルラヴァーズとカエルラ・アダマスの正体が明らかになった。お互いに衝撃を受けながらもヴェスタとサルファーはペルライトと、セルリアンはアージェントと対峙。かたやオーアイトは宿願を果たすため、防戦一方のエピナールに斬りかかる。そこに突如、箱根強羅が乱入。最終局面を前に明らかとなる「地球上生物完全服従計画」の真の目的とは――。
テレビ宇宙のリアリティ・ショー『地球滅亡できるかな？２』を見事に打ち切りへと追い込み、平穏な高校生活を取り戻した防衛部と征服部。あの激闘から時間は流れ、季節は秋。バトラヴァとしての活動に区切りをつけた防衛部の５人は、黒玉湯に浸かりながら以前のようにだらだら～とした日常を享受していた。一方、征服部の３人には彼らの今後を左右する“とある話”が舞い込んできて……。
美しさとは罪──そう信じてやまない、妄想癖のある眉難高校のとある学生。幼稚園の子どもレベルでもつかないレベルの嘘を連発し、周囲からバカにされる毎日を送っていた。しかし、彼はある日、交換留学生としてやってきた別府月彦（べっぷあきひこ）、日彦（はるひこ）兄弟と出会い、彼らのカリスマ性に魅了されてしまう。謎に包まれた別府兄弟の正体は……？ そして、防衛部の出番はあるのか!?
固い絆で結ばれた有基と強羅あんちゃん。その関係を語る上で、外せないのが数年前にふたりが興じていた「笠地蔵ごっこ」。あんちゃんと共に紡いだ淡い想い出を噛みしめつつ、有基は防衛部の仲間とともに地元の幼稚園にボランティアとして「笠地蔵」の読み聞かせをしに行くことになる。しかし、そんな有基たちをおもしろく思わない男が現われる……。
壮大な御殿で日々アイドルとしてステージを繰り広げる別府日彦・月彦兄弟。時同じく、眉難高校にもう一組の双子、イタリア系ツインズの兄弟がやってくる。別府兄弟と違い、兄弟仲が芳しくない彼らにはいろいろな意味で“深い事情”が隠されていた。血よりも濃ゆ～いイタリア人男子のデリケートな心が、やがて眉難高校に嵐を巻き起こすことに！
飛んできたバレーボールを反射的に打ち返した有基。彼はその天賦の才能を眉難高校バレーボール部の部長に認められ、防衛部改めバレーボール部の一員として活動することに。巻き込まれたほかの四人のため息をよそに青春をこれでもかというぐらい謳歌する有基だったが、その背後にはすっかり居場所を失ってしまった男子学生の冷たい視線が……。
いつもと同じ部室。けれども、その日の鳴子と蔵王はいつもとは違う雰囲気だった。本来ならば仲がよかったはずのふたりはどうして仲違いをしてしまったのか？ ──いや、それ以前に、防衛部にやってきた時点で彼らの相性はそんなに良くなかったんじゃないか？ そんな疑問が一気に噴出した防衛部。すっかり冷戦状態に陥ってしまった二年生コンビの影響でバトルラヴァーズは大きなピンチを迎えることに……。
クリスマス──それは人をおかしくするほどの魔力を持ったイベント。クリスマスイブ当日に、このイベントを一番地雷にしていそうな由布院から「クリパをやらないか」という珍しく気合の入った提案が飛び出した。黒玉湯で開催されることになったクリパには強羅あんちゃんも参加、さらには予想だにしなかった珍客までやってきてカオスな事態に……。愛と混沌にあふれた一夜限りの奇跡が幕を開ける！
一年の締めくくりである大晦日。黒玉湯に集まった防衛部のメンバーは、TVのチャンネル争いをしたり、こたつでぬくぬくとしたりと、いつも通りのゆる～い空気のまま年越しに臨んでいた。強羅が打った年越しそばを食べたら早々に解散……という流れのハズだったが、黒玉湯は局地的な大雪に見舞われ、外界から隔絶されてしまう。はたして、そんなサバイバルな状況の中で有基たちが取った行動とは!?
かつて大いなる危機より地球を守り抜いたヒーローがいた……。そして今、再びの危機に眉難高校『地球防衛部』より新たなヒーロー爆誕！ ……え？ かつてのヒーローって誰だって？ そりゃ『あいつら』ですよ『あいつら』。……え？ なんで名前をぼかすのかって？ そこはマルチなバースな設定なんでゴニョゴニョ……（うやむや） とにかく新たな防衛部――雲仙新九郎、酸ヶ湯愛琉志、卯花惣輔、長万部潮、阿蘇空太をよろしく！
謎の未来猫ヌルさんの猫科学で、『ハイカラ浪漫団』となり地球征服を目論む怪人をみごとに撃破した防衛部の５人。そんな彼らの前に現れたのは、謎のプレーリードッグことマスター・キャンに導かれし地球征服部、『蛮華羅新鋭隊』。その正体はなんと、黒玉寮の同居人にして眉難高校生徒会――百目鬼珠闘麗斗、乳頭左門、猫魔祐の三人であった。敵と味方が一つ屋根の下、これで何も起きないはずがなく……？（特に起きない）
月に一度の恒例行事、眉難高校美男子コンテスト。入学以来連続優勝記録を伸ばし続けている酸ヶ湯愛琉志は、まさに自他共に認める美しさのカリスマ。そして美しさにこだわる酸ヶ湯は、メディア戦略の先駆けとも言える画期的な作戦で連覇を狙っていた。だが、大正生まれの酸ヶ湯は知らなかった。その手法が光だけでなく闇の一面も持つことを……。今、眉難高校が燃え上がる！
御殿場寮長倒れる！ 親元を離れて暮らす寮生たちにとって、大黒柱たる寮長の不在はまさに生活の危機。だが、そんな時にこそ立ち上がるのが卯花惣輔という男。その家事スキルはまたたくまに寮生たちに安堵をもたらすも、卯花の母性が暴走し、防衛部を目の敵にする生徒會たちですらまとめて飲み込んでしまう。少年たちは浸食してくる母性に抗い親離れするのか？ 流されるがママ受け入れるのか？ 母だけに！
眉難市に夏到来！ 男乱海岸で眉難高校伝統の遠泳大会が開かれることになり、防衛部や生徒たちも活気づく。その中で、もっともこのイベントに打ち込んでいるのは生徒会長の百目鬼珠闘麗斗。地球征服もひとまず忘れ遠泳大会優勝に賭けるその情熱には、何やら雲仙新九郎との過去からつながる因縁があるようで……。そして激突する百目鬼と雲仙。勝利の鍵を握るのは……赤フン？
眉難高校は夏休みに突入し、阿蘇空太は山の幸で釣った食いしん坊の長万部を連れて里帰り。故郷の村で二人を待っていたのは、阿蘇の三人の弟たち。防衛部では末っ子扱いの阿蘇も故郷では立派なお兄ちゃんっぷりを見せつけるが、次男のとん太だけはなぜか阿蘇に反発。兄弟ゲンカで飛び出したところを、たまたま近くに避暑に来ていた征服部に怪人にされてしまう！ 兄弟の絆の行く末は？ そして雲仙たちの出番は？
